一直到道光十八年，黄爵滋的“死刑禁烟”的建议加剧了两派的争执，道光也觉得这个提议有些偏激，打算听听封疆大员们的说法再作决定。于是清朝的各个封疆大臣陆陆续续抵达京城。盛京将军和山东巡抚5月7日就到了，紧接着山西巡抚抵京，其他人也在接下来的两三个月中赶到，综合考虑到各官员的路程，林则徐是反应最快的一个，他第一个响应黄爵滋的“死刑禁烟”的提议，于5月19日抵京。就连在京师附近的直隶总督琦善，还比林则徐晚了将近十天。
身为湖广总督，林则徐时刻关注着朝中关于鸦片的讨论，通过京师的朋友们和长子林汝舟了解京城的形势。除了黄爵滋，禁烟派还有一个重要的人物，那就是张际亮，此人以禁烟为终身事业，此时特地由京师至湖北，要与林则徐当面商谈禁烟之事。
张际亮于5月14日到达武昌，林则徐马上将他迎至督署。原本就对禁烟一事有过透彻思考的林则徐，经过了和张际亮的一番长谈后，心中已经初步拟定了禁烟的步骤和做法：先对那些吸食鸦片的人进行劝导，尽量允许他们改过自新，这样可以尽量减少死刑的发生；然后要对那些开设烟馆、贩卖烟具的人判以重刑，允许他们自首，但是要将所有的鸦片销毁；开馆的雇主及保甲长如果知情不报的话，将承担连带的责任。
林则徐禁烟的决心很大，办起事来雷厉风行，但是他总是心怀仁义，尽量为别人留生路。而且他早就认识到鸦片的危害，多年来费尽心思四处搜罗戒药的方法，此次也在奏议上写明了。林则徐做事谨慎细心，他写出来的药方都是经过多次的试验，证明有效无害才敢提出。
到10月时，道光已经收到了28份奏章，其中，23份表达了自己反对禁烟的意见，而在这23人中，满人有13人。持赞成意见的8人中，只有两人是满人。在这个紧要的关头，军机大臣穆彰阿也站出来反对，一时间弛禁派占了极大的优势，而禁烟派则势单力薄，处于不利的地位。
林则徐早就意科到会是这样的结果，他的心中也早有打算，在道光还没有收齐所有奏章的几个月里，先在自己管辖范围内的湖北、湖南两个省份展开行动，包括查封鸦片贩子，收缴烟具，而且早在著名的虎门销烟之前，林则徐就已经开始了销毁鸦片的行动，在湖南地区，林则徐收缴了2300支烟枪，尽数焚毁，在湖北也焚毁了1200支烟枪，用桐油烧毁烟土和烟青，然后把灰烬投入江心。林则徐还自掏腰包，让人配制了许多帮助人摆脱烟瘾的药，然后四处散发。湖南、湖北在林则徐的努力下成为了“禁烟的模范省”，林则徐希望借此能够做出表率，争取大家对禁烟派的支持。
林则徐在湖南和湖北的努力，不仅证明了禁烟的可行性，让大家明白民情不畏法，风俗可转移的道理，更让道光皇帝对禁烟产生了很大的信心，让他坚信事在人为，只要努力就一定会有成果。
林则徐在两湖禁烟的成绩斐然，确实起到了很大的带头作用，两江总督陶澍也开始行动起来，两广总督邓廷桢也不甘落后，纷纷效仿林则徐的做法。此后，禁烟派的总督们都开始行动起来，查封烟馆，就连平时一向对烟贩放任不管的直隶总督琦善，也开始着手缉拿烟贩。看到禁烟行动的影响越来越广泛，越来越多的人加入其中，林则徐觉得时机大好，连忙向道光皇帝上奏。后来魏源把这篇奏章进行浓缩改写，文章变得铿锵有力，掷地有声，成为了留传至今的千古名句：
厘不禁绝，国日贫、民日弱，十年之后，岂惟无可筹之饷，抑且无可用之兵。
文章直言鸦片对一个国家和民族的危害，道光帝看过之后终于下了决心，一定要实行禁烟，于是立刻下令召见林则徐，打算委以重任。
肩负重任
道光十八年（1838年），林则徐于初冬时节进京。到达京城的第二天，道光皇帝一大清早就召见了他，而且一连八天，每天都要和林则徐商讨事情，道光一心想要提高林则徐的威信，对他礼遇有加，恩宠的程度让其他的官员望尘莫及。这是林则徐一生中的最后一次进京，也是他最后一次见道光皇帝。
经过了一连几天的商榷，11月15日，道光颁布了一道诏谕：
谕内阁：湖广总督兼兵部尚书林则徐，颁给钦差大臣关防，驰驿前往广东，查办海口事件，所有该省水师兼并节制。
钦差大臣是皇帝特命的官员，权力很大，是皇帝派遣专办某件专案的人。关防是指大印，是专门给特派官员临时执掌的，普通的印信是正方形，而关防却是长方形。
