又有徐树铮的问题使府、院双方的矛盾进一步激化。
徐树铮字又铮、幼铮，号铁珊，江苏萧县人。少有神童之誉，年廿二间关至山东投靠袁世凯，踵辕上书，值袁丧居，命道员朱钟琪代见，未得结果，住在济南的高升店，旅居无聊，在厅堂写楹联，时值严冬，徐仅着夹袍，可是并没有寒酸气。这天段祺瑞刚好到高升店访友，见徐气宇不凡，乃探问其姓名，徐告以投友不遇，盘缠用罄，正在等候家款。段问其愿就事否？徐答以：“值得就则可就”。段乃约徐长谈，聘徐担任文牍工作，从此毕生追随段祺瑞。袁世凯任北洋大臣，段督办陆军各学校，徐虽担任文员职务，但时与兵士习跑步，同操作，后赴日本入士官学校，回国后仍在段左右，领袖群僚，不仅是段的灵魂，简直是段的化身。段一生刚愎，有人说段是刚愎“他”用，这他，就是指徐树铮。
黎元洪就职总统后，任命段祺瑞为国务总理，这是段的第三次组阁。段组阁时有一个老问题，就是要任命徐树铮为国务院秘书长，黎也是坚决不同意的，段把这意思请张国淦向黎去讲，袁死前段亦是请张国淦向袁要求派徐为秘书长而被拒。张知道黎也不会同意，可是又不能不讲，才向黎一提，黎就沉下脸来说：“请你告诉总理，一万件事我都依从他，就这一件我办不到。”张不好把这话对段讲，就去请教徐世昌，徐怕黎、段两人因此闹僵，乃亲自去见黎说：“我以为你一万件事都可以不依从他，这一件非依从他不可，不要怕又铮跋扈，芝泉已经够跋扈的了，多一个跋扈也差不了多少。”徐世昌的话一点也没有错，在当时的情势，段有没有徐树铮都是一样，他的眼中根本就没有黎元洪。
当黎同意徐树铮为国务院秘书长时，有一个保留条件，就是规定国务院秘书长来见总统陈事时，须先知会总统府秘书长一同入见。这个规定也是令人不解的，原来黎做总统后，段从不以总理身份去见总统，而是由国务院秘书长前往。徐树铮见黎时也并不尊敬，黎有时问起某一件公务时，他总是这么说：“现在是责任内阁制，有总理负责，总统不必多问。”
小徐有才气但任性，段能倚信小徐，实在很难得，可是小徐的缺点是跋扈，很难与人共事，像张国淦这样能够忍让的人，亦无法和小徐相处，竟于8月1日辞职，由丁世峄继任。丁鉴于张的失败，所以采取不让步态度对小徐，并提出府院办事手续草案，建议：“大总统得出席阁议发表意见，但不得参加表决；大总统对国务自由行使其职权。如用人不同意，得拒绝盖印。阁员应随时向总统面商要政，国务会议前须将议事日程陈报，会议后须将议事纪录呈阅。”
黎自丁世峄入幕后，声势一振，其左右如哈汉章、金永炎、黎澍、蒋作宾等，亦附和丁的建议。段一怒而请假不视事，赖徐世昌等调和，段才稍稍让步，于八月廿六日手谕徐树铮：“本院呈请大总统核阅文件，应责成该秘书长躬自递呈，用印后赍回，无论风雨黑夜，不得假手他人，以昭慎重而免差异。”又呈报黎：“逐日文件，均由树铮躬递。该员伉直自爱，不屑妄语，其于面对时，凡有声明为祺瑞之言者，祺瑞概负全责。”对有关府院权限问题，亦议定折衷办法，即
（一）国务会议议事日程先期呈阅，事后送呈议事纪录；
（二）国务会议散会后，推国务员一人入府报告议决事项；
（三）每星期五，国务员齐集总统府会商政务。举行聚餐；
（四）总统对国务会议议决案如有认为不合者，得命总理及主管阁员说明其理由，如仍认为不合，得交复议一次；
（五）未经国务会议议决之命令，总统得拒绝盖印。府院职权因此明确划分。
