麦克阿瑟曾迫切想让苏联参战，但他无意让苏军进入日本。把德国划分为几个占领区的结果是数百万德国人被迫灌输了共产党思想，并置于共产党的恐怖和威迫之下，对于走向一个和平繁荣的德国毫无益处。然而，苏联红军深入欧洲西部，使这一切不可避免。当斯大林要求将日本也划分成几个占领区，并企图占领日本北部主岛北海道的大部分地区，杜鲁门总统以苏联在日本的暂时性为条件，愿意迁就苏联的要求。麦克阿瑟认为，如果允许苏联进入日本，他们是不可能心甘情愿离开的。因此，他坚决反对这一主张，但他无权否决。
然而，作为盟军最高司令，他有权决定盟军占领区军队的部署。他假装欢迎斯大林所谓“援助”的提议，并表示他正好有地方可供他的军队驻扎，就是在主要岛屿本州岛中间的荒地，而那里刚好被美军基地所环绕。斯大林暗示说，不管怎么样，他可能还是会直接把军队送到北海道，并且坚持苏联的权利不怕动用武力。麦克阿瑟的回答并未公开，但据他的反间谍部长埃利奥特·索普准将说，“如果你让一个苏联士兵登陆，我会派美军的一个师把他们扔下水。”他在回忆录中对此事的说法却略有不同。他宣称他告知斯大林在日本的代表，库兹马·杰列维扬科中将，“如果有一个苏联士兵未经我授权擅自进入日本，我就立即把整个苏联外交团，包括你本人送进监狱。”
面对麦克阿瑟强硬的言辞，斯大林不再暗示必要时将动用武力，但他仍然坚持认为苏联有权在北海道驻军。要是那样的话，麦克阿瑟说道，苏军必须听从第8集团军的指挥。惟恐要让苏联军队听从美军指挥，斯大林果断放弃对日本领土的所有请求。
同时，英国和澳大利亚也作出类似的请求，要求在日本拥有自己的占领区，并享有和美军同等地位。让他们恼火的是，麦克阿瑟把广岛给了他们，那里是整个日本情况最为糟糕的地区之一。事实上，英、澳两国在占领政策上也没有什么真正的发言权。英联邦占领军的司令还要咬紧牙关向第八集团军司令部报告。他甚至无法直接见到麦克阿瑟。
苏联强烈怨恨在机会到来时麦克阿瑟迫使他们出局的方式，他们对机会总是双手紧紧抓住绝对不会错过。当迪安·艾奇逊公开指责麦克阿瑟所谓的“只需不多于20万军队占领日本”的那天，斯大林抓住这个机会，要求设立一个同在德国差不多的盟军控制委员会。这让麦克阿瑟成为众矢之的，杜鲁门政权立刻被苏联外交官逼向一隅，他们口口声声说这样刚愎自用的人应该加以约束。美国被迫让步。
此事的后果是在莫斯科召开了一次会议，会议中产生了两个实体，同盟国日本问题委员会和远东委员会。同盟国日本问题委员会的四个成员国代表分别是美国、苏联、中国和英联邦。它的职能仅限于向最高指司令就占领政策提出建议。
另一方面，远东委员会的职能是确保日本执行投降条款。远东委员会有权直接向盟军最高司令发送命令，但这些命令必须事先通过美国政府，然后由美国政府“通过合适的有关当局将命令传达给盟军最高司令……”换句话说，就是要通过参谋长联席会议。很明显，不管是总统还是参谋长联席会议主席都不会给麦克阿瑟下达和美国政策相对的命令。1945年12月，杜鲁门总统对国务卿詹姆斯·贝尔纳斯说，这个政策很简单，“我们应该保持对日本和太平洋地区的完全控制……”杜鲁门总统并不打算对斯大林作出任何让步。“我可不想再哄着苏联人玩了，”他气冲冲地说。
同盟国日本问题委员会只限于建议权，因此麦克阿瑟可以随时忽视它的存在，大部分时候都是这样。盟军最高司令很少把什么事列入议程来讨论，所以，大多数会议持续时间很短，因为没什么要说的。约翰·巩特尔出席了有代表性的一次会议。“官方报道指出，会议于早上10点03分开始，10点04分结束。”
最终，麦克阿瑟发现同盟国日本问题委员会的作用，就是作为提出问题的论坛：苏联对那些在中国东北向苏联红军投降的200万日本士兵做了什么。这些人中绝大部分都是战俘，直到1949年才获释。在他们返回日本前，苏联曾作出了很大努力让他们信仰共产主义。即使是在遣返回国后，仍有超过30万日本人没有踪信。只能设想他们成了苏联报复的牺牲品，或者是因为抵抗他们的学说而被谋杀。这引起了日本的强烈关注，不管麦克阿瑟是在公开场合还是私下提出这点，苏联都很震怒。当他向同盟国日本委员会提出这一问题时，苏联代表突然离开，并且6个月没有重新出现在同盟国日本问题委员会里。
虽然麦克阿瑟发现他很容易忽略同盟国日本问题委员会的存在，但他必须更多地关注远东委员会，因为这有权对如何实施占领的问题提出指导。该委员会早在1946年就成立，并在政府起草日本新宪法时表现得非常活跃。远东委员会坚持要有自己的话语权，但一旦提出的一些小小异议超过被允许的范围，盟军最高司令部就会强烈怀疑。但连生性多疑的查尔斯·威洛比都没发现苏联派到远东委员会的代表——英国外交官唐纳德·麦克莱恩。麦克莱恩是一个忠实的斯大林主义者，是苏联在日利益的秘密保卫者。
