杜诺万仍不死心，于是，他利用美国海、陆军两部多年来存在的矛盾大做文章。他一方面怂恿美国陆军参谋长马歇尔及陆军中印缅战区司令史迪威，让他们出面把“中美特种技术研究所”的美方人员划归中印缅战区司令部管辖；另一方面，杜诺万在美国军界大肆宣扬说：中美合作所由中国人掌握，不是明智之举，应该由美国人领导一切。
这样一来，戴笠和梅乐斯起草的“合作协定”，到了马歇尔那里，就被搁置了，马歇尔迟迟不肯签字，而且电告史迪威说：“由于战略情报局的工作遍及世界各地，分别隶属各战区司令官之下，因此联合参谋本部考虑，中美合作协定内容应为，梅乐斯及其率领的美方人员归属阁下系统，戴将军所率的中方人员归蒋委员长节制。”
这个双重指挥系统被称为“友谊工程”。在马歇尔看来，同意戴笠及中方人员归蒋介石节制，就已经够宽宏大量的了。
不过，作为“中国通”的史迪威却不这么看。史迪威也清楚在中国的许多事情上如果得不到戴笠的首肯，就很难行得通。他惟一不赞成的是，让梅乐斯帮助戴笠训练特务武装，进行游击战争。
可恰逢此时，史迪威指挥的部队在缅甸战场被日本军队击败，致使整个缅甸失陷。这时，美国国内有篇评论文章说：“……日本在缅甸的战斗部队不过四五万人，所以缅甸失陷不过是使日本可以多调动5万人以内的部队来对中国作战。但是整个中国失陷了，则将有100万以上的日军可以抽调出来，进攻西伯利亚、阿拉斯加、夏威夷乃至美国的太平洋海岸。5月间，仅在中国金华一地集结的日军，就多于缅甸战场的日军人数的两倍……”
于是，梅乐斯就拿着这篇评论去找史迪威，向他说明在中国东南沿海训练特务武装并进行游击战的重要性。史迪威听后无话可说，他只好给马歇尔发去电报说：“如果双重指挥的话，我们就得不到戴笠的合作。戴将军是个极端秘密和极端多疑的人，他不会允许在他和梅乐斯中间有任何人存在。”
史迪威建议，梅乐斯对参谋长联席会议负责，并在戴笠之下。于是，美国参谋长联席会议另外颁发了一份指示，规定中美合作所和情报局不受战区司令指挥。初步协议是，戴笠担任中美合作所所长，梅乐斯为副所长，两人各自有对整体计划的否决权。
马歇尔对史迪威一向信任，既然史迪威不同意“分而治之”，他也不再坚持。但马歇尔仍旧坚持把中美合作中的美方人员及梅乐斯，作为史迪威管辖下的一个海军组。不过，该海军组在中美合作中无须受史迪威和美国战略情报局的领导。这样，戴笠和梅乐斯拟定的合作协定很快得到了美国总统罗斯福的批准。
按理说，这本是美国内部竞相争夺与军统的合作，戴笠完全可以保持沉默。然而，美国海军已经默许支持戴笠当上中国海军总司令。所以，不论在公开还是私下场合，戴笠都站在美国海军一边。
杜诺万为了拉拢戴笠，专程飞到中国与戴笠见面。一次酒会上，杜诺万举着酒杯，走到戴笠身边，对他说：“如果你在与美国海军部的合作中，阻碍了美国战略情报局特工人员在中国搜集情报，那么战略情报局将单独行动。”
戴笠听后微微一笑说：“你一定要这样做的话，那我会杀死你们所有的人。”
杜诺万也笑着回敬说：“你若杀死我手下一个人，我会杀死你一个将军来抵偿。”
戴笠的脸上顿时没有了笑容，冷冷地说：“你不能这样与我说话。”
杜诺万毫不犹豫地回话说：“我就是这样对你说话！”
这场美国内部的权力角逐，使更多的美国人知道了戴笠这个人，在美国人眼中，这个一手遮天的“秘密警察头子”有着近乎神话般的权势、力量和独断。
