处于革命高潮中的武汉，在轰轰烈烈中，也潜伏着危机。暗里明里的反动派，集中而猖狂地攻击席卷两湖地区的不无激烈、过火的农民运动。毛泽东为了证明农民运动的合理性和必要性，反击这股逆流，于1927年初深入到湖南农村进行考察，写成了《湖南农民运动考察报告》。3月5日，《战士》周刊连续刊载，《向导》、汉口《民国日报》等相继发表前两章。3月28日《湖南民报》开始连载。瞿秋白到达武汉，读到毛泽东的报告，表示了钦佩和赞同。4月中旬，他把这篇报告交给共产党办的长江书店出版单行本，广为传播。书名改称《湖南农民革命（一）》。这是计划出版的湖南农民运动系列丛书的第一本。由于局势发生了变化，以后各本的出版计划未能实现。4月11日深夜，瞿秋白为毛泽东的这篇报告写了一篇热情洋溢而又旗帜鲜明的序言。他写道：
中国所谓“成则为王败则为寇”，谁是寇呢？都是失业贫困而暴动的农民。谁是王呢？都是利用暴动农民而得胜的“土匪头儿”。……如今的世界可大不相同了。西洋外国的世界革命起来了，是把俄国的“土豪头儿”，“巨腹贾”的代表——所谓“察尔”（Tsar）也者，和大资本家，一箍脑儿推翻了。这是谁做成功的事？是工人，所谓无产阶级率领的革命呵！中国的无产阶级也就起来，他在城市中的斗争足以率领三万万九千万的中国农民。中国农民从今以后渐渐的要脱离土匪头儿的利用，他们现在有了新的领袖——工人，这个新的领袖的利益是和他们相同的，是能率领他们革命到底的，不象土匪头儿似的，事成了自己便去当皇帝。……
中国农民要的是政权，是土地。因为他们要这些应得的东西，便说他们是“匪徒”。这种话是什么人说的话！这不但必定是反革命，甚至于不是人！
农民要这些政权和土地，他们是要动手，一动手自然便要侵犯神圣的绅士先生和私有财产。他们实在“无分可过”。他们要不过分，便只有死，只有受剥削！
中国农民都要动手了，湖南不过是开始罢了。
中国革命家都要代表三万万九千万农民说话做事，到战线去奋斗，毛泽东不过开始罢了。中国的革命者个个都应当读一读毛泽东这本书，和读彭湃的《海丰农民运动》一样。
在中共中央领导人中，瞿秋白是彭湃、毛泽东从事农民运动的最坚定的支持者。 农民土地问题，固然是中国革命的基本问题，但根本解决农民土地问题，是一个长期的历史过程，其复杂性、艰巨性不容忽视。孙中山在世时，国共两党达成共识，北伐战争中农村实行减租减息，而不是立即进行土地革命，不能采取暴力手段夺取地主土地。这是大革命时期农民运动的底线，符合中国农村实际。如果没有强大的武力后盾，没有巩固的政权保障，没有正确的方针政策和可靠的干部队伍，就要突破这一底线，势必导致可怕的后果。共产国际第七次全会决议到达中国之前，鲍罗廷、毛泽东等多主张减租减息，并不提倡打倒地主，而在决议到达之后，态度发生根本转变。鲍罗廷嫌湖南农民运动不够激烈，警告国民党人对中小地主不可采取温情主义；说真正农民不容易起来革命，要痞子、流氓作先锋。毛泽东则提出“矫枉必须过正”，“每一个农村都必须造成一个短时期的恐怖现象”。瞿秋白为毛泽东的小册子写序时，两湖农民运动已渐呈失控状态。六月间，鲍罗廷、陈独秀以及武汉政府试图纠“偏”刹车，为时已晚。事实说明，不受约束的群众运动与北伐战争并举、土地革命与统一战线并存的政策难以协调。群众运动作用愈大，一旦形势逆转，其所受损害也愈重。后来发生的蒋介石反共“清党”，首先殃及的就是工农群众。
中共中央宣传部设在汉口英租界辅义里27号的一栋二层楼房内，楼下是中宣部机关，楼上就住着瞿秋白。他除了负责中央的工作、主持宣传部外，还担任中央军事政治学校武汉分校的政治教官，工作非常紧张。他到军校讲课时，不得不穿上军服，但回来马上就脱掉，依然是文人风度。这时，正在武汉的国民革命军总司令部政治部主任郭沫若，不时到中共中央宣传部来。瞿秋白敬佩郭沫若，说他敢于当面拂逆蒋介石，有一种四川人豪放不羁的气概，一种浪漫主义的色彩。
