石嘴山市是全国113个大气污染防治重点城市之一，属国家环境综合整治定量考核城市；市区为国家划定的二氧化硫污染控制区范围。从1998年开始，石嘴山市环境监测站在市环境保护局的大力支持下积极争取国家环保总局的支持，使石嘴山市列入第一批利用美国政府优惠贷款建设城市环境空气自动监测系统的行列。2004年1月1日石嘴山市环境空气自动监测系统正式建成并投入使用，城区环境空气由过去人工间断采样、实验室分析提升至全年365天、每天24小时不间断连续自动监测，实现了向社会公众发布环境空气质量日报和预报的目标。
2006年开始了城区环境空气质量预报工作，率先在大武口城区尝试环境空气质量预报，待总结完善后逐步推开。8月，市环境监测站在大武口、惠农区设置了3台智能降水采样器，实现了大气降水的自动采集，并具备了对降水中7种阴离子、4种阳离子进行分析测定的能力。
地表水能力建设
2002年，石嘴山市环境监测站作为黄河流域骨干站，被列入全国环境监测网络（地表水部分）能力建设项目中。争取黄河流域骨干站地表水能力建设项目资金154万元。其中国家拨款97万元，地方配套资金57万元。购置了气相色谱仪（国产）、原子吸收仪（进口）、离子色谱仪（进口）、便携式发电机（国产）和紫外分光光度计（国产等环境监测仪器设备。2005年申请中央环保专项资金240万元，更新、购置了四通道流动注射分析仪、双光道原字荧光光度计、便携式多普勒流速仪、高效液相色谱仪等大型分析仪器设备。2006年分析仪器设备陆续到位，市监测站及时组织进行设备的安装、调试、验收工作，使大型监测分析仪器设备尽快在实际工作中发挥作用。
应急监测工作
2005年，根据形势发展的需要，尤其是松花江水污染事件发生后突发性环境污染事故应急监测受到了社会各界广泛的关注。基于此，石嘴山市环境监测站对《石嘴山市突发性环境污染事故应急监测预案》进行了修改，并于12月30日将修改后的《石嘴山市突发性环境污染事故应急监测预案》呈报市环境保护局。《宁夏回族自治区“十一五环境保护规划》中提出要提高“三种能力”：提高环境质量监测和污染源监控能力加强环境监测、环境执法队伍的标准化建设，提高辐射安全监管水平，提高突发性环境事件的应急反应能力；健全与全区环境突发性事件分类相适应的应急监测技术装备和应急指挥中心，提高环境管理支撑能力；建设环境信息基础网络平台和环境数据传输网络系统，提高环境工程技术研发能力和环境宣传教育能力。在市委、市政府的大力支持下，石嘴山市环境监测中心大楼项目目前已进入实施阶段。经过努力，石嘴山市被列入2006年中央环保专项资金支持应急监测能力建设行列，争取到环境应急监测能力建设资金329万元。
当前，环境监测现代化建设的目标是：通过监测能力建设和环境监测站标准化建设，在地表水、空气、噪声、生态以及污染源监测等方面，形成自动监测能力；在污染事故处理方面形成快速反应的应急监测能力；在实验室分析方面形成准确可靠高精度的连续测试能力；在监测信息收集、储存、处理和使用方面，形成综合的网络共享能力。虽然近年来石嘴山市环境监测能力建设取得了很大的成效，但由于历史欠账较多，加之环境保护形势发展对环境监测的要求越来越高，与所承担的任务和责任相比，环境监测能力建设距环境监测现代化建设的目标还有不小的差距。
环保科技研发与实施
——环境保护科研机构
为有效控制全市各类建设项目的环境污染，石嘴山市于1999年3月成立了石嘴山市环境保护研究所。经国家环境保护总局对石嘴山市环境保护研究所机构及从事环境科技人员队伍专业知识的综合考评，于2000年1月向石嘴山市环境保护研究所颁发了《建设项目环境影响评价资格证书》。石嘴山市环境保护研究所自成立以来担负起了全市各类建设项目的环境影响评价工作，为石嘴山市的环境保护事业作出了贡献。截至2006年，石嘴山市环境保护研究所共承担了737个不同类型建设项目的环境影响评价工作。其中，报告表项目634个，报告书项目103个。
——石嘴山市环境科学学会
