两天后，联军1000余人与阿富汗政府军一起，向阿马山区发动了第二次进攻。美军仍然首先出动大批轰炸机和战斗机对塔利班武装和“基地”组织残部阵地进行猛烈轰炸，6架法国幻影2000D型战斗机也参加了空中打击，一些“基地”组织残部藏身的洞穴被摧毁。
与此同时，按照美军部署，第10山地师几十名官兵搭乘2架MH-47运输直升机秘密前往敌纵深执行特种作战任务。但在到达目标地域即将着陆时，1架直升机被敌反坦克火箭弹击伤，两架直升机随即撤离。
山上守敌已设下埋伏，准备伏击美军。2架美军直升机到达出事地点后准备着陆之际，突然遭到“基地”组织残部猛烈射击，其中一架直升机紧急撤离，另一架直升机被击中后坠地。之后，山上守敌用迫击炮向美军射击，美军处于被动挨打境地，多人伤亡，急呼轰炸机和AC-130武装攻击机前来增援，在对方火力威胁下被迫撤退。美军营救分队在敌居高临下的火力打击下，受困达12个小时，最终利用夜幕掩护，在AC-130武装攻击机强大火力支援下才获救。此次战斗7名美军阵亡，11人受伤，是开战以来美军损失最大的一次战斗。
为加强阿马山区的地面进攻，美军紧急调遣停泊在印度洋两栖登陆舰上的5架AH-1W“眼镜蛇”攻击直升机和2架运输机赶往阿马山区增援。与此同时，200余名“基地”组织残部携带火箭筒、迫击炮及一些物资、弹药，从纵深向前沿阵地运动，企图增援防御前沿，遭到美军猛烈轰炸，100余人被击毙。随后，以美军为首的联军又向山上守敌发起进攻。战斗进行得异常激烈，残敌使用便携式防空导弹向美军低空飞行的攻击直升机和AC-130武装攻击机开火。为避免被击中，美军战斗机和地面部队不时释放火焰弹作为诱饵，吸引这些导弹，以掩护攻击直升机和AC-130武装攻击机低空战斗。在空中火力的有力支援下，联军包围了敌防御前沿的一个高地，切断了此高地与山上守敌的联系。
之后，联军又派遣大批轰炸机、战斗机、攻击直升机、AC-130武装攻击机，从高、中、低空对山上“基地”组织残部藏身的洞穴和地堡进行密集轰炸，并投掷了多枚热压炸弹。然而，由于阿马山区气候恶劣，影响了美军先进武器的效能，加上“基地”组织残部拼死抵抗，美军一时难以攻克其占据的洞穴和地堡。
为加快战斗进程，美军再次调整部署，增派17架攻击直升机到达加德兹地区。同时，美军又调遣300人组成3支地面支援部队，向阿马山区增援，使联军在前线的总兵力达到1500人。另外，为防止被围困之敌逃跑，美军和阿富汗政府军对阿南部及东部地区实行紧急封锁，并设立检查站，严格盘查来往人员。此外，为配合美军行动，阿富汗各武装派别也纷纷向前线派出一部兵力。
此后，双方继续展开激战。美军轰炸机对塔利班武装和“基地”组织据守地区，进行了一波又一波精确轰炸。
与此同时，“基地”组织残部为挽回败局，利用互联网向外界频频求救。逃到巴基斯坦的“基地”组织头目则通过互联网给他们打气，鼓励他们“圣战到底”，并派遣在阿巴边境地区躲藏的一些散兵游勇向阿马山区进行渗透。这些人化整为零，乔装打扮，以求在联军各检查站点蒙混过关，进山参战，但大部在联军哨卡前原形毕露，就地被歼。
3月11日，在联军的猛烈打击和围困下，300多名塔利班武装和“基地”组织残部退守阿马山区沙尔科山谷的一个大型山洞工事中坚守，另有100多人在一个类似的工事中负隅顽抗。山谷内地形复杂，残敌在其工事周围埋设了大量地雷，用以阻挡联军进攻。联军以美军“海豹”特种部队在前搜索、排除障碍，主力在后跟进支援的方式进行搜剿，进展非常缓慢。
