北京大败之后，也先开始着手与明朝讲和，并宣称“迎使朝来，大驾西去”，要明朝接回已经被遥尊为太上皇的朱祁镇。
景泰帝开始很反感的，他的心思和南宋高宗赵构是一样的，他根本就不想把兄长接回来。后在于谦的劝说下勉强同意。英宗迎回后被送入南宫，开始了7年的幽禁生活。7年间，英宗未能踏出南宫半步。名为太上皇，实为囚徒。
景泰八年（1457年）正月，朱祁钰病重，武清侯石亨、太监曹吉祥和左副都御史徐有贞等密谋发动政变，拥立英宗复辟，立此年为天顺元年，是有明一朝惟一使用两个年号的皇帝。不久于谦与王文以谋逆罪被杀，史称夺门之变或南宫复辟。
明英宗是中国历史上惟一亲征被俘的天子，也是惟一的两朝天子。历史上被蛮族掳走的“天朝”皇帝，除了北宋的徽、钦二帝外，大概也只有明英宗这一位了。而北宋徽、钦二帝的被俘是因为在军事上明显弱于对手金国，但明帝国相对强于也先的部落。这样一个皇帝，死后被谥为“英”宗，使许多人深感不解。因为所谓“英”宗，顾名思义，指这个皇帝生前很英明。“英”这个谥号也没有隐含不好的意思，不像谥“惠”表面上是说很有恩惠施与人，但多指白痴或是智障皇帝；或是谥“襄”表面上是说很威风壮盛，但多指穷兵黩武而一事无成的皇帝。一个因为宠信太监而被外族所掳的皇帝，被认为很英明而谥为“英宗”，好像是一个讽刺和笑话。
如果换一个角度来想，英宗被也先俘虏多年，竟然不死而能生还；返回故国后，皇帝已经由他的弟弟来做了，自己变成了太上皇，现任皇帝的党羽随时都在设计陷害他，居然安全地活了下来，最终还能复位，这些不能不说明英宗个人确实有非常之处。可以想见，在经历了这么风霜的洗练后，英宗的头脑、阅历、手段、眼界、胸襟必然远超一般从小生长于皇宫内的皇帝，在大漠中物质匮乏的痛苦，恶劣气候的考验，寄人篱下的忍辱负重，乃至于做太上皇时期明哲保身的智慧，凡此种种，英宗从当初糊涂的小皇帝蜕变成一个英明的帝王，也是可能的，历史也证明了这一点。所以英宗之所以为英宗，得来非虚。
在明英宗复位之后，做了几件颇为史家所赞赏的好事。其中一件就是恢复宣宗废后胡氏名号之举，并使之葬礼如仪。第二件就是释放建庶人。1402年，明成祖攻入南京之后，建文帝及其长子朱文奎不知所终，次子朱文圭则被成祖幽禁起来，称为“建庶人”。其三废除殉葬制度。明太祖死的时候，许多宫人陪葬。自此之后，成祖、仁宗、宣宗、代宗去世都以宫妃殉葬。英宗觉得这很残酷，临终前遗诏停止殉葬。此后明代各帝都遵从这个遗诏，不再以宫妃殉葬。
英宗所做的这几件事，被史家赞为“盛德之事，可法后世”。《明史》称英宗在位期间，“无甚稗政”，即没有坏政策。可是，英宗并不能遏制大明帝国日益走向危机的趋势。到他儿子宪宗的时候，情况就有点恶化的兆头了。
3、“嘉靖嘉靖，家家皆尽”
后人在检讨明帝国崩溃的原因时，大多数人都认为，明朝“虽亡于崇祯，而实亡于万历”（《明史》神宗本纪结尾言：明之亡，实亡于神宗），意思是说明朝亡国的祸根早在万历年间就已埋下，万历帝留给子孙的江山已是千疮百孔，像一座即将倾圮的大厦，没有不崩的道理。这种说法是很有见地的。
但是，万历帝也有一肚子苦水。登基时的万历帝，实际上还是一位孩子，才刚刚懂事，根本无法行使皇帝的权力，也谈不上承担什么责任。幼主当政，已属不祥，更不妙的是，前面的几位皇帝，留下来的已是一副烂摊子了。
