二是回回名称的统一与习俗的汉化。如果说明代西域回回的入附，为回族的形成提供了人口基础的话，那么，明代回回名称的统一和习俗的汉化，则为回族的形成提供了文化基础。促使回回名称统一的重要因素除了元朝东来的回回人与中国社会结合，广泛参与中国的政治、经济和文化建设这个因素以外，元朝回回人与中国各民族通婚也是一个重要因素。进入明朝以后，明初的国策更进一步推动了回回人名称的统一和回回人的汉化。明初在《大明律》卷六中明文规定：“凡禁蒙古、色目人听与中国人为婚姻，不许本类自相嫁娶。违者杖八十，男女入官为奴。”这个政策的推行，旨在控制蒙古人和色目人的认可，“恐其种类日滋也”。这一诏令，实际上不一定能完全执行，但却为回汉通婚增加了便利，有利于回回人口的增长和进一步“汉化”。对正在形成中的回族来说，却使得更多的中国本土民族融入回族之中。东来的回回人的大分散、小聚居的居住特点，使回族处于与汉族人民的交错聚居之中，经济活动、文化生活、社会交往等，无不与汉语、汉字、汉文化有关。与中国各民族交往，采用汉姓、汉语，掌握汉文化，成了回回人生存的基本手段。明初，朱元璋曾一度禁止中原的蒙古人、色目人随意更改姓氏，“以严夷夏之别”。明初诏令“复衣冠如唐制”，“胡服、胡语、胡姓一切禁止”政策的推行，起初主要是针对元朝以来汉族习俗的胡化，而蒙古、色目人则不得更易姓氏，否则会“昧其本源”。但明朝在结束了“百余年胡俗”的同时，却无法避免蒙古、色目人更易姓氏，晋身显耀。明代回回人姓氏的汉化，大致有皇帝赐姓和回回自改两种情况。皇帝赐姓主要有两种方式：皇帝赐以国姓；皇帝赐以民姓。回回人自改汉姓有下列几种方式：直接使用汉姓、汉名；将回回名中的任意一字用为汉姓；将定居地用为姓氏；改信伊斯兰教的汉族将汉姓带入回族姓氏中。
三是居住特点的定型与共同心理素质的形成。元朝回回人形成的大分散、小聚居的特点是与回回人东来的过程和特点分不开的，经元末的长期战乱，这种大分散的趋势已无法改变。明朝回回人又经历了一个大规模迁徙的过程，终于使回族大分散、小集中的居住特征趋向定型化。通过明代不断的迁徙、组合，明代在全国范围内业已形成了五个较大的回回人聚居区：西北聚居区、云南聚居区、中原聚居区、华北聚居区、江南聚居区。从回回人聚居的具体地方看，由于明代回回人口增加，朝廷的大规模移民，商人的流动以及回回官员的宦游，形成了城市和农村回回聚居点的扩大。回回人的心理素质是在中国社会文化环境中逐步形成的。元朝回族先民以小聚居的形式组成了自己的社区，修建了清真寺，建构起了伊斯兰文化的生存土壤。因此，他们虽然大分散在中国各地，因为有了社区这个文化土壤的存在，回族先民避免了被汉文化的同化。元代东来的西域各民族，来自不同的国度，操不同的语言，本身既有差异，又有共同性。在中国的社会文化环境中，经过一个民族的分化和聚合、文化的选择和认同、心理的变异和适应的过程，到明代逐步走向成熟。原先东来的族群和族称，这时逐渐为回回这个族称所取代，这是一个自然的过程，也是一种选择的结果。这个结果并不只是停留在形式上，而是在明代这个新的历史大舞台上，由于明朝政治制度和社会文化环境的催化，使得这种共同的文化认同形成并约定俗成。尽管这种心理素质的萌芽在唐宋时期穆斯林或早期回族中就已初步形成，但这种建立在共同文化认同基础上的共同心理素质只有在明代汉文化认同的基础上才可能完全彻底地建立起来。