他开始意识到自己活不多久了，他对身边的人说：“在过去的那些日子里，我是拿破仑。但是，现在我一无所有，我的体力、我的智力都离开了我。我不能再活下去了。”他拒绝服用英国医生给他开的药，他大叫着：“我不吃药，既然英国要我的尸体，我不愿让它久等，我现在用不着毒药就可以死去。”在此之前，赫德森·洛总督一个月只来访问一次，现在几乎每天都来看望他。要是在过去，身体健康的拿破仑又会像往常一样，用讽刺挖苦的言辞使这位总督哭笑不得10但是，如今的拿破仑，只好有气无力地躺在床上了。蒙托隆将军来看望他时，拿破仑有时会软弱无力地笑着说：“我的身体好像已经被滑铁卢占领了！”当年越过阿尔卑斯山冲进伦巴尔加平原的时候，曾说一天只要睡三个小时就足够了的盖世英雄，想不到四个月以后就成了一病不起的人了。
4月13日，拿破仑开始口述他的遗嘱。尽管病痛在不断地折磨着他，他还是对遗嘱字斟句酌，反复推敲。
他认为君主的遗嘱首先应是一份政治文件。这份遗嘱中有评论、有解释，还有谴责。他在遗嘱中写道：
“50多年前，我生于罗马教会的怀抱，死也属于这个教会。我希望将我的遗体安葬在塞纳河畔，在我如此热爱的法兰西人民中间安息。”
“我对于我最亲爱的妻子玛丽亚·路易莎是感到满意的，直到临终时刻，都对她怀有最深厚的感情。我请她悉心保护我的儿子，他从孩提时代起，身边就布满了陷阱。”
“我嘱咐我的儿子，千万不要忘记，他生为法兰西皇太子，决不能成为压迫欧洲人民的执政者手中的工具，也永远不要以任何方式对抗和损害法兰西。他应当牢记我的座右铭：一切为了法国人民。”
“我因遭受英国寡头政治及其雇佣的刽子手谋害而过早地死去，法国人民迟早会为我报仇。”
“我之所以会失败，乃是由于我的部属马尔蒙、塔列兰等背叛所致。但我决意宽恕他们，愿法兰西的后代子孙也同我一样宽恕他们。”
4月14日和15日，拿破仑继续口述着遗嘱，他决定将他的两亿法郎财产分成两半，一半留给从1792年到1815年间曾在他旗帜下战斗过的军官，另一半则捐给1814年和1815年间遭受入侵的法国各省市。
4月16日，拿破仑勉强起床执笔，将这份遗嘱抄写了一遍。
5月4日夜是拿破仑临终前的最后一夜。他不停地呻吟，直打呵欠，显得异常痛苦。他喃喃自语：“谁在后退……军拿破仑之墓队首领……冲锋……”这天夜里，岛上掀起了最猛烈的风暴，狂风拔起了大树，刮走了小屋，震动了朗伍德别墅。第二天，当晨光照亮了狭小的房间时，风暴平息了，拿破仑已僵硬得如同一座横卧的雕像，眼角边还挂着一颗泪珠。不过，医生还可摸到他那一息尚存的脉搏。下午5点50分，一声炮响划破长空，太阳落山了，拿破仑也停止了呼吸。
哭泣着的仆人马尔尚把一件拿破仑曾在马伦哥战役中穿的大氅盖在他的身上。然后，总督和军官们走了进来，向死者低头致哀。
4天以后，岛上的人为这位征服者举行了葬礼。在礼炮的轰鸣声中，棺木徐徐下葬在圣赫勒拿岛上的托贝特山泉旁。在这幽静的峡谷深处，几棵垂柳掩映着一淙流水，秋海棠、海芋和美人蕉竞相开放。拿破仑，这位一度叱咤风云、有功也有过的盖世英雄，便长眠在这些绿叶鲜花之下。
19年后，法国旗月王朝的路易·菲力派军舰到圣赫勒拿岛接回了拿破仑的遗骨。1840年12月15日，巴黎人民满腔热情地举行了隆重的接灵仪式。数不尽的人群冒着严寒、迎着风雪，护送着灵柩前往塞纳河畔的荣誉军人院。自此，拿破仑的遗愿得到了实现，他以一个老兵的身份安息在塞纳河畔，安息在他热爱的法国人民中间。
拿破仑死因之谜
