（三）矿山生态恢复保证金
矿山生态恢复保证金设立的目的在于治理矿山环境、实现生态修复。资金来源于开采矿山的企业，收费标准由国土和财政等相关政府部门共同协商确定。其操作流程一般是，开采矿山的企业按照收费标准依法缴纳保证金给政府，政府为了保证资金的专款专用，会预提并单独存储。关于矿山生态恢复保证金的指导性意见，国家目前集中于两份文件，分别是《******关于全面整顿和规范矿产资源开发秩序的通知》和《关于逐步建立矿山环境治理和生态恢复责任机制的指导意见》。部分省市已经制定了区域性的矿山环境治理和生态恢复保证金管理办法，如山西、河北、重庆、贵州、宁夏。以《重庆市矿山环境治理和生态恢复保证金管理暂行办法》为例。严格遵照“破坏者治理”的原则，确定开采矿山的企业是生态补偿的主体，全权承担生态补偿义务。开采矿山的企业一方面要向县级以上的国土部门提出书面承诺，另一方面要按照规定预提相应数额的矿山生态恢复保证金。《办法》规定，保证金专款专用，主要用于治理因矿山开发而造成的各种地质灾害和修复生态环境。保证金的标准根据开采的矿产种类、开采的规模大小和开采的方式是否环保来确定，制定标准的部门是重庆市的国土部门。需要注意的是，保证金不是无限度地缴纳，当保证金积累到一定程度，可以暂时停止缴纳。等到实际用于生态环境的修复和治理时，再多退少补。
（四）存在的问题
1、收费标准偏低
生态补偿要求生态破坏者付出的成本不低于环境成本，即收费标准不低于污染防治费用，否则厂商宁愿缴纳排污费而不会积极治理污染。但是，我国现行的收费标准偏低，污水每一污染当量征收标准为0.7元，废气每一污染当量征收标准为0.6元，低于污染治理成本。根据有关部门的测算，按照现行的收费标准，全国年征收额约为512亿元（按理论足额征收），而我国环境污染和环境资源的破坏造成的损失接近2000亿元。按现行的标准测算的排污费额只占环境损失的25%。这就导致“谁污染，谁受益”格局的形成，降低了企业生态保护的积极性，鼓励企业破坏生态。
2、征收面较窄
尽管我国已有多种污染行为列入收费行列，但还有相当多如汽车废气、生活垃圾、生活污水、电磁波辐射等污染仍未征收排污费。从缴纳主体来看，也仅限于单位和个体工商户，把大量的非企业排污主体排除在缴费之外。
3、矿山生态恢复保证金缺乏全国性统一制度
《******关于全面整顿和规范矿产资源开发秩序的通知》和《关于逐步建立矿产环境治理和生态恢复责任机制的指导意见》两个文件的出台说明中央政府已经开始重视矿山的生态补偿。但是该通知和指导意见未对矿山生态恢复保证金制度作出具体和统一的规定，而是要求各地区根据自身条件制定相应的标准，矿山生态补偿缺乏全国性的制度规范。
三、财政支出政策
生态补偿财政支出是指生态补偿支出中由政府投入、用于解决补偿问题的财政资金。生态补偿财政支出包括生态补偿财政消费性支出、生态补偿财政投资性支出和转移支付项目。生态补偿财政消费性支出指用于生态补偿公共消费项目的支出。生态补偿财政投资性支出指用于生态补偿项目的投资。转移支付项目则主要是以政策性补贴、税收支出等形式广泛存在。
根据最新的《2010年政府收支分类科目》，财政支出按功能分为30项支出，其中最能直接体现环保意图的是环境保护这一项。环境保护又可细分为15个子类：环境保护管理事务、环境监测与监察、污染防治、自然生态保护、天然林保护、退耕还林、风沙荒漠治理、退耕还草、已垦草原退耕还草、能源节约利用、污染减排、可再生资源、资源综合利用、能源管理事务、其他环境保护支出。
我国的生态补偿财政支出包括中央和地方两个层级，主要集中在森林与自然保护区补偿，这里以退耕还林（草）工程和天然林保护工程为例。
（一）退耕还林（草）工程
退耕还林（草）是指从保护和改善生态环境出发，将易造成水土流失的坡耕地和易造成土地沙化的耕地，有计划、分步骤地停止耕种；本着宜乔则乔、宜灌则灌、宜草则草，乔灌草结合的原则，因地制宜地造林种草，恢复林草植被。1998年的洪灾给人民的生命和财产带来巨大损失，也给我们敲响了保护生态的警钟。在这样的背景下，党中央******提出“封山植树、退耕还林”等“三十二字”方针。而退耕还林最终上升为法律意义上的文本，则是在2002年，******第66次常务会议通过并颁布实施的《退耕还林条例》。
