这个问题因骑士团国家1525年世俗化和成立普鲁士公国而显得尤为突出。新建的普鲁士公国作为波兰的附属国不能仅仅体现在形式上。国王要求普鲁士各界在普鲁士的两部分地区，即王属普鲁士和普鲁士公国，尽快解决货币问题。国王建议依照自己的秘书尤斯图斯·德茨尤什在1526年编制的方案进行改革。德茨尤什在《论货币铸造》一文中建议发行一种新的、更好的货币，这种货币可同时给国王和向造币厂提供银子的人带来收益。德茨尤什并不主张收回老的、贬值了的货币。他提出了一个同哥白尼相反的定律，即良币将会从市场上驱逐劣币。他还建议在波兰、立陶宛和普鲁士统一货币的重量、成分和规格。他认为，普鲁士可以拥有自己的造币厂，但应该是托伦造币厂，而不是格但斯克造币厂。德茨尤什的方案不同于哥白尼的建议，但它更适合于中世纪的货币理论。它不像哥白尼的主张那样富有远见，它却赢得了齐格蒙特·斯塔雷国王和许多宫廷大臣赞同。1526年，国王在格但斯克出席普鲁士各界代表大会时，介绍了德茨尤什提出的货币改革方案。同年7月17日，国王对王属普鲁士发布指示，宣布要对普鲁士货币实行改革，以便使它同波兰本土的货币统一起来。从此，王属普鲁士的货币就由格罗什、谢隆格和迪那里构成，它们也通用于普鲁士公国。
这项改革在普鲁士各界引起争论，并对它提出许多质疑。作为德茨尤什方案的主要批评者尼古拉·哥白尼被请到格但斯克参加会议，并请他在会上发了言。7月18日普鲁士各界给德茨尤什寄了一封辩论信，对他的理论提出了不同意见。哥白尼希望能在普鲁士保留谢隆格，因为它是普鲁士具有悠久历史传统的货币。这封信重述了哥白尼的主张：在每枚货币上都刻印上国王的形象、用拉丁文书写的国王名字和其他一些有关标志。在每枚谢隆格上，建议刻印波兰王国国徽和有关的拉丁文字；而在货币的背面刻印普鲁士地区的徽记。通过这种办法强调普鲁士地区从属于波兰国王。在和德茨尤什进行辩论的同时，哥白尼要求他参与讨论普鲁士货币改革问题。
有两年时间，德茨尤什一直在回避对普鲁士货币改革方案进行深入讨论。而在普鲁士各界代表大会上和普鲁士公国里则展开了热烈的讨论。当改革的各种反对派被说服后，普鲁士两部分地区一致决定：为普鲁士两部分地区所设计的新的共同货币方案将提交1528年3月16日在埃尔布隆格召开的各界代表大会进行讨论。费贝尔主教建议瓦尔米亚神甫会派出最熟悉货币事务的代表，即尼古拉·哥白尼神甫、扬·费贝尔神甫和费利克斯·赖希神甫参加大会。哥白尼没有参加这次会议。这次会议也没有就这一问题作出任何有约束力的决议。会议最后决定把这一问题提交给将于1528年5月8日在马尔堡举行的贵族代表大会。德茨尤什宣称将把自己的新方案提交这次代表大会。
费贝尔主教非常关心的是，这次贵族代表大会不能没有最杰出的普鲁士货币事务专家尼古拉·哥白尼参加。3月份瓦尔米亚主教就将哥白尼召到自己在利兹巴克的官邸，和他协商关于这个问题的立场。为了与主教进行这次会见，哥白尼准备了自己《论货币的铸造》一文的第三稿。这一稿包含了和德茨尤什方案的辩论内容，也有对货币改革理论的广泛阐述。这部著作为哥白尼赢得了巨大声誉，并作为革新派经济论文的范例载入史册。瓦尔米亚主教指示神甫会派哥白尼以主教顾问的身份参加马尔堡贵族代表大会。赖希神甫也参加了哥白尼与主教在利兹巴克的会见，他想从哥白尼那儿获得更多有关新货币理论的解释。
哥白尼积极参加了1528年5月8日在马尔堡举行的王属普鲁士贵族代表大会。骑士团普鲁士的代表也参加了这次大会。5月14日，哥白尼被选为代表大会专门工作委员会成员。普鲁士两部分的代表，以及格但斯克和埃尔布隆格的造币匠也参加了这个工作委员会。委员会主要讨论了淘汰旧货币的方法，以及按照国王指示铸造新货币的样式和大小问题。经过一周讨论达成了协议，代表大会根据这一协议通过决议，停止使用希维德尼察的劣币，暂时先在普鲁士公国停止流通。