1943年8月，梅乐斯赴印度视察时遇刺受伤。戴笠下令军统在印度的组织彻查，很快弄清是日本间谍所为。梅乐斯闻讯极为高兴，在美国国内不停地宣扬戴笠和中国的军统，连美国总统罗斯福都想见戴笠一面了！
后来，中美英三国首脑举行了“开罗会议”，罗斯福总统特意向蒋介石提出：他想见见戴笠这个“中国的希姆莱”！蒋介石听了这话，心中很不高兴，他找了借口推脱掉，使得戴笠至死都没有见到罗斯福。
当时，在很多美国人的眼中，蒋介石所领导的国民党政府是无能而低效的，而戴笠的军统局以极高的工作效率，给美国在军事上带来了极为重要的战略价值，这不能不使美国人另眼相看。甚至有的美国人认为，实际上控制中国的人，“不是委员长，而是戴笠”。
当然，这种“宁要戴笠，不要蒋介石”的心态，也离不开梅乐斯对戴笠的鼓吹，梅乐斯很懂得戴笠的心理，他为了能长期利用军统在中国从事特务活动，就在美国宣传戴笠的种种“神话一般”的传闻，使得戴笠感到浑身舒适。此外，他还极力怂勇戴笠应当去美国一游。
不过，蒋介石对此是绝不会放手的。他知道，特务工作决不能让国外势力染指，特别是像美国这样的国际强国。如果戴笠被美国人控制了，其后果将不堪设想。
而戴笠，本质上也是一个民族主义者，只想利用美国人，但又与美国人保持一定的距离，以免成为他们的走狗。
在运作成立“中美特种技术研究所”的整个过程中，戴笠都确保自己对其最高的控制权。实际上，尽管美国人不惜血本地训练、武装和布署了每一支游击队，但梅乐斯对游击队的战地活动并无实际控制力。
1943年4月15日，在重庆缫丝厂军统局乡下办事处大礼堂，中美之间举行了签字仪式。美国方面除梅乐斯外还有美国海军部部长等人，罗斯福总统也派来了美国生活杂志老板鲁斯作为他的私人代表。
这之前的整整一个月，戴笠派他的部下连夜工作，草拟《中美特种技术合作协定草案》的条约备中文版的合同，递交给蒋介石和宋子文审阅。草案第一条就写道：
“为中美两国共同对日作战，组织中美特种技术合作所（Sino—AmericanSpecialTechnicalCooperativeOrganization缩写SACO），交换日军海陆空军事情报和搜集中国大陆气象情报，训练游击队，挺进日军后方，协助美军在中国沿海登陆作战，共同迅速歼灭日寇。”
4月15日这天，中国方面原定由外交部长宋子文和戴笠共同主持签定仪式，可宋子文临时有要事，不能出席，改派外交部常务次长胡世泽参加，这无意中形成了中美两国参加人员在规格上的不平等。宋子文当时是否真的有要事没人能知道，但他确是在接了蒋介石的电话后才临时缺席的。不管怎样，从中可以看出蒋介石对这次中美间的合作确实有着复杂而又微妙的心理。
照原先的商定，戴笠为“中美特种技术合作所”主任，梅乐斯为副主任。
“中美特种技术合作所”成立后，戴笠下令把重庆磁器口的钟家山一带划为禁区。这禁区的范围大约有十多公里，包括渣滓洞、白公馆、梅园等地也均列入了禁区。禁区内先后建有能使1000多名美国特工人员生活的宿舍、办公楼、大礼堂、军火库和监狱等，加上中国方人员，“中美所”一度达到6000多人。
