鉴于自然灾害对传染病发病的上述影响，自然灾害后的传染病防治工作，应有与正常时期不同的特征，且防治的组织领导应是政府有关部门。根据灾害时期传染病的发病特征，可将传染病控制工作划分为四个时期。
灾害前期
我国幅员辽阔，一些地区为自然灾害的易发地区。因此，在灾害发生前，应有所准备，其中包括传染病防治工作。
（1）基本资料的积累。为灾害时期制定科学的防治对策，应注重平时的基本资料的积累，包括人口资料、健康资料、传染病发病资料、主要的地方病分布资料以及主要的动物宿主与媒介的分布资料等。
（2）传染病控制预案的制订。在一些易于受灾的地区、如地震活跃区，大江大河下游的低洼地区以及分洪区等，都应有灾害时期的紧急处置预案，其中也应包括传染病控制预案。预案应根据每个易受灾地区的具体情况，确定不同时期的防病重点。可供派入灾区的机动队伍的配置，以及急需的防病物资、器材的储备地点与调配方案等，也应在预案中加以考虑。
由于自然灾害的突发性，不可能针对每一个可能受灾的地区制订预案，应根据一些典型地区制定出较为详细的预案，以作示范之用。
（3）机动防疫队准备。由于自然灾害的重点冲击，灾区内往往没有足够的卫生防疫和医疗力量以应对已发生的紧急情况。在突发性的灾害面前，已有的防疫队伍也往往陷于暂时的混乱与瘫痪状态。因此，当重大的自然灾害发生后，必须要派遣机动防疫队伍进入灾区，支援疾病控制工作。
（4）进入应对突发状态的准备。针对一些易受灾地区，应定期对这些机动队伍的人员进行训练，使其对主要机动方向的卫生和疾病情况，进入灾区后可能遇到的问题有所了解。在人员变动时，这些机动队伍的人员也应及时得到补充和调整，使其随时处于能够应付突发事件的状态。
灾害冲击期
在大规模的自然灾害突然袭击的时候，实际上不可能展开有效的疾病防治工作。但在这一时期内，以紧急救护为目的派入灾区的医疗队，就应当配备足够数量的饮水消毒和预防与处理肠道传染病的药物，并注意发生大规模传染病的征兆，做出适当处理，以控制最初的疾病暴发流行。
灾害后期
当灾区居民脱离险境，在安全的地点暂时居住下来时，就应系统地进行疾病防治工作：
（1）重建群众性疾病监测系统。
由于重大自然灾害的冲击，抗灾工作的繁重以及人员的流动，平时建立起来的疾病监测和报告系统在灾后的初期常常处于瘫痪状态。因而，卫生管理部门及机动防疫队伍所要进行的第一项工作，应是对其进行整顿，并根据灾民聚居的情况重新建立疫情报告系统，以便及时发现疫情并予以正确处理。监测的内容不仅应包括法定报告的传染病，还应包括人口的暂时居住和流动情况，主要疾病的发生情况，以及居民临时住地及其附近的啮齿动物和媒介生物的数量。
（2）重建安全饮水系统。
由于引水系统的破坏对人群构成的威胁最为严重，应采取一切可能的措施，首先恢复并保障安全的饮用水供应。
（3）大力开展卫生运动。
改善灾后临时住地的卫生条件，是减少疾病发生的重要环节。因此，当居民基本上脱离险境，到达安全地点后，就应组织居民不断地改善住地的卫生条件，消除垃圾污物，定期喷洒杀虫剂以降低蚊、蝇密度，必要时进行灭鼠工作。
在灾害过后开始重建时，也应在迂回原来的住地之前首先改善原住地的卫生条件。
（4）防止吸血昆虫的侵袭。