哥白尼货币改革理论的主要反对者尤斯图斯·德茨尤什在7月下旬来到托伦参加贵族代表大会。应会议参加者的请求，7月22日他对当时讨论和提出的各种方案作了总结，对哥白尼改革方案的重要内容也做了介绍。哥白尼的最新改革方案提出：——在“先进公民”中展开讨论，以便使他们在具有广泛代表性的大会上一致通过货币改革决定；——取缔现有的多种造币厂，代之以一家造币厂为整个地区铸造货币；——发布禁令，禁止在商业活动中使用旧货币，并把它撤出流通领域；——用每磅纯银铸造20个格利夫那，每个格利夫那等于20个格罗什（旨在使普鲁士货币和波兰货币相平衡）；——确定发行货币的限额；——同时发行所有类别的新货币。
哥白尼的方案表达了主张彻底进行货币改革和进行重大经济改革的人们的愿望。投票支持哥白尼方案的是那些期望统一普鲁士两部分地区货币制度，并进而与波兰货币制度也进行统一的人。他们希望通过统一货币制度来加强和共和国其他地区，尤其是和波兰本土的经济联系。哥白尼改革方案的基础是重新调整货币价值，即提高普鲁士货币的价值及其购买力。方案设计者预计，旧币拥有者在兑换新币的初期将会蒙受一定的损失。哥白尼预言，蒙受的损失将会在短期内得到补偿。他也考虑到改革可能给社会最贫困阶层带来的后果，并得出结论：改善货币最终也会给农民带来好处，因为他们也将按较高的价格出售自己的农产品、牲畜及其他东西。相互的买卖关系会使货币的相对价值得到稳定。
哥白尼在确定新货币单位时，想借鉴匈牙利金币，即杜卡特，这种货币在波兰也流通。一枚杜卡特等于40个格罗什，即两个普鲁士格利夫那，内含十分之一磅银。通过这种方法就可使普鲁士货币与波兰货币达到统一。货币应该成为国家内部的黏合剂，成为普鲁士和其他地区统一的促进因素。哥白尼计划使新的普鲁士货币在全波兰市场上处于同波兰本土货币及立陶宛货币平等的地位。在设立新造币厂问题上，哥白尼提出了可供选择的两种方案：或者为两部分普鲁士只建一家造币厂，或者每部分各建一个。按照第一种方案，两部分普鲁士地区的共有货币上，一面是王属普鲁士的徽记图案，另一面是骑士团普鲁士的徽记图案，而两种徽记的上方都刻印上王冠，象征波兰国王至高无上的权力。按照第二种方案，货币的一面是普鲁士地区的徽记图案，另一面是波兰国王的头像或者波兰国徽。这清楚地说明，哥白尼认为自己既属于波兰，也属于普鲁士。
7月23日，德茨尤什介绍了自己的和其他一些人的货币改革方案，其中也包括哥白尼的方案。然后普鲁士各界代表通过了关于造币章程的决议。大会最后授权德茨尤什来执行这一章程。不过，哥白尼的一些改革主张也得到实施。哥白尼关于统一全普鲁士货币制度的主张被采纳了，在托伦设立了一个既为王属普鲁士，也为普鲁士公国服务的造币厂。根据哥白尼的主张，通过平衡迪那里和格罗什，以及其他几种货币单位之间的价值关系，使普鲁士货币制度溶入了波兰的货币制度。以1526年彼得库夫议会通过的波兰本土货币的含金量标准为基础，确定了新货币中的贵重金属含量。按照马尔堡贵族代表大会通过的决议，王属普鲁士加入了与波兰的货币联盟，紧接着普鲁士公国也效法王属普鲁士加入这一联盟。哥白尼的其他一些主张则未被采纳，使得这次改革具有不彻底性。
同哥白尼提出的主张相反，大会认为造币业应该继续为当权者带来收入，为此并没有把所有旧币都撤出流通领域，但仍可流通的只限于1521年以前铸造的旧币。抛弃了哥白尼提出的保留谢隆格作为普鲁士传统货币的方案，用波兰的格罗什取而代之。后来发现这确是一项好措施，它使普鲁士的货币制度和波兰本土的货币制度更加紧密地结合在一起。
部分失利并未使哥白尼气馁，他仍然为实施改革而奋斗，尽管改革并未完全按他的主张进行。1529年2月14日至17日，哥白尼参加了在埃尔布隆格举行的贵族代表大会，会上讨论了撤消旧劣币方式问题。这些旧劣币还需要再流通一段时间，因为托伦造币厂不能立刻造出大量的新币进行替补。这次代表大会通过了撤消旧的普鲁士迪那里的决议。哥白尼从那时起就不想再使用旧币，他请求费贝尔主教给他寄些新的普鲁士迪那里。瓦尔米亚主教仍认为哥白尼是最杰出的货币问题专家，在这些问题上不听取哥白尼的意见就不会作任何决定。1530年10月底，他派哥白尼为代表参加了在埃尔布隆格召开的王属普鲁士代表会议。国王的秘书和顾问德茨尤什以及阿尔布雷希特大公的使臣都参加了这次大会。大会的宗旨是确定金币和银币之间的比率。哥白尼在讨论时发言，他采取了不同于其他发言者的立场，他建议先考虑一下用一格利夫那金子能造多少金币，而一格利夫那银子又能造多少银币，然后再探讨两种货币的比价。这样，哥白尼就站到了纯科学立场上，这并不是脱离实践的空洞理论，而是符合客观的实际主张。然而，参加讨论的人却未能就这一问题达成协议，于是只好将讨论推迟到以后举行。