万历帝的堂伯祖父正德帝（武宗朱厚照），接位时年仅15虚岁。正德帝生性爱玩，除了朝政之外，几乎样样喜欢。更糟的是，他认为朝廷文官还不如太监，所以他宁愿把朝政托付给太监，也不愿重用文臣。正德帝先是重用刘瑾，后又宠用江彬、许泰。
据****在其《血酬定律：中国历史中的生存游戏》中的考察研究，正德帝重用的这个刘瑾可不得了。他掌握的财富之巨超乎常人想像。****把刘瑾的财富比作一座惊现于国库侧畔的大水库，“正四品官员每年288石米的俸禄，折合白银144两，按照这种流量，一口水不喝，注满刘瑾家的水库也需要47万年”。刘瑾的财富靠“血酬”而来，给人民带来了无限痛苦。而其开支主要用在了自己的消费上，与国家无补。一部分变成了家奴的收入，庞大的家奴队伍又狐假虎威，到处敲诈勒索，也就是说，刘瑾的开支制造出来更多的小刘瑾，更多的掠夺者，而不是阻止掠夺的设施。“刘瑾潜流的潜作用几乎是各种历史选择中最糟糕的一种，破坏性大于建设性。”帝国稍后的财政危机，刘瑾确实做了不朽“贡献”。
正德帝做了15年的荒唐皇帝，不仅于事无补，反而激化了原本存在的许多危机。碰到这样的皇帝，文官们除了冒着挨板子、丢官甚至送命的危险，拼命上疏要求皇帝改变主意外，再无他法，因为皇帝是无法选择的，只有等到他死才能更换。正德帝无后，也给他们在选立新帝时留下较大的余地。最后，他们选择了正德帝的堂弟朱厚熜接位，即后来的嘉靖帝。在他们看来，这位新皇帝各方面都比较令人满意，一定会给朝廷带来希望。然而，事实证明，他们大错特错了。
嘉靖帝即位后，就闹出了历史上著名的“大礼仪”事件。依当时绝大部分文官的意见，嘉靖帝是以弘治皇帝的嗣子身份继位的，理应尊弘治帝为皇考。但这样一来，嘉靖帝就得称自己的生父母为叔父母，这就勾起了嘉靖帝的心病。
原来，嘉靖帝的祖母邵贵妃出身低微，被其父卖给了杭州镇守太监。在接受了一些书法和文学训练后，她被作为礼物献给了成化皇帝。到嘉靖帝即位时，这位贵妃已被打发到类似冷宫的浣衣局，且双目失明，风烛残年。嘉靖帝的生母蒋氏妃也只是一位武官之女，地位低微。正是在某种自卑而又逆反的心理驱使下，嘉靖皇帝与杨廷和为首的文官集团进行了长达几年的大礼仪之争，为他的生父母争得了满意的地位和荣誉。
大礼仪之争中嘉靖帝暴露了他性格残忍、狠毒的一面。杨廷和是嘉靖帝得以登基的第一功臣，最终却被嘉靖帝逐出朝廷，不存丝毫感念之情。张太后（弘治帝之后，嘉靖帝之伯母）因为冷淡了嘉靖帝的生母，嘉靖帝便抓住一切机会随意羞辱和威逼太后及其家人。在嘉靖三年（1524年），嘉靖帝为了生母的尊号，竟一次廷杖了180余位京官，其中17人因伤重致死。这种做法，在明代可谓是空前绝后。
这位嘉靖皇帝在位长达45年。在此期间，大明朝遇到了前所未有的危机。蒙古人在北部屡屡入侵，构成严重威胁，而朝廷又拿不出有效的办法。东南沿海一带的倭寇，给当地造成了巨大的灾难性，朝廷为平倭付出了沉重的代价。庞大的军费开支、皇室的挥霍无度、官吏的普遍腐败、税制的混乱和瓦解以及接连不断的天灾等等，造成了朝廷严重的财政危机。对这些，嘉靖帝似乎有些无动于衷，开始时尚能勉强应付，到后来干脆是消极对抗，甚至还一度把朝廷大权交给了严嵩，时局之败坏就不难想像了。
