“长崎国旗事件”激起中国人民极大的愤慨。新华社北京6日消息指出这两个暴徒的行动是岸信介屈从蒋介石、美国，敌视中国人民行动的一部分。5月9日陈毅副总理兼外交部长指出：“岸信介政府纵容暴徒在长崎侮辱中国国旗的事件，说明岸信介政府敌视中国的态度已经到了令人不能容忍的地步”。“他们反对的是中日贸易同中日两国人民友谊的结合，他们要的是使中日贸易为他们讨好美国、勾结蒋介石集团、敌视中国的政治服务。侮辱中国国旗的长崎事件就是在岸信介政府直接纵容和包庇下制造出来的。这些言论和行动是对中华人民共和国的侮辱，是蓄意向六亿中国人民挑衅。岸信介政府必须对由此而产生的一切后果负完全责任”。
岸信介的反华政策迫使中国政府不得不采取断然行动。5月7日侵入中国禁渔区的十四艘日本渔船被中国海军扣留。5月9日停止和日本进行的一切新的贸易谈判。同一天中国贸易促进会给日本三团体发了抗议电。10日，中国停止在东京的中日钢铁易货谈判。同一天中国宣布对武汉、广州日本展览会展品不予购买。5月12日，中日之间经济贸易关系全部中断。
在处理中断中日关系问题上，中国政府的原则立场是明确的。1958年7月7日人民日报的社论说：“就中日关系来说，中国人民的态度是非常明确的。中国人民对于日本人民始终表示友好……但是，如果岸信介政府继续敌视中国人民，继续制造‘两个中国’，继续阻挠中日两国正常关系的恢复，中日关系全面中断情况就会继续延长，对此中国是有思想准备的。”
但是，在具体的做法上，中国政府重视中日民间往来的态度仍是十分清楚的。中断关系两个多月后，1958年7月30日，日本社会党外事局长佐多忠隆访华回国时，带回中国方面打开中日关系的六项原则条件，即：（1）立即停止并不再出现敌视中国的言论和行动；（2）停止制造“两个中国”的阴谋；（3）不阻挠恢复中日两国的正常关系。此外关于长崎国旗事件，中国要求：（1）由日本政府代表团在现场重新升起中国国旗；（2）惩罚撕下中国国旗的犯人；（3）向北京派遣政府代表团表示道歉。中国方面认为只要这些条件能做到，重新打开中日关系是可能的。9月6日，人民日报评论员文章表示：只要岸信介政府能够立即放弃敌视中国的态度，停止制造‘两个中国，的阴谋，保证不再阻挠中日两国正常关系的恢复，那么改善岸信介一手造成的中日关系的僵局，还是有可能的。但是中国政府为解决中日关系而提出的六项条件遭到岸信介政府的拒绝。10月10日，中国人民对外友好协会仍然表示：如果岸信介政府彻底改变敌视中国的政策，并且采取必要的具体措施，那么，可以考虑在改善贸易、渔业等关系上予以协助。
日本政府在台湾海峡危机中支持美国威胁中国，10月又开始修改予头对准中国的“日美安全保障条约”，这理所当然地遭到中国政府的驳斥。11月9日，陈毅外长发表声明，严厉谴责岸信介的反华政策。指出：日美两国准备修改的“日美安全保障条约”的实质是美帝国主义奴役日本民族的、片面的不平等的条约。这个条约使日本越来越被美国带进它所制造的战争边缘。提出岸信介内阁一天不改变反华政策，中国一天不和日本政府发生关系，这表明由于岸信介反华政策所产生的恶劣影响，在岸信介任期内发展中日关系已不可能。
四、中国对日政策的发展
中国对日政策在1959年3月日本社会党委员长浅沼稻次郎访问中国时有了新的重大发展。在浅沼稻次郎和中国外交学会会长张奚若发表的联合声明中，中国方面第一次提出对日关系政治三原则：①停止执行敌视中国的政策；②不参加制造“两个中国”的阴谋；③不阻挠中日两国关系正常化的趋势。并指出只有采取与此相适应的措施，才能打开岸信介造成的中日关系的僵局。声明还指出，否则，重开中日贸易是不可能的。
1960年8月27日，周恩来总理在北京接待了日本贸易促进会专务理事铃木一雄。在会谈中，周总理提出了中国方面对日贸易的新原则。周总理提出，“过去中日双方曾经搞民间团体协定，想通过民间协定来发展中日贸易。经过岸信介政府这一段时期，证明这种做法行不通。岸信介不承认、不保证民间协定的实施，并且采取敌视中国的政策来破坏它。我们不能容忍这种行动，只好将中日贸易来往停了二年半。”接着周总理提出对日贸易的新原则是：（1）政府协定；（2）民间合同；（3）个别照顾。后来被称为经济三原则。周总理并表示：“根据中日两国人民的愿望，中日贸易如果能够恢复过来，对两国人民都有好处”。在这次谈话中，周总理还指出中日贸易三原则必须和政治三原则相联系，“政府之间的贸易协定总要在两国政府向着友好方向发展，并且建立起正常关系的情况下才能签订。在政府关系方面则坚持我们说过的政治三原则”。从此，在中日关系方面，我们坚持了“政治三原则”、“经济三原则”以及政治和经济必须结合的原则。这些原则对中日关系的正常发展有重大作用。
