弗洛伊德离开维也纳时，是一个初出茅庐的神经病理学学者，迫切希望在沙比特里尔医院学到有关神经系统解剖的全部学问；他回来时，对这方面学科的兴趣或多或少地有所提高了，并且在沙考出神入化的教导下，他决定集中精力研究精神问题，尤其是歇斯底里症的问题。他由一个基础精神病学的学生，转变为动力精神病学的提倡者。
弗洛伊德体会到：对歇斯底里症的了解，是开启人类思维谜团的钥匙。他准备在维也纳开办自己的精神病诊所，开业时采取革命性的新态度。但是，他得先为同事们准备一份报告，叙述他在巴黎和柏林的所见所闻。三个星期之后，他完成了一份十二页的报告。文中，他直言不讳地说在梅纳特门下学习以后，发现已不能在任何德国大学里学到真正的新东西了。紧接着，他强调以梅纳特为代表的德国学派，与沙考领导的法国学派的不同。他说：“我认为，法国的神经病理学派，似乎推陈出新，呈现出特殊的工作模式。此外，他们还为神经病理学揭开了新的曙光。这些都值得德国和奥地利的科学工作者模仿。”
医学博士西格蒙德·弗洛伊德——维也纳大学神经病理学系的讲师，开始执业了。这是1886年4月份的事。他的私人诊所设在拉瑟斯街7号。他宣布开始门诊的第一天，竟然是复活节。那是令人不可思议的开张日子，因为它是一个公定的假日，各行各业和政府机关都不办公，甚至城市里的每个急诊处都没有人值班。一年之中，除了圣诞节之外，这一天是最不适合一个医生开业的。有许多人猜测，他之所以选择这一天或许是因为他极不喜欢天主教教会。
弗洛伊德的前途并不被看好。他的医学技术还不成熟，也不是著名医生，而且也没有什么资本可以帮助他度过营业上的淡季。此外，他浪费了许多时间迂回地进入医学这一行。他曾涉足药剂学、医事技术和小儿科疾病等学科。如果他在任何地方曾显示出聪敏的火花，那也似乎只是昙花一现。虽然他现在专攻神经病理学，一厢情愿地以为可以在维也纳一展所长，可是不久后他却偏重于使用那种令医学界同事不信任以及病人不接受的诊疗方法。
他的犹太人身份对他也有影响。自1873年世界经济危机之后，反闪族人的情绪不断地滋长着。弗洛伊德开业的前几年，在维也纳以东四十英里的普力斯堡，就发生过反犹太人的暴动。
刚开始，他想先在维也纳开业两个月试试看，如果失败了，可能会移居到美国。他后来回想到和玛莎一起时的情形说：“我们两个人都一无所有，更确切地说，我有一个人口众多而又贫苦的家庭，而玛莎只从她叔父那里继承了三千多块钱的财产……”除了打算移民美国，他还想投奔英国的两位同父异母的哥哥，或者搬到奥地利的小镇上去。他对维也纳已没有什么特别的留恋。可是他的想法终归是一时的冲动，最后他还是留在了维也纳。几乎没有多少同事能想象得到，这个雄心勃勃的三十岁医生，竟然会在奥地利的首都执业超过半个世纪。
5月份时，弗洛伊德向生理学学会演讲催眠术。他对玛莎严肃地说，月底时他还会在精神治疗同业会以及医学会作同样的演说。他说：“现在，维也纳已经战云密布了。”事实上，现在已经有不止一场的战斗在进行了。那些批评弗洛伊德不应该提倡催眠术的人，不久又抓住了他的另外一个把柄。5月底，尔仁梅耶发表了第二篇文章，再度警告使用可卡因的危险，并且对弗洛伊德进行了猛烈的人身攻击。
弗洛伊德很快发现，招来众多敌人的最主要原因，是他赞成使用催眠术。在刚回到维也纳时，梅纳特曾应允弗洛伊德使用自己诊所里的设备。但是当梅纳特知道弗洛伊德将继续使用催眠术时，就变了卦，并直截了当地表示不再欢迎弗洛伊德。