嘉靖崇信道教，但不清心寡欲，以养天年，一味玄修的目的是长生不老。而长生不老之术又在于食用“先天红铅（少女经血）”所炼制的“药”，所以选数千少女进宫，以备取药之用，身体枯竭之后，成为“药渣”弃之城外。嘉靖的行径激起了广大宫女的愤怒。嘉靖二十一年（1542年）十月二十一日凌晨，以杨金英为首的十几个宫女被迫铤而走险，用黄绫抹布蒙住昏君的脸，然后把绳套在他脖子上，由两个宫女各执一端用力拉，企图勒死这个昏君。但慌乱之中，把绳套拴成了死节，嘉靖侥幸得生。这就是李亚平在其《帝国政界往事：大明王朝纪事》中大为感慨的事件：“无论如何，让我们想像一下，一群10来岁到20岁的女孩子——足有16个，聚在一起，冒着灭九族的风险，讨论怎样杀死皇帝，并且讨论了很多天以后，真的付诸实施了这个计划。想起来真不可思议。”
此案牵涉到端妃曹氏，宁嫔王氏，嘉靖下令把杨金英等16名宫女在西市（今西四十字路口）凌迟处死，斩尸枭首示众。二妃在宫中凌迟处死，各犯族属处斩，家产抄没入官。这件事发生在壬寅年，历史上称之为“壬寅宫变”。
嘉靖二十九年（1550年），蒙古鞑靼部俺答汗攻破古北口，挥军直逼北京城下，在北京城郊及顺天府诸州县纵兵大掠，焚烧庐舍，抢劫人口，京畿地区饱受兵灾之祸。明朝九门守军和各路勤王之师坚壁自保，不敢应战。俺答汗抢掠的物欲满足之后，才退出长城，平虏大将军仇鸾不敢追击，斩了几十个老百姓的首级向朝廷请赏。嘉靖不加核实，赐赏金帛，加封仇鸾为太保。嘉靖二十九年是庚戌年，史称俺答入寇京郊为“庚戌之变”。
庚戌之变使京畿以及北边一带人民的生命财产受到了严重摧残；同时充分暴露出明朝在北边的守备形同虚设。自此之后，俺答部落屡屡攻入边地，直侵北京，致使北京多次戒严。
晚年的嘉靖帝几乎成了一个怪物。由于慢性中毒，他严重失眠，以致常常彻夜不眠，批阅奏章。他的情绪极不稳定，记忆力严重衰退。他时时冒出一些古怪的念头，令人难以捉摸。为了哄他，大臣甚至要用种种可笑的办法，如在他睡觉时把桃子放在他身边，说是仙桃等等。嘉靖帝甚至还用扶乩来决定国家大事。也难怪海瑞要上奏章，大骂他是一位虚荣、残忍、自私、多疑和愚蠢的君主，并要他对帝国的危局负全部责任。据说当时嘉靖帝一读罢海瑞奏章，就大喊不要让海瑞跑了，要千刀万剐方才解恨。当得知海瑞已扛着棺材在外面等死时，他却又不想杀海瑞了。
就是这样的一位君主，整整统治了大明朝45年。45年间，政治腐败，财政危机重重，以至海瑞称“嘉靖嘉靖，家家皆尽”。等到嘉靖帝去世，留给那智力迟钝的儿子隆庆帝（穆宗）和年幼的孙子万历帝（神宗）的江山，已是千疮百孔。
4、张居正改革：“在死棋局中博弈”
在王朝末年力图振兴颓势而鞠躬尽瘁的政治家有之，但在封建社会末世，以回天之力使衰老的体制再现活力的惟有张居正得到成功。
不幸的是，这位“慨然以天下为己任”，“中外想望其丰采”的杰出政治家，他对帝国的伟大贡献，却只是昙花一现。李亚平先生曾一针见血地指出：张居正是“在死棋局中博弈”。“他很有可能完全没有意识到——他置身其中的棋局，如今，实际上已经变成了一盘死棋局。就像没有人能够沿着错误的道路走到正确的目标一样，也没有人能够盘活这一局已经死透了的棋。从此以后，张居正真心实意、雄心勃勃地为帝国所做的一切，客观上，可能只是让这盘大棋死得更快而已。”（《帝国政界往事：大明王朝纪事》下篇）
大明朝历正德、嘉靖和隆庆三朝而至万历，近70年的风风雨雨，已使它千疮百孔，根基不稳了。当时的明帝国，已到了非彻底整治不可的紧要关头，百病丛生，沉疴临绝，不进则亡。开国之君朱元璋留下来的那一套“祖宗之法”已越来越不能适应现实需要。这种制度与现实的严重脱节，导致了一系列问题，政治、经济、社会、文化、军事等各个方面都面临着危机，到了难以为继的地步。