退耕还林的政策规定主要集中于******颁布的四个文件《******关于进一步做好退耕还林还草试点工作的若干意见》、《******关于进一步完善退耕还林政策措施的若干意见》、《退耕还林条例》和《******关于完善退耕还林政策的通知》。该工程范围涉及25个省区市和新疆生产建设兵团的2279个县（市、区）、3200万农户、1.24亿农民。“十一五”期间，退耕还林在生态改善、农民增收、农业增效和农村经济社会发展等方面取得了巨大的进展和显著的综合效益；也为改善世界生态环境、缓解全球气候变暖做出了巨大贡献。
退耕还林（草）项目的实施虽然取得了较好的生态保护效果，但仍然存在以下的问题：
1、重视补偿，缺乏引导
根据《******关于进一步做好退耕还林还草试点工作的若干意见》，粮食和现金补助年限，经济林补助5年，生态林补助8年。2007年******再次做出申明，补助期限从2007年再延长一个5年和8年。同时，设立退耕还林的成果巩固专项基金进行扶持。国家保持退耕还林政策的连续性并兑现承诺，确实极大地调动了农民退耕还林的积极性，保证退耕还林顺利展开。但是，鉴于我国财力较弱，补偿不可能无限期持续下去。另一方面，在国家的补偿下，成功实现生产活动的转移，不再依附于土地开展农业生产的农民很少，多数还是基于土地开展生产。在新的产业结构尚未建立，绝大多数退耕农民基本依靠政府补偿的情况下，下一个5年和8年退耕还林政策又将如何推行？补偿只能短期内保障农民的经济利益，引导农民发展生态产业，走上经济与生态良性循环的可持续发展道路才是解决问题的根本。
2、补偿标准一刀切，缺乏市场基础
国家2000年和2002年的文件规定，长江流域及南方地区，每亩退耕地每年补助粮食（原粮）150公斤，黄河流域及北方地区，每亩退耕地每年补助粮食（原粮）100公斤（2000，2002）。2007年文件规定，长江流域及南方地区每亩退耕地每年补助现金105元，黄河流域及北方地区每亩退耕地每年补助现金70元。即国家只简单地将补偿区域划分为长江和黄河两个片区，补偿标准也有两种。但是，长江流域和黄河流域内部各区域在经济、社会、自然、环境条件方面都存在很大差异，简单的一刀切一方面会使得高产出地区的农户蒙受损失，退耕还林积极性低；另一方面使得低产出地区的农户获得额外收益，退耕还林积极性高。如西南地区，四川省陡坡耕地的退耕农户平均每公顷减少约600kg粮食收益，按照现行补偿标准，相当多的农户经济效益受损。而在西北地区，陕西省陡坡耕地的退耕农户平均每公顷多收585kg粮食。之所以出现一刀切，除了考虑到统一的补偿标准操作性强，执行成本低外，政府没有充分听取农民的意见，没有基于市场的价值规律制定标准也是重要原因。
3、补偿方式单一
从退耕还林的实施来看，政府主要集中于现金和粮食的直接补偿，用于增强农户自我发展能力的间接补偿方式比较缺乏。如果要实现退耕农民的自我造血，政府必要从环境上提供补偿，包括农村生活能源建设、基本农田建设、生态产业开发等方面；从技术和政策上要支持，包括就业引导和技术培训、产品销售渠道拓展等方面。
（二）天然林保护工程
我国在1998年洪灾后实施的天然林保护工程是过去50年天然林生态政策的延续和演变结果。从上世纪50年代到90年代，天然林生态政策依次经历了建立自然保护区、采育兼顾、防护林政策、推动森工企业转产到采取大规模天然林保护五个阶段。天然保护林工程的实施方案集中在国家林业局编制的《长江上游、黄河上中游地区天然林资源保护工程实施方案》（以下简称《长江黄河方案》）和《东北、内蒙古等重点国有林区天然林资源保护工程实施方案》（以下简称《东北内蒙古方案》）中。前者涉及13个省（区、市），后者涉及5个省（区），共涉及18个省（区、市）。通过天保工程的实施，我国天然林得到有效保护、林区就业呈多元化趋势，国有林区管理体制和经营体制不断创新、生态文明理念逐渐被接受。天保工程也推动了林业经营方向实行战略性调整、产业结构调整和优化。