拿破仑之死是个永远的谜。尽管他去世已近180年，他的死因依然困扰着世人。因而对于他的死因，一个多世纪以来，人们进行了多方面的猜测、探讨和研究，但至今未能得出令人绝对信服的结论。尽管按照死者的遗言解剖了他的尸体，然而为了避免难以预料的政治风波，解剖的过程和病情结论始终未对外界作任何披露。根据历史记载，拿破仑死于圣赫勒拿岛。当年的尸体解剖和临床症状结论是，拿破仑死于胃癌并发症。然而，随着在拿破仑遗留的头发中发现大量砒霜，有关专家对拿破仑死于胃癌提出质疑，认为法国这位显赫一时的皇帝死于砒霜中毒。20世纪50年代，瑞典牙医和毒物学专家佛舒伍德发现了一本重要日记。这本日记是拿破仑坐像随拿破仑一起流放到圣赫勒拿岛的仆人写的。他在日记中写道，拿破仑去世前“经常失眠，腿部肿胀无力，掉头发，偶尔抽搐，总是觉得口渴”。
专家在对日记进行仔细研究后认定，以上症状均与人服食砒霜后的病症相似。随后，佛舒伍德对自己的结论进行了验证。
1957年11月，佛舒伍德在哥德堡的图书馆里，读到一篇新奇的论文，文中说只需用一根头发就能分析出砒霜含量。3年后，他专程去巴黎，向拿破仑侍从的后裔索取拿破仑的头发……经过23年的努力，佛舒伍德用现代技术鉴定了拿破仑头发的化学成分。他发现越是接近头发根部，所含的砷就越多。
一般人头发中含砷量极低，因为砷是一种有毒的化学元素，而它的化合物——三氧化二砷就是砒霜，砒霜是剧烈的毒药。拿破仑头发中的含砷量比正常人头发的含量高出40多倍。后来，美国联邦调查局和法1805年为拿破仑特制的宝座。
国巴斯德大学又对拿破仑一根头发进行了分析，并从中发现了相当数量的砒霜。这一结果再次证实了拿破仑“中毒”的说法。于是又有人认定他是在流放地圣赫勒拿岛被敌人用毒药谋杀的。但是也有专家对此说法表示了怀疑，据历史记载，拿破仑是个非常谨慎的人，时刻保持着高度的戒备心理。甚至在去圣赫勒拿岛的船上，也拒绝随意享用自己喜欢的食品。他要让大臣们亲口吃过一小时后，才开始品尝。如此小心谨慎的拿破仑怎么会轻易中毒呢？而且究竟是谁下的毒？
最近，关于拿破仑的死因又有了一种新说法，那就是拿破仑是因“爱”被毒死的。提出这种新说法的历史学家正是当年对拿破仑投毒者的后人。
拿破仑死于胃癌
从1821年5月6日拿破仑一世死在囚禁地圣赫勒拿岛之后，多数历史学家都倾向认为，拿破仑同他的父亲一样，是患胃癌病逝的。这个说法被所有的人接受，甚至字典和历史书上也这样写。死于胃癌，是一种最早最为普遍的说法。理由有三：其一，从遗传学的皇帝的帽子角度来看，癌症是他家族的遗传病。其二，拿破仑本人也一直认为自己得的是癌症。其三，据传在尸体解剖时，发现其胃已溃烂，肝部微肿，其他内脏完好，身体肥胖。这一结论性的病情报告，在相当长的一段时期内，在史学界享有绝对的权威。病历中记载说，拿破仑死前上腹部剧痛难忍，打嗝呼出的气味非常难闻。他还有慢性神经衰弱和厌食迹象。此外，拿破仑患有慢性泌尿系统疾病，夜里常咳嗽，并出冷汗。科斯坦说，这些症状很像胃癌病人。
这位专家还表示，他是迄今为止第一个详细分析验尸报告的人。据悉，报告中用医疗术语暗示，医生在拿破仑体内发现了一个胃瘤，这就是胃癌最有力的证据。
这一说法在遗传学上也有解释，因为拿破仑的父亲也死于胃癌。
此外，从当时拿破仑的病状和一些史料中也可对此验证。研究人员根据记载发现，拿破仑平时总喜欢把右手插在马甲中，这个细微的生活习惯正反应了他一直遭受严重胃溃疡的折磨，恶性胃溃疡很可能发展成胃癌。
拿破仑的便靴应法国《科学与生活》杂志之邀，法国3位权威人士利用同步加速器射线对拿破仑遗留下来的头发进行了细致分析，结果断定：拿破仑死于胃癌，并非死于砒霜中毒。
这3位人士分别是巴黎警察局毒物学实验室负责人里科代尔、法国奥赛电磁辐射使用实验室专家舍瓦利耶，以及巴黎原子能委员会研究所专家梅耶尔。据悉，法国《科学与生活》杂志曾将拿破仑遗留下的一些头发交给了3位专家，希望他们能藉此为拿破仑之死下个结论。
该杂志在2002年11月号刊上刊载了有关拿破仑死因之争的详细资料及3位权威人士的研究情况。
