第一节政府职能转变
政府职能是国家行政机关，依法对国家和社会公共事务进行管理时应承担的指责和所具有的功能。政府最主要的四大职能是政治职能、经济职能、文化职能和社会职能。在履行职能的过程中，政府偏重于前两种职能：政治职能和经济职能。鉴于经济发展对政局稳定、国家安定的突出作用，经济职能常常被放在第一位。要保证生态补偿持续稳定地推进，转变政府职能不可或缺。转变政府职能，提高生态补偿工作力度和绩效，必须要把生态补偿贯彻于经济社会规划、目标责任制、政绩考核权重三者当中去，构成政府职能向生态补偿侧重的“三位一体”的目标动力机制。
一、加强生态补偿规划
作为我国经济和社会发展阶段性纲领性文件，《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要十二五规划》增强了关于生态补偿的规划内容，其中包括促进生态保护和修复、建立生态补偿机制的章节以及散见于其他章节关于环境保护和生态补偿的内容。关于生态补偿的规划内容的分散主要原因在于关于生态补偿工作涉及国民经济领域较多、涉及政府管理部门不一，从管理职能对位的角度制定规划造成了上述的局面。
为保障生态补偿工作的在规划中的重要性和高效性，首先，应设立专门的生态补偿行政管理部门或生态补偿工作委员会，统一负责制定和实施生态补偿工作规划，从而避免政出多门、部门互相推诿的局面，还可负责某些跨行政区域的生态补偿工作；其次，应加强生态补偿规划力度，集中专门章节规划生态补偿，提升在国民经济社会发展中的重要性，同时鉴于目前生态补偿工作的迫切性，要加快某些规划于研究阶段的工作早日进入操作层面。
二、贯彻生态补偿目标责任制
生态补偿目标责任制是以签订责任书的形式，具体落实到地方各级人民政府和相关企事业单位对环境质量负责的行政管理制度。各地区运用目标化、计量化、制度化的管理方法，把贯彻执行生态补偿和环境保护这一基本国策作为各级政府的行为规范，纳入国民经济及社会发展规划，推动生态环保工作开展，实现既定环境目标。转变政府职能，强化生态保护，就需要深入贯彻生态补偿目标责任制。生态补偿目标责任制有利于政府、企业和群众共同参与制定生态补偿目标，齐心协力、相互监督，提高生态补偿工作的绩效。
首先，中央政府要强调完成生态补偿目标与经济社会发展目标同等重要，做好思想指导和舆论宣传工作。其次，严格监督地方政府分解、落实环境目标，制定可量化可执行的环境目标和工作计划。最后，按照目标责任制度实现奖惩分明的环境目标责任制度，地区如期完成目标则予以奖励，未完成目标则给予惩罚，如果连续多次未完成目标，则追究上一级领导责任，完成目标的相关领导可以调任未完成目标的地区担任领导，起到传帮带、经验共享的作用。
三、增加生态补偿政绩考核权重
我国长期以经济发展作为政绩考核的主要指标。这种考核体系直接导致地方政府重发展轻环境，“唯GDP”论。为了形成正确导向，更好地实现生态补偿，学者建议改革政绩考核体系，将生态环保指标作为重要的参数。如韩东娥提出，生态补偿需要建立相应配套制度，如改革干部考核制度。周晓唯则直接指出在政绩考核中加入环保指标，并提出建立生态环境资源经济核算制度——绿色GDP。目前，我国一些城市的政绩考核体系包含了一部分生态补偿相关指标，如株洲市政绩考核指标包含人均绿地面积、生活污水处理率、生活垃圾资源化率、环境建设等，而厦门则更进一步加入了减少汽车尾气排放、扬尘治理、噪声治理、震动治理等更广泛的生态补偿相关指标。
政府业绩考核评价体系将根据“生态补偿”理念增加相关指标。根据我国2010年发布的《全国主体功能区规划》，按照对不同区域的主体功能定位实施差别化的评价考核指标，根据资源能源环境和土地开发状况，将全国分为“优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发”四类，考核指标根据区域划分有所不同：对于优化开发区域，重点加强经济结构调整、科技创新、资源利用和环境保护的评价；对于重点开发区域，侧重GDP增长指标、产业结构、城镇化率、就业的评价；对于限制开发区，突出生态环境保护的评价；对于禁止开发的农产品主产区和重点生态功能区，实施农业发展有限和生态保护优先的考核，不对GDP和工业进行考核，内容主要涉及自然文化资源、生态原真性和完整性的保护方面。
