回到中原
林则徐奉旨回京，长子汝舟早就等候在了甘肃玉门县。林则徐身体越发虚弱，一路的劳顿之后，显得非常疲惫，想要找个地方好好休息一下。然而在这偏远的小城里，旅店全都是狭小黑暗，肮脏不堪。一行人只好去和甘州的知县商量，看能不能先到公家的行馆小住一下，没想到这个县官竟然一口拒绝了。他见林则徐只是个远戍归来的谪官，不过是四五品的京堂候补，便不放在眼里。
原本布彦泰因在新疆垦荒的工作而受到嘉奖，被任命为陕甘总督，不料布彦泰还没到任，朝廷又降旨陕甘总督由候补四五品京堂三品担任，署三品总督。那位势利的县官开始的时候到处去找这位新到任的陕甘总督都找不到，后来才明白过来，就是早先那个远戍归来的谪官。
原来那个候补四五品京堂的小官，竟然一下子荣升为省内最高官，成为了他的上司。县官一下子慌了手脚，连连捶胸顿足，后悔不该怠慢林则徐一行人，吓得冷汗直流。
事已至此，县官也只好硬着头皮去向林则徐道喜，见到他们住在简陋不堪的小旅馆中，连忙请他们去公家的行馆居住。其实已经习惯边疆生活的林则徐对环境也不是十分挑剔，只不过是前两天实在觉得疲劳，便想找个舒服点的地方，此时林则徐自觉已经恢复疲劳，过两天还得继续赶路，不想搬来搬去，就辞谢了县官。
第二天一大清早，知县就上门来邀请林则徐四处参观，林则徐也想出去散散心，于是欣然前往。知县带着林则徐游览，走着走着就到了行馆的门口，只见大门口贴着一副红联纸，墨迹还没干透。林则徐好奇地凑上前一看，上头写的是：
鹤鸣九泉其子迎鸿飞遵渚我公归
林则徐觉得此联文采不错，不由称赞道：“不错，不错！想不到在这么僻远的县城中，也有懂得文墨之人！”林则徐的称赞让知县松了一口气，忐忑不安的心总算定了下来。林则徐想要参观一下行馆，便信步往里走去，一进门才发现，原来自己的行李已经被搬到了这里，他回头看了看那个有些惶恐不安的知县，心中觉得好笑，他经历过了那么多风风雨雨，哪会因为这点小事与人计较，但如果不答应的话，恐怕这个知县就不能安心，所以林则徐笑了一下，和颜悦色地说道：“也好，我们就在这儿住两天吧。”
通常封疆大吏被任命后都应入京复命。邓廷桢入关回京后，就曾前往觐见道光，据说当时皇帝对他说：“我看你的才能，似乎不如林则徐。”然而道光虽然赏识林则徐的才干，却似乎不想面对他，于是在林则徐入关后，道光下了一道旨意：“毋庸来京，可赴任时，即赴新任。”回到中原的林则徐先后担任陕西巡抚、云贵总督，但是道光皇帝始终不召他入京，道光也许是心中有愧，不愿见林则徐，但很显然朝中也有人一手遮天，从中挑拨，不让林则徐有发表言论的机会。这一点从林则徐的官位中也可以看出来，林则徐生于江南，治理江南的时间也很长，对于那里的民情和政策的利弊都很清楚，但是当两江总督的位置空缺时，朝廷宁可任用李星沅也不用林则徐；林则徐回中原后总是在偏远地带任职，显然是朝中权臣的有意安排。
久戍边疆，和家人分开已久的林则徐十分希望和家人团聚，但是刚回来没多久，朝廷又是一纸诏令给了他新的任务，要他平定青海、甘肃边界的番族叛乱。林则徐只好留在甘肃，已经到了天寒地冻的季节，林则徐拖着年迈的身体，往来于甘、凉、西、湟诸郡，好几次受了寒瘴，病得差点没命。
那些作乱的番族十分猖獗，而且声势很大，根本就不把官兵放在眼里。而事实上这些官兵也是毫无军纪可言，根本不是那些乱贼的对手，导致番贼的声势像野火燎原般的壮大。
林则徐常常强调，要巩固国防，改善军备，必须要拥有现代化的武器不可。英国人曾经查获了林则徐在镇海铸的炮，发现竟然是仿造得很好的加仑炮，可见当时的兵工技术在林则徐的领导研究下已大有进步。