这是一种以宗教感情为基础和纽带，以弱小民族生存现状为可能而形成的，因而这时的回族人已分不出其先祖是阿拉伯人、波斯人、蒙古人或汉族人，因为他们已拥有统一的、规范化的、能够共同认可的一系列严格的信仰、生活习惯、风俗礼仪，而这些统统构成了回族人民共同的心理素质外化的基础和内容。于是，“回回见面三分亲”“党护族类”“行费居送，千里不持粮”“同类相遇则亲厚”“固守其俗终不肯变”，如此等等，都是对回族共同心理素质外在表现的客观描述。而这种共同的心理素质尽管在不同地区、不同人的身上表现程度不同，内涵也不尽一致，但却有着坚固的稳定性，至今不衰。
四是明朝的政治、经济和文化环境与元朝比较已大不相同。如果说由于蒙古贵族入主中原使一些回回人在政治、经济和文化等领域获得了一些相应优待的话，那么到明朝则不同了。从政治上看，回回在政治舞台上的参政角色减少许多，先前在元朝时的那些政治优待没有了，回回人必须通过科举考试，才能跻身政治舞台；在经济上，明初禁止私船下海，自唐代发展起来的海外贸易受到一定的遏制，迫使长于海外贸易的回回商人不得不改从他业以维持生计；在文化上，明朝加强中央集权，推行文化专制主义，禁胡服、胡语、胡姓，禁蒙古人、色目人自相嫁娶，推动了回回人与中国各民族的进一步交往，加速了回回人与中国本土民族的融合。如果说元代的政治环境为东来的回回打开了深入中国社会之门的话，那么，明代的政治环境则更进一步推动了回族先民与中国社会结合的最终完成。
五是教坊制度的发展。明代在回族聚居区出现了教坊组织，教坊组织的职能与唐宋时期的“蕃坊”、元代的“回回哈的司”有着明显的区别。首先，教坊只管理回族穆斯林的宗教活动和民俗、教育活动，不涉及行政、刑律、赋役等，而“蕃坊”管理的范围包括教务、诉讼、税收、招商等，是带有政教合一的侨民社团性的组织。其次，教坊往往以一个清真寺为中心，其范围相当有限，“蕃坊”或“回回哈的司”范围很大，一个城市一般只有一个“蕃坊”或“回回哈的司”。教坊的管理，由坊内群众推举有名望的“乡老”为社头（堂董、学董）组成“伊斯力”（董事会）等管理机构，负责天课财务、寺院修建、延聘阿訇、兴办经堂教育、筹建回民公共墓地等有关民族、宗教集体事业。坊内的穆斯林，除当地基层行政机关在行政、司法、赋税、差役对其进行管辖外，其他一切婚、丧、礼、庆、生辰、节日等民俗、宗教活动以及不触犯刑律的民事纠纷调解，均由教坊安排和仲裁。教坊制具有以下一些特点：第一，清真寺内逐步形成三掌教制，由阿訇（掌教）、穆安津（宣礼员）、海推布（掌教法）分掌权力。第二，以格迪目的“凯俩目”认主学为基本教义，但也融合某些苏非主义和汉儒的观点，形成具有地区特色的理论体系。第三，每个教坊都是独立的，各坊互不隶属。第四，坊内教众通称“高目”（教民），不分贵贱，一律平等。