徐树铮不只和总统府秘书长对立，在国务会议中也引起了极大的麻烦。在第一次阁议中，内务总长孙洪伊就和徐树铮吵了起来。照法理讲，国务院秘书长只能列席内阁会议，并无发言权，那次阁议中，讨论到广东李烈钧和龙济光的纠纷，徐主张电令闽、粤、湘、赣四省会剿李烈钧，孙主张去电和解，其他阁员皆赞成孙的主张，不过为了段的面子，没有制止小徐发言，小徐竟于阁议后，将会剿李烈钧的电报拍发，待四省复电国务院，阁员们才知其事，孙洪伊遂在阁议席上指责小徐，小徐也反唇相讥，两人几乎拍桌吵闹，而段却有左袒小徐的意思。
总统和国务院职权划分后，国务院大权几全集中于徐树铮之手，不止孙洪伊不满，其他阁员也不满意，不久发生了任命郭宗熙为吉林省长和查办福建省长胡瑞森案，遂使内阁的火药气氛接近爆炸。这两案都是徐树铮擅行决定，得段同意办理，既未经阁议审查，又没有主管内务总长副署，徐即以国务院名义径行咨复国会。孙洪伊认为小徐眼中完全没有内务总长，段也不尊重自己，乃当面质问段：凡与各省民政长及有关的问题，内务总长是否无权过问？院秘书长是否有权擅自处理？段无言回答，只说了一句：“又铮荒唐。”吩咐把胡瑞森一案的咨文追回，可是国会已经印发了出去，无法追回，孙乃于八月三十日愤而辞职。段一面派许世英致意慰留，一面调整内阁办事程序五点：
（一）凡答复议会之质问书，须由主管部起草；
（二）颁布命令须由国务员副署；
（三）院令须经国务会议通过；
（四）阁议通过者，秘书不得擅改；
（五）各项法令非经总理及主管部总长副署，不得发出。黎闻知此事，乃于十月一日召见孙，面予恳留。
不久，孙以裁汰内务部员司，为被汰人员祝书元等28人借口不合文官任免休职条件，控拆于平政院，平政院决定受理，限孙五日内提出答复。孙认为平政院是袁所设，其本身地位有问题，因而置之不理。10月7日平政院认为内务部非法，任免令一律取消，由院呈请大总统下令执行。孙则力斥平政院非法设立，不在民元《约法》内。双方争执甚为激烈，孙认为这是徐树铮幕后策划出来的。
孙和总统府秘书长丁世峄同为国会中的韬园系，这一系在国会中颇有力量，所以孙亦有恃无恐，与丁联合对抗小徐。丁对小徐处处防范抵制，不似张国淦那么随和，因此遂使当时政治空气紧张。
10月18日，徐树铮忽然手持“孙洪伊着即免职”的命令请黎盖印，黎为之骇然，坚决不肯盖印。此后，徐一连到公府催促四次，最后一次公然很不礼貌地说：“总统不盖印，就只能不准伯兰（孙）出席国务会议”！此时，黎一肚子的火大喝一声：“你说的是一句什么话”！徐冷冷地回答说：“这是总理说的”。
这次政潮的范围非常之广。国会议员王玉树等提出对政府的质问案，认为要罢免一个总长，应该由国会提出弹劾，而不能准许国务总理独断独行。孙洪伊本人则认为“国务员对总统应负联带责任，内阁可以总辞，不能单独免一个阁员的职。”
10月24日，很少到公府来的段忽然来到了公府，亲自请黎在免孙的命令上盖印。黎仍然拒绝。段乃气势汹汹地说：“总统不肯免孙伯兰的职，就请免我的职吧”！黎被他这一将军抵挡不住，便又无可奈何地说：“可以让伯兰自动辞职，免职令还是不下的好”。但是孙洪伊表示除非总统下令免职，自己决不自动辞职。
10月27日，黎请参谋总长王士珍与孙同到公府来商量这个问题。王士珍劝孙让步，以一个专使的名义出洋考察，不开去内务总长的职，由次长代理部务，以便和缓政潮。孙表示不愿出洋。
