太平真君十一年（443年）获封为吴王，后于正平元年（451年）改封南安王。正平二年（公元452年），中常待宗爱弑太武帝，矫皇太后令，杀东平王拓跋翰，迎立拓跋余，改元承平（或作永平）。即位后厚待群下，但彻夜畅饮，夜夜笙歌，很快即令国库空虚，又多次出猎，即使边境有事，亦不加理会，百姓皆愤怒，而他不作改变。另外，宗爱自拓跋余登位后掌权日久，朝野内外皆忌惮他，而拓跋余则怀疑宗爱另有所图，密谋削夺宗爱权力，宗爱于是杀拓跋余。
拓跋余是太武帝拓跋焘最小的一个儿子，初封吴王，后改封为南安王。一个偶然的机会，他登上了皇帝的宝座。
??? 拓跋余即位后，封宗爱为大司马，大将军，太师，都督中外军事，领中秘书，封冯翊王，并视之为靠山，他怕自己以幼弟继位，群臣不服，将国库财物赐给朝中大臣，不到一月，库藏耗尽，他又沉湎于酒色，醉生梦死，不久，拓跋余对宗爱的专横跋扈难以忍受，决意设法削夺宗爱的权柄，宗爱得知消息，决定先下手除掉拓跋余。
虽然拓跋余仅在皇帝宝座上待了八个月，但他在从政期间也有点作为，基本上尽到了皇帝的职责。对内他稳定了政局，对外曾打退了南宋刘义隆的进攻，很好地延续了其父亲拓跋焘的政策。
据史书记载，正平二年（452年）三月，太武帝拓跋焘被中常侍宗爱等人谋杀。尚书左仆射兰延、侍中吴兴公和疋、侍中太原公薛提等人主持朝政，打算秘不发丧，先把继承人安排下来。兰延、和疋认为原定的接班人拓跋浚（拓跋焘长孙）年纪幼小，打算找一位年纪大一点的王储继位，于是把拓跋焘儿子中年纪较大的秦王拓跋翰接进宫内置之密室，做好政权更替的准备工作。但薛提认为拓跋浚“皇孙有世嫡之重，民望所系。春秋虽少，令问闻天下，成王、孝昭所以隆周汉。废所宜立，而更求者，必不可”。这让兰延、和疋等人犹豫不决，不知该如何进退。
而把持皇宫的宦官宗爱，平时与拓跋焘的小儿子拓跋余有些交往，当他得知大臣们的动向后，不愿政权落入曾与他结怨的拓跋翰手中，于是赶快假传皇太后旨令，秘密从中宫便门迎入拓跋余。同时，宗爱又以皇太后的名义，杀了**********的内阁大臣兰延、和疋、薛提等人，继而又将大臣们打算拥立的秦王拓跋翰杀掉，为拓跋余登上宝座扫清了障碍。
拓跋余继承皇位之后，将正平二年改元为永平元年，并大赦天下，尊称皇后赫连氏为皇太后。三月辛卯这一天，拓跋余主持了隆重的丧葬仪式，尊谥父亲曰太武大帝，庙号世祖，将拓跋焘遗体埋葬于云中金陵（今内蒙古和林格尔）。
虽然拓跋余的皇位来得不光明正大，但他也并不是一个纨绔子弟，十多年前就被封为吴王的他还是有比较丰富的从政经验的。据记载，早在太平真君十一年（450年）太武帝拓跋焘率领大军南伐之时，拓跋余曾被安排留守京都平城。名为留守，实际上行使着国家代总理的权力。所以，当拓跋余执掌大政后，他基本上尽到了皇帝的职责。为稳定政局，他任命大臣古弼为司徒，张黎为太尉，使北魏王朝的国家机器有效地运转起来。而且，对外他也很好地顶住了南朝的进攻。当时，南朝宋文帝刘义隆想趁太武帝拓跋焘丧乱之机乘势出兵北伐，以雪拓跋焘南伐之耻。在严峻的形势面前，拓跋余和大臣们果断决策，从济州（今山东茌平西南）、弘农（今河南灵宝北函谷关城）几个方向狠狠地打击了来犯之敌。
不过，即使这样，在朝廷内部顽固思想的影响下，拓跋余总觉得自己不是论资排辈登基的，害怕人们不真心拥护他。于是，为了笼络人心、取悦部众，他拿出府库的金银财宝加大了各级官员的赏赐，同时带领大臣们整日整夜地吃喝玩乐，仅仅半个月的时间，就把国库的财富挥霍一空。边城上报战争灾难，拓跋余却拿不出钱来赈恤。同时，他特别喜欢到处游猎，经常出入皇宫，影响了传统的宫廷制度。老百姓对朝政表示愤懑，而他仍旧我行我素。
拓跋余的失败还不仅仅是这些，更重要的是他没有及时除掉宗爱，成了这个小人的又一个牺牲品。史书记载，宗爱被拓跋余提拔为首辅后，“权恣日甚，内外惮之”，大家都说宗爱很快就会成为谋害秦王的赵高。拓跋余也担心宗爱会发生叛乱，计划削夺他的权力。不料，让他没想到的是，最后却被宗爱先下手为强。十月初一晚上，拓跋余前往东庙祭祀，宗爱暗中派遣小黄门贾周等人趁夜色将其谋杀。
至此，在位仅八个月的拓跋余结束了自己的统治。之后，他的侄子拓跋浚即位，宣布降级以亲王待遇安葬了他，谥曰隐。
拓跋余史称南安王。