10月13日，叶剑英主持召开华南分局会议。与会同志一致表示，坚决执行军委、毛泽东电示的方针，全力夺取广州。部队不停地向南猛进，连续攻克敌占城镇。10月14日下午，解放军攻占广州市，将胜利的旗帜插上了五羊城头。此后，四兵团执行中央军委、毛泽东的指示，继续向南追击由广州沿西江逃跑的余汉谋残部，于24日将敌第二十一兵团部及第三十九、第五十、第二十三、第七十军等部包围于阳江、阳春间的平岗圩、白沙圩地区，经激烈战斗，于26日将敌4万余人全部歼灭。
广东战役以后，四兵团及十五兵团一个军西入广西作战。十五兵团大部留驻广东，在地方部队配合下，迅速追歼残敌，扩张战果，在不长的时间内，将广东大陆全部解放。
四组织解放海南岛战役
1949年12月中旬，随着广西战役的胜利结束，整个华南大陆全获解放。这时，盘踞在海南岛（今海南省）和在湘粤桂战役后逃向该岛之敌余汉谋、白崇禧残部，经过整顿补充，拼凑成了5个军共19个师，加上部分海军、空军、特种兵和地方团队，共10万余人，在海南防卫总司令薛岳的指挥下，组成了环岛的立体防御，企图凭借海峡天险，负隅顽抗，长期盘踞。这样，解放海南岛就成为刻不容缓的任务。
海南岛又名琼崖，位于南海北部，与雷州半岛隔海相望，海峡宽11—27海里，面积3．3万余平方公里，当时人口近300万，是中国仅次于台湾岛的第二大岛，是华南的海上屏障，战略地位十分重要。岛上有中国共产党领导的20余年来英勇坚持斗争的琼崖纵队（简称琼纵），建立了以五指山为中心的根据地。华南大陆解放后，琼崖人民与琼崖纵队为了配合人民解放军渡海作战，在中共华南分局和琼崖区党委领导下，一面不断粉碎敌人“清剿”、“扫荡”，积极打击敌人，扩大解放区；一面大力进行迎接南下主力部队渡海作战的准备工作。
中央军委对于如何解放海南岛问题，向四野及华南分局、广东军区先后作了，一系列重要指不。12月中旬，军委明确指不，解放海南岛的任务，由四十军和四十三军担任。1950年1月中旬，军委又指示说：海南岛渡海作战，应不依靠北风而依靠大机帆船；要充分看到解放军作战的有利条件；岛上有琼崖纵队配合，敌人战斗力也较差；华南分局应加强对岛上敌军的策反工作，分化几部敌军于作战时起义；争取在春夏两季内解决海南岛问题。遵照中央军委指示，第四野战军命令第四十、第四十三军和加农炮兵第二十八团、高射炮兵第一、第九团及工兵一部，共10万余人，组成渡海作战兵团，由中共华南分局第一书记、广东军区司令员兼政治委员叶剑英统一领导，第十五兵团司令员邓华、政委赖传珠、第一副司令员兼参谋长洪学智和第十二兵团副司令员韩先楚具体组织指挥，发起海南岛战役。
初期，第四野战军首长根据渡海航行需要的季节、风向等方面的条件，要求第四十、第四十三军力争在旧历年前，即1950年2月中旬以前行动，并且要求一次能运送一个军的兵力登陆。然而，由于船只准备工作方面的困难，加上部队缺乏渡海经验，需要进行海上训练，旧历年前行动实在来不及。考虑到这种情况，叶剑英与第十五兵团负责人提议，经过中央军委和毛泽东同意，决定将渡海作战时间向后推迟几个月。
这期间，华南分局和广东军区电令琼崖纵队司令员冯白驹，要求其详细报告岛上敌军兵力、布防情况和中共琼纵的战斗力及根据地分布情况。冯白驹先后派出琼纵副司令员马白山、参谋长符振中等，带领约一个连的兵力偷渡过海，到达广州，当面向叶剑英和十五兵团负责人汇报情况。叶剑英和十五兵团负责人详细地了解了岛上敌情和琼纵的接应能力，研究了马白山、符振中他们偷渡海峡的经验，认为旧历年前大规模作战虽然来不及，但可以部分小部队实行偷渡，上岛与琼纵会合，先打小规模的运动战和游击战，并增强岛上接应大军登陆的力量。