弗洛伊德就在这种不理解纷至沓来、心神不安的气氛下，开始一步步地建立他的事业。最初的几个月——我们现在所知道的情形，是来自他寄给在温斯柏克的玛莎的书信——正如我们想象的，他有各式各样的病人，但绝不是每个人都有他特别感兴趣的精神病。不过，至少在秋季时，他的兴趣都集中在歇斯底里病的治疗上。他1886年10月13日写信给卡尔·库勒说：“如果你想要送我一个我急需的东西，我希望是一台视野测定器。因为对一个以研究歇斯底里症为主的医生来说，如果没有视野测定器，我们就不能放手工作了。”
尽管他专注于精神疾病，但也非常高兴有更多的普通病人。因为，如果他的精神病研究尤其是歇斯底里病的研究工作不能收到预期效果，他还可以从普通病人那里获得生活保障。
有时候，候诊室里坐满了病人，不过他曾向玛莎诉苦说：“大部分人都付不起钱。”有时候，他显然拮据得狼狈不堪。他写道：“我正在这里一分一文地计算时，又被请到遥远区域去为一个熟人看病，当然是没有报酬的，我光是走路就花了两个小时，因为我没有钱坐车。今天也是一样，当我回到家，看到有人留下一张字条，要我赶去急诊，当然，我必须搭车去。这样一来一往我一连三天节省下的晚餐钱就报销了。”但是在给卡尔·库勒的信中，他却描述出截然不同的乐观景象“无论如何，事情比我原来想象的要好得多，我不想推测到底这是布劳尔之助，还是沾了沙考的光，或者因为我自己是一个杰出的人。我在三个半月中赚了一千一百块钱。我想，如果情况继续好下去，我就可以结婚了。”
就在这时候，玛莎又得到了另一份遗产。因此，他们两人有勇气定下结婚的日子了，并预定在德国举行婚礼。弗洛伊德本来打算，只要公证的仪式就够了，但是玛莎提醒他说：“虽然在德国举行一个简单的仪式就过得去，但是奥地利法律规定，必须举行宗教式的婚礼。如果我们不这么做，回到维也纳定居时，政府是不会承认我们已经结过婚的。”
弗洛伊德对宗教仪式深恶痛绝，但是后来还是在新娘的舅舅伊利亚斯强迫下，进行了犹太人的正统婚礼仪式。
弗洛伊德和玛莎·柏纳斯相恋四年，他们忍受了四年分离的痛苦，终于迎来了洞房花烛夜。公证的仪式于1886年9月13日在温斯柏克的市政厅举行，第二天是宗教结婚仪式，弗洛伊德依照古希伯来的新郎规矩行礼，然后新婚夫妇去度了两个星期的蜜月。
这对年轻的夫妇，在新婚生活的最初几个星期里，不得不面对许多问题。其中之一是缺少金钱，而弗洛伊德在新居第一天执业时，没有足够的椅子给病人坐，玛莎只得从邻居处借来。
毫无疑问，他们夫妻生活得很快乐，但是仍有一些小问题，其中一件就是弗洛伊德不喜欢某些犹太人的规矩。玛莎的一个亲戚后来写道：“我记得很清楚，玛莎告诉我说，弗洛伊德在他们婚后的第一个星期五晚上，不许她点燃安息日的灯，这是她一生中颇感懊恼的事情。”
他们的婚姻可以印证一句话：成功的男人背后，总有一个女人在支持他。身为女主人，她完全依照他的职业要求来理家，她对于精神分析所持的态度是忠诚地隐藏住她的怀疑，只是轻描淡写地对一个访客发出无关痛痒的牢骚。她说：“你真的相信一个人可以用精神分析对待小孩子吗？我不得不承认，如果我不知道我的丈夫对于他的研究如此认真和执著，我就会认为精神分析是一种淫秽的东西！”她建立起他非常喜欢的家庭，并默默地做一个顺从的妻子。弗洛伊德晚年时，仍认为那是任何一个成功的妇女命中注定的角色。
同年10月15日，弗洛伊德向一群听众包括维也纳杰出的神经病学专家发表了“论男性的歇斯底里症”的演说。这时候，关于歇斯底里的争论，主要集中在“心态的来源”这方面。这个观念已经为许多英国医生所接受，也受到了沙考的支持；但在德国和奥地利却被人议论纷纷。弗洛伊德特意选择这个时机来宣读他的论文。
他开始叙述他在巴黎的求学经验，接着详述一个歇斯底里症的病例：一个病人从建筑物的脚手架上摔下后，有一只手臂麻痹了。后来弗洛伊德证实，这个受伤很重的男性歇斯底里症者，是由于精神上的打击而麻痹的，而非身体上的伤害。