以上按照功能区类型分配考核体系指标的方案，有失偏颇。优化开发区域和重点开发区域在经济社会发展过程中也应关照水土流失和森林覆盖与蓄积率，城市发展也要提高生物多样性。因此建议各项指标不应该是简单的根据功能区类型进行分配，而是对不同类功能区考察全部统计指标，仅需对不同统计指标进行权重区别即可确保科学性和可操作性，如此则可更加贯彻生态补偿的理念。
同时，鉴于生态补偿的外延宽阔，还有些便于操作的统计指标代表着不同的生态补偿区域，也应纳入政府政绩考核体系中，包括但不限于噪声治理，环境污染投资、森林火灾发生率，病虫害防治率、地质灾害发生率和投资情况、城市生活垃圾处理率及投资情况等等。
此外，还应根据生态环境诉讼案件的发生不断增加和调整纳入政府政绩考核体系的统计指标，因为生态环境诉讼案件中新出现生态环境事件，如具有代表性则可作为统计指标持续监控，如果具备较大的生态环境影响，生态补偿效益巨大，则可纳入政绩考核体系。
第二节法律层面
贯彻全面、协调和可持续的科学发展观，必须实现生态补偿制度的法制化。建立完善的生态补偿法律法规是贯彻我国依法治国方针的重要手段，将为生态补偿宏观政策的贯彻实施提供有力保障、保驾护航。而目前关于生态补偿的相关法律规定仅是散见于《环境保护法》和其他单行法条款中，没有形成完整的法律体系，“纲不举、目不张”，整体功能性缺失，其对经济主体的影响力和号召力大打折扣。为保障生态补偿宏观政策的有效实施，本文提出以“制定《生态补偿法》、完善生态补偿配套单行法、明确生态补偿相关刑罚、构建生态环境诉讼机制”的法律保障措施。
一、制定《生态补偿法》
目前我国没有专门的生态补偿法律法规，与生态补偿实践最相关的一些法律条文可见于《中华人民共和国环境保护法》，但限于立法背景，《环境保护法》主要关注污染防治及收取排污费的相关规定，以其指导生态补偿实践忽视了对环境保护的正激励，同时也未明确提出生态补偿规定。生态补偿的规定第一次提出于《中华人民共和国森林法》，但其规定过于简单粗放，仅是依靠补种等量的小树来补偿砍伐森林的损失，此中生态环境的损失的弥补不足万一，依此类法律指导生态补偿实践显然无法有效实现生态补偿的目的。限于法律制定的背景和目的，现行的法律均无法承担保障生态补偿宏观政策的重任，必须改变当前依照单个的、零散的法规补偿的现实，对目前的生态补偿的相关规定进行整合提高，制定全国性的统一的《中华人民共和国生态补偿法》。
事实上，生态补偿的现实迫切性和现行法律的不匹配已经引起了社会各界的关注，已经有人大代表提出了相关《生态补偿法》的提案，如全国明大代表黄美缘等在十一届全国人大四次会议上提出关于制定《生态补偿法》的议案、海南代表团提交关于制定《中华人民共和国生态补偿法》的议案。可见，制定《生态补偿法》是大势所趋、民心所向。
《生态补偿法》首先应科学的界定生态补偿的含义，确立生态补偿的原则，完整规定生态补偿的主体和客体，明确政府部门、企业、个人在生态补偿中的责任、权利和义务边界，涉及包括生态功能区补偿、流域补偿、要素补偿、区域补偿等重点补偿领域，对如何利用税收政策、收费政策和转移支付等政策工具进行生态补偿有比较清楚的规定，对各类生态补偿资金的收取、划拨、使用监管进行严格规定，确保生态补偿政策的有效性。《生态补偿法》的出台，将有力提升生态补偿的法律高度，改散打式的零星补偿为国家统筹下的全方位多领域的系统补偿。
二、完善生态补偿配套单行法
《生态补偿法》的贯彻实施，需要相关单行法的密切配合，否则会产生某些生态补偿政策实施中的法律真空地带、边缘地带，降低生态补偿政策的可操作性和执行效率。但我国现行的生态保护相关的单行法未突出“生态补偿”，缺乏清晰的生态补偿立法目的和指导思想，虽然有的提及“保护和改善生态环境”、“维护生态平衡”的立法目的，但距离生态补偿的高度有相当差距，如《森林法》、《草原法》、《野生动物保护法》和《水土保持法》等；而有的则停留在经济利益的维护层面，并无生态补偿的理念的指导，如《水法》、《矿产资源法》、《土地管理法》和《渔业法》等。由于目前相关的单行法均设立于《生态补偿法》之前，没有考虑到与生态补偿的契合和接驳，指导思想的偏差导致法律条款“重开发轻保护”、“重经济轻生态”。
因此《生态补偿法》设立后，相关的单行法（包括但不限于《森林法》、《草原法》、《野生动物保护法》、《水土保持法》等等）需进行修改完善，强化生态保护思想、明确规定生态补偿内容，填补生态补偿具体实施当中的法律真空、充实法律具体执行的边缘地带、提高生态补偿的可操作性和执行效率。