决心定下后，叶剑英即派洪学智到武汉，向林彪报告偷渡打算。林彪听了洪学智的报告，没有明确表态。他让洪学智赶赴北京，直接向军委和总参谋部汇报。朱德、聂荣臻在北京听取了洪学智的汇报后，经过研究，同意先派小部队偷渡的计划。
1950年2月1日，在叶剑英的领导下，广东军区和十五兵团召开了军以上干部参加的广州会议。会议根据军委的指示和调查了解的渡海作战的各方面情况，研究分析了解放军作战的有利条件和不利因素，确定了战役指导方针。大家认为，从敌我的情况对比看，总的形势对我十分有利。敌人仓皇退集，立足未稳，士气低落，战斗力差；解放军在全国胜利的鼓舞下，士气高昂，同时有长期作战的锻炼，经验丰富，战斗力较强。敌军脱离人民，孤军守岛；而解放军有琼崖纵队接应登陆，有根据地、游击区可以作登陆后的依托，还有陆上岛上人民群众的支援，完全有胜利的信心和把握。但解放军也有不利的因素，主要是：敌人有30多架飞机和50艘兵舰，对解放军渡海航行威胁很大；解放军没有大规模渡海登陆作战的经验，更没有在海上同敌机敌舰作战的现代武器和装备。根据这些情况，大家认为，要充分发挥解放军的长处和优势，努力改变和避开解放军的短处，积极利用敌军的弱点，克敌制胜。叶剑英和与会人员一起反复研究，制定了“积极偷渡，分批小渡与最后登陆相结合”的战役指导方针。
不久，十五兵团根据中央军委和四野总部的指示，组成前敌指挥部，具体指挥渡海作战。叶剑英在广州，一面掌握战局的发展，一面全力领导支前工作。他在全省支前工作会议上，深刻而又形象地说：“后勤、支前工作十分重要，它就像人的血管给人体的各部分输送血液一样，要源源不断地把粮食、弹药和物资输送到前线，保证作战的需要。”会后，在他主持下，华南分局作出了《关于支援海南岛作战的决定》。叶剑英要求各级党政机关全力做好支前工作，一切为着争取海南岛战役的胜利。并指定尹林平具体负责省支前司令部工作。经过4个多月的艰苦努力，为支援海南岛战役共征集和修装了帆船2600余艘，动员船工1．2万余人，修建公路3200余公里、桥梁94座、渡口6座，征集粮食7000余万斤，动员民工96万余人、牛车4．5万余辆次，运输了大批的物资。
渡海作战部队积极贯彻广州作战会议确定的战役方针，抓紧海上训练，设法进行偷渡。结果，四十军某师一个加强营，于3月6日偷渡成功。叶剑英得到消息，立即致电表示祝贺。接着，四十：军某师一个加强营也于3月11日偷渡成功。海峡天险终于被解放军勇士们突破了。有了两次偷渡的经验，解放军逐步增加了登陆的兵力，先后又进行了两次较大规模的登陆。4月16日晚，解放军主力发起大规模的渡海登陆作战。在军事进攻的同时，叶剑英以广东军区司令员兼政治委员的名义，公开发表了告海南岛敌军官兵书，号召他们认清形势，放下武器，进行战场起义或向解放军投诚，争取光明的前途。这个号召书，对敌军官兵在政治上、心理上起到了动摇、瓦解作用。4月17日凌晨，解放军主力部队在琼崖纵队和先前偷渡登陆部队的配合下，在海南岛北部海岸胜利登陆。4月23日，解放海口。敌军大势已去，全线向南撤退。解放军于24日分成东、中、西三路，发起追击战。经过一个星期的纵深追歼作战，歼灭守岛敌军3万余人，其余国民党军逃往台湾。1950年5月1日，解放军解放了全岛。
