一受命于危难之际
1971年9月13日，身为中共中央副主席、军委副主席的林彪，在妄图谋害毛泽东、另立中央的阴谋败露后，从山海关机场女皇爬上256号三叉戟飞机，叛逃国外。周恩来得知这一意外事件，立即通知叶剑英到人大会堂，并指定他处理林彪善后问题及战备事项。当晚，叶剑英转移到玉泉山待命，随时准备应付可能出现的突然事变。十四日，中华人民共和国驻蒙古人民共和国大使馆传回消息，证实林彪叛逃途中机毁身亡。叶剑英愤然提笔，写下一首《斥林彪》诗：
铁鸟南飞叛未成，
庐山终古显威灵。
仓皇北窜埋沙碛，
地下应惭汉李陵。
林彪自我爆炸以后，他的党羽、原军委办事组负责人黄永胜、吴法宪、李作鹏和邱会作十分惶恐。他们手忙脚乱，千方百计销毁自己参与林彪篡党夺权活动的罪证，拒不交代问题。9月24日，中共中央命令黄、吴，李、邱4人离职反省。与此同时，中央决定由军委副主席叶剑英主持军委日常工作。10月3日，中共中央又作出决定，撤销军委办事组，成立由叶剑英主持的军委办公会议，成员有叶剑英、李先念、李德生、谢富治、张春桥、纪登奎、汪东兴、陈士榘、张才干、刘贤权。军委办公会议在中央军委领导下，负责处理军委日常工作。
叶剑英受命于危难之际，深感责任重大。10月4日，他给毛泽东写信，报告军委直属单位、军兵种和院校传达中共中央关于林彪叛党叛国事件通知的情况和军委工作的一些设想。他在信中写道：
“林彪及其妻、子叛变，黄、吴、李、邱附逆，以为勾结几个死党，掌握几架飞机，散布几句谣言，制造几桩借口，就可以施展阴谋，篡党篡国，结果作恶自毙，余孽落网，从反面促使全党提高觉悟，提高警惕，增强团结，增强战斗力，这证明坏事做到头可以变成好事。”
“军队各大单位在常委会上传达时，讲到林彪谋叛三阶段（谋害主席、广东割据、北窜投敌），同志们初听惊奇，再听愤怒，最后听到林彪机毁人亡，一种沉重心情又爽然消失，转为快慰，发人深省。”“直属各兵种首长会议上，曾把林彪给黄永胜的亲笔信（照片）给大家传视一遍，又选了三篇交代材料给大家念了一遍，这种铁证如山，完全粉碎了可能在少数人身上出现的半信半疑的精神状态，收到全功。”
叶剑英在信中认为，对林彪叛党叛国罪行，中央规定有计划有步骤地传达，这是对的。但是，从传达的效果来看，快比慢好，显比隐好，应当加快步伐，尽快传达到基层。这样似台风过后，万里无云，做到思想上充实提高，组织上调整巩固。
叶剑英在信中汇报了军委下一步工作安排，然后向毛泽东表示：“这次主席令我主持军委日常工作，我十分感戴主席的信任，但又十分害怕工作做不好，误了大事。”因此，他一方面表示自己要“努力学习，努力工作”，另一方面，也希望毛泽东、周恩来及政治局各同志能经常对军委工作作出指示，提出意见，以便使工作少出差错。最后，他请求毛泽东“有时间请赐一见，得到指示，以利工作”。
毛泽东收到叶剑英的信，当天即召集叶剑英和军委办公会议的成员谈话，就军委的工作作了重要指示。他指出，林彪搞了十几年，军队的问题不少。“四好”运动搞了很多形式的东西，军事训练也有形式主义，部队的作风也搞坏了。要好好整顿我们的车队，肃清林彪的影响。军队要严格训练，严格要求，才能打仗。
为了贯彻中共中央、毛泽东主席关于整顿军队的指示，叶剑英确定，首先集中力量抓好军队系统从上到下关于林彪事件的传达，揭批、清理与林彪事件有牵连的人和事，纯洁各级组织，统一全军指战员的思想。他深入总部和一些大军区机关，亲自抓传达工作，宣讲中央文件精神。1971年10月7日，叶剑英出席总参谋部处以上党员干部人会，并作了重要讲话。他除了对中央文件上所揭露的问题进行具体解释以外，还揭露了林彪在历史上反对毛泽东和中央正确路线的一些重大错误，使大家对林彪的历史有了更进一步的了解。他特别强调，在批林斗争中要注意政策，注意区别和处理两类不同性质的矛盾。他充分肯定总参党委关于“分清两个关系”的提法，即分清楚正常的工作关系和非正常的宗派关系。对于正常的工作关系，不应予以追究。对于搞宗派的人，参与了林彪集团阴谋活动的人，就要注意清查。即使是宗派关系，也要进行分析。他强调指出：打击面不要过大，要少抓人，更要保留活的证据，活的材料。要抓敌我矛盾，不要把斗争方向搞偏了，否则，会犯新的错误。叶剑英的这个讲话，指明了军队系统批林斗争的政策和方向，使人们进一步加深了对林彪反革命集团罪行的认识，解除了一些人心中的疑虑，对全军批林斗争的健康发展，起到了重要的指导作用。以后，叶剑英又对全军的批林整风问题，作了多次重要指示和讲话，推动批林整风工作不断深入发展。
二筹备军委扩大会议、
叶剑英清醒地看到，林彪主持军委工作12年，对人民解放军建设的干扰和破坏是十分严重的。许多单位的问题已经达到了积重难返的程度。叶剑英紧紧抓住整顿军队，肃清林彪流毒和影响，提高部队战斗力这个中心环节，大力开展各方面的工作。