据介绍，这些头发共有19绺，有的是拿破仑死后从其尸体上取下来的，也有的是拿破仑在世时保留下来的。3位专家对每绺头发都进行了上百次的测量，对每根头发的测量间距精细到O.5毫米。结果显示：无论是在1821年拿破仑死后取下的头发里，还是在1805年和1814年拿破仑在世时保留下来的头发里，砒霜的含量都超出正常值5到33倍。专家们由此断定，拿破仑不是死于砒霜中毒，因为这些头发的取留时间相距16年，而在长达16年的时间里，这些头发中的砒霜含量几乎一致，并均匀分布在整根头发上，这表明头发上的砒霜不是拿破仑摄食到体内的，它们来自外部环境。对此，专家们推测砒霜可能来自以木材取暖、放置老鼠药、摆弄含砒霜的子弹等，而最可能的是来自某种防腐剂，写给维克多元帅的签名信因为在19世纪时，法国非常流行用砒霜保存头发。
亲信害死了拿破仑
关于拿破仑死于毒害的看法，最早流行于法国人中间。因为英国人视拿破仑为“刽子手”和最可怕的危险人物，对自己控制下的囚徒，他们绝不会放过置之于死地的机会。法国人出于对自己民族杰出英雄的爱戴产生这样的怀疑，从感情上讲是情有可原的。然而，这决不是证据确凿的科学论断。1982年初，一个震动法国，在西方史学界引起轰动效应的结论诞生了。瑞典医生、毒物学家斯坦·佛舒伍德，在他撰写的《谁是杀害拿破仑的凶手》一书中声称自己曾翻阅了全部有关拿破仑的回忆录，认真研究了拿破仑的病历档案，拿破仑政变时的情景以大量的“史料”、“科学的凭证”，并以弄到的拿破仑几绺头发的化学分析中，测定出受害人体内砷的含量是正常人的13倍。由此，他得出合乎逻辑的结论，拿破仑是被凶手用小剂量的砒霜使之慢性中毒而死亡的。
为了证实这一结论的可靠性，这位瑞典医生还对曾经生活在拿破仑身边的人进行了逐一分析，找到了实施这一计划的重大嫌疑人犯，那就是他过去的部下，一位在战场上毫无建树、从不被他重视的蒙托隆将军。蒙托隆利用负责拿破仑生活日用品供应的便利条件，在他专用的淡葡萄酒中施放砒霜，使之日积月累，逐渐中毒死亡。
佛舒伍德从大量的历史事件中证明蒙托隆完全有作案动机，一方面是他与拿破仑的私怨，另一方面则是他受阿图瓦伯爵之命，充当拿破仑身边的一名奸细，伺机进行谋杀，以消除波旁王朝因拿破仑的存在而导致的心理恐怖与不安。
为了进一步证实上述看法的可信性，1994年6月20日法国收藏家费舒在“美国拿破仑研究会”10名历史学家的协助下，将一个红皮饰盒交给了联邦调查局总部的情报官员。盒内是分成8绺的220根拿破仑的头发。
随后，加拿大医生威达尔也提供了第9绺头发。他们希望联邦调查局能辨别真伪，并运用高科技手段对这些头发进行脱氧核糖酸分析及“原子吸收”化验，以解开一度称雄欧洲的拿破仑是否惨遭谋害之谜。人们正拭目以待这一研究成果的问世。
最近，加拿大富商莫里斯撰写的《拿破仑是否因中毒而死？》一书，再次论证拿破仑确因砷中毒而死。能让拿拿破仑勋章破仑毙命的砷究竟是从哪儿来的呢？不论是拿破仑的医生，还是仆人马尔尚，都没有提到拿破仑的用药里含砷；另一种可能是环境污染所致，因为1819年他居住的房间新换了当时很流行的一种糊墙纸，绿色染料则是由砷做基础制造的。拿破仑长时间在这样的环境下生活，又缺少必要的通风设备和体育锻炼，大量的砷随空气被他吸入体内，成了导致他死亡的慢性杀手。
可是，莫里斯的最新研究却认为，上面的这些推断都缺乏说服力，他认为拿破仑是被他的将军蒙托隆放毒毙命的。拿破仑战败被囚禁在圣赫勒拿岛之后，从头至尾陪伴拿破仑的只有蒙托隆和第一仆人马尔尚两个。去年，蒙托隆将军的后裔弗朗索瓦在自家祖传的地窖里，发现37件蒙托隆生前留下的珍贵资料，有蒙托隆写给妻子阿尔比娜的信件、私人日记、回忆文章和许多草稿等。弗朗索瓦同历史学家莫里斯一起对这些发黄的资料进行了研究，他吃惊地发现，曾被家族引以为荣的这位老祖宗，竟然是杀害拿破仑的凶手。