美国海军方面也按照戴笠所提出的要求和开具的清单，很快运来了中小吉普车200多辆，十轮大卡车2000多辆。过后，又先后向军统局提供了可建156座气象台的器材设备，可供1000张病床使用的全套医疗设备和药品，调拨了900余吨的特工器材和武器。全由美国海军无偿地赠送给军统局。
戴笠最关心的，就是在利用美国人的钱和技术，来训练和发展自己的特务武装。当时，在梅乐斯的努力下，美国人帮戴笠开办了各类特种技术培训班二十多个。特别是对戴笠手下的五万多忠义救国军进行了全面的正规化训练，并全部配备了美国的武器。
其中，1944开始的重庆特种警察训练班，是设备最多、训练时间最久的一个，该班由戴笠兼班主任，梅乐斯兼副主任，完全是按照美国训练特务的方式进行训练，对军统过去那一套特务技术课程一概不采用。因为美方认为，军统那一套是落后的和不科学的。
这个班的训练内容分为刑事警察与保安警察两个系。其中以刑警系的课程最为复杂，除了侦察、审讯、指纹、痕迹、罪犯心理、化装、拘捕、警犬使用……等外，更注重各种实习工作，如刑事实验、手枪射击、机动车驾驶、爆破等。
当时，不论是训练班学员，还是有资历的大特务们，都对美国人带来的器材很感兴趣。比如，当时美国特务们最自豪的“宝贝”，就是一部最新的“测谎侦察器”。他们为了在戴笠面前显示一下美国的科技水平，就邀请戴笠去参观。
恰巧，那几天军统总务处的洪炉厂仓库发生了失窃案，临时雇来的几个搬运工人有嫌疑，于是特务们向戴笠建议，先用这几个工人试验一下。可被拉到椅子上的工人，以为是要受电刑，马上哭爷喊娘地大叫起来，问了半个多钟头，操纵机器的几个美国特务忙得满头大汗，结果只说了一句“这人不老实”。戴笠也看得有点不耐烦，便借故走了。半个月后，仓库失窃案案情完全弄清楚，原来是管理仓库的特务们自己监守自盗，而被这部机器断定为“不老实”的工人则无罪释放。
从此，戴笠对“测谎器”不感兴趣，不过，对美国人带来的几种刑具，他倒很为称赞。比如当时从美国运来的还有一套“强光审讯器”。这是用几盏光度极强的电灯组成的。被审讯的人经过相当时间的照射后，神经上受到极大刺激，便不能控制自己而胡言乱语起来，法官可以从他说出的许多话中找出矛盾再去追问。
另外还有几套新式电刑设备，像小巧的收音机一样，可以控制电流的强弱，对不同体格的人使用不同程度的电量，使用过久也不会晕过去，而只是越来越难受，但还能说话，这便最有利于审讯。这些美制刑具，更大的特点是虽然经过多次用刑，受刑人的神经系统与心脏机能受了重伤而表面却看不出半点伤痕来。
当时，美国人的确很“大方”，比如一出手，就送给军统5000副美制手镣脚铐。就连警犬，美国人也觉得军统的警犬品种不纯，不够条件，不惜代价远涉重洋从美国运来。而对于如何驱散示威群众，美国人觉得国民党特务机关用救火车的水龙向群众喷射的方法太过时，他们认为训练由马队组成的骑警，才是最好的办法。然而马实在无法从美国运来，只好派人从新疆去采购了一批，但是美国人仍然看不上，觉得不合条件。
为了回报美国人的“热情支援”，戴笠对在华工作的美方特务，都给了优厚的待遇，还不时赠送礼物，举行盛大联欢活动。
而其中，要算1944年12月25日圣诞节最为热闹了。为了举行这次圣诞节晚会，一座可容4000人的大礼堂便日以继夜地赶建完工。而梅乐斯还特地在美国定做了几十面漂亮的万国旗，都是一丈多长，周围加上金色的绦子。不过，这些万国旗当中，没有德、意、日和苏联的国旗。此外，梅乐斯还从美国运来大批妇女衣料、台布、糖果、玩具，还有圣诞节化装用的纸帽等等，让美国人觉得回到了自己的家乡。
