孙中山回国身无分文，到上海后全靠陈其美送了1000银元资助，才到南京组织起了临时政府的框架。偏偏临时政府成立后，百废待兴，前线战斗正酣，用钱的地方很多，数额很大，而临时政府却没有收入（独立各省截留税款自用尚显不够，无力支援中央）。孙中山又不能从列强手中收回关税，列强银行团也拒绝向临时政府贷款（没有一个外国政府承认南京临时政府）。没有钱，日子没法过。一次安徽前线告急，急电中央催粮催饷。孙中山紧急批示：拨20万元济急。胡汉民持总统手令前往财政部拨款，发现国库之内竟然只有银元10块！财政问题成为临时政府的头号问题。黄兴曾求工商总长“张謇设法向上海方面借几十万元以应急，他一拖就是个把月，急得先君（黄兴）走投无路”。临时政府实业总长张謇原本就有为政府“创收”的责任，加上监管盐务，所以在解决财政危机方面责无旁贷。但是张謇等人在袁世凯和临时政府之间摇摆不定，在财政问题上阳奉阴违，前后筹款不过100万元。而他控制的两淮盐税在1911年12月至1912年2月的三个月内至少收入了400万元。张謇的作为，代表了南方许多旧官僚和立宪党人的姿态。他们正准备看临时政府的笑话呢！眼看军队在饥寒交迫中作战，黄兴一度表示准备“剖腹以谢天下”。
没有接受过财政经济训练的孙中山只能迎难而上，但他想出来的方法却是“厉行征发”，希望通过加大老百姓的税负来克服财政困难。黄兴强烈反对，老百姓的日子已经很难了，不能涸泽而渔。据说，正当他一筹莫展时，总统府里有个差人，在太平天国的时候就给天王洪秀全当过差，来报告说当年“天朝”即将灭亡的时候在某地埋下了金银财宝，数额估计还清外债还绰绰有余。孙中山病急乱投医，连忙派人去挖，结果什么也没挖到。最后，孙中山硬是想出了一个“好方法”，计划将独立各省的官办实业公司抵押给外国银行，借款来解决财政困难。据说，孙中山的这个方法是在日本人的“启发”下想出来的，不久（1912年2月）就发生了南京临时政府批准官办的江西汉冶萍公司改为“中日合办”汉冶萍公司，以此向日本借款500万日元的事件。消息传来，舆论哗然。临时政府尚未有所作为，就将国有企业抵押给了日本。同盟会内部纷纷指责孙中山此举卖国，张謇、章太炎等原来就和孙中山不对付的力量更是拼命反对。张謇致书孙中山、黄兴，抨击“抵押贷款”说：“何至以此区区数百万之款，贻他日无穷之患，为万国所欢笑！”他坚决请辞实业总长的职务。客观地说，孙中山此举并非卖国，而是政治经验不足，缺乏财政手段而已。他本人很快意识到了问题的严重性，诚恳地接受了批评，解释贷款是“民军待哺，日有哗溃之虞，譬犹寒天解衣裘付质库，急不能择”。此议就此结束，不再重提。
孙中山把主要精力投在筹款找钱问题上，终日奔忙，但始终没有筹措到足够的款项。临时政府在财务方面的失败，让绝大多数政务难以推行，政府和孙中山本人的威望都受到沉重的打击。
其次，临时政府的军事力量非常薄弱。独立各省各自为政，各自军事力量就不强大。独立后各地纷纷扩军，大部分的入伍新兵是城乡贫民，军政府没时间也没经济能力对他们进行系统的军事训练。因此，革命军各部虽然形式上具备军师旅团营连排的编制，其实多是乌合之众。想依靠这样的军队推翻清王朝，是不现实的。
