张东荪面对如此激烈的批判，颇为疲惫，思想压力很大。在张澜、罗隆基和梁漱溟的劝说和帮助下，1952年8月，张东荪作第四次检讨，主要是关于张东荪与美帝国主义的关系，如与司徒雷登的关系等等。但民盟许多人并不满意，认为张东荪仍不老实交代问题，还是多方面掩饰其罪行。为什么会出现这种情况？因为到了此时，张东荪的问题更加严重，已经由一般思想与历史问题，转变为现实问题。
当时，民盟主席张澜亲自与李维汉、徐冰去见毛泽东，向毛泽东说明了张东荪在燕京大学数次检讨都未通过的情况。毛泽东说:“这样的人棗坏分子张东荪，我们不能坐在一起开会了。”张澜说:“东荪先生的问题，还是从缓处理为是。”李维汉告诉张澜说:“我们不能和这样的坏人合作，他出卖了国家情报。”张澜听后，顿然感到问题的严重性。
原来，与张东荪有过联系的王志奇此时已被国家公安机关逮捕，并且很快承认自己是美国特务，对自己的罪行作了交代，咬定张东荪向自己提供了国家机密。这样，对张东荪的批判，便由“思想改造”一下子转变为“叛国罪行”的控诉；批判焦点也由检讨政治和思想问题，转变为交代建国后与美帝特务“勾结”问题。
当向王志奇提供“情报”的情况揭露出来后，张东荪也真正感到问题的严重性。他从身体到精神被彻底击垮了。1952年9月6日，张东荪在民盟内部写了一个书面检讨，即第五次检讨，开始承认了一些自己“勾结美帝国主义的叛国罪行”，坦白交代了与王志奇认识的过程，对自己坚持走“中间路线”的错误进行了批判，表示“用他来联系美帝的媒介，我自己应负全责。不管他是什么样的人，我对于我所做的危害人民的事，我是有完全责任的。”到了此时，张东荪忽然间发现自己犯了一生中自己最不能原谅、也最荒唐的政治错误。他感到无地容身，屡想自杀。但想到自杀更对不起人民，不如听候处理，受应得的处分。
1952年10月，民盟召开中央常务委员会第33次扩大会议，决定撤销张东荪盟内一切职务，令其彻底交代，听候处理；指定章伯钧、罗隆基、史良、胡愈之、许广平、曾昭伦、吴含等人组成审查小组，审查张东荪叛国罪行。同时让张东荪进修学习，进一步作检讨。这种宽大处理，出乎张东荪意料之外，他“不知如何才能报答此宽大的恩惠，我决定老老实实学习，以我的余年报答毛主席。”
1952年12月3日，张东荪作了《补充检讨》，12月10日又作了《补充检讨再补充》的书面交代，12月28日作了《补充检讨事实部分再补充交代一个事实》，对自己与王志奇会谈的详细情况作了交代，并对自己犯这样错误的动机和思想根源作了深刻检查。张东荪除承认关于预算是故意透露的、是犯了“大罪”外，坚定认为没有为王志奇提供情报；他承认自己发过一些不满于现状的牢骚，这些可能被王整理为所谓“情报”，但他决不认为这些是自己主动提供了情报；他只承认自己被王志奇利用了，但绝不承认自己与美国特务合作；更不承认自己是“美国特务”。
自张东荪“叛国罪行”被揭发并在民盟内部传达后，各地方组织大都举行了座谈会，并要求严惩张东荪。民盟中央常务委员会召开第41次会议，以“出卖1950年国家总预算详细数字的情报”、“出卖我抗美援朝的重大政治军事机密”、“出卖有关国防资源情报”、“替美帝国主义找政治市场”、“掩护美帝特务活动”、“与美帝公开挂着使领名义的特务人员经常保持着联系”等罪名，被指控为“严重的叛国问题”，被定为“中国人民的敌人”、“美帝国主义派在我们新中国的特务”；同时以“领取汪逆伪组织津贴”、“与国社党、汉奸头子共提卖国提案”、“未与反动的民社党割断关系”、“解放之后，还企图帮助战犯张君劢混入新中国进行其阴谋活动”等罪名，被定为“汉奸”。会议决定开除张东荪盟籍，并提请政府依法处理。
张东荪被民盟中央开除出盟后，当时，有人主张应将他逮捕法办。但出乎人们的意料，毛泽东却主张让张东荪辞职后既往不咎。据说，毛泽东指示：按人民内部矛盾处理，养起来。这样，张东荪在辞去中央人民政府委员和政务院文教委员会委员后，便闲赋在家，结束了政治生命。