4月初，中共中央派沈雁冰接替高语罕担任汉口《民国日报》总主笔。这个报，名义上是国民党湖北省党部的机关报，但实际上是共产党办的：报社社长董必武，总经理毛泽民，而编辑部的编辑人员除一人是国民党左派，其余都是共产党员。报纸的编辑方针、宣传内容也是由中共中央宣传部确定的。因此，沈雁冰就去找瞿秋白。沈雁冰后来回忆这次相见的情形时说：“我们已有几个月不见面了，不免倾谈一番各自的经历和感受。他精神烁烁，但头发却留得很长，大概没有时间理发。他听说我要编汉口《民国日报》，就说，当前的报纸宣传要着重这样三个方面：一是揭露蒋介石的反共和分裂阴谋；二是大造工农群众运动的声势，宣传革命道理；三是鼓舞士气，作继续北伐的舆论动员。他说《民国日报》过去办得不错，旗帜很鲜明，就照这样继续办下去。他对蒋介石的反动很忧虑，说此人十分阴险，嘴上讲的和实际做的完全两样，现在掌了军权，又有了京沪杭的地盘，完全是个新军阀，将来后患无穷！果然不出秋白所料，没有过几天，蒋介石就在上海对共产党和革命群众大肆屠杀。”
身在上海的杨之华，在上海总工会以非凡的活动能力和卓越的组织才能，参加了上海工人第三次武装起义准备工作。她与瞿秋白保持着书信联系，时常写信告诉他上海的情形。瞿秋白写信要她谨慎地工作，并指出，革命前途远大，但革命道路不是一帆风顺的。4月13日，蒋介石的军队在宝山路屠杀举行抗议示威的工人群众时，杨之华也在游行队伍当中。在前一天，即4月12日晚上，她接到中央从武汉拍来的电报，要她立即动身到武汉，并且收到了一张长江轮船的船票。杨之华于13日乘轮船离开上海前往武汉。瞿秋白见到杨之华，愉快地对她说：“我们离别一个月，革命的进展比一年还快！”他取出三个文件交给杨之华。三个文件是：《湖南农民运动考察报告》、《俄国资产阶级革命与农民问题》手稿和《中国革命之争论问题》手稿。瞿秋白对杨之华说：“这是我在武汉和你见面的礼物。”难道他们没有别的什么话要说吗？分开了一个月，却像天天还在一起，除开不断的通信以外，他们的心灵始终是相通相系的，那是一股无形的力量把他们紧紧连接在一起了。这两个青年革命家的爱情，是建立在革命第一、事业第一的崇高信念上的。奔波，离索，甚至随时可能遭到的逮捕和牺牲，都不能够迫使他们离开斗争和事业，哪怕是后退半步。他们的每一次重逢，又成为新的奋斗的起点。
“一切为革命的胜利！”
随着革命的深入，武汉国民政府同蒋介石在南京建立的反革命政权，形成了尖锐的对立。武汉政府管辖的湘鄂赣三省的群众革命运动，还在继续高涨。4月中旬，掀起了声势浩大的讨蒋运动。工人阶级收回汉口、九江英租界后，工会组织猛烈发展；武汉工人建立了一支拥有五千人、三千支枪的工人纠察队。农民运动从减租减息，发展到摧毁地主政权和解决土地问题的阶段，两湖地区普遍建立了农民武装。4月初，国民党中央党部成立由邓演达、谭平山、毛泽东、徐谦、顾孟余五人为委员的土地委员会，研究解决土地问题的方案。武汉政府处于帝国主义和各派军阀包围，经济和财政面临严重危机。除了进行内部的斗争外，必须设法打出去，发展革命势力，才能巩固自己的地位。当时，关于武汉政府的战略方向问题，意见纷纭。瞿秋白早在4月初，就与吴玉章等提出，把第四军调到南京，以呼应上海的革命势力，监视蒋介石的行动。因鲍罗廷反对，未能实现。4月16日，周恩来、赵世炎、罗亦农、陈延年、李立三等从上海致电中共中央，建议迅速出师东征讨伐蒋介石；这时，瞿秋白又提议先打南京的蒋介石，然后北伐张作霖。但是，共产国际和斯大林主张直接由武汉出师河南进行北伐。鲍罗廷主张北伐到西北去，打通国际即中国与苏联之间的路线；罗易则着眼于布置巩固武汉政府的防线，又建议武汉部队适时南下广东。中共中央内部，陈独秀、彭述之、张太雷等赞成鲍罗廷直接北伐的主张。蔡和森主张在立即实行土地革命条件下进行北伐。张国焘、谭平山主张南征。最后，北伐主张占上风。4月18日，经国共两党联席会议决定，以唐生智为总指挥，率军于19日出师北伐。6月初，唐生智军与冯玉祥军会师郑州。
武汉政府的正确战略，应是周恩来、瞿秋白建议的东征讨蒋，而不是北伐。东征讨蒋之策不被采纳，危害甚大，它使蒋介石得以免除西顾之忧，集中兵力进攻江北，占据徐州，解除北面的威胁，巩固了南京政权。而南京蒋政权的巩固，进一步加紧对武汉的经济封锁，打击和破坏武汉政权，策动军事叛乱，促使汪精卫由动摇走向反动，并影响和拉拢冯玉祥，最终造成蒋汪冯合流，一齐扑灭中共和工农革命力量。