麦克阿瑟抵制苏联想要在军事占领事务中赢得更为重要的角色。反共是他与生俱来的。他觉得激怒杰列维科扬很好玩。当麦克阿瑟禁止共产主义在1947年初组织的罢工，杰列维科扬匆匆赶到第一大厦，并质问麦克阿瑟专横行为的权力。为什么不让罢工？在解放后的苏联这个天堂里里，工人的权利是受法律的保障。人民可以在任何时候都可以进行罢工。像这样的禁令在苏联是不可想象的。麦克阿瑟从桌后的椅子上站起来，直视杰列维科扬，对他身边的俄语翻译说，“俄语的‘笨蛋’怎么说？”杰列维科扬的英语水平足以听懂麦克阿瑟说的话，于是他告辞离开。
当杰列维科扬回到莫斯科，麦克阿瑟让他给斯大林带个信。这个口信花了一个小时传达，麦克阿瑟在他桌后不停地说着苏联外交政策的种种缺点、瑕疵和挑衅行为。最终，麦克阿瑟停下脚步，总结道：“现在，你把这些告诉斯大林元帅。”这个苏联人离开后几乎一年都没回日本。有一次，当他再次来到第一大厦时，麦克阿瑟像见到老朋友一样欢迎他。“啊，杰列维科扬将军！能看到你回来太高兴拉。前一阵你能回来，我还担心他们把你枪毙了呢！”
在华盛顿，麦克阿瑟的反对派，比如乔治·凯南嘲笑日本宪法中的“和平”条款。麦克阿瑟之所以放弃以宪法规定结束战争的权力，原因之一是他无权要求获得特别权力，也没有提前和华盛顿商议此事。美国外交官们认为永久解除日本武装，会破坏所有让美国在东亚美国建立军队的需要。然而，麦克阿瑟并没有这样的怀疑。他认为，让日本解除武装不仅是正确的，而且在和平条约签订后，美国没有必要在日本本土保留自己的军事基地，只要能控制向南400英里以外的冲绳就可以了。
冲绳是日本的领地，但那里的大多数人并不是真正的日本人。冲绳不属于日本主岛，所以美国认为把它完全变成永久的军事基地不会有什么阻碍。但苏联必然会对此做出反应，苏联向盟军总司令部提出言词激烈的书面反对，职责麦克阿瑟再次逾越了他的权力范围。麦克阿瑟的答复很冷淡，他通知苏联在东京的代表团说：“我无法接受贵方来函所述内容，这封信只能被看作是无礼挑衅。”
对于负责日本事务的保守政客说，麦克阿瑟最为伟大的成就之一和占领获得成功的主要原因是，他没有让苏联在日本驻军。分裂的日本将会是截然不同的日本，是更贫穷，更不稳定的日本。而麦克阿瑟巧妙地对于失踪的日本战俘命运的进行宣传，有助于巩固反苏情绪的深入而持续性的剧变。凯南说得对：遏制战略是至关重要的，是让日本成为西方民主势力对抗苏联扩张中中强大和积极的伙伴。在实现这一地缘战略的目标上，没人能比麦克阿瑟更成功。
国务卿迪安·艾奇逊和乔治·凯南想结束这种在他们看来是一个人占领日本的局面，建立一个在西方德国运作的政体，约翰·J·麦克洛伊被任命为那里的最高行政长官，由华盛顿负责管理政策。国务院想安插一名美国大使，负责管理占领事务，让盟军总司令部的职责不超出日本的军事安全事务。如果这一计划完全实施，那么麦克阿瑟就告老回国，然后由马克斯威尔·D·泰勒少将代替他的职务。国务院的计划得到国防部很多上校和将军的支持。这还得到艾森豪威尔的继任者奥马尔·布雷德利的支持，他一向憎恶麦克阿瑟。1949年6月，布雷德利曾告知麦克阿瑟，“我们应该由国防部来接管驻日本的军事政府”。
麦克阿瑟被激怒了。布雷德利怎么能这么目中无人？日本根本就不存在所谓的美国军事政府，从来没有过。他十分激动，给布雷德利给了一封密密麻麻长达四页的信，告诉他关于占领区是如何真正运作的。他的信字面上彬彬有礼，但隐藏的意思却是充满愤怒。布雷德利受到了惊吓或是威胁，给麦克阿瑟回了一封措辞礼貌的信来取悦他，只在最后才提到麦克阿瑟的信为“如此严厉的抨击，我是很少读到的。”他声称自己对于麦克阿瑟和艾奇逊之间的相互仇恨毫不知情。如果知道的话，他肯定会就是五角大楼里对此唯一不知道的人吧。
麦克阿瑟看出了国务院这份提议中昭然若揭的手腕，给艾奇逊寄去了措辞强硬回信以示抗议。国务卿苦苦斟酌了三个月该如何给他答复，最终选择了难以置信的矢口否认。他轻描淡写地答复麦克阿瑟反对那些提议“并不能反映任何官方意见的主流，当然不是国务院的意见”。这正是对外交的古老定义最好的例子，“为了他的国家而撒谎的人”。艾奇逊是尽心尽职、能力突出的公务员，和麦克阿瑟在某些方面很相似，那就是刚愎自用，对所鄙视的人就是从来不吝其坦率。
布雷德利对于此事不得体的处理，使得让麦克阿瑟下台的努力白费了，然而，麦克阿瑟意识到，国务院比五角大楼更好地把握了日本形势。国务院已经改变了想法，转而也支持和平条约，而不像参谋长联席会议那样，还是担心如果占领结束后，共产主义会接管日本。