明末政治腐败，积弊难匡，权阉魏忠贤与客氏狼狈为奸，残害臣民，荼毒天下。熹宗至死不能察其奸情，终生为之蒙蔽。天启七年（1627）八月，熹宗病笃，召见阁、部、科、道官员于乾清官，宣谕魏忠贤、王体乾都是老实听命、对皇室忠贞不渝之人，可以与之共商大事。“内阁黄立极等对曰：‘皇帝任贤勿贰，诸臣不敢仰体！’上悦”①。熹宗又下一道遗诏说：“以皇五弟信王由检嗣皇帝位。”②时魏忠贤势力猖炽，中外危傈。熹宗召信王入宫，对群臣说：“吾弟当为尧舜之君。”③信王惶恐不敢当，只说：“陛下为此言，臣应万死。”④信王出，熹宗死于乾清宫，年23岁。魏忠贤亲迎信王入大内，朱由检万分惶恐，在袖中自带食物入宫，不敢用御膳，深惧食中投毒。时大臣亦不得见信王。朱由检是夜燃烛独坐。久之，见一太监持剑过门，信王取剑观赏，留于几上，允以有赏。旋又有值更者击梆而过，信王出门慰劳，问左右欲给酒食，何出？侍者以宜问光禄寺。传旨取给之，欢声如雷。次日，即皇帝位于中极殿，受百官朝拜，不准庆贺，是为庄烈帝。
朱由检即位之初，颇思有所振作，素知魏忠贤专权误国，蓄意除之。先是，杨所修、杨雏垣弹劾崔呈秀，诚探朱由检是否能辨奸邪。崇祯帝览奏，令崔呈秀归里守制。接着，贾继春上疏弹劾崔呈秀，给事中许可征揭露崔呈秀子崔铎考试作弊，非法中举做官。经吏部核实后，罢崔呈秀官。又浙江巡抚潘汝祯为魏忠贤建祠作俑，被削籍。因崔呈秀案件事多涉魏忠贤，所以崇祯帝将魏忠贤调离大内，安置于凤阳。
先是，魏忠贤奸党颂其功德，请建生祠者络绎于道。此时杨邦宪上疏披露此事，朱由检刚刚继位，读此疏时，边读边笑。魏忠贤预感崇祯帝深恶此事，急忙辩解，硬说疏中颇有夸张不实之辞，朱由检权且作罢。后主事钱元憋又上疏揭露说：魏忠贤构党株连，阴养死士，陈兵自卫。员外史躬盛、主事陆澄源也都交章论其罪恶。嘉兴贡生钱嘉征，列魏忠贤十大罪状。其中，“掩边功：辽左用兵以来，堕名城、杀大将，而冒侯封伯。伤民财：郡县请祠遍天下，一祠所费不下五万金。敲骨剥髓，孰非国家之脂膏！亵名器：崔呈秀之子铎，目不识丁，贤书（因魏忠贤致书考官示意）遂登前列”⑤。读后令人发指。于是朱由检召见魏忠贤，使内侍宣读十大罪状疏，忠贤震恐丧魄，以重宝赂信王府太监徐应元求解难。徐应元曾是魏忠贤的赌友，朱由检得知此事，痛斥徐应元，立即下令收捕魏忠贤。诏谕说：“逆恶魏忠贤，擅窃国柄，诬陷忠良，罪当死，姑从轻发凤阳。乃不思自惩，素蓄亡命之徒，环拥随护，势若叛然，令锦衣卫逮治。”⑥魏忠贤接旨从凤阳上路后，走到阜城，忽闻皇帝下谕逮治，知无生路，即与死党李朝钦一起自缢身亡。崔呈秀在家，听说魏忠贤已死，于是排列姬妾，罗列珍宝，呼酒痛饮，一杯毕则碎一杯，饮后自缢而亡。熹宗乳母客氏亦被处死，其家属无少长皆被诛。人皆以为这是客氏一家过去荼毒天下臣民的报应。