这一次平定叛乱，林则徐特意让曾经协助他制炮的黄冕留下，打算把西洋的制炮技术应用到实战当中去，经过了反复的实验，他们制作出来的大炮试放的效果极佳，威力巨大，士兵们见识后都非常兴奋，于是军心大振，个个奋勇冲锋，最终平定了叛乱。战后的善后工作，林则徐也是秉承着毋枉毋纵的原则，使得所有人心悦诚服。而后来的琦善就是因为滥杀无辜，再度遭受革职，最后落得个发放吉林的下场。
道光二十六年（1846年），中国的经济出现了很严重的问题。长期的鸦片贸易导致中国出现了银荒，贸易赤字很大，钱价也跟着波动，物价节节上升，人民的生活日益艰苦。原本通货膨胀的现象就很严重，而各地所采用的货币又不统一。东南沿海一带早已通用洋银；黄河以北通用的却还是纹钱与制钱；境内有银矿的云南多用银不用钱；西北地区由于贫困，货币还是多数用钱。
这时期林则徐担任陕西巡抚，为了改善农民的处境，他在这一地区实行农贷及平擢法，并督导那些官员帮助一些老幼废疾的贫民，他自己更是承担了西安省城内三四千人的生活费用，这些经费一部分是自捐，一部分是筹募得来。虽然林则徐在陕西的任期只有九个月，但是那里的人们永远怀念他的恩德。
在陕西的时候，林则徐萌生了退隐之心，长期的操劳和颠沛流离，使他的身体越来越坏，疟疾和疝气也时常发作。也许是感觉到自己时日不多了，林则徐动起了分家产的念头，他将为官三十六年所剩下的仅有一点积蓄折为三股，分给了三个儿子。这些家产微薄得可怜，和同级别的大官们根本没法比，一向清廉的他还经常散尽家财去帮助百姓，这仅剩的家产还是林则徐为父母所置。而林则徐的父母也是生活节俭，从不贪图享乐的人，他们舍不得享用，又都给林则徐留了下来。现在孩子们都已长大，这些家产就只能留给孩子们了。
林则徐的清廉曾经让曾国藩感慨万千，他在给七弟国荃的信中说：
林文忠公三子分家各得六千串，督抚二十年，家私如此，吾辈当以为法。
告别宦海
随着身体的越来越差，林则徐退隐的念头就越强烈，他曾因病向朝廷请求告老还乡，但是没有得到批准，朝廷只答应给他三个月的假期，然后派他代替李星沅，出任云贵总督，林则徐又要一路舟车颠簸地去西南。
云南是少数民族聚居之处，这些少数民族大多都民风彪悍，但是却经常被倚仗官势的汉人欺负，汉族和少数民族之间积怨已久，很难和平相处。数十年来，各族与汉族互不通婚，甚至经常发生斗殴事件，动辄就有命案发生。地方官面对这种局面也是束手无策，结果事情越闹越大，终于在道光二十五年（1845年），爆发了永昌回民被杀的惨案，这就是林则徐到达云南之前的大体状况。
事情的起因是有个叫马大的回民，唱曲讥讽汉民，结果遭到汉人群起而攻之，连清真寺也没能幸免。事后汉人虽然已赔了钱，但是依旧纠纷不断。奉旨查办此事的官员罗天池和恒文处理不当，竟然纵容官兵大开杀戒，不分男女老幼，杀了4000多名回民，使得冲突升级，造成了悲剧。恒文的家丁黄溃更是乘机掳走了杜文秀的未婚妻，闹得四处腥风血雨。
永昌发生了这样的惨案，道光皇帝得知后十分震怒，立刻将云贵总督降为河南布政使，云贵总督改由李星沅继任。但是事态依旧没有多少好转，随后李星沅又被调任两江总督，林则徐继而成为了云贵总督，来收拾这个烂摊子。
汉回之间的仇恨由来已久，冤冤相报，其中的是非曲直很难判断，林则徐秉承着公正严明的态度，采用攻心策略，“不问汉回，只问良莠”。汉、回皆是国家的子民，对于朝廷来讲没有分别。百姓只分盗匪和良民，而没有汉回之分。以往出兵时总是声称剿办回匪，这本身就很不公平。