南北方还处于战争状态，孙中山其实是一个“战时总统”。南京临时政府成立后，随即号召北伐，并没有放弃用战争推翻清朝的打算。可孙中山能够直接指挥的军队，只有聚集在南京周边的少数军队。南京的军队素质普遍很差，黄兴认为这样的军队根本没法和北洋新军作战。各地派来参加北伐的军队中，有战斗力的部队很少。至于各省都督的军队，黄兴是调不动的，他和湖北军界和浙江军界的关系很糟糕，更是无法指挥这两处军队。孙中山既没有嫡系部队，又没有支持战争的经济能力，实际上他的军令往往出不了南京城。孙中山的可贵之处就在于，他往往明知不可为而为之，用坚毅、刚强和乐观，组织起了一次北伐。
早在1月4日，孙中山就致电广东陈炯明，命令他迅速出兵北伐：“中央政府成立，士气百倍，和议无论如何，北伐断不可懈！广东军民，勇敢素著，情愿北伐者甚多，宜速进发。”11日，孙中山宣布自任北伐军总指挥，任命黄兴为陆军总参谋长，并制定兵分六路直捣北京的宏伟北伐计划。诚如孙中山北伐需要向陈炯明等地方都督要兵一样，临时政府的北伐本质上是一个空架子。由各地派兵拼凑起来的北伐军，是由乌合之众仓促组成的。只在安徽、江苏北部和陕西、山西等局部地区有过小规模的战斗经验。其中最值得称颂的要数从东北逃难而来的蓝天蔚。他在1月率领主要由上海起义敢死队和青年学生组成的北伐军数千人，联合部分沪军、闽军和光复军，分乘海容、海琛和南琛三艘军舰以及其他运输船从海路北上，进攻山东沿海地区。这支北伐军成功攻占了烟台，并且和京畿及关外的革命党人取得了联系。这是临时政府北伐取得的最骄傲的成果。不过很快就遭到了山东清军的阻扰，进展局限在烟台一地。
临时政府在财政、军事两方面困难重重，步履蹒跚。革命党人内部却弥漫着一股“改朝换代”成功之后的喜悦之情，很多人堕落了，沉溺于胜利后的享受之中。南方富庶的大城市都在革命党人囊中，各级政权需要建立，有些革命党人热衷追求个人的官位与利禄，修建私宅、迎娶妻妾、贪污受贿，甚至喝花酒吸鸦片。晚清官僚的腐朽作风，在一些新人身上迅速扩散。蓝天蔚在大连革命失败、逃到南方后，见到同志们的堕落情形，痛心疾首，泣告大家：“目前汉阳已被清军攻破，清廷正在进行最后挣扎，敌众我寡，大家齐心协力尤恐难于取得最后胜利，现在竟内讧起来，重蹈太平天国的覆辙，这怎么能行呢?”为了引起注意，蓝天蔚举枪自击，击伤了左腕。还有革命党人错误认为，革命党本为革命建立，现在革命成功、政府建立，革命组织已经没有存在的必要了。他们鼓吹取消革命组织，转入和平的建设，还批评那些坚持参加革命活动的同志们“恐怖”、“恋栈”。
除了“改朝换代”等错误思潮兴起外，革命阵营本身存在的问题（派系斗争、缺乏执政人才等）在革命初步胜利后，也被放大了。各种错误思想搅和在一起，革命党人祸起萧墙，出现了内讧苗头。孙武、张振武、刘成禺等人是武昌首义英雄，但在临时政府成立后没有得到“安排”，气愤之余开始大肆攻击同盟会和孙中山、黄兴。刘成禺公开辱骂孙中山为“海贼”。部分湖北旧官僚和立宪党人组织了“民社”，推黎元洪为首领，企图与孙中山的临时政府分裂。
最让亲者痛仇者快的内讧发生在上海。策划上海光复的同盟会陈其美与光复会李燮和在胜利后各自为政，李燮和占据吴淞，自称吴淞都督，和陈其美武力对抗。而陶成章则设光复军司令部于上海，招兵买马，威胁到陈其美的权势。光复会的力量在浙江盖过同盟会，原来的都督汤寿潜被孙中山任命为交通部长后，浙江方面有意推举光复会领袖陶成章为新都督。这更加引起作为浙江人的陈其美的嫉妒和猜忌。陈其美冲动之下，指使拜把兄弟蒋介石在上海法租界广慈医院将陶成章暗杀。（蒋介石事后被安排去日本“躲避风头”。）陶成章遇刺前还在病床上慷慨陈词：“现时对异族革命虽渐成功，但政治革命尚甚艰巨。北方未定，北伐尤急，满清残喘，原不足平，但北洋军阀势盛，尤以袁氏司马昭之心路人皆知，不可不有严重策略对付，当须国民加倍团结，一致铲除，免得再勾结帝国主义祸国加甚。”陶成章死后，《民立报》刊登大标题新闻：《陶成章死不瞑目》。光复会的势力迅速削弱。（该会另一重要领袖李燮和之后北上投靠袁世凯，后来参与袁世凯窃国。）