国会中韬园派议员吕复、褚辅成等提出了弹劾院秘书长徐树铮案，并且还拟进一步弹劾国务总理段祺瑞。徐看见问题闹大了，不免情虚胆怯，便表示“只要伯兰辞去内务总长，维持总理的威信，可以调任为全国水利总裁，或者外放省长”。孙表示：“什么官我都不要，只要维持我的人格”。段听了孙不辞职，不出洋，不外调的话，不禁怒冲冲地说：“好，我们大家都辞职，让孙洪伊一个人去干”！
一方面表示决不辞职，一方面表示不把他逐出内阁就不能维持总理的威信，可是如果维持了总理的威信，势必又会影响到总统的威信，这个问题纠缠不清，始终找不出一个适当的解决办法来。于是黎的策士主张电召“隐居”卫辉的徐世昌到北京组织内阁以代段。他们认为，段的政治资本是北洋派，而徐世昌在北洋派中的资望远在段之上，并且张勋对徐抱有特殊好感，因此以徐代段不会引起严重后果。黎也觉得傀儡总统和盖印机器做得太苦了，不如痛痛快快地干一下，就采纳了策士们的建议，派王士珍到卫辉迎接徐世昌来。
从10月下旬到11月，徐世昌突然变成“解决时局的中心人物”。北京传出来的消息异常混乱，一会儿说徐即将来京，一会儿又说他不肯来。最后，他提出了“拥护元首”、“维持合肥”、“不入政界三个条件，要黎答应后才肯动身。
徐世昌于11月16日到北京，当天并不到公府谒见黎。17日，黎亲自到五条胡同拜访他，希望从他取得一些安慰，但是他只向黎说了一些海阔天空漫无边际的话，黎十分扫兴地回到公府来。府秘书长丁世峄劝黎不要因此灰心，他认为：“半推半就是人之常情，徐世昌不会爽爽快快地表示自己愿意做总理。段是个心地狭小的人，先发表命令，必然会负气出走，徐就可以从容上台了”。黎不以这个意见为然。另外有人建议电召冯国璋、陆荣廷晋京，然后下令免段的职，黎也不以为然。那些策士不满于这种畏首畏尾的态度，因此，他们没有取得黎的同意，就打电报给冯国璋，假造“菊老已允出山”的消息，请冯发电为之捧场。可是冯的消息很灵通，早已知道徐世昌不敢取段而代，同时冯自己正因为当选副总统，地位在段之上而感到局促不安，想找一个机会应酬段一下，因此回电说，内阁仍以维持原状为宜。这样，就使黎的逐段计划多了一层阻力。徐世昌上台多了一层顾虑。
17日，徐世昌到府提出府院威信双方兼顾的办法，就是孙洪伊、徐树铮两人同时免职，并且推荐张国淦继任院秘书长。他认为张国淦以前做过府秘书长，又做过段内阁的阁员，这样一个与双方都有良好关系的人继任秘书长，一定能够融洽府院感情。此时黎既没有勇气拒绝徐世昌的意见，而舍此之外又无更妥善的办法，就于20日下令罢免了孙洪伊的内务总长。
22日，徐树铮拿了免他自己的职的一道命令入府盖印。黎一面盖了印，一面又觉得忐忑不宁，要聘徐做公府军事顾问，还说了一些安慰他的好话。
24日，段向公府提出三点质问：一、现在府方一切措施，是否与责任内阁制的精神完全相符？二、府方经常延搁国务院的呈阅公文，倘有贻误，其责任应当谁属？三、经国务会议通过应当发布的命令，府方经常拒绝盖印，能否说明其理由？
孙洪伊仍然退回到国会，仍然不断利用国会党团的力量打击段。6年1月14日，步军统领江朝宗忽然派兵到羊肉胡同孙宅进行搜查，据说孙宅藏有“危险分子”八人，孙洪伊有“阴蓄死士进行暗杀”的嫌疑。这样，孙便只得逃往南京托庇冯国璋。
