皖南事变以后，姚雪垠离开第五战区回到故乡河南邓县。不久，到安徽立煌（今金寨县），利用桂系矛盾和私人关系，暂存其身。其间，他以别人的名义主编《中原文化》半月刊，并写出长篇小说《戎马恋》和一些文论，后来结集为《小说是怎样写成的？》。1943年1月，姚雪垠到达重庆，不久，被选为全国文艺界抗敌协会理事兼创作研究部副部长。2月12日，姚雪垠在重庆《新华日报》副刊上发表一篇文章，题目是《需要批评！》。在此文中，姚雪垠针对当时文坛上异样的平静，满怀真诚和热情地呼唤批评，呼唤公正的批评家！他说：“一部作品，当没有发表的时候，它属于作者所有，和社会不发生密切关系，但发表之后，它便不属于作者，而属于社会，……倘若批评家指出来真正毛病，作家应该毫无吝啬地将原作加以修改，好让这作品对社会发生更好的影响。”并说，“门户之见，主观主义和残留的旧文人的孤傲习性，都会障碍作家和批评家握起手来。”最后，他呼吁，“制造有滋养价值的食物给读者，是作家的责任；遇到真伪混杂，甚至糖果与砒霜混在一起的时候，就需要批评家帮助读者选择了。”文章发表后，当即受到周恩来的高度赞扬。并指示《新华日报》的同志将该文作为整风学习材料。他的这些观点即是在今天，其价值仍然不逊当年。优秀的作家和优秀的批评家永远是时代所需要的！
1945年春，姚雪垠到四川三台，担任东北大学中文系副教授。同年夏天，姚雪垠开始创作长篇小说《长夜》。1947年，这部小说由上海怀正文化社出版。他在酝酿《长夜》时，原计划写出一个“三部曲”来全面反映从清朝末年到民国初年时期，河南农村的历史变迁。第一部是《黄昏》，第二部即《长夜》，《黎明》为第三部。结果，只写出《长夜》这部带有浓厚自传色彩的作品。作者“力求写出我少年时代一段生活经历的本来面貌”。小说的历史背景是上个世纪20年代前期处于半封建半殖民地的中国农村。当时，广大的农民们饱受军阀混战、封建地主阶级的残酷剥削和帝国主义的经济侵略，犹如处于漫漫无长夜之中，等待他们的只有破产的悲惨命运。失去了宝贵的土地，大批无路可走的农民不是流落他乡，就是去当兵，或是占山为王当土匪。这时期，在中国北部的广大农村，马列主义的思想还没有传播到这里，农民们还没有接受无产阶级政党的领导，他们的斗争还不是自觉的阶级斗争，仅限于为了生存的“低级形态的武装叛乱”，“是社会的破坏力量”。姚雪垠以现实主义的表现手法，运用口语化的朴素、生动的语言，通过小说主人公陶菊生被土匪绑票后，在土匪窝里的见闻，生动地刻画出在那个历史背景下，活跃在河南农村的一群土匪形象。他们过着奸淫掳掠的土匪生活，善良本性被严重扭曲、腐蚀，还看不到未来的出路……小说描写了不同阶级、各具个性的多个人物形象。小说虽然描写的是河南农村的社会生活面貌，但揭示的却是“20年代前期从汉水流域、淮河流域、黄河流域……直到关外，大半个中国相当普遍的社会现象”。1984年，这本小说被译成法文在法国巴黎出版发行，当即引起读者抢购热潮。有的评论文章称，它“是一部最写实而惊险的小说”；有的说“《长夜》是一部历史性、真实性很强的书，真正反映了中国二、三十年代的社会生活的风貌”。其法译本在1984年法国举行的世界名作家会议上赢得了马赛市纪念勋章。
姚雪垠一生创作勤勉，作品丰硕。几乎各种文体他都曾涉猎，尤以小说创作为最突出。他的小说取材也相当广泛，但其中又以描写他所熟悉的农村生活的题材占的比重最大。这些小说，从一个侧面反映了上个世纪上半叶中国农民的精神风貌和农村生活的民俗风情。尽管他遗憾自己不是一个农民的儿子，但他的心、他的生命却和他脚下的那片厚重黄土地融为一体。如果说《长夜》的问世，是姚雪垠小说创作所达到的一个峰巅，那么，酝酿、创作历经30多年。耗尽他半生心血的长篇历史巨著《李自成》，不但是他个人所攀登的一个辉煌顶点，也是中国文学宝库乃至世界文学长河里熠熠闪耀的一颗明珠。全国解放前夕，姚雪垠一直住在上海。他在继续从事创作的同时，还在浦东高行一所农业学校教语文课。这一年，他除了写作电影剧本《万里哀鸿》等作品外，开始为创作历史小说《李自成》做准备：主要是研究明代中后期历史沿革资料等。为此，他还写出论文《明代锦衣卫》和读书笔记《明代的特务政治》、《崇祯皇帝》。写前一篇他说是“借论述锦衣卫影射蒋介石的特务政治”，后两篇虽然都没有最后完成，但使他比较系统地了解了明朝历代皇帝的统治手段，尤其是崇祯皇帝的政治生活以及他的悲剧性格形成的诸种原因。上海解放后，姚雪垠一边下工厂体验生活，一边在私立大夏大学做兼职教授，次年任该大学教授，还兼任副教务长和代理文学院院长。对于今后自己的人生道路，姚雪垠曾颇费一番考虑。他说：“对于下半生是教书还是继续创作，我费了差不多一年的考虑，终于决心继续搞创作。”1951年夏天，华东师范大学即将成立之际，姚学垠离开大夏大学，回到河南，从此婉绝所有大学的聘请，致力于创作。