举个例子，建国初上朝有严格的朝仪，官员稍有失礼要受到处罚，甚至招致非命，大臣觐见都提心吊胆，丝毫不敢懈怠。时过一百多年，到隆庆年间，朝仪早已被人忘却，连怎样进退应答，都没人说得清楚。偶有朝参，大臣们在殿上大摇大摆，高声喧哗，随地吐痰，冒渎君威，不以为意。这种现象，不仅在封建王朝历史上见所未见，到清末都没有达到这种程度。
官衙无视法令，政多纷更，事无统纪，主钱谷的不明出纳，司刑名的不悉法律，管监察的不行纠劾。人们愤愤地指出：“嘉隆以来，纪纲颓坠，法度凌夷。”（《张文忠公全集》书牍十）“本朝姑息之政甚于宋代。”（《谷山笔麈》）统治集团的腐败、混乱和失控远比王安石变法的北宋还要严峻。
财政上的困难比政治危机还要紧迫。社会经济最棘手的是土地兼并问题，土地集中私人的规模愈来愈大，皇亲国戚争先恐后地吞并土地，一旦占为己有，就利用特权瞒田逃税，土地被兼并愈多，国家的税收愈少。嘉靖皇帝的四子朱载圳在湖广占有良田数万顷，隆庆皇帝儿子的王庄、王店遍及各地。有爵位的勋臣、有权势的太监、有功名的乡绅，利用他们不纳税、不当差的优免权纷纷抢占土地，各类庄田迅速扩张。“私家日富，公室日贫。”（《张文忠公全集》书牍六）税源逐渐枯竭。隆庆五年，全年财政的总收入只有250万两，而支出达到400多万两，赤字超过三分之一。政府累年的收入每况愈下，而皇室的庞大开支却有增无减。隆庆皇帝的宫廷耗费比国初多至数十倍，官员的贪污、浪费和浩大的军费更加重了财政的拮据，国穷财尽已到了触目惊心的地步。
这种局面，对于万历帝这个不满十岁的小皇帝来说，自然无能为力。张居正在两位实权人物——万历生母慈圣太后和司礼监秉笔太监冯保的有力支持下，控制住了局面，使帝国在万历初期一度呈现出中兴的势头。
张居正属于那种有出众才能并且能通过政治手腕去施展才能的杰出文官。他从秀才、举人、进士，官至内阁大学士，从平民中崛起，在明朝万历王朝初年当了十年首辅，把衰败、混乱的明王朝，治理得国富民安，人们赞扬他是“起衰振隳”的“救时宰相”。
张居正改革采取的措施主要包括：
在内政方面，整顿吏治，加强中央集权制。张居正创制了“考成法”，严格考察各级官吏贯彻朝廷诏旨情况，要求定期向内阁报告地方政事，提高内阁实权，罢免因循守旧、反对变革的顽固派官吏，选用并提拔支持变法的新生力量，为推行新法做了组织准备。并且整顿了邮传和铨政，他的为政方针是：“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”和“强公室，杜私门”。
张居正还在主政前夕，即面临他少年时代的恩人，江陵辽王作恶乡里，鱼肉百姓一案，地方官畏惧辽王府的势力，对辽王的罪行，不敢如实上报，张居正断然处治了失职的官员，甘冒“谋产害友”的骂名，废去辽王，惩办了江陵一霸。改革刚刚启动，又碰上最有权势的太监冯保的侄子殴打平民犯了法，这是一件引人注目的事，因为张居正能当上首辅主要得自冯保的支持。然而，这件事并未难倒张居正，他当机立断，把冯保的侄子革职，杖打四十大板，并通告冯保严格家教，伸张了法纪。他还依法惩治了孔夫子的后裔衍圣公，法办黔国公，用强有力的措施限制皇亲贵戚擅权，一再宣告：“所在强宗豪民，敢有挠法者，严治不贷。”（《张文忠公全集》书牍九）