1944年，梁思成完成了《中国建筑史》初稿的写作，把中国3500年的历史分为6个建筑时代，并对每一个时代的建筑遗存，进行了翔实清晰的介绍和论证。他又在徽因的协助下，用英语完成了《图像中国建筑史》的创作。在《图像中国建筑史》的前言中，梁思成深情地表达了他对徽因的感激和敬爱：
最后，我要感谢我的妻子、同事和旧日的同窗林徽因。二十多年来，她在我们共同的事业中不懈地贡献着力量。从在大学建筑系求学的时代起，我们就互相为对方“干苦力活”，此后，在大部分的实地调查中，她又与我做伴，有过许多重要的发现，并对众多的建筑物进行过实测和草绘。近年来，她虽罹重病，却仍葆其天赋的机敏与坚毅；在战争时期的艰难日子里，营造学社的学术精神和士气得以维持，主要应归功于她。没有她的合作与启迪，无论是本书的撰写，还是我对中国建筑的任何一项研究工作，都是不能成功的。
这年，世界范围内的战争已达到白热化，在太平洋区域，美国加强了对日本的反攻。中国的抗日战争，也由战略防御转为战略进攻。民国政府在重庆设立了战区文物保护委员会，任命梁思成为副主任，负责编绘战区文物建筑资料，并在军用地图上一一标出，以防它们在炮火中被毁。梁思成带着年轻的营造学社成员罗哲文，冒着酷暑，日夜赶工，绘出一套重点保护文物地图，提供给了奉命轰炸日军基地的美国飞行员，其中，包括日本的古都京都和奈良。
不久，日本本土遭到以美国为首的盟军的轰炸，199座城市被毁，唯独古都京都、奈良安然无恙。
当年，很多人对梁思成保护日本古都的行为不理解，觉得他犯傻。他的亲弟弟，清华大学出身的年轻炮兵军官梁思忠，在1932年的上海淞沪战争中殉难；他的亲舅子，年轻的飞行员林恒，在1941年的成都保卫战中阵亡。林徽因痛失这个她最爱的弟弟，整个人陷入极度悲伤之中。国仇家恨，使梁思成对日本恨之入骨，这个一向儒雅的人，也发出震天一吼，多行不义必自毙，总有一天我会看到日本被炸沉的！
可是，面对他无比挚爱的古建筑，他早已抛却个人恩怨，他说，建筑是社会的缩影，民族的象征，但绝不是某一民族的，而是全人类的共同财产。
一个大写的人，从此被镌刻在史册里，熠熠生辉。几十年后，梁思成被日本人民称作古都的恩人。
营造学社资金短缺，越来越难以维计，最后只剩下梁思成和林徽因在硬撑。彼时，思成的弟弟思永也患上了肺病。一家人苦苦挣扎在病痛中，囊中却羞涩。梁家的困状，被傅斯年看在眼里，他敬重梁思成、梁思永两兄弟的家世和学问，敬重林徽因的才华，遂写信给当时的教育部长朱家骅，请求他出面，助梁家一臂之力。信中有这样的陈述：
思成之研究中国建筑，并世无匹，营造学社，即彼一人耳（在君语）。营造学社历年之成绩为日本人羡妒不置，此亦发扬中国文物之一大科目也。其夫人，今之女学士，才学至少在谢冰心辈之上。
林徽因展开这封信，万般滋味涌上心头。自从她和思成选择了古建筑，他们就注定踏上了一条孤寂的路，路两边除了荒凉，还是荒凉，少有关注的目光，对此，他们早已习惯并接受了。今日突然劈面遭逢这等体恤，如雪中送炭，这份情谊，珍稀珍贵。思成去了重庆，她代思成给傅斯林回信，她在信中写道：
接到要件一束，大吃一惊，开函拜读，则感与惭并，半天作奇异感！空言不能陈万一，雅不欲循俗进谢，但得书不报，意又未安。踌躇了许久仍是临书木讷，话不知从何说起！
……现在你又以成永兄弟危苦之情上闻介公，丛细之事累及泳霓先生，为拟长文说明工作之优异，侈誉过实，必使动听，深知老兄苦心，但读后惭汗满背矣！
尤其是关于我的地方，一言之誉可使我疚心疾首，夙夜愁痛。日念平白吃了三十多年饭，始终是一张支票难得兑现。好容易盼到孩子稍大，可以全力工作几年，偏偏碰上大战，转入井臼柴米的阵地，五年大好光阴又失之交臂。近来更胶着于疾病处残之阶段，体衰智困，学问工作恐已无分，将来终负今日教勉之意，太难为情了。
秋天的李庄，是一年中最好的时光。天气是少有的温和，薄雾轻笼着缀满红叶的树。山路蜿蜒如小蛇。野菊花开满山坡旁，黄一朵白一朵的。老农牵着耕牛，慢悠悠踱过村口去。野藤攀爬着人家的竹篱笆，不动声色地缠绕出一派率真的美。孩童清亮的歌声，从一片落叶林中传来。山坡上，三三两两的，散落着吃草的牛和羊，黑的白的棋子儿似的。炊烟升起来了，一丝丝，一缕缕，在村庄上空袅袅。晚霞满天。
林徽因的病情，却在不断恶化，她整宿整宿地咳嗽。常年困于病榻上，长安不见使人愁，她的情绪，说不出的消沉。记忆的触角，时不时会触到英伦的浪漫和高贵，香山的优雅和闲适，“太太客厅”里的风华绝代……这一些，像一袭风吹过落花，都是前尘往世事了。
她写下了诗《忧郁》：