1953年夏，中南作协在武汉成立，姚学垠调到中南作协，从郑州移居武汉。此后四年中，姚雪垠发表的主要文论作品有：《试论〈儒林外史〉的思想性》、《牛全福和百泉发电厂》（报告文学）、《胡适和白话运动》、《回到祖国的岗位上》、《谈打破清规戒律》和《现实主义问题讨论中的一点质疑》等。1956年，姚雪垠还将自己的中篇小说《携手》改写为长篇小说《捕虎记》。小说写了一个面粉厂的师徒俩的故事。师傅技术好，但思想保守；徒弟富有革新精神，技术却很差。两个人之间不免经常产生摩擦。一个潜藏的阶级敌人遂利用师徒俩的矛盾，破坏社会主义生产。最后，阶级敌人被打倒，师徒俩也提高觉悟，携手搞革新，发展生产。小说反映了在社会主义建设初期，工人同志们在平凡的岗位上团结进取，努力创新，坚决打击阶级敌人的破坏，为新中国的繁荣昌盛默默贡献着自己的力量和智慧。就在这部小说即将由作家出版社出版时，反右派斗争开始了。1957年秋，姚雪垠被错划为右派，戴上“反党反社会主义”的帽子，遭受到不公正的猛烈批斗。姚雪垠忍辱负重，始终坚信将来某一天，党会实事求是地看待他的问题。历史总是迂回曲折地向前发展，而相信党、相信群众与相信历史的发展是统一的。他不但用“历史运动过程论”安慰自己，也用它鼓励那些同是被错划为右派的同志。正是凭着坚定的信念，姚雪垠在经受批斗的同时，开始动笔写长篇历史小说《李自成》。在不到十个月的时间里，姚雪垠不但完成了《李自成》第1卷的详细创作提纲，第2卷的创作提纲也写了一部分，共约40万字。同年，他还发表有《北京散记》、《创作问题杂谈》、《惠泉吃茶记》、《打开窗户说亮话》、《要广开言路》等文章。姚雪垠在谈到自己关于历史小说的创作时说：解放以后他曾有写三部长篇历史小说的设想，而且都研读了大量材料，作了一些艺术构思。这三部想写的小说即《李自成》、《天京悲剧》（反映太平天国革命）和《大江流日夜》（反映辛亥革命）。但由于众所周知的历史原因，后两篇小说迟迟未能动笔。
次年8月，姚雪垠作为定案的“极右分子”被下放到东西湖农场监督劳动。为了继续写《李自成》，姚雪垠利用写“改造思想”的日记时间，在日记中巧妙记下有关历史摘录和小说情节构思等。1960年国庆节前夕，姚雪垠终于摘掉了戴了三年的“右派帽子”，分配到武汉文联工作。在武汉市委的支持下，他全身心投入到《李自成》的创作中。1961年夏天，《李自成》第1卷便全部创作、整理完成。但此后几经波折，直到1963年7月才由中国青年出版社分上下册出版。出版的前提却是三条“限制”：一、不宣传，包括不在报上登新书介绍；二、控制印数；三、稿费标准从严、偏低。但是，随着《李自成》第一卷的公开发行，它就像一股禁锢不住的春风，轻轻吹拂着读者的心田，在社会上影响越来越大。长篇历史小说《李自成》，取材于明朝末年的一段风云激荡的真实历史故事。当时，代表大地主阶级的明王朝的封建统治大厦眼看摇摇欲坠，即将倾覆之际，为了苟延残喘，越发变本加厉地对农民实施残酷的黑暗统治。官逼民反，各地农民纷纷揭竿而起，武装反抗明廷的残暴统治。除了农民与明朝统治阶级的日益白热化的阶级斗争，还有关内外满汉之间的民族战争，以及明王朝统治集团内部的勾心斗角等，这些矛盾斗争共同构成了明末波澜壮阔、错综复杂的社会现实，李自成正是在这斗争的激浪中涌现出来的一位杰出的农民运动的领袖。多年来，他率领农民起义军转战大江南北，这支农民军队不但没有被明王朝镇压下去，反而像滚雪球一般日益壮大、强盛，终于一举推翻了明王朝的反动统治。明末皇帝朱由检（崇祯皇帝）眼看大势已去，只好自缢于景山。然而，李自成在北京称帝不久，驻守在山海关——作为地主阶级武装力量统帅的吴三桂权衡利弊，引清军入关。李自成兵败后，牺牲在湖北九宫山。一场轰轰烈烈的农民武装革命就这样划上了悲壮的句号。姚雪垠以马克思主义的唯物史观，在历史真实的基础上，加以合情入理的小说创作虚构，艺术地展示了17世纪中叶——明末清初这段迭宕起伏、风云变幻、悲壮激烈的历史画卷。无论是刻画李自成、高一功、刘宗敏、田见秀、张献忠、慧梅、红娘子等农民英雄，还是塑造封建大地主、大官僚的核心人物崇祯皇帝、杨嗣昌、高起潜、洪承畴等人，抑或是描写满族统领皇太极和大将多尔衮、豪格这样的民族斗士，无不被勾勒得个性鲜明，血肉丰满，栩栩如生。