石嘴山市环境科学学会成立于1986年。学会自成立以来，先后举办了3期学术研讨会。形成了3期《石嘴山市学术活动优秀论文集》。学会积极组织开展了学术交流，对提高石嘴山市环境科技工作者的专业技术素质，推动石嘴山市环境科技的不断进步和环境保护事业的快速发展，促进全市经济的可持续发展作出了应有的贡献。
1986年7月，市环境科学学会与市环境监测站联合编制了《石嘴山市碳素厂扩建工程建设项目环境影响报告书》。2002年3月～10月，市科协、环保局、人事局、气象局和环境科学学会共同举办了大武口城区大气污染与自然环境的关系学术研讨会和工业强市与环保学术研讨会等活动。这些学术活动得到了本市环保工作爱好者的大力支持，共征集论文31篇。经市环境科学学会组织专家评审，共评出一等奖2篇，二等奖6篇，三等奖11篇，优秀奖9篇。2003年，市环境科学学会会同市科协、环保局和人事局共同举办了年度环保学术研讨会。共征集论文15篇。经市环境科学学会组织专家评审，共评出一等奖2篇，二等奖3篇，三等奖6篇，优秀奖4篇。2004年市环保局、人事局、科学技术学会和环境科学学会共同发出《关于围绕蓝天碧水工程开展环境与经济发展学术研讨会的通知》得到了本市环保工作爱好者的大力支持，共征集论文32篇。经市环境科学学会组织专家评审，共评出一等奖1篇，二等奖4篇，三等奖8篇，优秀奖19篇。这些论文是环保工作者对环境保护工作的实践和总结，在理论上具有科学性、先进性和创新性，在实践工作中具有显著的经济和社会效益，对于指导全市经济发展具有十分重要的现实意义。
——环境科学技术交流
第七个五年计划期间，采取请进来、走出去的办法，组织专家教授到石嘴山指导工作举办学术报告会。全市共举办学术报告会3场，交流环境科学论文10篇，举办环境科学学习班3期，参加人数100余人。1987年与沈阳电子研究所合作，完成了1中心站、3子站的大气环境地面自动监测系统的研制。该系统用微机网络控制无线电数传联系，采用世界先进自动监测仪器。经国家环保总局及自治区和本市科委验收鉴定，该系统达到国内先进水平。1988年与兰州铁道学院环境工程系合作，开展了制糖废水厌氧处理方法的探索研究，并与自治区地矿局水文地质总站合作，开展了大武口地区水文地质条件的研究。1989年组织了全区性的环境科学学术报告会，国内著名环境学家刘天齐教授应邀出席并作了报告，来自全区各地市县的有关领导和环境保护工作者听取了报告。1990年与清华大学环境工程研究所共同完成了由国家环保局下达的地方环境管理信息系统局部网络研究课题。同年12月，经国家环保局主持召开鉴定会，认为这项课题研究成果具国内领先水平，在区域环境信息的综合环境数据库设计，环境管理功能的模块设计，环境专用图形设计等方面达到了国际先进水平，在微机条件下进行多种地方环境信息的综合管理和综合应用方面达到了国际领先水平。1996年，为有效防止煤矸石自燃带来的环境污染影响，消化煤矸石，减少黄土制砖对土地资源的浪责，由石炭井矿务局投资1500多万元，新建了煤矸石砖厂。采用了法国的先进技术和设备，提高了煤矸石制砖的质量，扩大了煤矸石的用途。该项目的建设，符合国家墙体改造的政策，是综合整治的典型项目。2002年，组织召开了环保学术研讨会，编辑出版了《石嘴山市学术活动优秀论文集》，活跃了环境科学学术气氛，推动了石嘴山市环境保护技术的进步。
——环境科学研究成果
1986年，首次开展工业污染源调查，并编写了《工业污染源调查报告》。经国家、自治区、市级验收鉴定，认为这次调查符合国家及自治区的规定要求，污染源档案完整，数据采集、测试和计算方法正确，完整可靠，提交的报告内容完整、图件齐全阐明了石嘴山市工业污染源的现状及主要问题查清了石嘴山市的主要污染物，突出了本地区的特点，有针对性地提出了防治对策，为治理污染、综合利用提供了科学依据。这次调查获1988年石嘴山市科技进步一等奖。1987年协调石嘴山发电厂与石嘴山矿务局，对电厂粉煤灰充填矿区塌陷区的研究课题进行了开题前的准备工作。同年还开展了与自治区环保所合作的大武口铍污染现状课题的研究，该课题列入国家环保局“七五”科研计划。1988年，开展了大气环境地面自动监测系统河滨区4号子站的研究。该项目获自治区科技进步三等奖。同年，开始组建的传真信息系统，进入国家环保局全国传真信息网络，使环境监督管理及办公自动化提高到新的技术水平。