1960年8月5日，就在《斯巴达克思》上映之前，克里斯蒂安又生下了她和库布里克的第二个女儿维维安·范妮莎。生产时，库布里克一直守候在产房外面。“当你第一眼看到孩子的小脸时，”他说，“一种责任感油然而生，不管你遇到什么困难，家庭永远是你的避难所，是你获得宁静和快乐的源泉。”
然而，这个避难所应该设在哪里是库布里克正在考虑的问题。1960和1961年间，库布里克和家人一直住在纽约中央公园西84街的一套公寓里，尽管生活无忧，但他越来越不喜欢美国这个国家。他的大部分时间是在洛杉矶工作，他却从未想过举家迁往那里。“我并不认为好莱坞是个让人堕落的地方，”他说，“但是我有一种不安全感，那里的竞争过于激烈，我希望能在一个相对平和的环境里做事情。”
像大多数西方人一样，库布里克害怕核战争。1960年，赫鲁晓夫以美国u2侦察机侵入苏联领空为由退出了巴黎最高领导人会晤，此后相继出现了1961年的猪湾事件和柏林墙，1962年的古巴导弹危机。至少在理论上，欧洲看起来要比美国更安全，库布里克越来越向往伦敦的生活，因为伦敦和好莱坞是世界上唯一两处有助于他追逐电影理想的地方。
不过，出于对所有与机械有关事物的迷恋，他并不排斥核武器。他阅读了大量关于现代武器的书籍。截止到1963年，他已经收集了七八十本讲述核战略的书，诸如兰德公司战略学家赫尔曼·卡恩编撰的《热核战争》等。他还订阅了研究军事武器的科技月刊。在他的办公桌上摆放着从德国买来的会下国际象棋的电脑，他为这台电脑起名为“核导弹”，每下赢一局，他对核战争的恐惧就能减少一分。
库布里克就像是一个喜欢在摇晃的船上下棋的人，尽管处境危险，但只要有规则存在，他就相信自己能够控制大局。此后几年中，他做任何事情之前都要确保能在自己的掌控之中。他把自己和家人安置在周围树起高墙的房子里，几乎不与外人交往。他的办公桌抽屉里放着手枪，1966年他在纽约与阿瑟·克拉克一起创作《2001年太空漫游》的剧本时，随身携带的行李箱里就藏着一把大号的猎刀。
他变得越来越不喜欢开车，坐车时也要求车速不得超过每小时35英里。纽约的出租车司机都不愿意拉他，因为受不了他所要求的爬行速度。在拍《洛丽塔》时，他干脆骑着自行车来往于制片厂的各个摄影棚之间。
他也拒绝驾驶飞机，尽管他拥有飞行执照。在解释这一原因时，他的飞行老师肯·亚当说：“他第一次单飞时就遇到了麻烦，因为他在空中发现没有足够的动力。他整个吓坏了，只转了一圈就匆匆降落。实际上，我们的飞机装备了两台发动机，而他却忘记了启动第二台发动机。他很庆幸自己能安全着陆，我认为这件事肯定影响了他，从而使他不想再次驾驶飞机。”这场虚惊也使他从此讨厌坐飞机。从西班牙宣传《斯巴达克思》归来的途中，他因面色煞白而被空中小姐误认为心脏病发作。1960年8月与哈里斯一道乘坐泛美航空的班机去伦敦开拍《洛丽塔》是他一生中的最后一次飞行。在他永久居住在英国之后，他只选择坐船去美国或其他欧洲以外的地方。
1962年2月14日，这一天恰好是情人节，米高梅公司在各大报刊上刊登广告，宣布他们已从七艺公司手中得到了《洛丽塔》的发行权，并且该片已获得电影审查机构的通过。现在，全美国的影院业主都可以来租借这部影片，而无须担心当地教会的抵制。
