大朝会过后，赵昺除了出席必要的仪式外，便重新投入工作。他要赶在月底完成军改的初步方案，交由宰执们讨论、完善，并为征募新军最好前期准备，因而他将一切可利用的时间投入起草军改方案之中。据他所知宋军在立国之后也经历数次改革，但万变不离其宗，作为宋朝的武装力量主要由禁军、厢军、乡兵、蕃兵构成，此外，还有土军和弓手。
禁军是中央军，包括皇帝宿卫军和征战戊守部队，分别隶属三衙。其任务是卫皇宫、守京师、备征战和屯戍边郡、要地；厢军属地方军。名为常备军，实是各州府和某些中央机构的杂役兵。受州府和某些中央机关统管，总隶于侍卫马罕司、侍卫步车司。主要任务是筑城、制作兵器、修路建桥、运粮垦荒以及官员的侍卫、迎送等。一般无训练、作战任务。
乡兵也称民兵。是按户籍丁壮比例抽选或募集土人组成的地方民众武装。平时不脱离生产，农闲集结训练。担负修城、运粮、捕盗或协同禁军守边等任务；蕃兵是北宋西北部边防军，由陕西、河东与西夏接壤地区的羌人熟户部族军组成，诸部族首领被封军职率部族军戍守边境；土军和弓手属地方治安部队，原为吏役，轮差民丁充当，后改为雇募民丁，隶属于各地县尉司和巡检司。
宋朝武装力量有步军和马军两个军种，水军和炮军附属于步军。其编制为厢、军、营(指挥)、都四级。厢辖十军，军辖五营，营辖五都，每都百人。各级统兵官分别为：厢都指挥使、军都指挥使、军都虞候，指挥使、副指挥使；都头或军使、副部头或副兵马使。指挥是禁军基本的建制单位，调动、屯戍和作战常以此计算兵力。厢军和乡兵、蕃军编制与禁军相同。
宋朝武官有阶官和军职之别。武阶官是表示官员等级、确定品位和俸禄而无实际职掌的虚衔，升迁称转官或转资。军职为官员所领的实职，其升迁称转阶级。禁军、厢军的军官称渭：三衙长官至厢都指挥使称都校，军都指挥使至都头称将校，军头与押官称节级。都校升迁无定序，将校和节级升迁，通常三年一次。军职升迁的同时阶、官也随之升理相应品位。而节级内的升迁，多以军功、武技或分绩为条件。
宋朝兵役主要实行募兵制。规定诸路募兵由长吏或都监施行，以“兵样”或“木挺”为标准，选壮健者充禁军，其短弱者充厢军。招募对象多为灾荒饥民，并实行灾年招募饥民为兵的养兵制度。此外还鼓励营伍子弟接替父兄当兵，或以罪犯充军，兵源缺乏时，也抓民为军。一经应募终身为伍，家属可以随军，一般六十退役，其衣粮供给减半。阵亡军士家眷有抚恤，伤残也有安置的规定。。
为适应募军制，宋军实行拣选制度淘汰老弱，每年春秋按上、中、下三等标准进行训练考核，壮健有武技者，可由厢军升禁军，武技出众者，优给赏物，可补阙阶官。武技不及下等者，马军降为步军，又不及降为厢军。老弱者或陈低级别，或削除军籍，或降充剩员和供军中杂役。
宋朝初级武官的来源，大部从有战功的军士巾提升；少数通过武学培养和武举选任。武学学员来自末授职的使臣、荫补子弟、京官保荐的平民。学习诸家兵法、历代战例及骑射等武艺。武学、武举三年一试，合格者按等第授官，武学不合格者，续学次年再试，三试不合格者除其籍。
宋军是职业军队，理论上不应再有平时、战时编制的区别。但是实际上这套编制在战时运转并不理想，中期的范仲淹和神宗朝都对兵制进行过调整和改革。南渡之后，高宗在颠沛流离中匆猝建军，重新将‘军’作为独立战术单位，把原来的‘将’组编为若干个军，设统制或统领为军指挥官；又按照战略防御方向将军组编为若干个大军，设都统制或护军为统帅。当下行朝的军队基本上是依此例运作，但是已经不大适应形势。
古代军队不象现代军队那样有完整的军兵种划分。随着作战武器以及作战方式、作战地域的变化，才逐渐分离出一些专业化的部队，具有一定的兵种性质。一般有车、步、骑、舟四大兵种。两汉以后车兵消亡，主要是步、骑、水军三大兵种。不过中国古代军队主要不是按照兵种来编制和指挥的，而且也从来没有形成陆、海并列的两大军种体制。
后历代步兵一直占了军队的绝大部分编制。建制步兵种类繁多，但一般依然保持着秦代这两大类区分，也仍旧实行混编。唐代的步兵也有以格斗见长的“奇兵”（机动队）和“跳荡兵”（突击队）以及发射武器为主的“弓弩兵”。值得注意的是古代步兵往往主要是依靠发射类武器进行战斗的，尤其是宋代军队中发射武器的步兵要比格斗步兵多得多……
赵昺以为宋军的体制以现代的眼光来看也并非一无是处，职业兵制度、轮戊制度、文官主导军事及武举制度都与现代的军事制度和思想相合，但是由于时代的局限性和封建专制的需要有许多方面还不够完善，使得有些缺陷是难以克服的，从而严重的影响了军队的战斗力。
对于如何改革，赵昺觉的不必全面推翻当前的军制，而是根据自己现有的经验进行调整和细化，从而达到完善指挥系统，提高军队的反应能力和训练水平，向着专业化发展。并优化军兵的待遇和升迁渠道，提高军队的士气，进而使战斗力得到提升。