忧郁自然不是你的朋友；
但也不是你的敌人，你对他不能冤屈！
他是你强硬的债主，你呢？是
把自己灵魂压给他的赌徒。
你曾那样拿理想赌博，不幸
你输了；放下精神最后保留的田产，
最有价值的衣裳，然后一切你都
赔上，连自己的情绪和信仰，那不是自然？
你的债权人他是，那么，别尽问他脸貌
到底怎样！呀天，你如果一定要看清
今晚这里有盏小灯，灯下你无妨同他
面对面，你是这样的绝望，他是这样的无情！
曾经那么丰满的人生，彼时，已形销骨立。午夜梦醒，亲爱的家园回不去了，唯有斑斑血痕，洒落枕边，她甚至抱着必死的心。抗战胜利后，儿子梁从诫有一次好奇地问她，当时日本人真的打进四川了，你们打算怎么办？她若有所思地回，中国念书人总还有一条后路嘛，我们家门口不就是扬子江吗？
当一个人被逼到退无可退，我还可以用生命，来捍卫我的尊严和高贵。
1945年8月14日，日本宣布无条件投降。15日，国民政府在重庆发布了这一消息。重庆沸腾了，四川沸腾了，整个中国沸腾了。饱受炮火蹂躏的中国，在伤口上，开出了带泪的花。
林徽因终于得以重见天日，离开“禁锢”了她整整四年的病榻。她在梁思成的陪伴下，到达重庆。劫后余生，她把每一个日子，都当作稀有的。她要穿漂亮的衣服，把自己打扮得漂漂亮亮的；她要与久失音讯的朋友聚，日夜不停地说话；她要看街道房屋，看这个世界的缤纷。这年，她四十一岁。四十一岁，对于一个女人来说，还在好年华，鲜活饱满，风姿绰约。然岁月却早早催老了她，她瘦弱得如同纸人。
她在梁思成和朋友们的安排下，去医院作了全面检查，检查的结果很不乐观：她的双侧肺部和一侧肾都已被结核菌感染，生命最多还能维持五年。
这一检查结果，梁思成和朋友们都瞒着她。她也假装不知，什么也没问，什么也没说。岁月已赐给她无数苦难，她早已历练得波澜不惊。当死神的脚步日益临近，她能做的，就是把余下的生命，活出色彩来。
不久，她在金岳霖等老朋友的安排下，乘飞机抵达昆明养病，住在圆通山后的一座花园里，与金岳霖、张奚若、钱端升等老朋友重逢。清静优雅的环境，和身边老朋友们一张张笑脸，使她像接通了地气的一株植物，终于活过来了。她整日情绪高涨，爱美的天性重又生机勃勃，眼中所见，无一处不美。五月的下雨天，她守在窗口，望着花园中被雨打湿的树木花草，闻着带着青苔气息的泥土的味道，心里的欢喜一蓬一蓬地生长。她写道：
昆明永远那样美，不论是晴天还是下雨。我窗外的景色在雷雨前后显得特别动人。在雨中，房间里有一种难以言状的浪漫氛围——天空和大地突然一起暗了下来，一个人在一个外面有着寂静的大花园的冷清的屋子里，这是一个人一生也忘不了的。
再没有悲欢离合了吧，且让她安心地做着一个清静的梦。所有的颠沛流离，都化作云烟散去，历史在这里，也请打个盹，让我们的徽因，静静沐在朋友的温情中，沐在大自然的美好里。让她回到那个婴儿年代，无忧，无惧，亦无虑。
昆明的高原气候，对林徽因的肺病很不利，但她的身体状况，还是有了好转的迹象。最高兴的要数梁思成，他忍不住把这个好消息告诉他们的好朋友费慰梅，他开心地说，心理的好效应是很大的。林徽因本人的快乐更不必说了，她在给费慰梅的信中，详细描述了她现在的欣慰和欣喜：
这次重逢所带给我的由衷的喜悦，甚至超过了我一个人在李庄时最大的奢望。我们用了11天，才把在昆明和李庄这种特殊境遇下大家生活中的各种琐碎的情况弄清楚，以便现在在我这里相聚的朋友的谈话能进行下去。但是那种使我们相互沟通的深切的爱和理解却比所有的人所预期的都要更快地重建起来……即使谈话漫无边际，几个人之间也情投意合，充溢着相互信任的暖流，在这个多事之秋的突然相聚，又使大家满怀感激和兴奋……
……我们遍体鳞伤，经过惨痛的煎熬，使我们身上出现了或好或坏或别的什么新品质。我们不仅体验了生活，也受到了艰辛生活的考验。我们的身体受到严重损伤，但我们的信念如故。现在我们深信，生活中的苦与乐其实是一回事。
这个时候，她的诗作也透着一股子的希望。即便是对着梅花凋谢的枝条，她也能吟出欢快来：
梅花你这些残了后的枝条，
是你无法诉说的哀愁！
今晚这一阵雨点落过以后
我关上窗子又要同你分手
但我幻想夜色安慰你伤心，
下弦月照白了你，最是同情，
我睡了，我的诗记下你的温柔，
你不妨安心放芽去做成绿荫。
——《对残枝》
她便是这样的一枝梅，尽管被凄风凄雨摧残得形销骨立，可是有什么要紧呢？她还可以努力放芽去做成绿荫。风霜雪雨过后，定有艳阳天的。
精神的愉悦，有时能创造生命的奇迹。林徽因之后又活了十年，远远超过医生所宣判的五年，她用她不倒的信念，成就了她的传奇。