一般人都以为府院政潮已因黎之软化而告解决，但是段的看法不一样，他认为孙洪伊免职仅仅是内阁内部的问题，不能视为府方的让步，院秘书长徐树铮既然去职，府秘书长丁世峄也该去职。黎本想拒绝段的这个无理要求，可是忽然张勋来一个痛斥丁世峄的电报，因此黎只好同意段的要求，2月25日派夏寿康继任府秘书长。
参战问题的争执，最终导致府、院彻底决裂。
第一次世界大战中，德国潜艇无限制进攻引起了美国的极大反感，乃于民国6年2月3日正式宣布对德绝交。中国驻美公使顾维钧把美国总统威尔逊的决定电告北京，这时北京的各国驻华使节都积极活动争取中国，在此以前中国是坚持中立的。2月4日，美国照会中立各国政府，欢迎各中立国和美国采取一致的行动。美国驻华公使芮恩施竭力劝告中国政府响应美国的号召，以加强中美合作关系。外交总长伍廷芳主张走美国路线，以争取美国在经济上和政治上援助中国，抵制日本侵略，并在战后国际和平会议上有发言权。这些利害关系很能打动黎元洪。可是段祺瑞一向是亲德的，他平素吃西药，非德国药不吃，同时深信德国陆军无敌于天下，最后胜利必属于德国。不过段这时正和日本亲近，日本已和德国宣战，因此段很想听听日本方面的意向。2月7日段以国务院名义电令驻日公使章宗祥就近探询。章回答说：日本外相本野表示不反对中国对德绝交。日本这个态度和过去大相径庭，袁在世时，英、法、俄三国曾劝诱中国参战，被日本所反对，日本认为中国既已宣布中立，就无须对德国宣战。那时日本反对中国对德绝交是怕中国加入协约国后，就使日本无法“乘火打劫”侵略中国，何况当时袁世凯是拉着英国对付日本的。现在段内阁正和日本亲近，中国参加协约国，对日本也是有利的。国会方面议员们大多数同情协约国，抨击德国的黩武政策。
中国人最坏的一种观念，常把对外问题牵连到对内恩怨上。段听说黎和国会也主张对德绝交，他便力争先发，不愿在黎之后，而黎听说段主张对德绝交，乃反过来变成反对对德绝交。这时黎恨段达于极点，段的政策在黎看来，无一是处，段东黎则西，段是黎则非。老好先生的黎有时弄僵了也不好惹的。
3月1日，段祺瑞率领全体阁员到总统府举行最高国务会议，讨论对德绝交问题。黎表示这个问题应该先交国会讨论。这当然是很中肯的意见，就黎来说也是避免和段闹僵的一个回旋。
3月2日，段以国务总理身份邀请参众两院议长和国会中各政党领袖举行座谈，说明对德绝交的必要，列席者都没有表示不同的意见。这一天协约国的七公使公推法国公使康悌向北京政府陈述他们敦促中国加入协约国的意见。3月3日国务会议通过对德绝交案，并草拟一个致日本政府的节略，交由驻日公使章宗祥向日本政府提出，请日本政府切实赞助中国政府所希望的，在对德参战后取得的四项权利。（即一、逐步提高关税，中国方面改订货价表后，关税由原有的值百抽五增为值百抽7。5，裁撤厘金后，再增为值百抽12。5；二、缓付庚子赔款，除德国赔款永远撤销外，协约国赔款缓付十年，在此时间内不加利息；三、废止《辛丑条约》关于军事的部分，即废止天津周围20里内不得驻扎中国军队，中国不得在大沽口修建炮台，各国得在使馆区域及京奉路马家堡至山海关之段驻兵等条款；四、中国不派兵到欧洲，而只担任以原料及劳工供给协约国。）节略末段说：“深信日本政府对中国之诚意。”这个电稿送到总统府后，黎元洪把它搁了下来。
