1939年，战争的事件充斥着欧洲。希特勒攻击波兰以前，曾跟苏联签订过一项互不侵犯条约，因此德国可以不必顾虑东边。
法国及英国都尽其所能地快速动员武装，但是希特勒的军事力量似乎是无敌的，他的军队向外扩展占据了挪威、丹麦、比利时及荷兰。法国经瑞士到比利时建了一条很长的防御线叫做“马其诺防线”，但是德国军队像洪水泛滥般在防线周围冲撞，最后终于冲进了法国北部。
9月10日，德国向波兰发起进攻。第二次世界大战正式爆发。半个月内，德军的坦克辗过波兰全境。
大约四十万人的军队（大部分是英军）在敦刻尔克沿岸被德军围困了整整一个星期，当敌军的炮弹在他们四周爆炸时，英国在尽力对他们给予保护，每一种船——划艇、帆船、渔船以及任何可以漂浮的东西都穿过英吉利海峡赶去疏运士兵。
法国在6月中旬投降，纳粹军队进占巴黎，横扫法国。意大利以轴心国成员的身份加入战争，于是战争扩展到了北非。“英国之战”开始了，飞机几乎每晚都轰炸英国的城市。日本也加入了轴心国的阵营。
罗斯福开始将他所能请到的最能干的顾问召集在自己身边，许多高级商业经理人自愿每年只拿一块钱的薪水而为他效劳。总统任命亨利·L·史丁逊为他的陆军部长，史丁逊在一次大战时就曾担任此职。此外，罗斯福还让曾经是新政敌手的法兰克·纳克斯当海军部长，亨利·莫根德一直任财政部长，柯德尔·哈尔则几乎在罗斯福当政的期间一直都担任国务卿的职务。
差不多同时，温斯顿·丘吉尔取代了尼维尔·张伯伦担任了英国的首相。
1940年是个在世界大势的压力之下的竞选总统年份，紧接着，敦刻尔克大撤退及法国失势之后，共和、民主两党都将召开竞争激烈的大会。
6月的第三个星期，共和党员在费城聚会，四位主要的提名竞争者分别是纽约州的汤姆斯·E·杜威、俄亥俄州的参议员罗伯·A·泰伏特、印第安那的温德尔·L·威尔基以及密歇根州的参议员亚瑟·H·温德保。第一次宣誓投票后他们的次序是杜威以360票领先，威尔基以105票居第三。
作为新政反对党的领袖，威尔基的知名度自从TVA之战后就如雪球般地增大。他常在广播中向广大的听众演讲，每当他和另一位演讲者争辩某个国家问题时，通常都能击败对手，他无疑是个优秀的人才，具有广博的见识和充分的勇气。他在大会上的超过其他候选人的票数不断增多，随之而来的激奋之情也跟着增加，每次投票时他的票数都有所增加，到第六次投票时他就获得提名了，直到最后他成为名册上的第一名。
民主党全国代表大会于1940年7月在芝加哥召开，此前几个星期，所有人都在谈论着罗斯福是否能第三次连任的事，这种事情以前从未有过。因为美国第一任总统乔治·华盛顿本人创立了拒绝第三次连任的先例。
但是威尔基是不易打败的，而罗斯福也是民主党内最有实力的候选人。当许多人了解到美国正在第二次世界大战边缘摆动时，罗斯福很快就会在其他世界领袖的影响下也成为一位世界领袖。
罗斯福先生对是否会第三次连任这个问题则保持缄默，因为能够返回海德公园及哈德逊河盆地的念头真的很吸引他。但是罗斯福夫人知道，如果被提名，他是不会拒绝竞选的。
罗斯福仔细地考虑着这件事，民主党还有哪个其他的候选人能够将所有国家及国际的经验带入工作？那是今后几年所需要的。据他看来，国务卿康德尔·赫尔是唯一的人选，但是当罗斯福约谈赫尔时，赫尔却说他一点也没有这个打算，甚至也不愿竞选副总统。