此后，5月至8月，解放军又相继解放了万山群岛和南澎岛，粉碎了国民党军对珠江口的封锁，开通了广州通向外洋的航道。至此，广东省除少数岛屿外，全部获得了解放。
五领导两广剿匪作战
国民党军的正规武装被赶出华南大陆以后，各地仍残留有大批土匪武装。他们明火执仗，为非作歹，直接威胁着新生革命政权和人民生命财产的安全。面对这种情况，叶剑英提出，必须坚决地、尽快地剿灭华南地区的土匪，建立革命秩序，保证城乡各项工作的顺利进行。他根据党中央关于剿匪肃特的指示和中央军委、中南军区的部署，拟定了华南地区的剿匪方案。
剿匪工作先从广东地区展开。1949年11月，叶剑英明确提出要把“剿匪肃特，巩固治安”作为广东当前军事工作的主要任务之一。12月，华南分局和广东军区联合起草并发出了《剿匪指示》。指示中说，“目前第一阶段，以军事进剿土匪为主，配合政治争取分化工作”；“第二阶段实行发动群众反恶霸，结合清匪的方针”。指示根据广东匪情的特点，对剿匪中的具体政策等问题作了明确规定。
1950年初，中南军区要求在三、四个月内，迅速剿灭股匪、残匪，尔后进一步发动群众，展开反霸斗争，彻底肃清散，潜匪。叶剑英和广东军区的负责人，根据中南军区指示，分析了广东土匪的特点，制定了1950年剿匪计划。同时确定，各地区的剿匪工作由该地区地方党委统一领导，执行剿匪任务的部队首长参加地方党委任常委或第二书记，党政军各部门齐心协力，密切配合；根据中央关于剿匪“必须军政结合，剿抚兼施”的原则，结合广东匪情的特点，实行“以政治为主，军事为辅”的政策；发动和依靠群众，配合军队剿匪；采取进剿、驻剿和清剿三个步骤，分别对付大股土匪、小股残匪和散潜土匪。
从1949年底至1950年3月，广东军区部队除参加解放海南岛及沿海岛屿者外，其余均投入了剿匪工作。经过几个月对北江、西江及其他地区的重点进剿，几股较大的土匪遭到了沉重打击。但在美蒋集团有计划的布置和煽动下，广东匪患仍很严重，有些地方匪情还有所发展。面对这种情况，叶剑英和军区负责人，经过研究决定，于3月下旬召开了军区第一届剿匪会议，着重批判了太平麻痹思想，纠正重生产、忙整编、忽视剿匪的偏向。4月，在叶剑英领导下，军区又召开了高干会议，进一步明确指出剿匪是当前压倒一切的中心任务，并向部队下达了“土匪不灭，决不收兵”的命令。
经过半年多的进剿和驻剿，粤北、珠江等原来匪患较严重的地区和其他地区的股匪，大部被解放军歼灭。以后，在叶剑英和华南分局的提议和主持下，广东军区又几次召开剿匪会议，调整兵力部署，至1951年5月，又歼灭土匪2万余人。至此，广东境内的股匪10多万人被基本肃清。
在领导广东剿匪工作的同时，叶剑英根据党中央指示，抓紧了广西地区的剿匪工作。
1950年6月，朝鲜战争爆发，美帝国主义出动陆、海、空军实行武装干涉。10月，中共中央作出“抗美援朝，保家卫国”的决策，中国人民志愿军出国作战。在这种形势下，台湾国民党当局蠢蠢欲动，妄图趁机反攻大陆。有鉴于此，11月14日，毛泽东电示叶剑英：为对付台湾蒋匪帮可能向广东进犯，有增强广东兵力之必要。为此必须提前肃清广西匪患，以便从广西抽出一个军增强广东。希望迅即前往广西帮助工作一个时期，抓住工作重点，限期肃清土匪。11月17日，毛泽东又发电指示：“只有迅速将广西土匪肃清，广东土改完成，才能对付可能的事变。”