在居民被迫露宿的条件下，不可能将吸血昆虫的密度降至安全水平。因此，预防虫媒传染病的主要手段是防止昆虫叮咬。可使用一切可能的办法，保护人群少受蚊虫等吸血昆虫的叮咬。如利用具有天然驱虫效果的植物熏杀和驱除蚊虫，并应尽可能地向灾区调入蚊帐和驱蚊剂等物资。
（5）及时发现和处理传染源。
在重大自然灾害的条件下，人口居住拥挤，人畜混杂等现象往往难于在短期内得到改善。因此，发现病人，及时正确的隔离与处理是降低传染病的基本手段。
有一些疾病，人类是唯一的传染源，如肝炎、疟疾等。因此，在灾区居民中应特别注意及时发现这类病人，并将其转送到具有隔离条件的医疗单位进行治疗。
另外，还有许多疾病不仅可发生在人类身上，动物也会成为这些疾病的重要传染源。因此，应注意对灾区的猪、牛、马、犬等家畜和家养动物进行检查，及时发现钩端螺旋体、血吸虫病及乙型脑炎感染情况，并对成为传染源的动物及时进行处理。
（6）对外流的人群进行检诊。
灾害发生后，会有大量的人群以从事劳务活动或探亲访友等形式离开灾区。因此，在灾区周围的地区，特别是大中城市，应特别加强对来自灾区的人口进行检诊，以便及时发现传染病的流行征兆。在一些地方性疾病的地区，还应对这些外来人口进行免疫预防，以避免某些地方性传染病的暴发流行。
后效应期
当受灾人群迁回原来住地，开始灾后重建工作，灾后的传染病防治工作便进入针对灾害后效应的阶段。
（1）对回乡人群进行检诊与免疫。
在这个阶段，流出灾区的人口开始陆续回乡，传染病防治工作的重点应转到防止在回乡人群中出现第二个发病高峰。
外出从事劳务工作的人员，可能进入一些地方病疫区，并在那里发生感染，有可能将疾病或疾病的宿主与媒介带回到自己的家乡。因此，应在回乡人员中加强检诊，了解他们曾经到达过哪些地方病疫区（如鼠疫、布氏菌病、血吸虫病等），并针对这些可能的情况进行检查，如果发现患者应立即医治。
在外地出生的婴儿往往对家乡的一些常见的疾病缺乏免疫力，因而应当加强对婴儿和儿童的检诊，以便及时发现和治疗他们的疾病。
由于对流动人口难以进行正常的计划免疫工作，在这些人群中往往会出现免疫空白，因此，对回乡人群及时进行追加免疫，是防止疾病发病率升高的重要措施。
（2）对灾区的重建和对疾病重新进行调查。
自然灾害常能造成血吸虫病、钩端螺旋体病、流行性出血热等人与动物共患的传染病污染区域扩大，并导致动物病的分布及流行强度的改变。因此，在灾后重建时期内，应当对这些疾病的分布重新进行调查，并采取相应的预防措施，以防止其在重建过程中爆发流行。
对灾区的家庭及个人而言，需要注意以下几点：
①注意饮用水的清洁，有条件的要遵照救灾人员的指导，严格用药品消毒，没有条件的也要尽可能将水煮沸后再饮用，切不可因怕麻烦而随便饮用已被污染的水。
②注意食品卫生，切忌进食一些来源不明的食物，以免遭受更大的损害。
③配合救灾人员做好灭蝇灭蚊灭鼠等工作，并尽一切办法防止蚊虫叮咬。
④发现异常情况，如周围有人生病、发烧、患上皮肤病等，要立即向救灾人员或有关部门报告。
⑤尽可能避免多人同住一室，并尽可能避免与动物同宿，即使是自家的家禽家畜也不行。
⑥若非必要，在没有相关人员组织、指导的情况下不要任意搬迁。外出人员也不可因关心亲友安全而贸然进入灾区。
灾后自来水等供应水中断，必须饮用地下水、消防用水等驻留水时；应注意确保饮用水安全。灾后如自来水供应中断，应以饮用瓶装水为优先考虑，或至指定地点取水煮沸后饮用。