从1971年底开始，叶剑英即根据毛泽东的指示，同军委办公会议的成员一起，着手筹备召开一次中央军委扩大会议。他打算通过军委扩大会议，讨论解决全军存在的一些重大问题，制订有关方针政策，以指导全军各项工作的开展。为此，他夜以继日地工作。他指示：军委办公厅、三总部和军事科学院要分别组织专门小组，研究与自己有关的问题，为会议的召开准备文件和材料。他认为，会议的重点，是围绕贯彻毛泽东“军队要整顿”的指示，整顿与解决军队建设中存在的突出问题。为此，可以先征求各军兵种、各大军区的意见，在集中各大单位意见的基础上，写好会议文件，特别要写好会议的主报告和会议决议两个文件。1972年1至2月，他多次主持召开军委办公会议和文件起草小组座谈会，了解工作进度，听取汇报，提出意见。有时，会议从晚上8时开始，一直持续到第二天凌晨，长达五、六个小时之久。叶剑英不顾年迈有病，仍然坚持参加会议，认真听取大家的汇报，细致地研究文件中的各种问题。这种忘我工作的革命精神，使参加文件起草小组的同志们深受教育。
在军委扩大会议筹备过程中，叶剑英还十分注意征求军内一些老同志的意见。他指示工作人员，将收集整理的各大单位对召开军委扩大会议的建议等有关材料，呈送徐向前、聂荣臻阅示。徐向前、聂荣臻看过材料后，对如何肃清林彪流毒及加强军队建设问题，提出了许多很好的意见。叶剑英很重视两位老帅的意见，要求工作人员将意见写进会议的主报告和决议之中。
到1972年2月底，由叶剑英主持起草的《在军委扩大会议上的报告》、《中共中央军委扩大会议决议》两个文件的初稿形成了。在这两个文件中，对林彪主持军委工作12年中推行的一套错误的东西，进行了系统批判，同时，提出了整顿军队的内容和措施。文件中指出，整顿军队，主要是：整顿思想作风，肃清林彪推行的形式主义、实用主义、教条主义，军阀主义的流毒，恢复和发扬人民解放军政治工作的优良传统，坚持党对军队的绝对领导，坚持民主集中制的原则；整顿各级组织，理顺编制、体制，改革部队装备；整顿军事训练，肃清林彪制造军政对立，在军事训练中推行取消主义、形式主义的流毒，对部队进行严格训练，严格要求，提高部队的军事素质；整顿和健全规章制度，加强部队管理；整顿军队院校，恢复必要的指挥院校和技术院校。
军委扩大会议原定于1972年3月召开。但是，由于当时的政治形势等方面的原因，特别是由于江青一伙的干扰，会议未能按原计划召开。中央军委扩大会议，一直延至3年以后，即在1975年夏季才得以举行。
三整顿军队领导班子
从筹备中央军委扩大会议开始，叶剑英就同办公会议的成员一起，大力开展调查研究工作，着手对部队进行整顿。叶剑英先后直接调查了军委各总部、各军兵种、军事科学院、军政大学、11个大军区和北京卫戍区以及国防工办、6个国防机械工业部、全国人防领导小组等单位的情况。他一个单位一个单位地听汇报，问情况，提问题，并就一些带普遍意义的问题同大家一起进行讨论研究，提出解决的办法。
军队各大单位领导班子的建设，是军队整顿过程中必须解决的重点问题。叶剑英认为，军队的领导班子，特别是大单位的领导班子，是军队的“上层建筑”，而基层部队可以看作是军队的“基础”。“上层建筑”的作用能够巩固、促进基础，也能破坏、衰变基础。军队必须坚持党指挥枪的原则，军队的领导权必须掌握在可靠的人手里。加强领导班子建设，主要从两个方面着手：一是狠抓政治思想教育，提高班子成员的马列主义水平；二是进行组织调整。他布置总政治部派出工作组，到各军区了解领导班子的情况，同时要求大军区负责摸清军、师领导班子的情况，做到心中有数，及时调整。
为了加强中央军委的领导，叶剑英曾多次向周恩来、毛泽东建议，迅速改善邓小平的境况，恢复他的工作。1973年2月，邓小平被解除“流放”，从江西回到北京，叶剑英便登门看望，问寒问暖，解决生活上的困难，为他创造良好的工作条件，征求他对军委扩大会议筹备工作的意见。他特意去找毛泽东，建议说：“小平同志回来了，我提一个要求，让他来参加和主持军委工作。”毛泽东又同周恩来商议，决定恢复邓小平的国务院副总理职务，并参加军委工作。
为了进一步加强军队大单位领导班子建设，1973年12月12日，毛泽东亲自主持召开中央政治局会议，讨论全国各大军区司令员互相调动问题。他说：“我和剑英同志请邓小平同志参加军委，当委员。”然后他指着叶剑英说：“你是赞成的，我赞成你的意见。我代表你讲话。”最后，他让叶剑英把各大军区司令员、政治委员都找来，参加议军，叶剑英负责具体主持这项工作。12月22日，中央军委发布命令，令北京与沈阳、南京与广州、济南与武汉、福州与兰州军区司令员相互对调。在召集这些军区司令员开会宣布中央和军委的决定时，毛泽东主席作了重要讲话，他指着邓小平介绍说：“现在，我请来了一个军师，叫邓小平。发个通知，当政治局委员、军委委员。政治局管全部的，党政军民学，东西南北中。我想政治局添个秘书长吧，你不要这个名义，那就当个参谋长吧。”并亲自指挥司令员们唱《三大纪律八项注意》歌。叶剑英也在会上讲了话，说明工作调动的重要性和必要性，要求大家认真贯彻党中央、中央军委和毛泽东的指示，在规定的时间内到职上任。各军区司令员们坚决执行命令，很快都按军委的要求奔赴新的工作岗位。