6月24日的全国首映并没有卖出多少票房，影评界的反应也不热烈。《纽约时报》的博斯利·克劳瑟称该片是一部不错的家庭娱乐片，与18岁的玛丽莲·梦露相比，莱昂不过是个孩子。《洛丽塔》的美国本土票房最终为370万美元，远远落后于当年的其他热门电影，如《阿拉伯的劳伦斯》（1700万美元）和《西部开拓史》（2100万美元）。
七艺公司安排休·莱昂在米高梅的几部影片中演出，其中包括约翰·休斯顿根据田纳西·威廉斯原著编导的《蜥蜴之夜》，但她的演艺生涯从未有过辉煌。70年代，已经退休并被人们彻底忘记的她站出来抱怨说，扮演洛丽塔毁掉了她的生活。像许多人一样，她感到库布里克并不重视她。在拍摄《洛丽塔》期间，她每天骑车外出。库布里克对她说，“如果你摔倒了，尽可能用背着地。不要伤到你的脸。”莱昂声称，“就他个人而言，他并非对你不感兴趣。但是，对他来说，电影才是最重要的东西。”彼得·塞勒斯却对他的这位年轻合作者很感兴趣，但出发点则与职业无关。詹姆斯·梅森回忆说，大家曾借为影片宣传之际到塞勒斯家聚会，在那次聚会上，塞勒斯自始至终都伏在地板上为莱昂拍照。
库布里克打算拍一部有关核战争影片的灵感来自于阿拉斯泰·布奇曼，后者是伦敦战略研究院的负责人。在他的推荐下，库布里克阅读了一部1958#：出版的长篇小说《红色警戒》。署名“彼得·布莱恩”的作者实际上是前英国皇家空军的飞行中尉彼得·乔治。乔治是核裁军运动的激进分子，利用他掌握的内幕，他创作了这部小说。书中描写作为新墨西哥索诺拉空军基地最高指挥的美国将军奎因登在发现自己患有绝症后，贸然派遣40架携带原子弹的B52轰炸机袭击苏联，企图挑起新一轮世界大战。在敦促华盛顿派兵协助他一同作战之后，奎因登封锁了基地，并命令手下人将一切试图调查他的作战动机的人拒之门外。
在五角大楼的国防部作战指挥室里，美国总统和他的幕僚们先是把奎因登的计划当作笑料，继而拒绝了他的请求。不仅如此，他们还授权苏联军方将入侵的飞机一一击落，并承诺说只要苏联有一个城市被炸，那么索诺拉空军基地所在的新泽西大西洋城也将被夷为平地。幸好这一切并没有发生，尽管一枚美国的原子弹成功地突破了苏联人的防线，但只落在一片空旷的无人地带。小说以大团圆的结局收场，苏美两国元首坐到谈判桌前，决定携起手来避免在未来出现这样的危险。
库布里克和哈里斯都认为这部小说具有拍成电影的可能性。哈里斯与乔治的经纪人斯科特·梅瑞迪斯接触，发现他已经在1959年以1000美元的价格售出拍摄权，但几经易手后搁浅。哈里斯出价3500美元买下了拍摄权，并说服艾利奥特·海曼将此作为七艺公司的下一部影片。乔治应邀来到纽约，与库布里克合作改编剧本。
虽然都热衷于核战争，但在改编过程中，库布里克与乔治的想法并不一致。乔治本想在影片中表现人类遭到核武器摧毁的场景，从而唤起观众对核战争的恐惧心理，而库布里克则更希望用幽默的手法去展开这个故事。他与哈里斯一边喝着啤酒，一边设想着一些可笑的场面，诸如在作战指挥室里争论不休的人们饥肠辘辘，于是叫来蛋糕想饱餐一顿，结果双方发生了一场互掷蛋糕的战斗。库布里克越想越兴奋，他甚至请来了漫画作者朱尔斯·费弗为他写一稿脚本。“但是，”费弗说，“我嘲讽核战争的出发点与库布里克的相差十万八千里。”