这时，瞿秋白同陈独秀、彭述之的分歧和争论，逐渐表面化。为了有准备地进行这场不可避免的争论，从1927年2月开始，瞿秋白带病整理了他从1923年到1926年间所写的政治理论文章，和一部分文艺杂著，共约130篇，编成《瞿秋白论文集》，内分八类：中国国民革命的问题；帝国主义与中国；买办阶级之统治；国民会议与五卅运动；北京屠杀后国民革命之前途；世界社会革命的问题；马克思列宁主义的理论问题；赤化漫谈。这是对四年来理论工作的自我回顾。依据共产国际第七次全会决议，在回顾和总结过去理论工作的基础上，瞿秋白开始撰写批评陈独秀、彭述之右倾错误的小册子《中国革命中之争论问题》，全文约七万六千字，然后携往武汉，油印成册，准备提交中共第五次全国代表大会讨论。
1927年3月以后，中共中央委员们陆续集中于武汉三镇，留在上海的中央委员到3月底只有陈独秀和彭述之了。4月2日，共产国际代表罗易自广州经湖南到达武汉。彭述之、蔡和森也先后到达。从4月4日到20日，在武汉连续召开了共产国际代表、中共中央委员和湖北区委的联席会议，先后参加会议的有瞿秋白、谭平山、蔡和森、张国焘、张太雷、罗章龙、毛泽东、陈延年、彭述之、邓中夏以及罗易、维经斯基、鲍罗廷等。会议决定成立一个常务委员会，当即选举瞿秋白、谭平山、张国焘为常务委员。决定电催陈独秀速来武汉，并把中央迁往武汉。会议决定成立三个委员会，为第五次代表大会准备文件，并通过了各委员会的主持人：农民土地问题委员会瞿秋白、毛泽东；职工运动委员会李立三；组织委员会张国焘。这时，在上海的陈独秀，执行共产国际对蒋介石缓和、实行“蒋汪合作”的政策，居然在蒋介石即将大肆屠杀共产党人的严峻时刻，于4月5日同从国外返抵上海的汪精卫发表了联合宣言，为蒋介石涂脂抹粉，帮助蒋介石解除了共产党和革命群众的思想武装。当陈独秀从上海来到武汉之前，蒋介石已经在4月12日向共产党人和革命群众开刀了。上海屠杀发生后，在一次有罗易、维经斯基和张国焘参加的会谈中，瞿秋白以愤怒的语气，指出中共中央存在着严重的危机：武汉的共产党人和革命者积极反蒋，中央却对蒋介石抱有幻想，因而招致“四一二”的严重打击；广东的党组织早已主张土地革命，中央却不赞成，这些都是丧失中央领导威信的严重危机。但是这种危机是被人（指维经斯基）掩盖了，远在莫斯科的共产国际因而无法知道详情，也压抑了党内的自我批评。这些话主要是针对陈独秀、彭述之而言，也连带指责了维经斯基。在党内，以瞿秋白为代表，一些同志开始认识到中央领导上的右倾错误，并开始要求改变右倾错误的指导。
4月中旬，陈独秀抵达汉口。下旬，中央召开预备会议，就第五次代表大会日程、报告和会务机构等进行讨论。在讨论党的工作总结时，对中山舰事件、整理党务案、“四一二”事变等重大事件中党的指导方针，发生了争论。陈独秀的得力助手彭述之，处处维护陈独秀的家长之尊，为过去的退让妥协错误进行辩解，同时挟陈以自重，动辄说：“老先生（指陈独秀）的意见同我一般。”在他看来，中国共产党的领袖除了陈独秀以外，非他莫属。因此，在党中央领导层中，与右倾错误进行斗争，并不是轻而易举的事。预备会议没有结果，瞿秋白心情很沉重。他预感到问题不易解决，但这一场斗争必须坚持到底。
我将我对于党的意见，亦许是大家不能和我一致的，完完全全地说出来。我肯定地说：我们的党是有病。凡是有病的人，如果讳疾忌医，非死不可。而我们党的第一种病，便是谄疾忌医。
斩首是中国皇帝的东方文化，是中国的家常便饭。
但是我要做一个布尔塞维克，我将服从真正列宁主义的纪律，我可不怕皇帝制度（Bogdyhanism）的斩首。我敢说：中国共产党内有派别，有机会主义。
如果再不明白公开的揭发出来，群众和革命要抛弃我们了。我们不能看党的面子，比革命还重。一切为革命的胜利！
瞿秋白正是抱着这种捍卫真理的精神，参加党的第五次全国代表大会的。
“第三国际，还是第零国际？”
1927年4月27日至5月9日，中国共产党第五次全国代表大会在武汉召开。开幕式在武昌第一小学校举行后，第二天便移到汉口的黄陂会馆。在开幕式上，陈独秀担任会议主席。共产国际代表致祝词，徐谦代表国民党中央致祝词，国民党要人谭延闿、孙科等与会表示祝贺。过了几天，汪精卫也专程到大会发表了演说，受到热烈的欢迎。出席大会的正式代表八十二人，代表五万七千九百多名党员。这是自建党以来一次空前盛大的集会。