史弥远的废立之举，引起朝野内外的普遍不满，湖州百姓首先发难。宝庆元年??1225）正月，湖州百姓潘壬、潘丙兄弟及其从兄潘甫密谋拥立赵竑为帝，派人与山东“忠义军”首领李全联系。李全表面上与湖州方面约定起事日期，表示届时将进兵接应，但到了日期却并未前来。潘氏兄弟恐事情泄露，遂聚集一些太湖渔民和湖州巡卒，约数百人，于正月初九夜里，打着“忠义军”的旗号，闯入济王府，声称要拥立赵竑为帝。赵竑闻讯，急忙躲进了水洞，但还是被找了出来。潘氏一行将赵竑带到湖州治所，硬将黄袍加在济王身上。赵竑号泣不从，但潘壬等人以武力胁迫，赵竑无奈，只得与潘氏兄弟约定，不得伤害太后及理宗。得到允诺后，赵竑即皇帝位。湖州知州谢周卿也率部属来恭贺新皇帝即位。这就是“湖州之变”，也称“济王之变”。宋太祖陈桥兵变两个多世纪后，他的后代再次上演了一次“黄袍加身”的闹剧，只是没有成功而已。
到了天明，赵竑才发现拥立自己的并非什么“忠义军”，只是一些渔民和巡卒，人数尚不足百。赵竑知道这些人乃乌合之众，难以成事，便派人赴临安告发，并亲率州兵讨伐。朝廷派来的军队抵达时，叛乱已被平定。潘甫、潘丙被杀，潘壬逃跑以后，也被抓获，押到临安处死。“黄袍加身”的闹剧就此草草收场。
湖州之变给理宗和史弥远带来极大震动，只要赵竑活着，就是皇位的巨大威胁，若不彻底解决，必将后患无穷。赵竑本来无病，史弥远却派余天锡以给赵竑治病为名来到湖州，逼赵竑自杀，并杀害了赵竑年幼的儿子。随后朝廷以赵竑病重不治布告天下，原本的皇位继承人就这样含冤而死。赵竑死后，理宗和史弥远为掩人耳目，也为了平息朝野内外的非议，辍朝表示哀悼，又追赠赵竑为少师。不久，理宗就在史弥远的建议下收回成命，追贬赵竑为巴陵县公，将他打成朝廷的罪人。
湖州之变，赵竑被人胁迫，并非事先预谋，后来还亲率州兵，讨平了叛乱，但仍然含冤而死。他的悲惨遭遇，引起举国上下的广泛同情。朝廷对湖州之变的处理结果，又激起正直之人的义愤。名臣真德秀、魏了翁、洪咨夔、邓若水等人纷纷上书，为济王鸣不平，指责理宗处理此事不当。理宗却说：“朕待济王亦至矣。”意思是对赵竑已经仁至义尽了，进而压制各界的抗议，那些为赵竑鸣冤叫屈者纷纷被贬离朝，一时“朝臣泛论，一语及此，摇头吐舌，指为深讳”。可是终南宋之世，为赵竑鸣冤的声音始终没有停止，每当遇到灾异、战事，就会有朝臣旧事重提，将天灾人祸与赵竑的冤狱联系起来。直到恭帝时，谢太后主持朝政，在臣僚建议下恢复了赵竑名号，选宗子为其继承香火，这一公案才告一段落。
虽然赵竑是被冤致死，但平心而论，他在湖州之变中还是有责任的。尽管是受了胁迫，但他毕竟在“叛贼”的拥立下登上了皇位，率兵讨叛也是在发现拥立者不足成事以后。凭这两条，理宗就有理由将他治罪。当然，赵竑虽有罪，却罪不致死，采取这样一种形式将赵竑处死，未免阴狠，也可看出理宗和史弥远为了保住费尽心机得到的地位而无所不用其极。
理宗夺位后，自然想要有所作为，以显示其比赵竑更有能力中兴宋室。他勤奋好学，寒暑不辍，为政十分勤勉。又招揽人才，整顿吏治，在各方面都提出了一些整顿措施。但面对当时复杂的政治环境，理宗很快就收起了自己的政治理想，心甘情愿地充当起史弥远的傀儡。
理宗即位时，南宋政治舞台上出现了三足鼎立的局面，即理宗为代表的皇权、杨太后代表的后权和史弥远代表的相权。杨太后对理宗继位现实的承认，换来了理宗登基后垂帘听政的地位。宋代自真宗刘皇后以来，虽有垂帘的先例，但多是皇帝年幼、不能视事的的情况下由太皇太后或皇太后代行天子之职。理宗即位时已经20岁，并非幼主，在这种情况下，杨太后垂帘就违背了“后妃不得干政”的祖宗家法，自然会引起朝野上下的种种议论。另一方面，已经成年且志在中兴的理宗对杨太后的垂帘当然不会没有意见，一次宴会上发生的事情大体可以反映出双方在垂帘问题上的心结。宝庆元年上元节，理宗设宴恭请杨太后，席间一枚烟花径直钻入杨太后椅子底下，杨太后大惊，“意颇疑怒”，然后拂衣而去。理宗随即聚集百官谢罪，并要处罚安排宴会的内侍，杨太后笑着说：“难道他特地来惊我，想来也是不小心，赦免了他吧。”母子于是和好“如初”。此事看起来虽小，但杨太后却把它与自己的垂帘联系起来，以为这是理宗要自己撤帘的警示。联想理宗、史弥远在废立过程中的毒辣手段，杨氏家族对此不能不作出选择，不久，杨石就向杨太后陈说厉害，劝其撤帘。杨太后听从了，于宝庆元年四月七日宣布撤帘，距她开始垂帘仅过了七个月。