“张东荪案件”的内幕目前尚不清楚。张东荪虽通过王志奇与美国方面联系，同时也向王提供了一些“情报”，利用王作中间人来与美国建立联系，但他的动机显然是要开辟一条与美国和谈的渠道。在当时全国抗美援朝运动如火如荼的背景下，张东荪居然想与美国联络，并企图以“调人”身分来调解中国与美帝国主义的冲突，这种行为被认为是“反革命”活动，这些活动被被指控为“叛国”，他也因此被认为是“美国特务”，这在当时是很正常的事情，也是易于为人接受的。实际上，无论出于何种动机，他泄露国家预算机密，总是犯了重大的政治错误。
张东荪虽然在1952年对自己的所谓“叛国罪行”作了交代，承认自己犯了“大罪”，但他却拒不认为自己是美国特务，更不认为自己是卖国或叛国分子。相反，张东荪自信自己这番努力决不是为了个人，而是为了中国免受灾难，是爱国的。事实真相究竟怎样，恐怕还需进一步探讨。至于指控他在抗战期间与日伪合作，是“汉奸”，则显然是没有充分根据的。
作诗寄托晚年愁，八十老翁再入狱
1952年后，张东荪结束了自己的政治生涯，但还保留了北京大学哲学系教授。1951年燕京大学停办，哲学系随后合并到北京大学哲学系，张东荪便成为北京大学哲学系的教授。然而，这样一位政治上“反动”的“美国特务”，怎会有上课的资格？所以，从此以后他也再没有登上讲台的机会。此后的张东荪，真正是闲赋在家。1958年，他的人事关系从北京大学转到北京文史馆，由文史馆发工资，家也从朗润园178号搬到城坊37号。
张东荪一生总是以哲学兴趣为主，同时又不能忘情于政治。1952年后，他结束了政治生涯，没有可能再关注政治了；他早就抱定要以教书终其一生，即使在政治上最得意时也不愿脱离教育界，但此时也失去了教书的资格。政治上的错误，对张东荪晚年是刻骨铭心的打击；而失去教书的资格，使张东荪晚年的精神受到了严重的损伤。过去的老朋友也不敢、或不便见他，昔日门庭若市的热闹景象已成过海烟云。张东荪内心感到从未有过的孤独和伤感。
“百年豪气向谁倾，倒海空尊亦数擎；厌世攀天无一可，但将诗境慰此生。”这样，张东荪开始重新作诗赋词，借以自遣。
望着老友梁启超给他的对联“风波旧忆横身过，世事今归袖手看”，张东荪对梁启超晚年的心境有了真切的体验。这又何尝不是自己此时此刻的心境？老泪盈眶的他挥毫和曰：“劫后遗墨供摩挲，卅载人天眼已磨；袖手吾今观世事，风波回首几经过。冷雨连霄自忍寒，一朝凄对忆南冠；千秋寂寞如椽笔，只伴孤灯掩泪眼。”
春风秋雨，夏虫冬雪，这些本来美好的自然景物，此时都随张东荪孤独与伤感的心境变得那样萧杀与凄凉。夏雨是苦的，如心一般的苦，“点点顿成泥潦势，丝丝何啻泪珠莹”；夏叶是凉的，似情一般的凉，“无端叶落惊秋早，不尽萧萧万里情”。眼望一汪秋色，徒增满目伤感：“风来如水折余谑，凉到人间亦暗惊。天际晚霞绕旖旎，野封秋色太分明。湖边丛荻枯犹战，床下幽蛰咽不鸣。偶欲登高壑倦眼，长空无际白云横。”政治上自认为得意之事，此刻竟颇显荒唐；数年前还引以自豪的出城和谈，此时竟是那样的令人可笑：“深感清诗记我狂，梦回犹自对苍茫；书生谋国直堪笑，总为初心误鲁阳。”
从1952年到1955年，三年间，张东荪竟作了200首诗词。他自号“独宜老人”，将这些诗词结集，命名为《草间人语》。1955年12月，他自写跋文以记述：“行年六十有七，始学为诗，继而又勉为词，乃竟忘老至，不自量力，妄欲与诗伯词宗抗手，亦良堪发也。三年间积稿，词得一百三十阕，诗七十首，录而存之，以诗附词后，共二百首，颜曰《草间人语》，仅为自览之便而已。”到了此时，张东荪由于对佛学义理有了较深体晤，孤独与伤感之意渐消，心境趋于平静，对于世间炎凉、身世沉浮看得也深，因而自笑当初情绪的消极。他为《草间人语》自题曰：“本来万物俱潜迁，烦恼只因道未坚；寂寞料知千古笑，诗成却作自家禅。”
作完《草间人语》，张东荪表示：“今七十已届，遂不复再作矣。虽不必如疆村所云理屈词穷，然亦精力就衰，宜不再有作也。”然而，诗词毕竟是晚年张东荪排忧解难的最好方式，他能放弃的了吗？