初，魏忠贤用事，外廷文武大臣阿附魏忠贤者，有“五虎”、“五彪”之目。“五虎”是文臣崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、仇文焕五人，他们主要是给魏忠贤出谋划策的。“五彪”是武官许显纯、田尔耕、孙云鹤、杨寰、崔应元五人，他们主要是主管杀戮的。所以在诏书中特别标明这文武十人名姓。此外还有周应秋、曹钦程等号为“十狗”，又有“十孩儿”、“四十孙”之号，不可胜数。总之，朱由检即位之日，也正是魏忠贤势力极为嚣张之时，然而崇祯帝能不动声色，惩办元凶，尽诛党羽，旁无一人相助，能做到“神明自运，宗社再安”⑦。史书谓“崇祯始政，天下翕然称之”⑧。在诛杀魏忠贤翦除阉党的同时，还罢苏、杭织造。并诏谕天下说；“封疆多事，征输重繁，朕甚悯焉。不忍以衣服组绣之工，重困一方民。其俟东西底定之日，方行开造，以称朕敬天恤民至意。”⑨
南京御史刘汉建议尊崇儒学，整顿吏治，慎加名号，重农节用。朱由检同意此议。下旨：吏部对现任官员严加清汰，正式编制之外的官员，要严加荐选，宁缺勿滥。文臣不是正卿，武臣不是勋爵，总兵不是实有战功之人，不得妄加保、傅之衔。朱由检在便殿批阅奏章，闻到一股香气，心意扰乱，他很怀疑，出外散步片刻才安定下来。他询问内官此为何香？内官回答说：这是内宫发春之香，两朝都照此点燃。崇祯帝怒斥内官，让他们立即毁掉，不准再燃。同时还长叹说：“皇考、皇兄皆为此误也。”⑩
崇祯元年（1628）正月，禁止宫中穿文绣华丽衣饰，妇女不准戴金冠等。这是听了御史梁天奇的谏议后，崇祯帝作出的决定。敕命司礼监典卖魏忠贤田宅。有人请求将魏忠贤宅院加赐功臣。崇祯帝说：“俟东西底定，留赐策以待功臣。”并榜示其宅第为“策勋府”。户部给事中黄承昊上疏说：太祖时，边饷银只有四十九万三千八十八两，神宗时就增到二百八十五万五千九百余两，熹宗时已达三百五十三万七千七百余两。其他京支杂项，万历年间岁收不过三十四万一千六百余两，而近年来竟增到六十八万二千五百余两。今户部开支共五百余万两，而岁入不过三百二十三万两，亏空近二百万两。这样边兵无法不荒疏，而农官也无法不愁怨。请求敕令各边都抚，清查历年增饷用度。至于京支杂项，也要切令各衙门自加严汰。还建议西北边塞，应督责当地官府开垦荒田，以定军饷。
户部给事中韩一良上言：以前皇上召大臣于平台，有“文臣不爱钱”之语，然而今天世上哪一个地方可以不用钱呢？又有哪一个官员不爱钱呢？韩一良认为，当时的官员，县官是行贿的首恶，各部给事是纳贿之魁。而当今说起蠹民之罪，没有一个不归罪于郡守县令的。然而守令的薪俸又多不到位，又怎能养廉呢？他说，自己上任不到两个月就辞退赂金500两。他说自己交友很少，还有贿赂者，其余官员贪赃情况就可想而知了。他建议严惩纳贿贪赃者，首恶重办，使所有官员视钱为污，惧钱如祸，这样文官不爱钱的风气才能树立。崇祯帝认为韩一良的建议很好，特将中外大臣召集于平台，让韩一良宣读他的建议，并予以褒奖，当即提升他做右佥都御史。
崇祯元年（1628）七月，宁远兵变。当时四川、湖广兵驻宁远的人，因为缺饷四个月，哗变。其于13营也都响应，变兵将巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳捆绑于谯楼上。兵备副使郭广刚刚到任，收集了两万金颁发给部众，士兵仍不满足，于是又向商民借了钱共足5万两。士兵怨恨稍平，释放所缚官员。毕自肃引罪自缢。崇祯帝遣袁崇焕前去调解。