条块治理是当代中国治理模式的最鲜明特点。在中国既有被称为“条”的大量纵向组织机构，也有被称为“块”的各级横向机构。
所谓条条是指不同层级的政府之间上下贯通的职能部门或机构，也包括部门、机构与其直属企事业单位。以环保方面为例，中央政府层面有国家环保部；省级政府层面有省环保厅；地级市层面有环保局；县级政府层面也设有环保局。所谓块块则是指每一级地方政府内部按照管理内容划分的不同部门或机构。如山东某县级政府设有财政局、司法局、教育局、环保局、人事局等管理不同业务的部门。
有的西方学者将中国条块管理形成的权力横线和纵线的这种交错称作“矩阵”难题。李侃如认为“所有规模庞大的组织都必须应对矩阵问题。由于中国已产生出世界史上最大的组织机构，因此其矩阵的复杂性是前所未有的”。
条块治理模式有自己的优势。一方面，实行块块管理，符合地方政府的综合管理需要。任何一个地方政府的管理都具有综合性，而块块管理可以综合协调各种公共事务，提高管理效率，减少多头管理冲突。在实行社会主义市场经济的今天，没有一个有权威的统一的政府块块进行有力调控，市场经济很难建立起来。如为了建设好中国最大的水利水电工程三峡水电站，中央层面成立了正部级单位“三峡办”（国务院三峡工程建设委员会办公室），负责同国务院其他各个部门协调推进三峡水利工作。再如为了推动区域协调发展，中央政府制定了中部崛起战略、振兴东北等老工业基地战略。而为了贯彻实施这些战略，建立起“中部办”（国家促进中部崛起办公室）、“振兴东北办”（国务院振兴东北地区等老工业基地领导小组办公室）等综合协调机构，并由中央级领导人担任领导。另一方面，实行条条管理模式，则是满足政府职能部门自上而下推行专门事务管理的需要。其优势在于，政府条条自己能够管理的专门事务，自上而下发力推行，可以保证各地统一职能事务的公平和统一，保证管理专业业务的顺畅和通达，说白了就是执行力强；同时还可以摆脱地方保护主义的限制。如中央推行水利政策，会通过国家水利部，经过省水利厅层层下达至最底层的乡镇水利站。这种一竿子到底的方式，有利于政策推行。再如2010年，国家公安部一声令下，全国各地公安部门的领导亲自出面接访，一下子解决了很多老百姓关心的问题，给犯罪分子以严厉打击。当前，解决环保问题、食品安全问题这类全局性复杂性问题，必须依靠条条，自上而下，上下结合，形成合力。
然而，条块治理的弊病也非常鲜明。条块分割的体制，不是根据各级政府所应该承担的职能为基础的设置机构，而是过多强调“上下对口、左右看齐”，结果几乎使每级政府上下一般粗，设置了很多不必要的机构，尤其是乡镇政府更是“麻雀虽小，五脏俱全”。
乡镇的“七站八所”，造成大量人员闲置和机构臃肿。这种治理机制使得宪法和地方人民政府组织法所规定的职能和权限很难落实。
以基层治理为例，即使实行条块结合，实际上是权力在条，责任在块；财权在条，事权在块。财权方面，工商、税收、公安、法院等部门都实行了垂直管理，财权上收；作为基层治理的乡镇缺乏选择和实现本级政府收入，财权独立性差。事权方面，乡镇政府提供生产服务、管理社会治安、发展教育事业等职责被拆解，乡镇财权事权内容虚空。“上面千条线，下面一根针”。在基层工作的中国公务员比较辛苦，对各种考察的“应酬”有时也是身心俱疲。
条块治理模式还会形成上下级条块之间的矛盾，导致公共物品和公共服务的不均等，造成自我封闭、各自为政。作为上海、苏州、无锡、常州、杭州等多个长三角工业重镇的“心脏”的太湖污染严重，2006年蓝藻暴发致使湖边的百姓守着大湖却没水喝。近五年来，江苏省每年投入20亿元专项资金用于太湖治理，至2011年年底，共投入100亿元从太湖打捞蓝藻达280万吨，但蓝藻依然每年暴发。
这些现象的出现主要和多头管理、条块分割的制度设计有关。这不由得让我们想到流经瑞士、德国、法国、荷兰等九国的莱茵河，也一度因为遭受污染，被世界称为“欧洲下水道”、“欧洲公共厕所”。
但若干年后，莱茵河摇身一变成为跨流域河道治污样板，河里清水潺潺，鱼虾悠闲自得，河畔花红柳绿，人们徜徉其间。这与采取了得力的协调机制与合理的利益平衡机制有关。
中共执政六十多年来，一直没有停止对中央地方关系和政府间关系的调适。伟大成就的取得表明现存体制结构的合理性；矛盾困难的存在也表明现存体制结构还有改革的空间。目前的关键是积极探索制定中央地方关系的顶层设计，使得中央和地方权力权限清晰、责任明确。也许，走法治化道路，制定一部国家层面的法律不失为一种理性选择。