随着杨太后的撤帘，政治舞台上的“后权”也告消失，其格局演变为君权与相权的对峙。理宗虽然在太后撤帘的过程中表现出了不错的政治手腕，但面对老辣的史弥远，他的算计顶多只能是小儿科而已。理宗18岁才被史弥远带到京城，在朝中毫无根基，没有任何政治势力与威望。其得以登上帝位，全靠史弥远扶植。理宗很清楚，要想巩固来得名不正言不顺的帝位，必须要有史弥远的支持。皇子赵竑的遭遇，更使理宗亲眼目睹了史弥远翻云覆雨的手段。基于这种考虑，理宗很快就将政事完全交给史弥远处理，自己则韬光养晦，心甘情愿地过起了碌碌无为的日子。从这一点来看，理宗确实比皇子赵竑要富于心机，也更懂得权力斗争中的生存策略。
宝庆、绍定年间，史弥远把持朝政，独断专行，他的党羽几乎控制了从中央到地方的重要职位。尽管史弥远权势熏天，仍然不断有忠义之士不畏权势，上书指斥其专权擅政。理宗意识到，自己与史弥远是拴在一条绳上的两只蚂蚱，已形成一荣俱荣、一损俱损的关系，否定史弥远就等于否定自己继位的合法性。因此他一直对史弥远优容袒护，褒宠有加。绍定六年（1233）十月，史弥远病重不治，理宗封其为卫王，谥忠献。理宗公开宣布“姑置卫王事”，即将史弥远的事情搁置起来，禁止臣僚攻击史弥远的过失。这样，在史弥远的挟持下，理宗度过了默默无为的10年。
史弥远死后，理宗终于得以“赫然独断”，一展胸中抱负。绍定六年（1233）十一月，理宗宣布明年改元为端平。从端平元年（1234）到淳佑十二年（1252）的近20年间，理宗在政治、经济、军事、文化等各方面采取了一系列改革措施，史称“端平更化”。
理宗虽仍对史弥远曲加维护，但却毫不留情地剪除其党羽。史弥远的得力助手“三凶”首先被贬斥出朝。“三凶”指台谏官梁成大、莫泽、李知孝三人，他们秉承史弥远风旨，不遗余力地攻击政敌，凡是违背史弥远意愿的朝廷内外官员，都在他们弹劾下纷纷落马。端平元年六月，理宗将三人流放，追夺官爵。其他史弥远的亲信党羽，也纷纷被贬。
罢斥史党的同时，理宗任用了一批贤良之士，深孚众望的真德秀、魏了翁被请回朝廷任职。吸取史弥远专权的教训，理宗在选择宰相时非常谨慎。《宋史?宰辅年表》记载，理宗在更化期间任用过37名宰执，大多皆一时之选。在这些人的主持之下，这一时期的朝政也较为稳定。台谏官本是朝廷耳目，史弥远专权期间，却沦为他攻击政敌的工具，至此，理宗重新将选拔台谏官的权力收归皇帝。这一时期理宗任用的台谏官，也大多立论忠直，颇能胜任其职。纵观理宗更化期间的用人，大多皆贤良称职，一时朝堂之上，人才济济，政风为之一变。因此，时人将“端平更化”称为“小元佑”。不过，“端平更化”虽然声势很大，但并没有改变南宋走向衰落的趋势。虽然网罗了不少贤良之士，但他们“所请之事无一施行”，朝令夕改，最终无所建树。澄清吏治、整顿财政的各项措施也大多就事论事，治标不治本。因此，相对它的具体实效，“端平更化”更多体现出的是理宗欲求有所作为的一种态度。
理宗在对内推行新举措进行“更化”的同时，对外政策也有了诸多变化。南宋中后期，蒙古在北方地区迅速崛起，成为继辽、西夏、金之后又一对宋朝构成巨大威胁的少数民族政权。面对急剧变化的局势，宋朝内部就对外政策产生了争议。一些人出于仇视金朝的情绪，主张联蒙灭金，恢复中原；另一部分人则相对理性，援引当年联金灭辽的教训，强调唇亡齿寒的道理，希望以金为藩屏，不能重蹈覆辙。无休止的争论使宋朝在这两种意见之间摇摆不定，既不联金抗蒙，也未联蒙灭金。然而，随着蒙古与金朝之间战事的推进，金朝败局已定的情况下，理宗最终还是作出了决策。