袁崇焕八月抵山海关，与郭广商议，先诱首恶张正朝、张思顺，让他们先抓15人斩于市。再斩中军谋士吴国琦，杖责参将彭簪古，贬黜都司左良玉等人。然后让张正朝、张思顺为前锋戴罪立功。张世荣、苏涵淳以贪虐而引发兵变，也予以贬斥。只有都司程大乐所辖一个营没有附和哗变，特予以褒奖。于是宁远兵变始靖。十月，锦州又发生兵变，袁崇焕请增军饷。崇祯帝召廷臣议，阁臣求允发增饷。崇祯责成户部尚书毕自严全权办理。礼部尚书周延儒说：“关门昔防敌，今且防兵。宁远哗饷之，锦州哗复饷之，各边且效尤。”帝曰：“‘卿谓何如？’延儒曰：‘事迫不得不发，但需求经久之策。’帝颔之，降旨责群臣。居数日，复召问，延儒曰：‘饷莫如粟，山海关粟不缺，缺银耳。何故哗，哗必有隐情。安知非骄弁捕煽，以胁崇焕邪？’帝方疑边将要挟，闻延儒言大悦，由此属意延儒”。崇祯此时暗问周延儒，并听信奸臣之言，对有功边臣，始生狐疑猜度之心，为后来冤杀袁崇焕种下夙因。
崇祯二年（1629）四月，山陕大饥，起义发生，朝臣捐俸助饷。崇祯帝认为诸臣捐俸助饷是兴利除弊，国家受益必多。顺天府尹刘宗周说：陛下励精图治，召廷臣于文华殿，亲理细务，朝令文考，急欲太平盛世速来。然而急功近利，就要见小利而慕近功。他说：朝廷汲汲所求者，边事也。然而“竭天下之力以养饥军，而军愈骄，聚天下之军以冀一战，而战无日，此计之左者矣”。边塞防守，情况复杂，应从长计议，不应急求数年之效，这样必会引发相反效果。他又举例说：“今日所规规于小利者，理财也。民力已竭，司农告匮，而一时所讲求者皆聚敛之术，水旱灾伤，一切不问。有司以掊克为循吏，而抚字之政绝；大吏以催科为殿最，而黜陟之法亡，赤子无宁岁矣。顷者严赃吏之诛，自执政以下坐重典者十余人，可谓得救时之权。然贪风不尽息者，由于道之未尽善，而功利之见不泯也。”崇祯帝不久又复故大学士张居正荫，赐故都督戚继光表忠祠堂。
八月，魏忠贤遗党王永光、高捷、史堇，阴谋兴大狱为魏忠贤及逆党报仇。就以“擅主和议，专戮大帅”定袁崇焕罪名。还牵连到过去首辅钱龙锡，认为杀毛文龙，是钱龙锡首倡。史擎说：“袁崇焕离京时，以重金数万贿赂钱龙锡，钱龙锡巧为营干，转祸于毛文龙，置国法于不顾。”崇祯览奏后大怒，敕命刑部官五日内查明此案，案情查明后上报。崇祯帝召诸臣于平台，认为袁崇焕谋叛，当处以极典。群臣认为，斩帅虽钱龙锡开端，但有“处置慎重”等语，本意不在专杀；至于议和之事，首倡于袁崇焕，钱龙锡并未批准。然而军国大计，两臣私下商议就去执行，不上疏请示，造成恶果，罪责难逃。“遂磔崇焕于市，兄弟妻子流三千里，籍其家。崇焕无子，家亦无余赀，天下冤之”。刘宗周于十月“事稍定，乃上疏曰：‘己巳之变，误国者袁崇焕一人。小人竞修门户之怨。异己者，概坐以崇焕党，日造蜚语，次第去之。自此小人进而君子退。中官用事而外廷浸疏。文法日繁，欺罔日甚，朝廷日堕，边防日坏，今日之祸，实已巳以来酿成之也。”’可见崇祯自错杀袁崇焕后，对朝廷危害极大，奸臣竞进，朝政日暗，明王朝危亡之势已难挽回。