此后举行的一些讨论货币问题的代表大会和其他会议，哥白尼都没有参加。这些会议讨论的都是和实行普鲁士货币改革有关的具体问题。为筹备改革紧张工作了14年之后，哥白尼亲眼看到了自己取得的部分胜利。
哥白尼撰写的关于货币问题的论文，表现了哥白尼在经济实践和经济理论方面的强烈兴趣。哥白尼的经济观点是与文艺复兴时代的经济发展密切相连的。人文主义和科学复兴的故乡，即意大利的一些城市，是哥白尼最愿意效法的经济楷模。哥白尼从意大利不仅学到了天文学知识和艺术知识，也学到了先进的管理方法。这种管理方法中的许多要素在16世纪已经对波兰产生了影响。货币作为使国家富强的重要手段在新经济中起重要作用。哥白尼认为，劣币会带来懒惰、消极和无所作为，而这种状况又会导致国家经济衰败。所以，哥白尼谴责懒散行为，并不是因为它违背教会的教诲，而是因为它危害本国经济，是对自己国家的犯罪。坚持这种观点的哥白尼并不孤立，不久后英国就专门通过了一种法律，规定要对逃避正当劳动的人给予严惩。
哥白尼本人是一位异常勤奋的人，临终前几天他还继续从事各种工作。表面上看，哥白尼的多种爱好之间好像没有什么直接联系。而实际上却有着密切联系，表面看很抽象的知识却很有助于他认识世界和改造世界。哥白尼不仅在纯科学领域和僵化的观点间进行斗争，而且把这一斗争扩展到社会生活和经济生活领域。哥白尼摈弃了中世纪经济自给自足的观点，这种观点认为不仅全国的经济应该实现自给自足，各具体庄园甚至较小的农户也应该做到自给自足。哥白尼敢于向圣托马斯·阿奎那这样的大权威挑战，公开宣传经济发展最重要的条件之一是多边贸易，而不是自给自足。哥白尼并不认为用自己的产品进行贸易有什么不好，而当时的贵族则认为这是有损人格的可耻行为。
1531年底，哥白尼在视察工作期间，在奥尔什丁编制了一份称作“奥尔什丁面包定价表”的材料，对该市及瓦尔米亚其他城市的面包价格和份量作出了具体规定。在面包价格问题上，他一方面为居民着想，尽可能压低面包价格；而另一方面认为也要使面包匠能有“适当的”收入。面包的价格应该等于所用面粉等原材料的价钱。而面包匠的工资和面包的运输费用，则靠糠麸和筛屑等副产品的收入来支付。这是中世纪所大力提倡的一种公正价格。哥白尼把“使面包具有真正合理的份量和价格”看做是自己工作要达到的目的。这种正确价格的确立要取决于谷物、盐和酵母的价格，以及面包匠所投入的劳动量。这样，哥白尼成了消费者尤其是那些最贫穷消费者利益的代言人。当时面包往往是波兰贫苦人家唯一的食品。
作为经济学家，哥白尼是一位很有趣的人。他的经济管理才干使他成为一位好主人和有能力的组织者，他还善于将这方面的实践经验应用到理论研究中去。他在理论上探讨的问题，并不是脱离具体实践的哲学投机，而是和可预见的经济发展密切相关的问题。哥白尼把经济现象看做是客观规律作用的结果，并采用科学研究方法探索经济规律。哥白尼虽然是一位神职人员和法律学者，但在经济研究中，却摆脱了宗教和法学观点的束缚和影响。他考虑的是广大社会阶层的经济利益，而不单纯是封建贵族阶级的利益，因此哥白尼是当时先进的市民阶层利益的代言人。当时市民阶层反对在经济和社会生活中占据统治地位的封建关系。他的改革设想是针对封建管理理论的，他努力用符合新经济形势的新理论去取代那些封建理论。在当时，他的经济模式是先进的和富有创新精神的。在这种模式中他没有考虑封建阶级的利益，虽然他本人作为瓦尔米亚的神甫也属于这个阶级。他考虑的首先是手工业者和他常说的创造财富的人们的利益，而这些人正是封建贵族所蔑视的劳动者。他代表着主要由封建主组成的改革派，但他的主张并不是为巩固封建主义服务的，而是为他出身的那个市民阶层服务的。贫苦人尊崇哥白尼，并把他看做是自己的庇护者和代言人。作为神甫会财产管理人、封建主大人、神职人员和医生，他用自己的智慧和力量为贫苦人民服务了一生。