弗洛伊德说：“这次大家都为我鼓掌，但是没有进一步的兴趣……不久以后，我被排除于脑解剖的实验室外，没有人再邀请我去演讲。从此我退出了学术界圈子，不再加入知识分子的集团，长达二十年之久。”
恩斯特·钟士以很礼貌的词句说明弗洛伊德演讲的某些地方给人含糊不清的印象，而弗洛伊德宣读他的论文后不到三个月（即翌年2月16日）就有七位地位崇高的会员推荐他加入学会。1887年3月18日，他当选为会员，直到五十多年后他离开维也纳到英国，一直没有退出。
维也纳人对弗洛伊德不太关心，他们认为，他大胆地坚持自己是对的，但是他们对歇斯底里症的研究尚存观望心理。此外，由于一位法国心理学家和神经病理学家派里·珍尼特的崛起，使弗洛伊德终其一生和他打游击战。弗洛伊德于19世纪末发表研究报告以后，两人就展开了关于学术地位的激烈辩论，两人彼此指责对方抄袭剽窃。弗洛伊德晚年仍对此比较介意，两个人到死都相信自己是无辜的。很可能两个人所说的都正确。
当弗洛伊德的事业尚在初创阶段时，在这冷漠的环境中，对他帮助最大、影响最深的是他结交的一位忠实朋友。这个人是弗莱斯，一位年轻的柏林医生。经由布鲁尔的推介，弗莱斯开始去听弗洛伊德偶尔在大学里作地演讲，而后两个人在1887年11月首次见面。不久就开始通信，以后两人一共写了几百封信，从这些信中我们可以知道早期心理分析运动成立的经过。
他们首次见面后不久，彼此都知道对方正在研究一种容易引起争论的新观念，而且两个人都是犹太人，因此觉得不会被对方嘲笑。他们俩开诚布公地交换研究问题、假设、怀疑和希望，真是最自然不过！他们如潺潺流水般的通信，显示出两个人彼此互助的友谊。弗洛伊德承认：“我的朋友比我更有远见。”
除此之外，弗洛伊德在奋力发展事业和钻研人类思维的运作模式时，也急需弗莱斯的精神支持。在弗洛伊德开业的头十年，他开始缓慢而稳健地以引起争论和冒医学界之大不韪的方法，来医治日渐增加的病人。他最需要的是别人的了解、鼓舞和支持。而这些，弗莱斯都毫不吝惜地给了他。
弗洛伊德开业的最早期，医治精神病时所使用的方法，与其说是引起争论的，倒不如说是非传统性的。方法之一的电疗法，是威汉·耳勃提出的。他是德国人，他使神经病理学成为一种专门的学问。耳勃为病人治疗时，把电极放在病人身体的各部分，用轻微的电流使病人产生发麻的感觉或肌肉的痉挛。另外一种电疗的方法叫做威尔米契系统，包括在床上休息、隔绝、按摩和电疗，完全以严格规定的方法进行。
1887年快结束时，弗洛伊德正沉醉于催眠术。但是，他并没有完全放弃威尔米契系统。偶尔，他两者并用，以辅助心理治疗的不足。他解释说：“这样对我有好处，一方面可以避免在心理治疗中病人以为我乱出花样而产生不良印象；另一方面免除了平躺式治疗的烦闷，使病人不致陷入白日梦的习惯中，这是屡屡可见的事实。”
弗洛伊德最初所使用的催眠术，是模仿沙考。他使一个病人昏迷，然后向他表示：当你恢复到正常知觉时，某些症状就会消失。但是，不久以后弗洛伊德又使用另外一种截然不同的方法——他要求病人回忆症状是在何时首次出现的。
这种方法源于19世纪80年代初期，由布劳尔主治的一个病例。他们师承的关系是如此的直接，以致许多年后，弗洛伊德在美国的克勒克大学演讲时曾开门见山地宣布：“如果以出现症状时的详细情景心理分析为一项成就，那么这份成就并不属于我，因为在它草创之初，我并没有参与。那时（在1880年至1882年）另一位维也纳的医生约瑟·布劳尔博士正在一个患歇斯底里症的女孩子身上使用这种方法。而我当时只不过是一个学生，正在准备毕业考试而已。”