当时广西匪情十分严重。而解放军一些部队执行剿匪政策不力，致使土匪的嚣张气焰没有受到应有的严厉打击。中央数次发电批评，指出要改变清匪不力、手软的倾向。
叶剑英遵照党中央、毛泽东指示，立即赶赴广西南宁，经与张云逸等商量，主持召开了中共广西省委扩大会议，讨论部署广西剿匪工作。会上，广西各地委及军分区负责同志汇报了剿匪进展情况。中共广西省委书记兼省政府主席张云逸作了工作报告。尔后转入分组讨论。大家在讨论中，对省委的工作特别是剿匪工作的领导、部署提出了建议。11月30日，叶剑英在会上作了重要讲话，指出，今天的广西，是人民的广西，战斗的广西，是毗连着越南，负有国际任务的广西。可是，广西虽然解放了，人民有了自己的政权，但广大农村的封建势力尚未摧毁，公开的反动武装尚未消灭，土改尚未完成。群众普遍有四个要求：要肃清土匪特务、要吃饭、要有人身安全、要有土地进行生产。这四个要求中，最主要的是剿匪，匪不肃清，其他都谈不到。叶剑英肯定了广西一年来工作中的主要成绩，同时指出了存在的缺点。他形象地说：“世界革命与战争的音乐交响着，旋律一度比一度快，而我们打板的人，还悠悠的敲着慢板，这就不合毛主席的拍子了。因此，我是来告诉同志们，我们现在要把板子打快一些，才配得上世界的音乐。”他要求大家必须好好体会毛泽东主席指示的精神，迅速地定期定额完成肃清全省土匪的任务。对于如何完成广西当前的任务，叶剑英说：“完成任务的条件，决定于正确领导，领导的正确性具体表现在：有重点，有组织，有办法。”所谓有“重点”，就是把完成剿匪任务不单纯看成是军事工作，而是要看成整个工作的重点，要确定重点地区，提出重点任务、重点要求。所谓“有组织”，就是党、政、军、民、财，五管齐下，全面进行工作，组织工作委员会，以总其成。所谓“有办法”，是对于收枪、反霸、没收、镇压等，要根据“首恶必办，胁从不问，立功受奖”的政策，定出具体的适合于当地人民要求的几条，使大家知道如何去做。叶剑英最后强调说：“一切工作都应该从发动群众着眼，都是为了把群众发动起来。任何忽视发动群众，不与群众运动密切结合的作风，都是有碍任务的完成的。”叶剑英实事求是的发言，受到了与会同志的欢迎。
叶剑英与广西省委、军区的负责人一起，认真分析全省的匪情，具体落实了剿匪部署，将广西全省分为北区和南区两个重点区：北区为桂林、南宁、梧州地区。这是一个三角地带，内有大、小瑶山，有土匪2万余人，是敌人有计划布置的潜伏力量。解放军集中13个团的兵力进剿之。南区为玉林、博白及钦廉地区，亦有土匪2万余人，解放军以四十五军为主，组织10多个团的兵力进剿之。叶剑英说：“这南北二区的土匪，如能肃清，广西局面基本上可以打开了。”剿匪部署下达后，各野战部队和军区负责同志，反复讨论，统一了思想，决心定期定额完成任务。叶剑英对省委扩大会议的结果很满意，并将情况向毛泽东作了汇报。
叶剑英在这年底从广西南宁回到广州以后，继续过问和抓紧广西的剿匪工作。至1951年5月1日，广西军区按照党中央、毛泽东的要求，如期完成了消灭广西全境股匪的任务。据统计，广西全省在一年零八个月的剿匪斗争中，共歼灭土匪46．3万余人，缴获各种枪50万余支。
华南地区剿匪作战的胜利，为全地区的政权建设和经济的恢复与发展，以及边防的巩固创造了重要的条件。