公元1399年，建文帝推行“削藩”政策，燕王朱棣公开反叛，上演了一场皇位争夺战。
燕王其人
朱棣，是朱元璋的四儿子，被封为燕王，封地北平。燕地与蒙古接壤，朱棣经常奉命出塞巡边，筑城屯田，多有建树。后来，又屡率众将出征，威名大振。
洪武末，皇太子死，立朱允炆为皇太孙，朱棣心中不满。有一次，朱元璋令朱允炆赋诗，诗的最后两句是“虽然隐落江湖里，也有清光照九州。”朱元璋看了认为诗意衰飒，很不高兴。又令他答对，朱元璋出语“风吹马尾千条线”，朱允炆以“雨打羊毛一片毡”对，朱元璋听了这个调子低沉，毫无抱负、气度的答对，脸色顿变。这时，恰好朱棣在旁，见此情状，上前奏对说：“日照龙鳞万点金”。朱元璋一反怒容，不禁连声叫好：“好对语！好对语！”于是，对朱棣大加宠爱，有更换皇储之念，后为大臣所阻止。这也滋长了朱棣接替皇位的欲念和野心。
公元1398年，朱元璋去世，朱允炆即皇位。朱棣本想去南京奔丧，因有“诸王临国中，毋至京师”的遗诏被阻，心中怏怏不快。他认为这是朱允炆的宠臣齐泰、黄子澄两人矫诏制造的一个阴谋。
与此同时，朱允炆为了解除诸王“尾大不掉”所带来的危害，废了几个内地王为庶人，又下令诸王不得节制文武官吏，进一步限制诸王的权力。
第二天，朱允炆改元建文，朱棣面对诸弟被废，自己权力被削的危机，便借朝贺改元之机，带领世子朱高炽等人，亲往南京，密察虚实，以谋对策。朱棣回北平时，为使朱允炆放心，把世子朱高炽等人留在京师，作为人质。
叔叔杀侄
朱棣回北平后，暗中加紧练兵，作篡夺皇位的准备，表面上则伪装重病在身，卧床不起。他上书乞求朝廷让朱高炽等归省，朱允炆佯装不知内情，遣还朱高炽等，使朱棣不对他怀疑。双方都在设计，互相欺骗，勾心斗角。正当朱棣训练士兵、即将起兵的时候，朱允炆也在调兵遣将，加紧了对朱棣的防备活动。
公元1399年6月，燕王府护卫百户倪谅到南京告发燕王谋反。朱允炆即下诏书严斥燕王的罪过，逮捕燕府官属，并密令北平驻军围困燕王府。事泄，朱棣乘机起兵。这次内战，前后持续了四年。朱棣久居北平，苦心经营，藩国附近的卫所，先后受其管辖节制，所以“靖难”起兵，一呼百应，士气十分饱满。
在战争过程中，朱棣又得到鞑靼军的帮助。在南京方面，不少的太监因朱允炆对太监进行惩肃，纷纷投靠朱棣。朱棣也竭力拉拢收买，因而获得了大量有关防务虚实的密报。而朱允炆虽然处于正统的有利地位，但处处表现出迂阔懦弱，完全不是朱棣的对手。在军事指挥、用人方面，朱允炆也是优柔寡断，听信谗言。
公元1402年4月，燕王攻打灵壁，遇南军将帅徐辉祖，燕军畏惧，踌躇不前。恰好在这时候，朱允炆偏信谗言，临阵易将，把徐辉祖调回，结果南军士气随之瓦解，降者数万人，燕军大胜。燕军从此南下，势如破竹，6月攻入南京。朱允炆在宫中自焚而死，封建统治阶级内部这场皇位争夺战，至此结束。
朱棣进入南京后，大肆杀戮，进行报复。齐泰、黄子澄、方孝孺等都被杀害，灭族、株连数万人，称之为“瓜蔓抄”，镇压极为残酷。
在血腥的屠杀中，朱棣登上了皇帝宝座。第二年（公元1403年）改元永乐，并改北平为北京。