六是经堂教育的创建。从伊斯兰教传入中国到明朝中叶，穆斯林的宗教教育主要依靠家庭教育，以家传口授的方式进行。但这种教育方式缺乏组织性和系统性，其教育作用和社会效果远不能适应中国伊斯兰教形成和发展的需要。随着回族穆斯林使用汉语言进程的加快，回族穆斯林人口的增加，多数穆斯林已无法读懂阿拉伯文、波斯文的经籍。而当时尚无汉译经籍，传统的家庭教育方式已无法完成传承伊斯兰文化的功能。由此，宗教衰微，对信仰和宗教生活日趋淡漠的现状严重。这种现象说明，回族伊斯兰教的语言载体已丧失，文化传承机制有中断的趋势。回族社会必须在汉语言文字的平台上，恢复文化传承机制。与此同时，明朝后期中国传统理学的登峰造极，伊斯兰教的生存和传衍发展面临深深的危机。在这种形势下，一批回族穆斯林的有识之士积极探索振兴伊斯兰教的途径。明嘉靖、万历年间，陕西咸阳渭城人胡登洲，首倡伊斯兰教经堂教育，用“经汉并授”的方式，解决当时回族穆斯林读不懂阿拉伯文、波斯文经典的问题。胡登洲率先在家中招收弟子，自己供给，自己培养。后由其二传弟子“兰州马”将教育的场所转移到清真寺，经堂教育的教育模式开始定型推广，此后，迅速影响到全国其他回族地区。一些地方，如山东、云南、甘肃、河南、河北、江浙、湖广等地都兴起了较大规模的经堂教育，并因各地的不断探索、创新，在教育方式上又逐渐形成了陕西、山东、云南等地各有特色的教育学派。
七是汉文译著活动有力地推动了伊斯兰教的中国化，为回族的最终形成奠定了坚实的文化基础。经堂教育的开展，直接促使一批学通四教（儒、释、道、伊）的穆斯林学者脱颖而出，他们在经堂教育普遍开展的基础上，开始汉文伊斯兰教的译著活动。所谓“汉文译著”，就是用中国汉文化的思想术语，译著伊斯兰教经典和著作。由于译著者都是学通四教的穆斯林学者，且多用中国当时盛行的宋明理学来阐述伊斯兰教基本教义，所以又有人把它称做“以儒诠经”活动。汉文译著活动从明末清初穆斯林学者王岱舆（1570—1660年）开始，至清代达到高潮，前后持续了200余年。其间出现了一大批著名的伊斯兰教学者和对中国广大回族穆斯林影响深远的汉文伊斯兰教著述，为中国伊斯兰教的本土化、民族化奠定了深厚的理论基础。经堂教育制度的创建和汉文译著活动的开展是回族历史上的民族文化自觉，它有力地促进了伊斯兰文化和中国传统文化的有机结合。
八是教派和门宦的出现。中国伊斯兰教同世界各地的伊斯兰教一样，也有众多的教派和支派。以回族（也包含东乡族、撒拉族、保安族）为代表的内地通晓汉语的穆斯林，有格迪目、伊赫瓦尼、西道堂三派和虎夫耶、哲赫忍耶、嘎德忍耶、库布忍耶四个大的“门宦”教派及其众多支派。上述中国穆斯林派别的形式是中国封建社会特定历史条件下的产物，它们的由来和发展，有其深刻的社会根源和思想根源。就是说中国伊斯兰教的派别是国外不同教派思想传入后，与我国穆斯林聚居地区的实际相结合，并吸收中国文化的内容和传统习俗，经过变革而民族化的结果。它呈现出中国民族的风格和特质。尽管中国穆斯林中教派林立，或源于外来的中东地区，或带有中国历史、地域、民族、文化的诸多影响，自立门户，见解纷纭，都拥有一定的群众基础，且盘根错节，纵横交替，偶尔不免发生矛盾冲突，但千百年来，无论国内国外，伊斯兰教作为国际三大宗教之一，其根本信仰的总纲或大方向，则普遍公认相互一致，迄今没有任何穆斯林远离或否认。
上述八大重要事件，使明代成为回族最终形成的时期，也是伊斯兰教中国化最终形成的时期。这一过程使回族已不是昔日的阿拉伯人、波斯人、西域人或被迫东迁的回回人，也不是归附了回回的汉人、蒙古人，而成为了一个有别于汉族，但又产生于汉文化圈之内，有着独特风格的新型民族共同体。