整个1962年的秋天，库布里克与彼得·乔治都在修改《奇爱博士》的剧本。由于是七艺公司出钱，这部影片只能像《洛丽塔》一样在英国拍摄。在决定10月份于谢普佩顿开拍之后，库布里克的妻子克里斯蒂安在伦敦郊区的肯辛顿租下了一套房子。
所有参与进来的人都知道该片的主题并不新鲜，但库布里克对此从不在意。他更看重过程，而不是什么概念性的东西。当时，有六、七部关于核战争的影片正在筹备或已经上映，其中最惹眼的是斯坦利·克莱默的《在海滩上》，它是根据尼维。尔·舒特的同名畅销书改编的，讲述的是核战争浩劫之后的一群幸存者的故事。该片在1959年12月上映，反应相当热烈，格里高利·派克、爱娃·嘉德娜和弗雷德·阿斯泰尔等明星的演员也赢得了大批观众。对于影评界是否能在《在海滩上》之后接受《奇爱博士》，库布里克多少有些担心，但是，改戏已经是不可能的了。
库布里克开始与哈里斯一起挑选演员。他本想让约翰·韦恩扮演1352轰炸机飞行员，但后者几乎不作考虑地拒绝了。库布里克看过乔治·斯科特在舞台剧《威尼斯商人》中扮演的夏洛克，于是签下他来饰演美国空军的总参谋长。那出舞台剧中扮演摩洛哥公爵的年轻黑人演员詹姆斯·厄尔·琼斯也给库布里克留下深刻印象，他被安排扮演洛塔尔·佐格，轰炸机上的一名机组成员。斯特林·海登接受了怂恿核攻击的奎因登将军的角色。
乔治·斯科特扮演的巴克·图吉德森将军是以50年代美国空军战略司令部的首脑柯蒂斯·李迈将军为原型的。1962年猪湾危机期间，好战的李迈曾建议肯尼迪总统在不通过任何外交恫吓的情况下攻击苏联在古巴的导弹基地。1957年，他让两名国会议员散布苏联进攻美国的谣言，而他“要在他们的导弹还没来得及发射之前，就让它们在原地落下”。当总司令部提醒他出师无名的反击不是美国国策时，李迈的回答是，“是的，但这是我的策略。”1968年，李迈以他能解决越南问题为理由竞选总统，他主张美国应该“将北越炸回到石器时代”。
库布里克在英国挑齐了其他演员，埃德·比肖普和肖恩·里默尔扮演B52机组人员，彼得·布尔饰演苏联大使。巴克将军的秘书是片中唯一的女性角色，库布里克一直想让曾与让·雷诺阿、费里尼等有过合作的阿德里安·考瑞来演。在她不能前来报到的情况下，库布里克最终选择了英国导演卡洛尔·里德的女儿屈茜·里德。屈茜的试镜相当顺利，但在她念完这个角色所有的台词后，库布里克仍表现得犹豫不决，这时他忽然提出想看一看屈茜的裸体。
“我觉得你有点胖，”他支支吾吾地说。
屈茜当着他的面脱光了衣服，趴在了一张铺着丝绒的沙发床上。库布里克被她的大胆举动搞得有些不知所措，他让剧照摄影师用一本打开的杂志盖住了她的屁股，并拍下了一张照片。这张照片后来被用在了B52飞行员翻看的《花花公子》杂志里。
正是在这时候，库布里克提出要与哈里斯中断合作关系。起因是他们之间的一场激烈的争吵，作为制片人的哈里斯反对将这部影片拍成一出“黑色喜剧”。还有一种说法是，哈里斯已经决定亲自执导一部表现冷战的影片《贝德福德事件》，但这种说法在时间上似乎有出入。
哈里斯本人否认与库布里克在核战争的观点上有过分歧。若干年后，他说库布里克甚至鼓励过他自任导演，“世上没有什么比看到你自己冲锋陷阵更快乐的事情了，”库布里克是这样对哈里斯说的。哈里斯当然很轻松地就当上了导演，但他显然缺乏将这一步走好的能力。
