一直没有抓到波斯王大流士三世，亚历山大十分不甘心，到此为止，这一场生死战已经尘埃落定。大流士三世一逃走，波斯王朝已是名存实亡了。亚历山大在波斯帝国的发源地打败了波斯大军，不但达到了他政治上的目的，而且对人们心理上的影响更大。
在战后的一个星期，亚历山大挟胜利之余威，率领大军进入巴比伦城。当地的郡守马萨伊欧斯率领着祭司和人民前往迎接亚历山大的东征军。巴比伦和埃及一样丝毫没有抵抗，并且对亚历山大表示欢迎。亚历山大也捐了不少钱给当地的神庙作为重建的费用。由此可见亚历山大非常尊重巴比伦的传统信仰，因此巴比伦也和埃及一样把亚历山大看做是自己的解放者，而对他存有良好、深刻的印象。
亚历山大所率领的东征军在这自古以来的大都市中，停留了一个多月。这一个多月的时间算是给予将士们的慰劳假期。亚历山大赏给全体将士六个月至十个月的薪水以及特别奖金，佣兵也另发两个月的薪水，这使得将士们非常高兴，他们在巴比伦城中沉醉于轻歌曼舞、纸醉金迷之中。他们充满了优越感，恣意地在这“欢乐之都”尽情地享受。
当初亚历山大曾经要求本国调派增援部队，结果在大战之后援兵仍没有到达。因为希腊本土受到斯巴达叛乱的威胁，只好将大军停留在马其顿予以镇压。一直到斯巴达的国王战死，马其顿方面才派出增援部队。当亚历山大的大军正在巴比伦休养生息的时候，总数共有一万五千名的增援部队已经上路了。当亚历山大的军队离开巴比伦时，增援部队从后面尾追而来。
亚历山大在巴比伦将当地的一切行政责任委托给原来的郡守马萨伊欧斯全权处理，并遵循旧日波斯支配下的行政系统，仍由原来的官吏主管当地的事务，这个政策是亚历山大的一项新尝试，也是“亚历山大帝国”得以屹立的一个主要关键。
亚历山大首次以东方的行政长官来管理当地的事务，以后对东方的各州郡也是采取同样的方法。这种东西协调政策正是亚历山大的理想。但是在他征服的过程中尚未能完全实现，这只是他第一次打算实现他的理想而开始进行的一项试验。
亚历山大以报复一百年前的波希战争为口号，而实行侵略之实，现在波斯帝国的王城已经近在眼前了。在过去，希腊的使节们、旅行者、商人们，他们到达波斯帝国最远都不超过王城。王城以东的地区对外国人来说是足迹罕至的地方，那儿的政治实权都落在当地的豪族手中，波斯帝国一向采取怀柔政策，恩威并施，因此能够强化国家的力量。但是在王城以东的地区，地方土著势力非常之大，亚历山大不能以过去的理由来征讨这个地区。当地的人民非常憎恨亚历山大，认为他是一个野心勃勃的侵略者，扰乱了他们平静的生活，因此他们称亚历山大为“侵略者亚历山大”。