事业上的腾飞导致婚姻的疏离，曾经的患难夫妻为财产和子女的归属恶语相向。4年的离婚大战固然伤痕累累，却也激起汉克斯对另一段美好姻缘的渴望。
这也许是汉克斯最不寻常的角色。他要演一个坏蛋，但不是在电影里，是在现实生活中。选择他来演这个角色的是他的妻子。
伴随着《美人鱼》的成功，汉克斯的片约纷至沓来，几乎所有片约都许诺了一笔好价钱，却无一例外的是糟糕透顶的剧本。其后果是，汉克斯待在家里陪伴妻子和孩子的时间越来越少。不工作的时候，他的心情也变得好差。苏珊一直在努力获得演员的身份，但是有孩子要照料，丈夫又总不在家，这种情况使她难以外出工作。当面临生活压力时，这对夫妻尚能患难与共，但随着生活一天天好了起来，夫妻之间的矛盾变得难以调和。
“我还很年轻，决意要在娱乐圈里有所发展。自打有了孩子，我一直我希望能成为一个好父亲。”汉克斯在1998年接受采访时说，“但是，我总也找不到做父亲的感觉，因为我不得不忙于工作和挣钱付房租。”
10年前，他在《绅士季刊》上说：“我不认为早年得子像电视广告宣传里所描绘的那样美好。我的父亲就是一份现实的教材。”
童年遭遇的困扰和对步父母离婚后尘的恐惧使得汉克斯极力想维系良好的婚姻。在搬到加州之后，他利用拍片间隙全身心地担当起了苏珊的坚强后盾。
《美人鱼》是美国的票房冠军，朋友们满心希望汉克斯从此能鸿运当头，大展宏图。然而，这位好莱坞的新科男主角却一头扎进了洛杉矶吉恩·迪纳尔斯基剧院的后台，忙于制作布景和修理道具。这里正在排演斯蒂夫·特西奇的舞台剧《接力游戏》（：PassingGame），这是苏珊和她的几位朋友合作搞的一部戏，她不仅要在其中扮演一个角色，还要承担许多幕后的工作。
汉克斯急于想帮助苏珊取得成功，他说：“她显然承担不了来自台前和幕后的双重压力，所以我替她包办了所有的杂务，不仅成天开着一辆卡车东奔西跑，还要留意舞台上有哪颗钉子松了或哪里有尘土。我仿佛又回到了学生时代，虽然凡事都要操心，但我们为能有自己的创作空间和排我们自己想演的戏而兴奋不已。”
不幸的是，由于资金方面的问题，这部戏被迫搁浅。汉克斯与苏珊原已千疮百孔的婚姻因此雪上加霜，当1985年来临时，两人都意识到他们在一起的日子所剩无几。
夫妻俩花费200~-美元在北好莱坞爱迪生街买下的新房子里每晚都传出吵架的声音。每次发生争吵时，汉克斯都有一种强烈的冲动，想象父亲当年一样离家出走，但每次他都因为犹豫不决而留了下来。与阿莫斯相比，汉克斯似乎更有逃避现实的资本，他不仅选择了表演的职业，而且获得了成功，他可以把自己完全投身于工作，至少在一段时间里他能做到与世隔绝。然而，他还是留了下来，他与苏珊之间的分歧越来越大。对这个家的每个人来说，这都是一段不愉快的日子。毫无疑问，父母双方都全心全意地爱他们的孩子。像许许多多的年轻父母一样，他们在毫无思想准备的情况下过早地承担起家庭的重任，结果却被沉重的压力所摧垮。经过一个夏天的努力，在明知他们的婚姻已无法挽救的情况下，苏珊在1985年10月在离婚协议上签了字。
接下来的事情开始变得丑陋起来。这是一场旷日持久、费力劳神的离婚大战，双方在财产瓜分和子女抚养权的问题上各不相让，甚至一度撕破脸皮互相设置障碍。
汉克斯一直不愿和别人谈起这段往事，更别提就此接受媒体采访，但封存在洛杉矶高等法院的编号为D152300的离婚协议书却揭开了这位美国人喜爱的好好先生不为人知的一面。
将近用了4年时间，汉克斯夫妇才最终达成了离婚协议。在这个过程中，苏珊曾经要求法院禁止汉克斯定期探望他们的孩子，她在一份呈堂供词中写道：“在过去的90天中，我的丈夫不断虐待和羞辱我，使我在情感上遭受了严重的创伤。”
苏珊从未拿出过对方动粗的证据，但法院还是在判决中对双方下达了禁止互相骚扰、攻击、威胁以及任何触犯对方行为的禁令。这一禁令也许从未发生作用，但它足以显示出他们之间的关系恶化到了何种地步。
他们甚至在分手的日期上也不能达成一致。1987年2月，汉克斯的律师出具了一份离婚报告，描述了这起婚姻如何最终结束以及双方如何在离婚日期上存在分歧。
