为了保证朱家的子孙能够永享君临天下的特权，他绞尽脑汁，最重要的一个手段就是大杀功臣。
胡蓝之狱
朱元璋的吏治一向以刚猛著称，哪个大臣在朝廷上顶撞了他，或只是让他看不顺眼，就会当场执行刑罚。有一种刑罚就叫“廷杖”，有的大臣当场被扒了裤子按在地上打板子，有的被打得皮开肉绽，这还算幸运的，有的人还被当场打死。因此官员门都整天提心吊胆地过日子。但就是这样还不行，朱元璋还要找各种借口杀人。尤其是跟他一起出生入死打天下的功臣宿将，都成了他的眼中钉、肉中刺，非要杀光了，他才甘心。明朝初年的胡惟庸案、蓝玉案，被并称为“胡蓝之狱”，就是朱元璋大杀功臣的典型事例。
洪武十三年，（公元1380年），朱元璋以“擅权植党”的罪名杀了给他当了七年宰相的胡惟庸，同时把和胡惟庸有关系往来的官员一并进行屠杀。朱元璋一向信奉严刑，他觉得不利于他的人都应该杀头，但又怕犯人的家人怨恨报复，所以也要一起杀了以免后患。这样一来死的人可就多了，凡是跟胡惟庸有过来往的人都在清查中被杀，然后再满门抄斩。后来逐渐演变成凡是朱元璋不满意或者怀疑是胡党的文武官员也一律被杀，连同他们的家人，一下子就杀掉了一万五千人。这还不算完，朱元璋只要看到谁不合他的意，就以这个名义进行诛杀，一直到十年之后，开国的大功臣、跟在他身边已经将近四十年的卸任宰相李善长仍然以和胡惟庸“交通谋反”的罪名被命令自缢，他的家人七十余口也一并被杀。在这个前后延续了十多年的案件中，前后被杀的王公贵族一共有几十家，一共死了三万多人。
蓝玉，是开国功臣常遇春的妻弟，因为作战有功被封为凉国公。他在家乡飞扬跋扈，鱼肉乡里，他手下的人都借着他的势力胡作非为，总有人因此告他的状，朱元璋为此训诫过他好几次，可他就是屡教不改。蓝玉在朱元璋面前又很不注意自己的言行举止，更让朱元璋不高兴。
洪武二十六年，有人告发说蓝玉想谋反，朱元璋抓住这个机会，二话不说就把蓝玉抓了起来，关进大牢，并且施以酷刑。蓝玉这些年来养尊处优惯了，哪里受得了大刑，结果是问什么就招什么，不但承认了谋反的罪名，还牵扯进了许多无辜的人。朱元璋对蓝玉处以肢解的残酷刑罚，把其他牵涉到的人依照惯例也都杀得一干二净。这一案，杀了至少有一万五千人。
牵扯胡蓝两案的，有四、五万官员被杀，开国的功臣几乎已经被杀光了。除去这两个案子是成批屠杀之外，平日里被杀的人也不在少数。例如他的侄子朱文正，在没有建国前也为朱元璋立下了汗马功劳，曾是朱元璋最信任的人之一，他又是朱元璋的亲属中比较有文化的人，因此更受到朱元璋的格外重视。
朱元璋当了皇帝以后，朱文正也被封了高官厚禄。他实在也没有什么错处，可这时的朱元璋就是看他不顺眼，硬是被冠以“亲近儒生，心怀怨恨”的莫须有罪名将他鞭打致死。此外还有大将军徐达、大将傅友德、冯盛、朱亮祖父子等都先后被他想方设法杀害。就连他自己的儿子也不例外。他的第八个儿子因为岳父被牵连进胡惟庸一案，被朱元璋召回京城问话，却因为害怕会受到朱元璋的处罚，在半路上就和妻子双双自杀了。
把刺都削干净
按理说，朱元璋的天下正是依靠这些功臣宿将的帮助才得以建立起来的，他为什么狠心把这些当年的兄弟子侄朋友都杀光呢？其实这并不难理解，朱元璋曾经对他的儿子朱标说过一段话，正好可以解释他这种嗜杀行为的原因。当他大肆屠杀功臣时，他的儿子朱标因为深受儒家思想的影响，崇信以仁德治天下，对他的做法很不理解，常常因为一个要杀一个要救和他发生冲突。有一天，朱元璋把太子叫来，什么话也不说，把一根长满刺的棍子扔在地上，要太子用手捡起来，太子看到上面都是刺，有些犹豫。朱元璋就把棍子拿起来，用剑削光了上面的尖刺，然后再递给太子拿着，并且告诉太子说：“那些功臣就是这棍子上的刺，你不敢用手去拿，我现在帮你把他们削干净了，再交给你拿不是更好吗？只要我把那些人都杀干净了，你才能太太平平地当这个家！”
从这些话中不难看出，朱元璋一生是在艰苦斗争过来的，他很怕他这些没有经过磨练的子孙过于软弱，不能牢牢地控制住国家。又怕自己死后，那些功臣功高盖主，不听训教，甚至起兵造反，使他的子孙坐不稳天下，才找尽一切理由，想方设法除掉功臣。这种考虑恐怕是他诛杀功臣的重要理由，可以说是极度残忍蛮横的。但是，他的这种做法也存在着某些合理的因素。例如在胡惟庸案件中，胡惟庸利用朱元璋对他的信任，在朝中结党营私，排斥异己，独断专行，很有些没有他不行的嚣张气焰。大臣们上奏给皇帝的奏折，他都要先拆开来检查，看是否有不利于自己的内容，如果有批评他的内容，就把奏折隐匿下来不报。他还利用职权大肆贪污受贿，凡对自己不满意的人就一律陷害。他的这些行为严重威胁到了朱元璋皇权的权威性，也逼得朱元璋不得不杀了他，才能保持自己至高无上的地位。而那些功臣宿将大多都是出自朱元璋的故乡淮西一带，只是朱元璋家乡的濠州、凤阳就封了六个公、二十八个侯。他们以李善长、胡惟庸为中心，结成了“淮西帮”，所成的政治势力不可小觑，是朝廷的一个潜在威胁，也难怪朱元璋必欲去之而后快了。