石敬亭兼任西北陆军干部学校校长期间，致力于军事教育，每天都亲自到操场和讲堂检查，夜晚还要到各队点名，并和学生谈话。早操时集合学生，亲自点评训练情况，甚至亲作示范。此公经验丰富，讲解生动，所以深受学生欢迎。他有些言论，寓意深刻。如他讲到忍耐的重要性，说：“军人须有忍人之所不能忍，耐人之所不能耐的精神。在大风大雨大雪中能站稳的人，才是真能救国的人。在被人打掉了牙时，要连血吞下去。”他举例说，当初他辞掉在绥远的上校职务，来第十六混成旅投效，冯玉祥只给他一个额外差遣的名义，每月发给生活费十五元，如果他不能忍耐，哪里会有今天。又一次他讲到“好整以暇”，他发挥说，作为一个军官，应在“好整以暇”上下工夫，所谓好整以暇，就是人乱我整，才能人忙我暇。平时用功，到有事时就显得很闲暇，可以不慌不忙。
北伐战争之后，冯玉祥到南京任职，离豫前，把石敬亭调回第二集团军总司令部，让他以总参谋长身份主持第二集团军的日常工作，以秦德纯副之。过了不久，南京政府召开编遣会议，将第二集团军列为第二编遣区，石敬亭主持编遣工作。该集团军当时有四十万人左右，需要遣散一半以上，相当棘手。尤其是高阶将领，留谁去谁，煞费斟酌。进行编遣时，韩复榘部改编为第二十师，冯便想以这一师为突破口，遂把韩升为河南省政府主席，第二十师师长一职由保定军校出身的李兴中接任。这一措施，不仅韩复榘个人不满，认为是削去他的兵权；其他行伍出身的将领，也都对石敬亭表示不满，认为是他在冯玉祥面前献计进言，企图夺取军队的控制权。因此，后来韩复榘、石友三等叛冯投蒋时，都把反对石敬亭作为一个借口。平心而论，石敬亭的主张，不失为改造冯玉祥部队的一种方法，可惜为时太晚了。韩、石叛变之后，冯玉祥军中有些人也认为石敬亭对冯部的团结起了破坏作用，石敬亭有口难辩，以后他辞去了总参谋长职务，不再多提意见了。
1930年，阎、冯联合反蒋，发生了中原大战，石敬亭曾任陇海铁路督办。结果蒋介石胜利，阎、冯失败。晋军失败后，大部分撤回山西，仍然保有一定的实力，而且内部相当团结，为阎锡山再起奠定了基础。而冯玉祥所部失败后，缴械的缴械，投降的投降，竟然土崩瓦解，一败涂地，其失败之惨，大大出人意料。最主要的原因，笔者以为还是高级将领的素质问题。晋军的高级将领多是军事学校毕业的，而冯部的高级将领多是行伍出身，由于知识高低、素质优劣的差别，其结果竟大大不同，这对冯玉祥的教训实在太大了。1928年何基沣在陆军大学特别班第一期学习。有一次闲谈，何基沣很有感慨地说：“冯先生净用兔子来驾辕，早晚非倒霉不可。”北方农民有句谚语说：“兔子若能驾辕，谁还花几百块钱买骡子！”何基沣这个预言，竟不幸而中了。
1945年上半年，胡宗南向蒋介石推荐石敬亭为第一战区副司令长官，这是因为石在冯玉祥旧部中有一定的威望，胡宗南想通过他把这些部队吸引到自己麾下，以壮大实力。实际上石敬亭仅居于一种名义上的高参了。
内战末期，石敬亭退居台湾，挂一些空头职衔，无聊时就和原来冯部的老朋友孙连仲、冯治安、刘汝明等走动往还一下。1969年病逝时，他已是84岁高龄。
据《石敬亭将军口述年谱》，他将冯玉祥部基本派系概括为：