赫尔说他可以在他目前的职位上提供更多的服务，尤其是如果他能避开党内竞争的话。民主党全国大会收到总统咨文，知道罗斯福不愿再度竞选，却立刻将他的名字列入提名。其他被提名的还有吉米·法利和康德尔·赫尔。但是，第一次投票罗斯福得到946又1/2票，吉米·法利便马上退出并获全场一致同意，罗斯福在一片拥护声中再度被提名。
1940年的总统竞选活动是美国有史以来最多姿多彩也最吸引人的一次，两党都有数千人在为之工作，他们之中有些甚至从未参与过政治，特别是一些年轻人。时代是阴暗的，问题是严重的，选民要做出抉择从未比这次更需要慎重。然而，两位候选人罗斯福和威尔基都是自由主义的、国际性的，并且都拥护同样的事情。这真是两位知名人物间的争战。选举那天差不多有五千万人前往投票所进行投票，这是全国选举前所未有的一次总体投票。
罗斯福得到了又一次的胜利！他得到的一般投票比威尔基多了五百万，他得到除了十州以外的全部票数。
当罗斯福和夫人坐在海德公园倾听结果时，他心里清楚那刚结束的八年已经将他的精力耗去了一大半。通常当了八年的总统对一个想为国家有所贡献的人来说已经是足够了，尤其难得的是他所面对的都是特殊问题。但是前面还有更大的问题，美国人民要求他再多服务四年，因为世界战争的局势变得更黑暗了。
战争气氛比以前任何时刻都要浓厚。选举日之后不久，一位新的成员便加入了罗斯福的生活圈子。那是只有八个月大的苏格兰黑狗，它是罗斯福的表妹格丽特·莎克丽送给他们一家的礼物，而它也将光明和快乐带进了这个家庭。罗斯福将狗的名字缩短为法拉，从没有一只狗对他有过如此重要的意义。从那时开始，法拉几乎与总统一样经常出现在新闻照片上，因为他们总是在一起。
法拉在白宫就像是主人一样，每天早上散步过后，它会跳上总统的床，在总统的早餐托盘上找寻狗食饼干。不管总统白天多么疲倦，每天晚上他总要在休息之前花些时间逗逗法拉。法拉视察防御工事并出席历史性会议；它乘坐公务车也参加记者招待会。
12月，法拉陪总统到温泉谷休息。
感谢罗斯福慷慨的朋友们和“一人一分钱运动”，温泉谷的设施仍在被改进。1937年有一个分会成立了，它主要是靠佐治亚·威尔金斯小姐捐赠的基金，服务人员是为天主教徒、新教徒及犹太教徒的病患们所提供的，在那里只有一些座位和很多为轮椅及担架准备的空间。
第二年，“撑木商店”开张了，适合各种病人的设备都在那里不断地被设计和实验。罗斯福腿上的撑木一度重达40磅，而现在它们只有20磅，因为那时已开发出一种较轻的撑木。
就在这年的前一年，学校及图书馆也成立了，它们是S·平克内·塔克太太的礼物。孩子们和年轻人在温泉谷治疗时，也可以在那里继续正规的学校教育。医疗大楼兴建完成后，外科整形医生可以在那里做手术来改善残障者的行动情况。
后来电子显微镜经过了改良，使得高倍放大变为可能，于是某些形态的病原体都可以在显微镜下被看见并被照相，也许这便意味着最后科学家将可以“看见”小儿麻痹病原体，那被公认为是病原体中最小的一种。当许多地方的人们正计划阴谋想要破坏人类的生命和快乐之时，挽救生命的研究仍然继续着，这件事的确令人感到欣慰。
休息过后，罗斯福总统返回华盛顿，在国会联合会议之前发表了他著名的“四大自由”演说。他告诉国会，“四大自由”即言论自由、信仰自由、免于匮乏及免于恐惧自由。他明确指出这些“自由”正在遭受被破坏的危机，他知道他的语气是多么沉痛，而每一位听众也都能了解他的苦心。
他的四个儿子注定都要服兵役，三十岁刚出头的詹姆斯已经在缅因州后备兵团服役将近四年；艾略特自愿进入空军兵团；小罗斯福是后备海军；最小的约翰不久将被任命为海军上尉。