戴笠则从圣诞节的几天之前，就每天亲自去检查现场。因为圣诞晚餐要吃火鸡，而重庆一向没有，只好把养在动物园和公园的仅有几只供观赏的火鸡弄来供奉贵宾。戴笠原来想在宴会后来一次盛大舞会，因为凑不出两百个女客，只好改成文娱表演。不过，戴笠还是下令，处长副主任以上的人员都要带自己的太太和十八岁以上的女儿或儿媳去参加，另外选定了四十名年轻貌美的女特务去作陪客。
这天晚上六点钟，晚宴开始，女客们一进入礼堂，戴笠便叫人把她们全部分别安排在美国特务们的中间。国民党一些高级军政人员，也有三十多人被请去参加。乐队奏着美国流行的许多小调，引起了美国人一片叫好声。宴会完毕，双方互相赠送礼品。梅乐斯别出心裁地叫每个女客走上礼堂的舞台到他面前去领礼品。戴笠站在旁边，鼓励她们要表现得亲热一些。不过，所有女客都只和梅乐斯握一握手，便拿着礼品走下台来，只有一个在香港当舞女的女特务刘美美，在戴笠的鼓动下当众抱着梅乐斯吻了一下，立刻引起了一阵掌声。
接着是文娱晚会，当京戏刚演一半，一些喝得醉醺醺的美国特务便跑上台，拿来演员的大刀、花枪玩耍起来。而戴笠见状，也跟着去后台挂上一串白长须，跟他们一起乱叫乱打，一直胡闹到深夜才散……
戴笠和美国人合作得很“愉快”，双方的友谊越来越深厚。不过戴笠明白，要想得到美国人更多的援助，和更多先进设备，就要拿出更多、更准确的日本军方情报。
为此，在他的策划下军统局在利用沦陷区潜伏的特工网络和一批汉奸的关系外，还在越南、泰国、缅甸、菲律宾、新加坡和印度等国家设立了工作站，通过美国提供的电台日夜侦收，搜集到了大量质量较高的日军情报。这些情报，通过“中美特种技术合作所”很快转报到了美国海军部，对美军的作战起到了很大的作用。
1944年8月，美军就是根据“中美特种技术合作所”提供的情报，奇袭了日军的塞布基地，一举击毁了日军飞机70多架和军舰11艘，从而保证了顺利进驻菲律宾。
同年10月，日军集中了一部分海空军，企图固守雷伊泰岛，待机夹攻美军。其中一路舰队，在穿越海峡时被“中美特种技术合作所”侦悉。美军据此发动了突然袭击，整个舰队除一艘巡洋舰负伤脱逃外，共击沉航空母舰4艘，驱逐舰4艘，其他战舰2艘。
而最令人叫绝的例子，是在太平洋战争后期，当时日本海军损失惨重，就把剩余的舰只隐蔽了起来，准备休整后再作最后的挣扎。美国海、空军联手欲将其消灭，可是多次侦察后就是找不到目标。后来，还是军统局搞到了准确情报，原来日本把那些军舰伪装成了一个岛屿。
这个情报送到美方，令美国军人赞叹不已。于是美军轰炸机按照这情报，把那“岛屿”夷为平地。事后知道，此次轰炸共击毁日方大小舰只80多艘，还有飞机200多架。
所以，抗战结束前，美国海军部在一份总结性的材料中，这样赞美中国的情报人员：“中美所（中美特种技术合作所的简称）在中国沿海岸地区的侦察人员，在帮助美国潜艇对日本航运的攻击中也贡献很大。他们经常将日本船只的行动探查确实后，迅速报告给合作总部。美潜艇即根据此项情报，能按时出击，在预知地点将航行船只击沉。”
而美国总统罗斯福，还专门致函，向中国的情报人员表示感谢。