第十六混成旅为冯玉祥肇兴之基础；该旅此期人事关系后之冯记西北军影响甚大，欲论冯玉祥部则不可不知此期冯部之人事渊源。
甲、娘家派，清末民初与冯同在二十镇之同志，其中不少参加武学研究会者。有吴静斋、张之江、张树声、张振扬、鹿锺麟、李鸣钟、石敬亭等。
乙、三家店派，或名班底派。有孙良诚、韩占元、刘玉山、刘汝明、李长清、张奎文等。
丙、皖系（陆建章之人员）。有邹心镜（陆之外甥）、宋哲元（陆之文案）、董世修（陆之部下）等。
丁、正牌。系冯玉祥在陕西时所组一模范连，训练的优秀士兵，有过之纲、吉鸿昌、韩德元、石友三、冯治安等。
戊、杂牌（各师拨至该混成旅者），有孙连仲、韩多峰、赵多兴、李多富、张自忠、刘大坎等。
己、学派。有蒋鸿遇、刘郁芬、张吉士、吴静南、刘骥、门致中等。
每逢阴历除夕，冯必召集娘家派众将领共吃饺子。娘家派人多位尊，而少掌实权。统军将领多为三家店派（班底）及正牌，盖此辈均焕章所一手训练成功者也。皖系最弱。杂牌尚称不错，学派则互有消长。
石敬亭之外，段雨村（其澍）也是标准的高级幕僚，不过他只管出主意，从未真正带兵。他和冯玉祥发生关系亦极早，曾任其总参议有年，亦算西北军元老。
据冯玉祥的总医官谦庐先生回忆，冯玉祥对段雨村颇示敬重，礼遇远在待刘郁芬、李鸣钟、张之江、鹿锺麟等人之上；冯玉祥对西北军中人，向有一不成文之惯例，即礼遇文人，而严待军人；但又重用军人，而闲置文人。段氏虽系军人出身，而冯玉祥独以待文人之礼待之，绝不对其喝斥瞪眼。冯氏对宋哲元、韩复榘、吉鸿昌、孙连仲等，呼来挥去，犹马弁之不如。（参见谦庐《西北军闻人志略》）
相传段雨村曾力谏冯玉祥发动中原大战，冯氏虽大不悦，亦未怒形于色，仅当着雨村的面，怒以细故，罚打一随从副官军棍四十。雨村闻弦歌而知雅意，遂绝口不谏矣！冯军中原大战败北，段雨村即寄居燕京，不再返其安徽原籍；仅以西北军耆老之资格，由宋哲元月致炭敬若干而已。
旧时军阀部队，幕僚如得宠信，而又确有真本事者，尚有一定机会发挥，上焉者幕僚可以不拘出身，不限资格，不受礼仪规矩束缚，甫入场就能介入机要，受到幕主信赖和重用，否则地位尴尬，难有任何建树。盖以军阀系列，人事关系变幻游离，每以偶然细故，而动辄得咎，宠信者闲置，疏远者就更加缩手缩脚，其终极原因，乃因军阀部队，不是现代意义上的职业军人，因主官的归属关系，性格癖好，捭阖纵横的结果，参谋之类人员，很容易受到冲击，而且首当其冲。
谦庐还回忆说，张之江视为右臂者，为张树声将军，其人在帮会中辈分甚高，而矫揉造作令人难耐，他满口耶稣如何如何，毫无江湖豪侠气慨。无分昼夜，此公喜御墨镜，颇增神秘之感。谈话时又极慢，且哼且讲，极类京剧中之道白，曾到谦庐那里诊断哮喘症，又衔冯命，邀医官至京郊餐叙：“大夫——咱们的——冯先生——又想请您老——去吃一顿白菜豆腐——就大馒头啦！……”言时态度严肃，而语气轻薄；颇似真言，又颇似揶揄，其难测也如此。有人以为此乃张氏在西北军中自保之道，非如是，不能在冯玉祥之榻前，勉为帮会中之老头子。不过为媚冯计，此公每收徒弟时，必令其同时接受洗礼。故冯、李对之，始终宠信不衰；后来他的恩宠还远胜张之江之辈。
妖气与鬼气：旧军队幕僚的底色