革新必定是从顶层设计开始。掌握军权是维护专制和统治的基础，赵昺当然不能松手，而是要进一步的加强控制，不用问他就是军队的最高统帅。因此无论是军政和军令两个部门都要在自己的绝对领导下，没有他的命令谁也不能妄动一兵一卒。而在其之下是由左、右相及宰执们组成的专门委员会，对军队的大政策进行指导和调动，其次才是军政和军令两个负责执行的部门。
军政军令不分开的一个直接后果是，军人晋升最主要的绩效考核应该是考察其对部队的战斗力提升有何贡献，如果军政军令不分开，那么掌握军政军令大权的人就可以对一名军官这方面的能力给出一次性的评估，拥有“生杀予夺”的大权。这就使各位官兵们的前途几乎完全仰赖于这些军政军令大权集于一身的长官。
军政军令职能分开后，部队的行政管理由行政首长负责，而官兵们作战能力如何，对部队战斗力的提升有多大贡献则由军令部门来评估，它就不会是一个长官说了算。这样一来，不同的评价体系不同的评估系统的使用，不仅对于官兵们的考核更全面，对官兵们的晋升也显得更公平，也避免了依附某一军将，形成团团伙伙的现象发生。本着军政管训，军令管战的原则，必定也要对兵部和枢密院的责权进行调整。
兵部在宋朝是个十分尴尬的部门，前期职事为枢密院、三班院所分，只剩下掌管仪卫和武人科举。元丰改制后，兵部的状况也没有多大的改观，职权没有增加多少，兵政仍总于枢密院，武官铨选除授归吏部。本部只掌民兵、厢军名籍、蕃官加恩及领所属司局。故有了名存实亡之讥、冗职之议。
按照赵昺的构想，对兵部现有的职能进行调整和充实，其基本职能是：统一管理全国的武装力量，包括对禁军、厢军、蕃军和乡兵征集、编制、装备和基础训练，以及军工产品的生产和调配，军兵的品级和薪酬的评定、任用和处罚。分管战区的筹建和人员的调配，及都作院、军牧场、军医院和军法院。但是仍然没有实际的军事指挥权。
兵部的职能发生了变化，因而除隶属于尚书省管理外，还直属皇帝双重领导。兵部仍由尚书领导，但是与主管军令的枢密院级别相差两级，难以体现平行管理，于是赵昺将兵部尚书的品级由从二品提高到二品。兵部原有四司：兵部司、职方司、驾部司、库部司，分别执掌兵部事务。后赵昺又将分属工部和枢密院所管的有关军事的驾部、车部、库部、都作院等曹监皆归兵部所辖，已经为此打下了基础。
赵昺这次要对兵部做出重大的调整，通过增减将无关的曹司调整出兵部，而有些要调整到兵部管辖。过去的兵部司相当于办公厅，负责协助主官工作，过去只有一个郎中充任而已。这次要予以增权扩充，将此前由吏部掌管的军官升迁、磨勘、变动、资任和考课转由兵部司管理，有关军人的征募、兵籍和管理全部由兵部承担，这就相当于现代的总政了。
职方司的职责是掌受诸州所贡图经和总诸州图，绘制全国总地图，以周知天下山川险要。后又加掌州县废复、四夷归附分属诸州及全国地图与分路、分州地图，以周知全国版图及城池、堡寨、烽候之数，也就相当于总参测绘总局，赵昺将此司调整出兵部，归于枢密院。
库部司原有职责是掌军器、仪仗、卤簿、随军、防城什物及供帐之事，也就是皇帝出行时当跟班，充当仪仗队和辎重队。驾部司同样是干的原来太仆寺的活儿，赵昺以为让兵部管理这两司纯粹是给闲的没事干的兵部找点儿活儿，于是将库部司和驾部司全划归礼部管理，坐实兵部管理兵事的职责。
在剔除不必要的司局后，赵昺预备在兵部设立步军司、水军司、骑军司和炮军司和兵部司、辎重司、兵役司共七个主要部门。将处于从属地位的水军提高到军种地位，而现在火器使用还处于初级阶段，可以说仍未脱离冷兵器阶段，为了尽快推广火器的使用和提高训练水平，他觉得有必要将其从兵种提高到军种的地位。
步、水、骑、炮各司的主要职责是分管所属军种的管理和训练，制定军种操典和训练计划、考核标准；兵部司主管军队的人事、组织工作，制定相关律例、惩处违法、违纪军兵；辎重司则主管军工生产，粮秣、甲仗、军马的调集和分配，军医院和驿站的管理；兵役司则是主管兵丁的征募和新兵训练，及退役军兵的安置、伤亡兵丁的抚恤。
在官员设置上，赵昺仍以兵部尚书为首官，设左、右侍郎协助主官分管七司，并根据情况在司下设房、案等下属机构，任命相应的官员。尚书不用问仍是士人担任，但是主管军种各司则由有军职者担任，而主管侍郎也必须是军将出身，其它事关后勤的三司则根据情况由士人或是武人担任。
对枢密院的改制其实最让赵昺头疼，这个部门长久以来在朝中占据着重要的地位。其与中书省有东、西二府之称，“掌兵籍，虎符”，若得皇帝的批准，有调动兵马之权。枢密使的地位略低于宰相，与参知政事、门下侍郎、中书侍郎、尚书左丞等统称为“执政官”。而宋代的枢密使地位抬得这么高，权力这么大，其原因是与当时国内外的阶级矛盾、政治形势有关。
宋时阶级矛盾一开始就相当尖锐。北宋初年就发生了王小波、李顺起义。在边境，又有契丹、西夏等少数民族政权的并立，形成边防的紧迫局势。内忧外患使得宋王朝需要一支相当庞大的军队，方能抵抗少数民族的入侵和镇压国内人民的反抗，因而，就需要一个强有力的机构来管理这支军队，这就是宋代设立枢密院的原因……