3月4日段又偕同全体阁员到总统府，请黎在政府向国会提出对德绝交案的咨文上盖印，同时请黎把留中的给驻日公使电报发出去。黎却很认真地说：“这是一个有关国家命运的重大问题，我们不可草率将事，因此要多加考虑。”接着黎并强调：“各省军人都反对对德宣战，对德绝交就是宣战的先声，应当先统一全国军人的意见，然后才能决定。”
段气得脸都变了色，他只说了这么一句：“协约国方面不止一次地催促我们对德绝交。”
黎也激动地说：“如果我们听从协约国的命令，我们就不是一个有自主权的独立国了。根据《约法》，大总统有宣战媾和的特权，我今天既然是总统，就该对一切负责任。”
教育总长范源濂是支持段的，他抢着发言，言词非常激烈，他说：“总统虽有特权，责任则在内阁。总统既不对国会负责，又可推翻内阁的决议案，这样的总统，简直像专制皇帝一样了。”范说到此，竟不顾体制，情不自禁地把手在台子上重重一拍，并且说：“总统简直优柔误国！”这话一出顿时使空气非常紧张，黎也不知该如何是好。幸而张国淦赶快缓和局势，他劝范对总统不可失去礼貌，更不可感情用事，应当心平气和地讨论国是。
那一边段也按捺不住，他盛气凌人地说：“总统既然不信任我，事事和我作梗，国会又处处找我麻烦，和我背道而驰，这样的国务总理我是没法干下去了。”于是段站了起来，一声不响，向黎半鞠躬，然后退出，全体阁员自然也跟着总理一块退了出来。黎则像一个木头人，既不开口，且一动也不动地僵坐在总统位上，眼望着段和全体阁员退席。
这天（3月4日）的晚上，段没有通知任何人，即挂专车由京赴津，恰好刚刚进京的冯国璋正在出席陆军军官的欢迎会，得知这个消息，便匆忙地赶到东车站来劝段，请他以大局为重，不要负气出走。段说：“这个人（指黎）太不好共事了，他口口声声说宣战和媾和是大总统的特权，殊不知今天是责任内阁制，总统既然有特权，内阁还有什么事情可做，我何必还要尸位素餐呢？”他不顾冯的劝告，悻悻然跨上了火车前往天津，抵天津后下榻意租界段芝贵私邸。这是民国成立以来，国务总理因和总统政见不和拂袖出京的第二个，在段以前，则是唐绍仪在民国元年因不满袁的独断独行而赴天津。
总统府方面听说段祺瑞负气出走，却是正中下怀，当时总统府秘书长已换了夏寿康，此人很会做官，从不多问一事，府内要务多由黎元洪身边的军事幕僚哈汉章、金永炎、蒋作宾、黎澍等作主，哈等想借外交问题推翻段，因此在此对德绝交和宣战问题上就专和段过不去，黎本人当然也希望换一个比较能合作的总理，不过他怕撤换段以后，会引起北洋军系的反感，因此他便促请徐世昌或王士珍来继任内阁总理。
黎和他的左右都知道，徐如果出山，张勋等督军团实力派是会支持徐的。可是徐是个老狐狸，在这时他怎会接受黎的邀请而得罪段，他当然敬谢不敏。黎转过头来找王士珍，王士珍也不肯跳火坑。但是黎完全不想请段回任，希望借段负气出走而将错就错，不让段回京。冯国璋则劝黎对这个问题要多加考虑，不可走极端，同时自告奋勇愿到天津去劝段回京，黎不好拒绝冯的劝告，但不赞成由冯出马，认为这样一来，段便占了上风，所以黎只同意派众议院议长汤化龙赴天津劝段回京。
这一天，在天津的直隶省长朱家宝向冯国璋告密，说段已拟就了辞职出京的通电，请各省军民长官一评曲直。这是把总统和总理的政争摊开来给北洋军人评是非，也是向黎威胁的一种手段。可是，段的电报还未发出，各省军阀已有通电到北京，要求挽留段。