同时，为解决石嘴山区人民遭受电厂粉煤灰污染危害，促进煤炭、电力工业发展，组织开展了对电厂粉煤灰充填矿井塌陷区并消除二次污染的试验、研究，并在年内开展小规模的充填实验。为使制糖废水有机污染问题尽快得到解决，与兰州铁道学院环境工程系合作，对制糖废水厌氧处理方法进行探索研究。1989年完成了对大武口环境中的铍污染、平罗糖厂制糖废水处理试验、大武口环境水文地质条件研究、大武口发电厂大气污染预断评价回顾研究等课题。同年又新开设了《石嘴山市环境规划研究》《平罗糖厂制糖废水处理试验》《石嘴山发电厂粉煤灰充填煤矿塌陷区试验》《对大武口发电厂大气污染预断评价回顾研究》4项研究课题。1990年，在中国环境科学研究院的指导和帮助下，完成了石嘴山市水环境综合整治规划研究课题。该成果经国家环保局预审和市科委鉴定，认为达到国内同类研究的先进水平，并且以其独有的特色，被选入全国水污染防治规划案例中。该研究成果是编制石嘴山水污染综合整治规划的基础，是推行总量控制与排污许可证制度的科学依据。同年，大武口地区环境水文地质条件研究课题也通过了市级鉴定。该研究是市环保局与自治区地矿局环境水文总站合作完成的。这项研究对城市的建设布局、经济发展、环境开发、合理利用和有效管理地下水资源，保护地下环境和防止地下水污染等具有重要的实际意义。由石嘴山酿造厂承担的粉水蛋白提取研究通过验收，并用于生产。该项目是化害为利、变废为宝的综合利用项目。同时已经立项的有宁夏伊斯兰地质工程公司造纸厂造纸废水净化处理及综合利用，平罗糖厂制糖废水厌氧处理研究。石嘴山磷肥厂含砷废水处理研究等科研项目也在研究试验之中。大武口地区铍污染现状研究课题也已进入尾声。1991年7月，石嘴山市地方环境管理信息局部微机网络、宁夏大武口地区环境中铍综合研究、平罗糖厂甜菜糖蜜酒精废水高温厌氧消化研究、石嘴山酿造厂粉水蛋白提取研究4个环境科研课题通过了由国家环保总局主持参与的成果鉴定。地方环境管理系统是我国环境管理中的创举，为我国环境管理系统的建立和在中小城市推广应用，提供了范例和经验；大武口地区环境中的铍综合研究得出了该地区环境中铍在其研究期间尚未造成危害的结论，很大程度上缓解了长期以来人们的恐铍心理；平罗糖厂甜菜糖蜜酒精废水处理提供了有效、可靠、实用的前处理工艺。1999年，开展了《碳化硅废气无组织排放研究》《石嘴山市煤质活性炭化尾气监测方法研究》两个课题的研究。2002年，开展了《石嘴山市水环境功能区划》工作，经过大量的水环境质量、污染源调查及在区域规划研究的基础上，完成了规划编制并通过了国家环保总局、环境规划院组织的验收。2003年，按照国家环保总局下发的《关于印发全国地表水和大气环境容量核定工作方案的通知》要求，开展了大气环境容量核定工作。在大量数据调查的基础上，经模型选取、反复运行、测算，历时10个多月时间测算出了全市大气环境容量，同时编制完成了《石嘴山市大气环境容量测算与核定》技术报告，顺利通过了国家环保总局、环境规划院的验收，并作为范本使用。通过环保科学技术的不断研发与实施，为石嘴山市城市规划、经济发展、资源利用提供了科学的决策依据，为蓝天碧水工程的实施奠定了科学基础。
“三废”及噪声污染治理
石嘴山市在污染治理工作中，贯彻执行“经济建设和环境保护协调发展的原则，以防为主、防治结合、综合治理的原则，谁开发谁保护的原则，谁污染谁治理的原则”，大力治理废水、废气、废渣及噪声污染。
——水污染治理
黄河石嘴山段的污染治理
黄河在石嘴山境内河段146公里，年接纳第三、四、五排水沟的废水近9亿立方米，其中95%以上为农田退水。黄河流域在石嘴山境内共有10个地表水系，水源污染最严重的为第三排水沟。入黄河水量最大的为第四排水沟，约占全市入黄水量的38%，主要接纳银川境内的废水。黄河石嘴山段的主要污染项目是生化需氧量、氨氮和挥发酚。对黄河石嘴山段的污染治理，主要是贯彻国家环境保护的基本国策，严格执行国家有关环境保护的法规，从严控制污水排放，加大排污企业的环保治理力度，按照国家规定淘汰污染严重的工业项目，最大限度地降低废水排放的污染程度。