当地地方官处理乱事的办法，显得既低能又昏庸，杀了那么多的回民，实在是骇人听闻。林则徐认为从根本上解决问题，就要澄清吏治，他向来的主张就是“从政之道，察吏为先”，这次是汉人官员行为不当，更应该从此入手，为百姓找一位能干而心存仁义和公正的好官。通过在接见属下时的细心考察，他竭力推举张亮基，认为此人不但干练，而且很有操守，为官廉洁。在当时，封疆大吏举荐的人才一般都会被起用，但是如果此人出现了什么失误，那保举的人也会受牵连，林则徐对这个人很有信心，相信他会成为栋梁之才。果然，张亮基从当永昌知县起就一路升迁，不久就出任云南按察使，一年后升为云南巡抚，四个月后就成为了新任云贵总督，不负林则徐的一番栽培。
过了没多久，保山县又发生了骚乱，林则徐叫人传讯人证以便了解详情，不料在途中，这批人证都被保山的汉民劫走，护送人证的官兵也都被打伤，这些人公然与官兵为敌，烧毁了保山的县衙门，打开监狱滥杀回民，几乎到了疯狂的地步。
林则徐看到乱事发展到这种地步，这些暴动的民众如此嚣张，便亲自到大理派兵调度，打算实行武力镇压。
说起来，这起乱事和义和团的性质十分相近。有一个居住在大理的摆夷人名叫金混秋，此人靠卖药为生，头上总戴个铁盔，所以绰号叫“铁帽子”。话说湖南人沈聚成被砖块砸伤了头，敷用了“铁帽子”的草药后竟然痊愈了。沈聚成对“铁帽子”非常感激，觉得他能够妙手回春，就拜他为师，学会了配制“紧皮膏药”的秘方。根据沈聚成的描述，在制作这种膏药的过程中，需要念咒语，此药能够让人皮缩肉聚，刀枪不入。
道光二十五年，保山的汉族和回族之间又起争端，回民企图攻打汉人的金鸡村。沈聚成在这时成为了大家的领袖，他给大家服下紧皮膏药，村里的汉人个个都壮起了胆子，杀退了前来入侵的回族人，就连回人的大头目“九坎毛”也被汉人杀死。这一次大获全胜，大家都认为是沈聚成的功劳，纷纷要求他能长住在村中保护他们。
大家对“紧皮膏药”的功效深信不疑，“铁帽子”也就成了众人眼中了不起的人。更荒谬的是，传说“铁帽子”还会各种邪术，沈聚成的养子沈振达就暗地潜往土司处找到了“铁帽子”。“铁帽子”大言不惭地告诉他，他能腾云驾雾，又能招调阴兵，可以抵御千军万马的袭击，沈振达听了兴奋不已。
道光二十七年（1847年），传来了回民入京控诉的消息，因此官府要召见人证。沈振达怕这些人证说出不利于自己义父的话，决定先下手为强。但是他还有些胆怯和犹豫，就在临行前去“铁帽子”那儿卜个卦，卦象显示此行是“上吉”，于是沈振达便有了胆气，打算大干一场。
保山县府对“铁帽子”妖言惑众的行为早就头疼不已，想要把他驱逐出境，但是沈振达在半途把他救了回来，接到金鸡村同住。这样一来，金鸡村的男女老幼都把“铁帽子”奉为神明，时常有许多人向他磕头行礼。“铁帽子”一时忘形，竟然对众人说，他已经可以调到两万多名的阴兵，这些兵马可以保护这里的人不受侵害。
村民听后个个勇气倍增，开始四处滋扰生事。林则徐恩威并施，尽量不动用武力，总算把这些人给安抚平定了。但是在他离职之后数年，这些人又再次闹事，官府为了平定叛乱足足花了十八年。
保山事件告一段落，但是如何处理那些受到伤害、家园败落的少数民族，是个困扰林则徐许久的大问题。他们的房舍已经被焚为灰烬，甚至祖坟都遭到破坏，当务之急是使他们重新回到正常的生活当中。
经过了一番考察，林则徐选中了距离保山两百里的官乃山。那里有一大片平地可以垦种，外狭内宽，被夹在怒江和雪山之间，易守难攻，山中有不与外界相通的夷人居住。土地已经有一部分被开垦，由官府出面买下这里的房舍果树，还发给那些回族同胞们三个月的粮食，林则徐还派人去一一修复他们的祖坟，使他们可以从容地安定下来，安抚他们的不满情绪，如果回民想要回山祭祖，林则徐就派官兵一路保护他们同行。回族同胞们开始了正常的生活，对林则徐也十分感激。至于保山一带回民的财产则被纳入公产，林则徐的处理方法得到了大家的认同。