这里还有一份表达了主上立场和感情的敕语。这是主上写给和宫的夫君将军家茂的，其中，包含着位居天皇这一特殊地位的主上的苦恼与情感，特在此呈上。
朕以不肖之身长久继承天位，适逢万代难遇之风调雨顺，四海祥和之世，常恐以己之寡德，无从面对先皇与万民。
然嘉永6年癸丑，洋夷猖獗来港，国体顿陷危殆，各种物价暴涨，庶民面临涂炭。天地神灵，朕将何颜以对！此乃孰人之过？朕夙夜思之不止，且与武将列卿尽行商议。料想国泰升平二百年有余，而今朝却不能以武威制压外寇，心中凄苦难耐。若擅开战端，又恐反陷国家于败战之祸。幕府理应贯彻朕意，以十余世之旧典理政，于外则松弛诸大名之参勤制度，使其妻儿返乡，传令各藩充实武备，于内则裁减诸役之冗费，节俭开支，铸造大炮巨舰。
若此，则不仅为朕之所幸，亦乃宗庙、百姓之大幸。且重举去春进京时之旧事，更应嘉奖。然可憎藤原（三条）实美诸徒滥信鄙野匹夫之暴论，不察宇内之形势，不思国家之危殆，枉借朕命而轻率宣称攘夷，擅举倒幕之师。长门宰相（毛利藩主）之暴臣愚弄其主，无端炮击夷船，暗杀幕使，且秘密将实美等藏匿本藩。此等狂暴之辈，定需加以严惩……
然诸上事端皆因朕之不德引发，思之不胜惭愧。朕常念及吾国所谓炮舰，尚不足以威慑夷蛮之胆，以显国威于海外，反使吾国频受洋夷之侮。故因倾天下之力整备摄海要津（大阪、神户）若此可上安祖陵，下保民生。此外，应以各藩之力整备各自要港，配备数艘军舰，不断征讨丑夷，以尊先皇攘夷之大策……呜呼，汝家茂及各国大小名皆为朕之赤子，今之天下，希冀汝等与朕一同创新，不使民财减少，不作过度奢淫，致力攘夷之备，振兴家祖之业。若有懈怠，则不仅违背朕意，同样也有背皇祖之灵，有异祖先之心。汝等定将有愧于天地神灵……
可以说，这份敕语的言辞之中充分表达了当时主上的苦恼与希望。
主上在其中说出的，完全是作为庶民之父，为自己的子民充实国防的心愿。对外国船只盲目地攻击，并非主上希望的攘夷。而对于倒幕，主上非但不能赞同，还对家茂表示，“汝等皆吾赤子”并命其加强大阪湾的防备。
主上对自身之不德、国力之不济进行了反省，同时，又对肆意对外滋事的毛利藩的行为进行了批驳。
身为天皇，这样的立场理所当然。从这样的立场出发，三条实美等人计划的大和行幸自然导致了欺君枉上的结局，其后发生的流血和骚乱也完全属于违背大御心的暴举，主上对七卿异常震怒也就可以理解了。而对于再度进京接受此份敕语的将军做出的必须征讨长州的决定，主上也表示了理解。
总之，主上丝毫没有想要讨伐身为和宫之夫的将军家茂之意。
尽管如此，对于以长州藩为中心逐渐将天皇的“攘夷”圣意作为自己生命来推进的志士而言，“讨幕”已经成为了他们全部的目标。
其中，夹杂着主上的立场、长州藩的先驱、志士们的悲剧这三大漩涡的激烈冲突。
悲剧绝不仅限于“讨伐长州”或长州自身。与此同时，共计800余人的水户天狗党也于这年10月23日在武田耕云斋、田丸稻之卫门、山国兵部、藤田小四郎等的率领下踏上了进京之旅，以求主上的亲裁。他们经信浓路、美浓路抵达越前，又南下加贺藩，最后于第二年庆应元年（1865年）2月4日被击溃于敦贺。
由此，大和行幸中止后，蛤御门之变、天王寺之变、生麦事件、讨伐长州、暗杀忠光侍从、天狗党的覆没等违背主上大御心的事件，终于使日本迷失在了黯然的血腥动乱之中。
那么，这样的悲剧又有多少传到了主上的耳中呢？
朝廷出于前记敕语中主上察觉之事态，不得不敦促将军家茂再度进京，以商处分长州和大阪湾警备之事。
因为此时，通过三家老的剖腹暂时表达了恭顺之意的长州藩的政权复又落入了勤皇派手中，他们已全无服从幕府之命的意思。
于是，庆应元年闰5月22日，将军家茂再度进京入宫，奏请再征长州。
然而，此时宫廷之外的天下大势已发生了巨变。