雅比之战以后，扫罗把绝大多数的人都打发回家去，只留下精锐部队3000人，其中2000人归自己指挥，驻扎在密抹和伯特利，1000人归儿子约拿单指挥，驻在老家基比亚。
约拿单年轻气盛，有一股初生牛犊不怕虎的劲头。一天夜里，他率兵攻打基比亚附近的迦巴人，把占领那里的非利士人打得丢盔弃甲，一败涂地，并收复了迦巴。
胜利的捷报风驰电掣般地传遍以色列。在扫罗的号召下，以色列人起义的风暴如燎原之火，迅速在被占领的敌后蔓延开来。
非利士人遭到攻击，又面临着被占领地区的人民的普遍反抗，决定进行严厉的镇压。他们调动了大规模的正规军：3万辆战车和6千骑兵；至于步兵，多得像海边的沙粒。非利士人的大部队向以色列的边界进发，在伯亚文东边的密抹安营。
扫罗手下的士兵不仅人数少，而且装备也非常简陋。那时候，征服者非利士人因为害怕以色列人制造武器，不准他们学铁匠，所以以色列人中没有一个铁匠，他们要打制农牧用具只能去找非利士人。
这样，全部以色列军队中，只有扫罗和约拿单手里拿着真正的武器，其他人都拿着锄头、斧子、土铲、犁铧、三齿叉和赶牛锥当武器。以色列人见非利士人如此强大，不免望而生畏，仓皇逃遁，他们中有的人藏进了山洞里、丛林中、石穴下和土坑里；有的还过了约但河，逃到迦得和基列等地。
扫罗正带着士兵驻扎在吉甲，等待着撤母耳来向耶和华献播祭。按照与撒母耳的约定，已经过了7天还未见撤母耳到来，这更动摇了以色列部队的军心，士兵中开小差的越来越多，最后只剩下600名忠勇之士了。
军情十万火急，如果再不举行战前祭祀，稳定军心，不言而喻，以色列人会不战自败。在这种情况下，扫罗只好冒着触犯大祭司的危险，自行给耶和华奉献燔祭。
刚献完播祭，撤母耳就到了。扫罗出去迎接他，向他问好。已经有情报传到撒母耳耳朵里，他脸拉得老长，问扫罗：“你都做了些什么？”
扫罗说：“因为我见百姓离开我散去，您也不照所定的日期来到，而且非利士人聚集在密抹，马上就要向吉甲进军了，时不可待，我就自作主张，勉强献了燔祭。”
撒母耳认为这是对他的权威的极大挑战。他对扫罗说：“你做了糊涂事了，没有遵守耶和华你的神所吩咐你的命令。你的王位必定不能长久保留，那和华已经寻着一个合他心意的人，立他作百姓的王。”
撒母耳说着就转身去基比亚了，连吉甲的大营都没有进。
同撒母耳发生冲突，使扫罗失去了比自己社会地位更高的祭司阶级的支持。这使他深感不安。但他没有因此挫损锐气。
在敌众我寡、敌强我弱的情况下，扫罗选择了游击战的作战方式。当时非利士人分3队进入以色列国土：一队往俄弗拉向书亚地去；一队往伯和仑去；一队往洗波音谷对面的地段向旷野去。
扫罗决定先集中力量打击往洗波音谷去的那支敌军。扫罗率领600名战士上了离基比亚不远的山区，在米矾仑的石榴树下安营扎寨。
有一天，扫罗的儿子约拿单对给自己拿兵器的侍卫也是最要好的一个伙伴说：“今天晚上，我们不如到那非利士营中去冲他一家伙，把那马蜂窝捅个底朝天。我们有耶和华保佑，不怕人少，定能取胜。”
那伙伴说：“听你的。我必跟你上去，和你一条心。”
到了晚上，他们两人趁黑潜入敌营，一连杀掉了20个非利士人。