这份离婚报告记录了在1985年2月苏珊要求汉克斯离开并亲口告诉科林离婚一事后这对夫妻如何分手和分居的经过。在朋友家寄居了几天后，汉克斯搬进了洛杉矶STUDIO城的谢拉顿环球高级饭店。
他们从未尝试过关系复合，尽管两人试图在那一年的夏天处理他们之间的分歧。
首先，汉克斯与苏珊在纽约的一家旅馆里同住了5天。接着，汉克斯回到洛杉矶家中住了不到一周的时间。
随着苏珊带着孩子前往芝加哥与汉克斯发生了一场“痛苦的争吵”之后，任何复合的希望最终化为泡影。
不能确定离婚日期的原因在于汉克斯那一年有两部电影要拍，而这也决定了苏珊在这起离婚官司中获得赔偿的数额。如果他们的婚姻在2月正式告终，那便意味着汉克斯从这两部电影获得的片酬将不必计人夫妻双方的共有财产。
苏珊的律师为此在诉状中指责汉克斯“违背了做丈夫和父亲的责任以及职业道德，试图耍小聪明隐瞒实际收入”。
在随后的法庭辩论中，双方开始从各方面攻击对方。苏珊抱怨汉克斯“拒绝给我足够的时间来完成对离婚诉讼的准备”。她说：“汤姆企图阻止我在洛杉矶的出庭，因为我当时正忙于重新返回舞台，而他清楚地知道这是我无法更多出庭的直接原因。我曾经亲口告诉汤姆，我现在住在萨克拉门托，一直在萨克拉门托剧院排练了几出戏里担任主要角色。这些剧目的排练已到了最关键的时刻，我的缺席将会导致排练无法进行。”
汉克斯反称他的妻子拖延官司“只是为了扰乱他的工作并企图分得不应属于她的财产”。当苏珊试图将离婚听证会推后4个月时，汉克斯在一份陈述中表达了他的不满：
“我是一位受人恩惠许多的演员。娱乐业要求像我这样人道不久的演员更多地把精力投入在电影和电视的工作里。10月初，我和原告被通知我们的离婚案推迟到1987年1月13日审理。我的拍摄日程已定，无法在1月和2月的时候出庭，而3月份我将开始投入一部大制作影片的拍摄，这部影片预计将用去两个月的时间。另外，我还有其他一些工作需在5月或6月底前完成。也就是说我至少要到6月以后才有时间。
如果法庭允许原告拖延，那么原告阻止我挣钱和接收更多工作的企图便能得逞，我也将因此丧失很多工作机会。接着原告会以我不工作为理由在判决问题上得寸进尺。这绝非理由上的推断。解除婚约一直是笼罩在我事业上的阴霾。我曾两次同意解约——每次都出于对原告的考虑，而每次原告的律师都争辩说这么处理便宜了我，要求我支付给原告比我实际收入更多的钱。显然，原告相信这是一个好的手段，以至于一而再地使用。
我们的生活必须继续。原告必须停止利用延期开庭扰乱我的正常生活并寻求经济上非分的补偿。原告深知任何拖延都将限制我谋求事业发展和谋生的能力。尽管如此，在分居近两年之后，在诉讼费用已高达8万美元的情况下，原告现在仍想拖延这起官司。”
事情发展到这一步就变得丑陋无比了。苏珊觉得丈夫试图将她排挤在他拍电影积攒的部分财富之外，而且还威胁她乖乖就范。她随即写了一份证词：
“被告是一名在以往几年中挣了两百万美元的电影演员，而他现在却以无法承受8万美元的诉讼费为借口试图逃避该负的责任。过去60天里，我丈夫的所作所为一直在提醒我，如果我不据理力争，那么我将得不到任何财产或支持。据我了解到的情况，被告正在将存款转移，并且制订一份只有他受惠的退休金计划，这一切都是背地里进行的。如果情况属实的话，那将意味着我们的财产分配是完全不平等的，我应有的权益将大大受到损害。”
双方争论的另一大焦点是两个孩子的抚养权。苏珊在离婚协议尚未正式生效之前已经带孩子迁居到了萨克拉门托，她在萨克拉门托剧院找到了一份工作。汉克斯并不清楚这一事实，结果当他去洛杉矶的学校接孩子时，发现他们已经转学。
1987年初，苏珊通过律师再次上书法庭，称汉克斯现在从一部电影里便能获得175万美元的报酬。她坚持认为汉克斯理应给予她足够的支持，以便她重新回到因“抚养孩子和支持汉克斯的事业而被迫退出的舞台”。这份陈述的最后一段写道：“请求法庭永久限制汤姆用各种手段扰乱苏珊平静的生活，尤其不允许他与未成年的孩子过多接触，以保证他们心灵的健康和正常发展。”