为减少伤亡，美军在保持进攻压力的同时，让阿富汗政府军与被包围在两个洞穴中的敌人进行谈判，劝其投降，但谈判未果。之后，美军又调整部署，于13日向退守沙尔科山谷的守敌发起总攻。当天，美军共出动B-52、F-14、F-16、AC-130等型飞机180多架次，投掷150多枚炸弹，对沙尔科山谷40多个山洞进行轰炸。在空中火力支援下，经过激战，联军控制了整个山谷。
随后几天，为达到彻底歼灭残敌的目的，加拿大陆军第2特遣队和“帕特丽莎公主”轻步兵团一部约500人抵达阿马山区，并专门配备了12辆“草原狼”
装甲侦察车，在美军配合下展开代号为“鱼叉”的搜剿行动，继续抓捕躲藏在山洞中的残敌。18日，“鱼叉行动”结束。此次行动共摧毁可疑山洞30个，并缴获大量武器；4名加拿大士兵受轻伤。同日，美军阿富汗战场最高指挥官弗兰克斯上将正式宣布“蟒蛇行动”结束。
据美军公布的资料，在为期半个月的“蟒蛇行动”中，联军共打死700多名塔利班武装和“基地”组织残部，俘虏约20人。美军共有10多人阵亡，几十人受伤，其他联军部队基本无伤亡，阿富汗政府军约有几百人伤亡。
2002年3月19日，“蟒蛇行动”结束第二天，英军应美军要求，紧急实施了代号为“水雉”的搜剿行动。参加行动的英军约1700人，主要由英国皇家海军第45突击队的陆战队队员组成。其主要任务是捉拿在逃“基地”组织头目和塔利班领导人奥马尔，并清剿东部山区残敌。为配合英军的搜剿行动，美军向英军提供了大量武器装备，其中包括第23飞行联队的10架A-10“雷电”攻击机。该机载弹量大、发射速度快、杀伤力强，最低飞行高度30米，适于低空飞行、打击散兵游勇。之后，美、英联军在阿富汗政府军和当地武装配合下，再次对加德兹地区进行了“梳篦”式大规模清剿，抓获大批潜藏在山区各处洞穴与平民家中的塔利班武装和“基地”组织残部，并搜查出大量武器弹药，使其实力又遭重创，基本摧毁塔利班武装和“基地”组织残部在加德兹地区的再次集结能力。
经过短期休整的联军于3月27日再次启动搜剿行动。美军依然沿用“蟒蛇行动”中建立两层包围圈提高搜剿效果的做法，以先围后剿、反复搜索、诱敌出击等方法，挨家挨户地进行搜查。搜剿行动中，美军通常以战斗小分队为基本单位，每个小分队20人左右，3～4个小分队为一个行动队，采取向心搜剿、多层包围搜剿、立体侦察搜剿、设伏和诱敌出击等多种方式，对搜剿目标严密包围，逐点清查，层层向心推进，不放过一个死角。对一些重点搜剿区域，美军还不定时地“杀回马枪”，进行突袭式检查，有效地提高了搜剿效率。
此外，美军还充分利用先进的侦察器材，对霍斯特地区实施不间断监视，发现可疑情况，立即派兵前往清剿；对隐藏较深的“基地”组织残部，美军通常采取设置假目标诱敌出击的方法，派遣单个装甲车辆在可疑地区行走，故意暴露目标，诱使敌方开火，然后将其彻底摧毁，不留后患。经过近20天的搜剿，以美军为首的联军在霍斯特地区先后俘虏500余名塔利班武装和“基地”组织残部，另有几百人被迫逃离，极大地削弱了塔利班武装和“基地”组织残部在霍斯特地区再次集结的能力，基本保证了该地区的稳定。