敌营顿时大乱，他们在营地中到处奔跑，大声呼喊，寻找藏在暗地里的偷袭者。
在敌营阵地外的山上负责监视的以色列守望兵，看见非利士营中人影晃动，听到哭喊之声此起彼落，立即跑回去报告扫罗。
扫罗事先并不知道儿子冒险深入虎穴，他对传令兵说：“你们清点一下人数，看看从我们这里出去的是谁？”
不一会儿，传令兵回来报告说：“只有约拿单和他的卫兵不在营地。”
扫罗这才知道，是约拿单他们在偷袭敌人。他立即带着剩下的士兵来到战场增援，加入了战斗。
非利士人因为天黑看不清面貌，就用刀自相拼杀起来。非利士军队中的“伪军”以色列人听说本民族的军队杀进来了，也纷纷倒戈，帮助扫罗和约拿单砍杀非利士人。从前躲在丛林和山洞里的以色列人也一齐出动，前来助战。
非利士人终于支持不住，大败而逃。以色列人追杀非利士人直到伯亚文。
以色列人在追击过程中又饥又渴，疲惫已极。但扫罗决定乘天色未晚，继续前进。扫罗口忏下的士兵起誓：“不等到晚上向敌人报完了仇进食的，必受咒诅。”
因此，以色列人经过树林，即使见树上的蜂窝中流下蜜来，也没有人敢用手指蘸一滴吸入口中。但是，约拿单因为没有听说他父亲叫百姓起誓的事，所以伸出手中的枪杆，用枪头扎入蜂窝中，蜂蜜就成一条线往下流，他就用手接住，伸舌头舔食。由于饥渴感得到缓解，他的眼睛更加明亮有神。
他手下的一个士兵见他舔食蜂蜜，就对他说：“您父亲曾叫百姓庄严地起誓，天黑之前不准进食，否则必受诅咒。”
约拿单不以为然地说：“那是我父亲连累了你们。你看，我尝了这一点蜜，眼睛就明亮了。今天百姓若任意吃从仇敌手中缴获的东西，击杀的非利士人不是会更多吗？”
就这样一整天，以色列人追击非利士人没有停一下脚步。
夜幕降临了，饥渴交加的百姓，急不可待地将所夺的牛羊和牛犊宰于地上，狼吞虎咽地吃起生肉、喝起鲜血来。
这样做是触及教规的，有人告诉扫罗：“百姓吃带血的肉，做了得罪耶和华的事。”
扫罗马上禁止道：“不可这样做，这样做是犯罪的。”
他对来报告的人接着说：“你们到百姓中去对他们说：你们必须在石头上宰杀生畜，让牛血羊血流进地里；也不可吃带血的肉，得罪耶和华。”
扫罗还命令部下筑了一座坛，把牛羊牵了放在上面，作为献给耶和华的燔祭。
这是扫罗首次为耶和华筑坛。扫罗对部下说：“我们要连夜去追赶非利士人，直到把他们杀光，不留一人。”
部下对他说：“你觉得怎么好，我们就怎么做。”
有一个随军祭司比较谨慎，他说：“我们应当向神请教。”
扫罗来到祭坛边，问上帝：“我们可不可以连夜追赶非利士人？”
耶和华默不做声。
扫罗叫来百姓中的长老，交待他们：“耶和华发怒了，一定是有人今天犯了罪。要把他查出来处死。”
通过抽签，查出是国王的儿子约拿单犯了罪，约拿单只得交待了实情。
扫罗痛心地对他说：“约拿单哪，你定要死；若不然，愿上帝重重地降罪于我。”
百姓听说要杀死立了首功的约拿单，一齐过来为他求情道：“陛下，约拿单在以色列人中这样大行拯救，难道也要判他的死罪吗？不，绝对不能！连一根头发也不能割他的。因为上帝今天在与他一同做事。”
于是，扫罗这才免了约拿单的死罪。
扫罗只好放弃继续追击非利士人；非利士人回到了自己的故土，仍然威胁着以色列。