尽管汉克斯最害怕的就是在婚姻上步父母的后尘，但这起官司的结果仍不可避免地使孩子们成为父母婚姻的牺牲品，就像他自己的遭遇一样。他对《花花公子》杂志承认说：“我们年纪轻轻就结婚，而且有了孩子，这也许都不是我们所需要的，但却成了事实。我和苏珊本是一段大学的友谊，但是当我的孩子出生时，我们才决定将友情变为婚姻。我的所作所为几乎是我父母的翻版，我尽了我的努力，这段婚姻维持了5年。”然而，汉克斯没有放弃对孩子的严加管教，尤其是在他成为大明星之后。“你亲眼目睹了这些小生物们来到人世，看着他们一天天长大，”他在接受《GQ》杂志采访时说，“我们都是从失望中学到东西的。你把学校里的某个家伙当成你最好的朋友，可是有一天他会把铅笔扎进你的脖子，你不知道他为什么会这么做，于是你开始提防所有这些残暴的事情会降临到你身上。我带孩子去迪斯尼乐园，在排队等候入场时，有人走了过来，是来自俄克拉何马的乡巴佬。‘嘿，你们好啊，你们去俄克拉何马的时候可以住在我们家，我们有一大间空房，保管你们住得很舒服。’接着他们伸手摸我的孩子。他们摸我的孩子。操他妈的！他们这么不懂规矩：我正在等着看《小飞象》（Dumbo），而这些人居然摸我的孩子。我必须保护他们。也许我会出国，因为我不能总在他们身边。他们是天真无邪的。我必须教会他们打架，必须保护他们不受侵犯。”
最终，汉克斯和苏珊尽可能地安排好了一切。尽管不理想，但汉克斯试图有更多的时间见到科林和伊丽莎白。
他获准每隔一周接一次孩子，从周五的放学后一起待到周六晚上6点。根据附加条款，只要他事先通知苏珊，他们还可以一直待到周一送孩子上学的时间。他还被允许一个月里有几天非周末时间、暑假里有5个星期可以探望孩子。在得到苏珊认可的情况下，全家可以一起在过圣诞节和复活节，包括孩子们的生日、父亲节和国庆节。
当法庭之争最终落幕时，汉克斯同意每月向前妻支付l万6千美元，外加给每个孩子的1200元生活费。汉克斯拿回了两辆家用的大众汽车，一辆是1986年产的捷达，另一辆是1983年产的Vanogon，苏珊则开走了1980年产的沃尔沃TurboSedan。
判决书下来时，汉克斯生命中最痛苦的一章画上了句号，但他与苏珊之间的关系则掀开了新的一页。如同所有的离婚夫妇一样，他们必须为了孩子而建立新的关系。
汉克斯并不打算像他父亲那样对离婚一事不作任何解释。1994年，他对《名利场》的记者说：“我选择了最合适的方式向儿子解释了为什么要离开他的母亲。尽管那只是几分钟的事情，但对于我来说却是一场噩梦。我和他们的母亲从此不再说话，但我们彼此尊重对方。我不敢说我们仍是朋友，甚至不能做到友善，但我们互相尊重彼此的生活和地位。除此以外还有什么呢？我带着平常心去看望我的孩子，这是他们的要求，也是我的要求。当然，有一段时间你会感到不好受。但法律一旦生效，你的心便恢复了平静，但我要说的是他们的母亲一直很称职。”
虽然他在公众眼里是一个明星，汉克斯拒绝认为他的离婚与平常人有任何不同。“我的工作没有损害我的婚姻，”他在接受《洛杉矶时报》采访时说，“你不能把所有的罪过归咎于拍电影。其实，拍电影的辛劳比在银行工作多不了多少。很长一段时间里，你一直发誓不要犯和父母同样的错误，但错误最终还是不可避免地发生在你身上。”
同一时期，他在《大都会》杂志上说：“我有一些个人问题，其实人人都有这样的问题。我们不谈论核危机，结果家庭纠纷就成为生活中最大的危机。与别人相比，我显得更疯狂一些，我关注的只有我的工作。我是个典型的三不管父亲。我的工作需要我经常外出。我想我的婚姻破裂并没有什么特殊的原因，缺少沟通是罪魁祸首。”
尽管在成长过程中饱尝过父母离婚所带来的痛楚，但当这一切在他自己身上发生时，汉克斯依然难以承受，他不止一次地对外界坦陈“这是我一生中最糟糕的时刻”。在过了很长一段时间后，他对《影迷》杂志说：“我已经学会了接受挫折，以免让自己完全消沉下去。你不能让失败的阴影跟你一辈子。”
所幸的是，漫长的离婚官司并未让汉克斯开始加速的演艺事业受到阻碍，而他破碎的个人生活也将出现戏剧性的转折。甚至早在他极力挽救第一次婚姻时，他已经遇到了他生命中的最爱。她算不上十分漂亮，但却有着不寻常的魅力，和苏珊一样，她也是一名演员。丽塔·威尔逊将成为第二任汉克斯夫人。