临时政府的困境和革命内部的分化，让新政权对社会的控制力减弱。社会并不稳定。——当然，其中也有新旧交替时带来的不稳定因素。
晚清时的社会控制不见了，新政府又提倡民权和自由，社会一下子不知道怎么个“民主”法，不小心就自由过头了。比如各种社团纷纷成立，多如过江之鲫。上海一地在光复后一下子冒出80多个大社团来。至于几个人在上海弄堂亭子间里宣布成立的小社团就更多了。广州则有110多个。“那时办社团的职员，胸前襟章，挂着十个八个，缎绸的也有，洋布的也有，铜银的也有，五光十色，随风飞扬。因为有些出风头的投机分子，一身而兼十多个社团，什么会长、社长、理事、董事、干事、主任等职，聚于一身，东也开会演说，西也开会通电，忙不开交。最奇怪的，有些社团且备有一方长方形木板，写了‘请众鼓掌’四字，准备显要们到会演讲时，演到某一段落，宣布员把这块木板向着听众一摇，台下掌声如雷，跟着发响了。”而“社团的加入，手续简便，只填一张入会书，缴两三元会费，即发给襟章一个。因之诸色人等胸前挂有襟章的，触目皆是。好像身上没有襟章，是不时髦，不爱国，甚至反对共和似的。”可见，其中真心为国家建设和社会发展计的社团不多，多数是为私人牟利或者干脆混吃混喝的。民国初年，上海方言中多了一个词，叫做“亭子间政治家”，说的就是这些“混”社团的人。
每次政权更迭，总有不法分子浑水摸鱼。独立时的战斗，也在社会上留下了不少军火和散兵游勇。治安问题考验着新生政权。在广州，军政府为了用显示革命军“强大”的方法来震慑不法分子，经常让革命军士兵在街头巷尾晃悠。士兵们手提白布巾，包着一个牛奶罐式样的东西，对外假称是炸弹，或者在香烟盒子或者牛奶罐子里藏些泥沙，照样用布包起来，对外假称是军火。有时候，革命军也要演示一下“炸弹”的威力。没有真炸弹，怎么办？有人就想到用电灯泡代替，把电灯泡装些铁片火药什么的，甩出去声音不小，迸发出来的碎片还有一定的杀伤力。光复初期，广东警察厅长是陈景华。广东都督给了陈景华特权，允许他对案卷不用呈准，可以断然处理便宜行事，只须事后呈报备案。这就给了他“先斩后奏”的特权。陈景华执法严苛，广州城内许多鼠窃狗偷的地痞、扒手、流氓，秘密社会的会员、打手，恃强凌弱的暴徒、流氓，都被抓起来吃“莲子羹”（广东话把枪毙讳称为吃“莲子羹”）。有一个时期，枪决犯人之前都给他一支“强盗牌”香烟抽，结果导致强盗牌香烟无人问津。广州好在有一个陈景华，军政府尚能稳定治安，少数缺乏强权人物的地方，治安问题堪忧，最后不得不搬出晚清时候的那一套严刑峻罚，或者干脆把晚清衙门的那一帮书吏衙役都召回来稳定社会局面。
临时政府举步维艰，独立各地社会不稳，拥戴袁世凯出任总统收拾局势的声音日益响亮。黄兴致信袁世凯说：“明公之才，高出兴等万万。以拿破仑、华盛顿之资格出而建拿破仑、华盛顿之事功，直捣黄龙，灭此虏而朝食，非但湘鄂人民戴明公为拿破仑、华盛顿，即南北各省当局亦无不有拱手而听命者。苍生霖雨，群仰明公。千载一时，祈毋坐失。”
难道临时政府的困境只有请出袁世凯才能解决？袁世凯会接受民主共和吗，革命党人又如何约束他呢？