在上述政策的指引下，中国方面在政治上加强了和日本国内要求促进中日邦交的各派力量的合作。在坚持原则性的同时，方法上更加灵活，追求实际效果。事实上，早在1958年中国国庆节起，中国接待日本朋友来华访问就恢复了，并逐渐增多。中国方面和日本社会各阶层人士的接触增加，包括日本有势力、有影响，过去反对过我们的人士。特别突出的是从1959年起日本执政党自由民主党要员多次来访。1959年自民党顾问元老松村谦三来访。1960年10月高崎达之助访华（他后来为建立备忘录贸易作出贡献）。1962年9月松村谦三再次来访。在继续坚持和日本人民友好的同时，加强对日本政界上层的工作是很有意义的。通过中方耐心细致，以诚相待，摆事实讲道理，争取朋友的成绩很明显。如岸信介内阁的通产相高崎达之助、外相藤山爱一郎后来都成为促进中日邦交的友好人士，反对日本支持美国不承认中国的政策，并为中日邦交的实现贡献了力量。
周总理提出的中日贸易三原则是充分考虑了当时冷战形势下中日关系的现状，即坚持中国外交的原则立场，又为打开双边关系采取了灵活、合情合理和照顾日本人民的政策。所以，中日贸易三原则在日本得到了日本经济界的欢迎，日本政府也表示支持。中日贸易之门重新开启，势头很好。针对这种情况，中国决定采取两条腿走路方针，一方面继续同日本各友好公司打交道，以支持中小企业和进步友好人士；另一方面也同日本的大企业做生意，购买中国经济建设所需要的设备。
具体做法是：由日本企业向日中贸易促进会、日本国际贸易促进会、日中友好协会提出申请，经上述三团体向中国国际贸易促进委员会推荐，再由中国国际贸易促进委员会承认日本这些企业为“友好企业”，然后由这些“友好企业”直接同中国各贸易公司联系，进行洽谈，签订民间贸易合同，这一方法行之有效。到1961年底，日本就有包括大银行、大公司在内的181家企业与中国签订贸易合同。民间贸易日渐发展。
随着贸易的扩大，双方都产生了进一步强化渠道的愿望。1962年12月27日，达成了《中国国际贸易促进委员会和日中贸易促进会、日本国际贸易促进协会、日本国际贸易促进协会关西本部议定书》及附属备忘录。双方就进一步推动中日两国人民间的友好贸易问题取得完全一致的意见。在当天的签字仪式上，周恩来、陈毅、廖承志等中国领导人出席，该议定书确认中日关系政治三原则、贸易三原则、政治经济不可分原则精神，指出：今后两国贸易仍以民间贸易为主，在民间贸易基础上，两国有着广阔光明的前途。具体规定了两国贸易促进会团体的会务关系，包括代表团交流、技术交流、银行联系、互办展览会等诸多方面以及举办展览会的具体事项等。这些都为中日贸易进一步发展打下基础。
五、中日备忘录贸易的达成
1962年9月，松村谦三带着池田首相重托应邀来华访问。在中日贸易不断扩大的形势下，日本方面也希望寻求一个进一步稳定日中贸易的方法。日本方面设想了几个方案。如日本空运株式会社社长冈崎嘉平太为发展中日贸易，制定了一个“冈崎试行方案”，主张主要抓两件事：（1）要有长期计划；（2）向中国出口成套设备，日本技术人员到中国安装机器，同中国人一起工作可以改善中国的对日感情。这个方案被池田首相、黑金泰美内阁官房长官、佐藤荣作通产大臣接受，日方还设想如果找到“第三国担保”，可以使用延期付款方式。但找“第三国担保”难以办到，日方又设想由中日双方有名望的个人来担保，中国可请廖承志、松村谦三担保。日方的这些积极态度引起中国领导人重视，中方也希望扩大中日贸易。因此，邀请松村谦三访华，池田首相亲自出面请松村搭桥，并授以全权，还派日本长期信用银行专门董事田林政吉、国会议员小川平二随行，以示支持。