天然林保护工程虽然在天然林保护、职工收入以及林业经营调整等方面取得一定的成绩，但是仍然存在以下问题：
1、补偿对象不全
天然林保护工程的补偿对象主要是森林资源的管护人员即森工企业的职工。但是，在天然林地里也可能生活着大量的居民，保护天然林势必对他们的生产生活产生影响，并可能损失他们的经济利益。如果这种损失得不到补偿，即不公平也不利于鼓励居民保护天然林。
2、缺乏后续产业支撑
与退耕还林政策一样，在天然林保护政策规划中，缺乏后续产业支撑政策的设计，出现大量下岗职工转产困难、再就业不易，没有建立科学合理的动态投资体制等。这不但会出现新一轮森林资源破坏的危险，也会带来新的社会不稳定。
第三节中国生态补偿财政政策的构建
一、补偿层次
根据补偿对象的不同，生态补偿可划分为两个层次：利益补偿和环境补偿。利益补偿主要指对人的补偿，包括为生态保护、建设和生态服务的可持续性提供动力的补偿；维护和保持相关者利益均衡的补偿。利益补偿不限于经济补偿，还包括经济、政策、技术上的补偿。环境补偿主要指对自然的补偿，包括对生态环境的建设和恢复；对具有重大生态价值的区域的保护性投入。
根据定义，生态补偿的财政政策细分为两大层次。第一层次，利益补偿的财政政策。国家利用税收优惠、转移支付等优惠政策对生态保护和环境维护的单位和个人进行的利益均衡。目前，我国推行的增值税、消费税、所得税优惠政策和以大型工程形式开展的退耕还林（草）工程、天然林保护、南水北调等工程都包含利益的补偿。第二层次，环境补偿的财政政策。国家出资建设和恢复生态环境、保护生态区域。目前，我国实行的退耕还林（草）工程、天然林保护等工程均体现了环境补偿。需要注意的是，很多时候利益补偿和环境补偿是紧密结合、不可分的，因此有的项目既包含利益补偿又包含环境补偿，比较典型的是退耕还林还（草）和天然林保护等大型生态工程。
我国生态补偿的财政政策虽然覆盖利益补偿和环境补偿两个层次，但在补偿手段、覆盖范围、补偿标准以及政策规范等方面仍然有待完善。因此，在总结、分析现有的生态补偿政策，应构建补偿手段多元化、覆盖广泛、标准合理、涵盖利益补偿和环境补偿的二元生态补偿财政政策。
二、政策工具
生态补偿的财政政策工具主要包括税收政策、收费政策、转移支付。
税收作为一种政策工具，它具有分配形式上的强制性，无偿性和固定性特征。这些特征使税收调节具有权威性。税收调节作用，主要通过宏观税率确定、税负分配以及税收优惠和税收惩罚体现出来。在生态补偿中，税收政策的作用集中体现在两个方面：对破坏生态环境的行为征收相应的环境税，体现“谁污染，谁治理；谁受益，谁补偿”的原则。对保护生态环境、减少生态破坏的行为给予税收优惠，体现“谁保护、谁受益”的原则。
排污费和矿产资源补偿费属于行政性收费。行政性收费是指国家行政机关、司法机关和法律、法规授权的机构，依据国家法律、法规行使其管理职能，向公民、法人和其他组织收取的费用。行政性收费包括管理性收费、惩罚性收费和资源性收费。在生态补偿中，国家可以利用管理性收费对企业从事环保产业的资格审查收费，可对企业有可能对生态环境带来负面影响的经济行为进行惩罚性收费，对企业经济活动占用了自然资源的，按照资源价格进行收费。因此，在生态补偿中，排污费和矿产资源补偿费等行政性收费是税收手段的必要补充。
转移支付主要是指政府在社会福利保险、贫困救济和补助等方面的支出。这是一种货币性支出，政府在付出这些货币时并无相应的商品和劳务的交换发生，因而是一种不得以取得本年生产出来的商品和劳务作为报偿的支出。它所作的仅仅是通过政府将收入在不同社会成员之间进行转移和重新分配，全社会的总收入并没有变动。财政转移支付一般包括中央政府对地方政府的纵向转移支付和地方各级政府之间的横向转移支付。在生态补偿中，对于生态意义重大、生态环境服务的受益者和提供者的数量都较大时，适宜以大型生态建设和保护项目的形式，依靠中央的纵向转移支付。相反，生态环境服务的受益者和提供者的数量不大，且范围较为确定时，适宜采用横向转移支付，如流域间的生态补偿。