在与库布里克的合作中，哈里斯不遗余力地帮助了他的朋友，甚至牺牲了自己的前程。就他本人来说，他并不愿意去英国发展，但他理解库布里克对一个新的自由空间的渴望，所以毅然决然地割断了与好莱坞主流电影业的关系。在他眼里，库布里克更像是一个音乐家而非电影导演，他可以不需要观众，像他这样的人可以在任何地方生活和工作。哈里斯觉得库布里克与弗兰克·辛屈拉有几分相似，“爵士乐爱好者们喜爱他，主流音乐排行榜也喜爱他。我认为斯坦利已经达到了这种境界。他完全用他的方式拍电影。”
在与哈里斯分手后，库布里克创办了老鹰制片公司，以取代原有的哈里斯一库布里克公司，《奇爱博士》之后的所有影片都是以这个公司的名义制作的。哈里斯一库布里克公司解散的一个直接后果就是丧失了与七艺公司的联系。经历了《洛丽塔》的种种困难，特别是在没有了哈里斯强有力的影响之后，无论埃利奥特·海曼还是雷伊·斯塔克，都不想制作库布里克的下一部影片。《奇爱博士》最终在哥伦比亚公司找到了自己的家。虽然很看重《洛丽塔》在欧洲的成功，但哥伦比亚公司并不打算将拍摄成本和挑选演员的大权完全交给库布里克，他们要求他必须让彼得·塞勒斯主演《奇爱博士》。
库布里克被迫与塞勒斯联系。当时，这位明星的后院正在起火。妻子安妮已经离开了他，他开始与前英国童星珍妮·斯科特约会，并与律师商讨离婚事宜。对库布里克来说，这是一件好事，因为无论从法律还是感情的角度而言，这都意味着塞勒斯不得不滞留在英国。最后，塞勒斯同意以100万美元的片酬接演《奇爱博士》，作为附加条件，还为他在道切斯特租了一套房子，供他在拍片期间居住。
意外的麻烦随着《保险失灵》一书的出版而出现，该书由曾写出《丑陋的美国人》的政治研究家哈维·韦勒和尤金·布迪克合著，一上市便成为畅销书。彼得·乔治确认该书与《红色警戒》有许多相似之处，遂起诉该书有剽窃嫌疑，最终被判庭外调解。然而，这本书的版权则被好莱坞买到手，极有可能在《奇爱博士》之前拍成电影。（实际上，由西德尼·卢梅特执导的这部影片直到1964年才问世。）
而在当时，库布里克有了一种火烧眉毛的感觉。他立即宣布《奇爱博士》正式开拍，并要求剧组人员严格保密，不想让对手偷出半点内容。1962年12月，远在纽约的讽刺专栏作家特里·绍森意外地接到库布里克的电话。“他说他直到那天早晨之前还在把这个故事想成一部‘平铺直叙的情节剧’，”绍森回忆说，“当他醒来时，却已经感到无法用任何常规的方式讲述这个故事了。他说他现在只能将它看作是一个‘有些荒唐的玩笑’。他告诉我他读了我写的《魔术师克里斯蒂安》，所以希望我能帮助他重新改造剧本。”绍森无法拒绝库布里克开出的2000美元的月薪，于是他放下了为《老爷》杂志写稿的工作，火速飞往伦敦。
绍森将60年代流行的黑色幽默手法用进了这部电影，他最擅长的就是为片中的人物改名字，诸如奎因登被改成了杰克·里普尔，B52的机长克林特·布朗被改成了金刚，总统被叫成梅金·莫菲利，苏联大使有了德萨德斯基这样一个怪怪的名字。正是在他的建议下，这部电影最终改名为《奇爱博士或我怎样学会放弃忧虑并爱上炸弹》（简称《奇爱博士》）。