9月13日至24日，日本自民党顾问、众议院议员松村谦三访华。15日，周总理、陈毅副总理接见并宴请了他，并向他祝贺八十岁寿辰。16日、17日、19日连续三天，周恩来、陈毅同松村进行友好、坦率的长谈，双方认为中日关系不可能一日之内就实现正常化，但必须逐渐向前发展。松村提出了“积累方式”，从扩大贸易人手，逐步改善两国政治关系。中国表示赞同，周总理还补充说，中日两国的政治关系和经济关系既要能够结合起来发展，也要能够平行发展，双方既要用渐进的、积累的方式发展经济关系，又要用渐进的、积累的方式发展政治关系，并且应该使这两方面的关系互相影响，互相促进，而不是相反。这次会谈中，双方就如何扩大中日贸易问题，最后确定了四点内容：（1）采用以货易货的做法，以便使双方进出口基本平衡；（2）开列各自的出口主要商品，进行综合性的贸易；（3）双方贸易合同应是长期的，以5年为期；（4）日本采用延期付款方式向中国出口成套设备。由于松村是为打开中日扩大贸易渠道而来的，原则定下来，双方商定由前通产相高崎达之助另行访华，和廖承志商订一个具体方案予以落实。
由于松村谦三先生访华取得成功，并且就中日贸易的原则问题达成了一致。因此，日本政府认为签订新的贸易协定的时机已经成熟，决定立即派出以前通产相高崎达之助为团长的由42人组成的大型代表团访华，于10月26日到达北京。团里包括竹山佑太郎、野田武夫、松本俊一、冈岐嘉平太以及22家企业的负责人。29日，周恩来总理、陈毅副总理会见高崎达之助。11月2日，周总理会见高崎达之助时指出：“一切事物的发展大都是由小而大、由少而多逐渐地发展起来的。一件新的有发展前途的事情，在开始的时候，大多是简单的，而最后完成的时候却是巨大的。中日贸易的发展应该使用渐进的、积累的方式进行。毫无疑问，中日贸易发展的前途非常广阔，中日两国互通有无的需要是很多的。但是，在世界上、在日本，确实还有一部分人不愿意看到中日两国人民友好。因此，我们要对他们提高警惕。我们应该披荆斩棘，不把障碍看在眼里，为中日两国人民世世代代友好而努力前进。”
中共中央这时对国际国内形势作了认真的思考，在中国社会主义建设思想上有了一些新认识。在建设方针上仍然强调“自力更生、奋发图强”，但也认识到“关起门来搞建设不利”，要争取国外的先进技术。而当时可能争取的技术来源，美国坚决反华，对我国进行封锁。欧洲太远，没有联系途径，只有日本有可能。虽然日本跟着美国反华政策走，技术也是从美国引进的，但中日之间距离近，民间外交有基础，日本有对华出口的热情和需要（通过出口赢利）。所以，中央决策要争取使中日民间关系上一个台阶，为中国经济建设作些贡献。为达成新的贸易协议，中方在一些问题上比50年代签订第三、第四次中日贸易协议时作了灵活处理。这样，中日双方由于已就原则问题达成了一致，所以具体问题的会谈进行得十分顺利。11月9日，廖承志、高崎达之助分别在《中日长期综合贸易备忘录》上签字。这是一项具有长期的、综合的、易货的、采取延期付款方式特色的贸易文件，以民间贸易形式出现，但经过两国政府承认，已接近于一种政府贸易协定的性质，具有半官半民的性质。这是当时国际贸易中的一个创造。
中日备忘录贸易的成立使中日关系向前推进了一大步。1．这是由中日两国政府支持的贸易协定。形式上虽以有名望的个人担保，但廖、高都是政界大人物。还规定两国政府要对备忘录签订的有关协定给予保证，兼具政府协定的性质。2．使中日贸易纳入了长期、稳定的轨道。时间上以五年为一个贸易时期。从种类上，规定了综合的性质和品种，使双方贸易余地扩大，实质上突破了“巴统”的限制。3．从经济领域扩大，备忘录是在确认中方提出的政治三原则、贸易三原则，政经不可分原则基础上达成的。并为发展中日关系，最终实现中日邦交正常化找到了全面联系的渠道。4．开了引进西方先进技术的好头。日本当时的技术大多是从美国引进的先进技术。中国从日本进口成套设备、新技术对提高中国的技术水平有很大帮助。5．促进中日贸易发展。在以前双方民间贸易团体之间“友好贸易协定书”之外，又增加了半官方的备忘录，两者互相促进。6．设立了半官方的常设机构，廖、高办事处的相互设立其性质和职能都超出了经济领域。（首席代表1人，代表2人，随员2人）使双方在对方首都有了固定的联系机构，实质上起着不挂国旗的大使馆的作用。（但是其中规定，双方代表人员不享受外交特权，双方都不挂国旗，都不使用密码电报。）