2002年4月以后，躲藏在阿巴边境的塔利班武装和“基地”组织残部企图重新集结，伺机反扑，并在阿境内不断制造恐怖活动，以自杀性炸弹、遥控爆炸装置、便携式导弹等手段，袭击以美军为首的联军、美国大使馆和阿政府，甚至把联合国援助人员和经济重建项目也作为打击目标。对此，以美军为首的联军展开了多次搜剿行动，力求彻底铲除塔利班武装和“基地”组织的残余势力，抓获拉登和奥马尔。
2002年5月，联军以英国皇家海军陆战队为主实施了代号为“狙击行动”
的搜剿作战，共出动兵力2000多人。期间，美军第101空降师出动100多人和部分攻击直升机，为英军提供地面和空中支援。此次行动的主要目的是捣毁“基地”组织残余分子藏身的洞穴，搜查藏匿的枪支弹药，消灭残余分子。行动中，英军采取先空中侦察、火力突击，随后组织兵力以地面开进与机降相结合的方法，占领周围高地，建立安全地带，逐个洞穴搜剿，摧毁了部分洞穴和弹药库，歼灭并抓获一部残敌。
2003年8月下旬至9月，为消灭塔利班武装和“基地”组织残部，美军在阿南部地区发动了代号为“山区蝰蛇”的搜剿行动。8月25日，美军第10山地师、第5特种作战群和部分作战飞机等力量，对藏匿在阿南部查布尔省山区约600名塔利班武装和“基地”组织残部发起攻击，当天歼灭残敌约50人，抓获40人。至9月下旬，行动中击毙100多名塔利班武装残部，其中包括2名“高官”。
此外，还俘虏了100多名残敌。
2003年12月8日至30日，美军出动4个营、约2000人的兵力，实施了代号为“雪崩”的搜剿行动，目的是进一步消灭塔利班和“基地”组织残余势力。
但事后证实，此次行动成效不大。
进入2004年3月后，以美军为首的联军与巴基斯坦军队加大了在阿巴边境地区搜剿拉登及其残余势力的力度。3月7日，联军出动了包括第121秘密特遣队部分力量在内的1.35万人，在靠近巴基斯坦的阿南部和东部边境地区实施了代号为“山地风暴”的搜剿行动。行动中，联军一改过去流动搜剿、打了就走的方法，而采取住下来、扎进去的方法，在一个地方停留2～3个星期，与当地部落的长老和村民建立良好的关系，有的还通过挖沟打井等援助行动赢得当地人的信任和支持，进而掌握“基地”组织残部在当地藏匿的情报。同时，联军还运用“高强度巡逻、搜索村庄和随时检查”等战术，对可疑地区实施严密搜剿。
3月16日，为搜捕拉登和“基地”组织2号人物扎瓦赫里，部分美军协同7000多名巴军，在阿巴边境南瓦济里斯坦部落地区首府瓦纳以西约50平方千米的地区，展开了搜剿行动，向被围困的400多名“基地”组织残部发动了猛烈进攻。“基地”组织残部在当地部落的支持下，进行了顽强抵抗，战斗异常激烈。至26日，经过10天围剿，联军与巴军以伤亡近百人的代价，取得了消灭残敌70多人、俘虏160多人的战果。
阿富汗战争主体行动早在2002年7月就已结束了，但至今美军仍未抓到本·拉登，美国总统布什在发动战争时“活要见人，死要见尸”的誓言未能兑现，“基地”组织和塔利班武装的残余势力仍在阿富汗及其周边地区频繁进行袭击破坏活动，特别是一些骨干分子逃往世界各地，并在当地建立起基层恐怖组织，给国际社会进一步增加了不稳定因素。因此，这场战争留给人们的思索是深刻的。有人说，这是一场美强阿弱的“一边倒”的战争，是一场无休止的战争，美国佬赢得好难堪。人们并不期待这场战争会留下多少悬念，但是美国掀起的反恐战争却是人类战争史上的崭新事物，引起人们很多的思考。