刑科给事中吴执御说：理财加派不得已而用之，这种事怎可逾年而不废止？他认为，捐募和搜刮，两者很难取法。崇祯帝则认为，加派是向富人加派，连累不了穷人，捐募是凭人们的正义感，至于搜刮固然会滋养奸邪，但如果得到循吏，依法行事，难道还会给百姓带来不利吗？这时崇祯帝已经露出刚愎自用，不纳嘉言的本性。是年（1631），浙江海盗扰害沿海，湖广民变后树帜与朝廷对抗。宣大兵饷需数十万，责成两广解纳，实际只纳银七千两远不及酬，崇祯帝责其玩忽职守。山、陕饥民起事，见官兵即散，官兵退则又聚。崇祯帝认为，“寇”也是朝廷子民，可抚就抚。广西靖江王府，因争继位内哄。四川乡绅褒挟御史事发生。云南、贵州亦生民变。朝廷面临多事之秋，吴执御上疏说：现在朝廷每年收入四百万两，今天又加到七百万两，但仍缺额一百六十万两，朝廷仍觉粮饷不裕。吴执御认为，加派则害民，不加派则害兵。过去宁远、锦州兵变，袁崇焕集数百万金消解，耗费浩大。他认为沿边各城邑，应令吏部选补贤能，用本地钱粮训练本地土著，这个办法一实行，粮饷可以不取偿于司农，兵不借助于戍卒，当属方便可行之策。崇祯帝认为，钱粮留截本地，国税将从何而出？不听。不久，吏科给事颜继祖又谏减催科事，严遭斥责。此后，吏部考选官员，先看税粮能否完足，不问如何抚民。朝廷选官又专于催科。这一切都导致了明朝法制的明显变化。
崇祯帝于多事之秋，惟思急功近利，不思纳谏革弊，摧旧立新。山西提学佥事袁继咸上言曰：“养凤欲鸣，养鹰欲击。今鸣而箝其舌，击而绁其羽，朝廷之于言官，何异于此！使言官括囊无咎，而大臣终无一人议其后，大臣所甚利，忠臣所深忧，臣所为太息也！且皇上所乐听者谠言，而天下误以攻弹贵近为天子所厌闻，其势将披靡不止。”崇祯帝认为袁继咸是越职言事，痛加斥责。这时崇祯帝益加刚愎自用，不纳忠言，再也不像初登极嘁那样谦恭谨慎了。
崇祯后期，边关战事日紧，山陕农民起义日炽，全国灾荒频仍。在危难之中，崇祯帝还要经常游猎，性格也变得喜怒无常，苛责直言忠鲠之士，亲信重用佞俸之臣。为应付后金进攻，加强蓟辽边防，加派辽饷；为镇压农民起义，加派剿饷；为操练士马，再加派练饷。三饷负担已超过农民—之半，再加上其它京用杂项催征，百姓苦不堪言。荒年饥岁则人相食。以致朝野臣民均斥崇祯帝为暴主昏君！终于在内外交困之下，陷大明王朝于覆亡之地。
崇祯十五年（1642）十一月，左都御史刘宗周上言六事：一、建道揆，他认为京城是首善之地，先臣冯从吾曾建“首善书院”，请求迅速恢复，以表明朝廷致治之本；二、贞法守，太祖读《老子》，深知“民不畏死，奈何以死惧之”之理，立即焚毁锦衣刑具，要求一切诉讼，听法司决断，不必下锦衣，今应恢复此事；三、崇国体，大臣三品以上获罪应该让九卿、科、道会审后，交付刑法部门，依法收系，不可滥系无辜。即使在刑戮之时，也不能忘记礼遇之意；四、清伏奸，凡是朝廷收到匿名文书，请求立即毁掉；五、惩官邪，京城士大夫与地方官员交际愈多，奸巧愈深，要求臣属听到消息后，就马上弹劾告发。再遇中外官勾结之事，皇上要严断；六、饬吏治，他认为当今吏治腐败，如催科火耗、词讼赎锾，已成定例。至于营升谢荐，贿赂之风就更加厉害。请求严惩贪赃枉法，以清吏治。不难看出，刘宗周所言六事，活生生勾勒出崇祯末年明朝官场腐败，弊端丛生、风教败坏的黑暗政治概貌。崇祯帝对这六条建议虽深感痛切，但已无力回天。