大家都对道光的这项决定感到意外，连黄爵滋都不例外。这样隆重的任命，整个清朝都不常见，过去清朝只派过三次钦差大臣，颁发关防，而且好像还都不如这次郑重。道光皇帝把对内的行动上升到了对外层次。
道光的器重让林则徐受宠若惊，他万万没有想到道光会把钦差大臣的重责交给他。林则徐一再推辞，但是道光皇帝却不肯收回成命。在他心目中，只有林则徐这种一心为国为人民着想的人才能承担起这项重任，除此之外别无他选。
身为水利专家的林则徐这样形容当时的感觉：“鸦片之来，如黄水然，唯有严堤防以御之。” 林则徐深知这项任务的艰巨性，不仅要和举国上下企图以鸦片获利的人为敌，还要和那些外国政府支持下的外国商人作斗争，前方的道路艰险异常，有重重阻碍在等待着他，这是一场没有硝烟的战争，稍有不慎也许就会落得个粉身碎骨的下场，但他也明白这是深深关系到国家前途的一项任务，为此只好不计个人生死、祸福荣辱，承担下这个知其不可为而为之的重担。林则徐的心中涌起一股背水一战的悲壮，沉重不堪。
当时一般的统治阶层都对外国人有或多或少的恐惧，西洋人的船坚炮利，四处横行，有识之士纷纷为国家的前途担忧不已。林则徐事先已预测到此举很可能会开启战端，为此做好了心理准备，为了国家的生死存亡，他只能不惜一战。
暂且除去外国人不谈，光是道光最宠幸的那两个朝臣，军机大臣首席穆彰阿和直隶总督琦善就时常让林则徐感到不安。穆彰阿向来都与林则徐意见不和，对林则徐十分嫉恨，而且他很仇视汉人官员，很害怕汉人权势太大。而琦善是林则徐在提出《畿辅水利议》时无意中得罪的，他认为林则徐越俎代庖，管了他直隶总督的事，心中为此而记恨林则徐。这两个人位高权重，党羽众多，他们要想牵制林则徐的话，林则徐恐怕寸步难行。
身居高位的汉人官员中，有一位叫王鼎的向来仗义执言，但是辩论起来往往不是穆彰阿的对手。这位王鼎是林则徐的至交好友。林则徐的最后一次京师之行持续了13天，一朝成为道光倚重的钦差大臣，应酬就变得比以往还多，但在林则徐的日记中，只记录了至王鼎家吃饭的事，可见他们交情绝非泛泛。而朝中另一位汉人官员——大学士潘世恩则是完全帮不上什么忙，此人毫无主见，只知道明哲保身，在整个道光一朝中都不敢为林则徐出头。
清朝的官场腐败至极，从一封英国商人布利斯特致外相的信中，可以看出当时中国官场收受贿赂的严重程度，不但许多总督巡抚拿过红包，甚至连军机处的要员也私下收了鸦片商人的好处。那些达官贵人口中虽不便说，心中对断了他们财路的林则徐痛恨至极。这一池污水深不见底，林则徐深陷其中，步履维艰。
广东官场的贪污之风更甚。甚至有英国商人说，有些中国的官船也转运鸦片，这些船上还公然挂着海关监督和总督的旗帜。中国政府一面口口声声禁烟，一面又让这种监守自盗的龌龊行为发生，那些外国商人当然看不起中国法令，继续嚣张在中国附近的海域，完全不把中国的官员放在眼里，这就是所谓“物必自腐而后虫生”。
最腐败就是清朝的海军了。水师派出的巡船对于那些走私船和海盗船统统不敢招惹，谁都不敢惹，甚至还为走私船大开方便之门，厚颜无耻地要求英商，每万箱鸦片就要交给他们数十箱到百箱，充做是水师查获鸦片的成果，以便他们交差。最先这样做的就是韩肇庆，在一段时间内简直是名利双收，一边大发国难财，一边还因功升官，为自己的做法而暗自得意。在这种海关人员个个贪污的情形下，中国每年输入的鸦片总量上升到了4万箱。这其中，两广总督邓廷桢自然要承担失察之责。
林则徐被任命为钦差大臣，南下禁烟，自然让这些贪官污吏咬牙切齿，这样大面积的官商勾结，真要认真追究起来，彻查鸦片入境责任的话，实在是难以想象会牵扯多少人。真要是把他们逼急了，他们又难免与朝中权臣沆瀣一气，进谗言陷害林则徐。这一层层的中国官员，远比外国商人和政府势力可怕得多，但是林则徐别无选择，他唯一的信念就是彻底铲除烟祸。春蚕到死丝方尽，蜡炬成灰泪始干，林则徐也立下了誓言，要不惜一切代价斗争到底，绝不退缩。临行前，林则徐对沈鼎甫说：
死生命也，成败天也，苟利社稷，敢不竭股肱以为门墙辱！
城外的朔风重重地打在脸上，衣袖在大风中翻飞，林则徐告别了同僚好友，踏上了征途，这一去，就再也没能返回京城。