与明代相比，回族在清朝的政治处境更加复杂，政治地位明显下降。清代统治者是从东北地区积蓄力量起家的。东北地区的回族居民为数甚少，帮助清廷开国的“功臣”中几乎没有回族人。这种情况，与明太祖朱元璋开国时有很多回族将领相比较，截然不同。清统治者入关之后，回族散居各地，不同程度地卷入了反清斗争，西北回民更以拥戴朱明后裔相号召，打出了“反清复明”的旗帜，引起清统治者极大震动。因此，清廷对回族采取防范、控制的态度。清统治者在政治上对回族上层人物的科举入仕，不加以任何特别的限制，为清朝统治服务。清朝既把回族归于自己直接统治，便希望回族上层与汉族地主阶级一样，加入其政治体系，扩大其统治基础。清朝统治稳固之后，回族入仕者甚多。但统治者又从法律上和政治上制造回汉间的歧视。清朝的官府文书，多以“民回”并称，以表示回与一般平民有别，更恶劣的是一些官府文书上把“回”字加以“犭”旁，以示回回“不侔于人类”。在法律上，三个以上的回回持兵器走路，要罪加一等。流徙罪普通犯人可以申请留养，回回则不得申请，并且还规定流徙地点不得在甘肃等回回聚居的地区。对于回回的施刑、定罪也要较一般犯人重。回回罪犯刺字是刺“回贼”二字，以示对整个回族的侮辱。这种民族歧视和压迫成为以后西北、西南地区回族大规模反清运动的主要原因之一。自19世纪50年代至70年代，回族人民持续不断的反清活动，其实质是反对民族压迫、争取民族生存的斗争。在清王朝的残酷镇压下，历次回民起义基本上都以失败告终，但它一方面锻炼了回族人民，另一方面也有力地配合了汉族等其他各族人民的反清运动，增加了各族人民的团结和友谊，沉重地打击了清王朝的封建统治，从而加速了清王朝的灭亡。
近代以来，帝国主义列强的坚船利炮打开了中国的大门，面对处于水深火热之中的国家和人民，许多回族有识之士痛切地指出，列强欺凌、杀戮中国人的时候不会区别谁是哪个民族，因此，国人一定要努力化除民族和宗教界限，团结起来，一致对外。1921年7月23日，伟大的中国共产党诞生了。中国共产党宣布了自己的民族政策，它反对任何形式的民族压迫，主张国内各民族一律平等，并把解决国内民族问题当做整个中国革命的一部分，把领导与帮助各少数民族的解放事业作为自己的责任。回族人民和她的先进分子开始懂得中国共产党是回族人民的真正解放者，回族人民在党的领导下，与汉族及其他各族人民团结一致，共同进行革命斗争，这是得到彻底解放的唯一道路。随着党所领导的人民民主革命的深入，党的组织在各地回民中开始建立和发展，党的事业在回民中生根发芽。由于陕甘宁边区革命根据地的创立，1932年党在甘肃省正宁县龙嘴子建立了第一个回民自己的红色自治政权，1936年在今宁夏地区建立了陕甘宁省豫海县回民自治政府。从五四运动到抗日战争，回族人民在党的领导下，不仅找到了本民族解放的正确道路，积极参加了党领导的各项艰苦斗争，而且党的事业也在回民中产生了巨大的影响，培养了一批回族干部，为后来回族人民参加抗日战争、解放战争，取得彻底胜利准备了思想和干部方面的条件。抗日战争爆发后，各地回族人民积极投入救亡洪流。为了维护祖国的统一、独立、主权和尊严，回族以极大的爱国热情与汉族同胞紧密团结，以自己特有的智慧和品格，勇于牺牲的精神，在抗日战争中立下了赫赫战功，谱写了一曲精诚保国的篇章。回族抗日是回族在反对外国侵略斗争中规模最大、时间最长、范围最广、立场最为坚定的一次空前的民族解放战争，也是回族史中最为光荣、最为自豪的历史。