亚历山大的军队花了一个星期的时间，从卡萨到达了尼罗河三角洲的东边。当地的埃及人十分兴奋地欢迎亚历山大的到来，热烈程度可谓盛况空前，即使是驻守在当地的波斯军队也没有反抗，因此亚历山大兵不血刃就完全征服了埃及。
在公元前4世纪的时候，埃及人就身处波斯的统治下，经过好几次顽强的抵抗还是没有办法获得独立自由。公元前343年，亚尔特萨尔萨斯率领大军来攻，因此埃及只好屈服成为波斯帝国的属地。
亚尔特萨尔萨斯占领埃及之后，捣毁了许多埃及的神殿，并且屠杀了埃及人所尊敬的圣牛，把牛的肉拿来吃，由此可以想见埃及人对波斯人的憎恨程度！可是他们却不得不慑服于波斯的淫威之下。这些事情是在亚历山大抵达埃及之前三年发生的。
亚历山大对埃及人的传统信仰非常尊重，这和波斯王当年的作风简直是天壤之别。因此埃及人对亚历山大深具好感。埃及人流传着一个传说，他们认为埃及的法老王因为受到波斯的压迫只好流亡在国外，当他死后就转世成为一个年轻的国王再度回国，并且解救了埃及人。这一种“救世主出现”的预言，使埃及人把亚历山大看做是他们自己的法老。这也是为什么埃及人这么疯狂热烈地欢迎亚历山大的原因了。
公元前331年，亚历山大在尼罗河畔，埃及首都孟斐斯附近的河口展开了调查工作，最后他在三角洲的西岸发现了一个港口，他认为这里非常适合于建筑一个新兴都市。亚历山大对这件事情非常热心，他花了很多的心血参加这个新都市的规划工作，并且指定广场的神殿位置，将这个新都市命名为“亚历山卓”。这并不只是形式上的命名，在这个新都市中的确存在有亚历山大的心血和他的期望。
都市计划细部的施工，亚历山大请了当时第一流的建筑家来完成。他希望这座都市能够成为世界第一流的都市，而且在规模上都是最美观、最华丽和最奢侈的。当亚历山大东征归国的时候，他在地中海沿岸留下的最大规模的礼物，就是亚历山卓。
完成了对埃及的占领，这次的东征到此告一段落。这一阶段战争的最大成果，就是亚历山大对自己的肯定。伊索斯战役后，波斯王大流士三世对亚历山大求和的时候，亚历山大就以“亚洲之王”自居，要求波斯王以臣子之礼来和他说话。
在这两年间，亚细亚沿岸的许多都市在波斯舰队的煽动下都陆续叛乱，亚历山大逮捕了不少亲波斯的民众。
当时，亚历山大准备让哥林多同盟来判决这些人，而他当初所提出的尊重自治的宣言现在却被他的专制思想所取代，这表示亚历山大的权势欲愈来愈膨胀，他变得更为独裁。随着自身实力的逐渐壮大，他对身为哥林多的盟主已不再有兴趣。我们从他的行动上就可以得到最好的证据。
亚历山大在埃及停留的半年期间，曾经深入沙漠晋谒阿蒙神，这件事情使亚历山大更添增一层神秘的色彩。他进入荒凉的沙漠去到阿蒙神殿，其动机令后人产生许多的揣测，出现了许多夸大的解释。
亚历山大对新都市的建设和政治问题处理到一个段落之后，在公元前331年和他几个好朋友到沙漠中去晋谒阿蒙神殿，同行的还有一些使节们。当他们进入了沙漠地带之后，吹到脸上的热风和漫天的黄沙，使他们一行迷失了方向，到了最后，不但找不到水，连吃的东西也没有了。正在绝望的时候，鸟和蛇成为他们神秘的引导者，经过了三个星期的摸索才找到了阿蒙神殿。亚历山大为什么要冒这么大的危险，历尽千辛万苦到这么荒僻的地方去参拜阿蒙神呢？也许他的心里非常想知道他征服世界的可能性有多少，以及自己是否真是神的儿子，他希望能从阿蒙神那里求得答案。
从战场上的许多表现我们可以看出，亚历山大处处能从现实观点着眼，且能做冷静的思考和理性的判断。可是，在他的身边却又经常有许多占卜师供他问凶吉。这种矛盾的表现并不是没有道理的，一方面他相信占卜的凶吉，这在将士们的心里可以产生微妙的效用，这是他的政策之一；另一方面，他受了母亲对秘密宗教狂热的影响，他本身也非常相信命运之神，这一点是不容否认的。
另一种解释说，亚历山大这次和朋友们深入沙漠自有其政治目的，那就是他必须和外交使节们厘定国界，进一步确定友好关系。亚历山大本人对未知的事情充满了强烈的好奇心和难以抑制的冲动。这可能也是使他甘冒千辛万苦而急于解答他内心问题的另一动力。在他的心中有一种强烈的神秘力量支持着他，使他充满了自信，相信自己受神的恩旨而拥有不平凡的命运。