他的“四大自由”演说发表大约一个月后，国会通过了《租借法案》，允许美国给同盟国运送金钱和物资。
希特勒仍然在继续侵略扩张。1941年6月，他无视德苏互不侵犯协定，向苏联发动大规模的军事侵略，苏德战争爆发。罗斯福总统和丘吉尔首相想要会面，却都被繁重的公务缠身。但是1941年8月，在最机密的情况下，他们终于会面洽谈了三天。丘吉尔首相在H·M·S·威尔斯亲王号上，罗斯福总统在U·S·S·奥古斯都号上准备前往普兰森第海湾中纽芬兰岛上的阿根第港，他们被军舰、飞机、沿岸军队以及烟雾朦胧的天气所保护着。
陪伴总统的随员中有带着珍贵文件草稿的国务次卿沙蒙·威利斯，包括参谋长联席会议主席乔治·C·马歇尔在内的几位将军和一些海军上将以及曾到过英国的亨利·霍普金斯。艾略特和小罗斯福也正好都在这里服役，因此总统有两个儿子随侍身旁。
在会议的第一次正式晚宴上，每一个人都发现丘吉尔是个很能吸引观众的演说家，罗斯福总统也以一个应景的问题来支持他。艾略特后来为记录这几次会面的情形写了一份周密的报告：“他把雪茄从右手换到左手抽着，但总是快活得很，他的肩膀向前弯曲着，像只公牛，他的手特意在空中挥舞，他的眼睛闪闪发光。”
接下来的会谈很快地就显示出丘吉尔是来劝美国加入战争的，而罗斯福总统来此却是为了计划战后的世界和平。罗斯福总统小心翼翼地占了上风。他说：“我坚决相信，如果我们要达到稳定的和平，就必须使落后的国家进步，这要如何做呢？显然不是用18世纪的方法就可以达成的。”
他暗指英联邦自治领地中某些殖民地的情况，丘吉尔也了解他的意思。
两个人都是雄辩滔滔而意志坚强，但是在最后的分析中还是罗斯福获得了胜利。
“和平不能包括任何得以延续的专制政体，”他坚持自己的主张，“人类要求和平便是达成和平的因素。”
虽然他们未能在每件事上都达成协议，但这两人却彼此互相赞美，互相尊敬，早在会谈结束之前他们就以对方的名字相称。会面最重要的原因是威利斯先生带来的草稿，那就是为了这个场合所准备的，而它就是今日众所周知的《大西洋宪章》。会议于8月12日结束。这次会议被称为大西洋会议。等两人都安全地回到他们各自的首都后，宪章内的条文才和报道他们会谈的新闻一起被公开发表。
《大西洋宪章》阐述了两国不是为他们自己寻求新的领土，他们坚信“各民族有选择与他们生存与共的政府的形态的权利”，战后他们将努力协助别的国家获得繁荣，并且改善他们的经济水平。他们“希望看到建立一种和平，这种和平使所有国家的居民都能在自己的领土内有居住的安全，这种和平也能保证所有国土上的所有人都可以在免于恐惧和匮乏的情况下生活”。
像在第一次当选总统时祈祷上帝给予他力量一样，罗斯福仍然祈祷能有力量和智慧来使这些愿望实现。他居高位时比以前更感孤独，因而时常希望路易斯·何威仍能与他同在。爱乐·韩德小姐去年夏天得了重病，不能再回来与他一起工作了。他的儿子们也都在服兵役。
罗斯福和丘吉尔会谈之后不久，萨拉·德拉诺·罗斯福就去世了，享年八十六岁。几乎一直到临终之时她都是精力充沛而积极活跃的，虽住在纽约市，她却时常会去白宫探望自己的儿子。
总统御医发现罗斯福更愿尽全力奉献自己，因为他的责任已经变得愈来愈重大。欧洲的战争现在已持续了三年，德国的潜水艇变得比第一次世界大战中的更为胆大且作战更有效率。《租借法案》的地位提高了，美国商船也都加以武装。同时，罗斯福和国务卿哈尔正在跟日本大使及其他日本外交官举行会议，商讨预做太平洋地区战争的安排，显然日本也像他们一样热切地关心这个问题。
然而，他们却被骗了。