5日晚间黎再度邀冯国璋、徐世昌、王士珍入府讨论政局。冯国璋把朱家宝的告密电闪烁其辞地讲了出来。这一来，黎的勇气就顿时消失了，他转而请冯亲自到天津先劝段返京。他无可奈何地说：“好吧！外交问题就让芝泉（段的号）主持，我完全没有意见，不过总以服从多数为宜。”
冯国璋到天津找到了段，向段说：“只要国会能通过对德绝交案，总统当会依法执行，决不会加以干涉。”
6日，冯偕段一同回到北京，冯到总统府向黎报告任务达成，段则回府学胡同私邸。
7日段到国务院办公，第一件公事就是把致章宗祥的电报发出。下午冯陪同段到总统府谒黎，段向黎一鞠躬，坐下来严肃地谈了一套对德绝交有利于中国的理由，如对德绝交后协约国方面承认缓付庚子赔款，修正《辛丑条约》及提高关税等。黎也严肃地听着，但没有开口谈话。
8日，驻日公使章宗祥复电报告和日本政府接触的经过，日本政府催促中国政府应先行对德绝交，关于绝交后的权利、义务问题，协约国自可协商解决，中国不必事先提出条件。
9日段在迎宾馆招待国会议员，把政府的外交政策作了一个说明。
10日段出席众议院，提出对政府外交政策的信任案，众议员以331票对87票表决通过。11日参议院议员以158票对35票表决通过。
3月14日正式公告和德国断绝外交关系。
中国政府宣布与德国断绝国交同时，宣布收回天津和汉口的德国租界，解除中国境内的德军武装，停付德国赔款和欠款。对德国侨民则仍表示友好，在中国各部门服务的德国人一体留用，各地德国商人照常营业，传教士照常进行宗教活动。德国公使辛慈下旗归国时，黎元洪还赠给他许多珍贵的礼物。辛慈于3月27日过上海返国时，上海官方还派人到车站迎送，兵士举枪致敬，军队奏国乐如仪，一切礼节就和未绝交以前一样，正应了中国一句传统的俗语：“君子绝交不出恶声”。
对德绝交令下后，黎元洪松了一口气，他认为对德的一篇文章已经做完了，可是在段祺瑞而言却认为这个问题只走一半的路，还有另一半宣战问题没有做。所以黎、段两人的恶化关系，并未因对德绝交而缓和，反而因此更为恶化。因为段认为对德绝交案是第一步，第二步是对德宣战案。
那时候的军阀对于国际事务非常无知，有时甚至让人啼笑皆非。他们认为宣战就是要派兵赴欧洲同德国开打，生怕这事派到自己头上，失去地盘，于是大多数人坚决反对对的宣战。段早已决心对德宣战，所顾虑的只是北洋军和北洋附属军将领的反对，如果不把他们的态度改变过来，就引起北洋派的分裂和全国的混乱，从而动摇他的政权。因此，4月中旬他用急电召集各省督军进京讨论外交问题，并且说如果不能亲身来京，请派全权代表参加会议。
首先应召到北京的是北洋派急先锋倪嗣冲，他在蚌埠动身时还发表了对德宣战一定会引起亡国之后果的反战论调。到天津时公开地骂主张对德宣战的梁启超是“亡国文妖”；他还不懂得北京政府的行情，以为总统是一国的元首，地位在内阁总理之上，因此到北京时不先见总理而先见总统。他原来不是段的爪牙和北洋派的嫡派，而黎、段两人对他的印象都很恶劣。他见黎时态度非常恭顺，保举侄儿倪毓棻为陆军中将，保举儿子倪幼忱为陆军少将。过去他在权威赫赫的袁大总统的面前几乎是“有求必应”，因此满以为这位“宽厚慈祥”的总统不会拒绝他的要求。不料黎对段内阁召集军事会议这一举动本来很不痛快，对倪更存有厌恶之心，又想借一个军阀开刀以立威，因此沉下脸色来大声叱斥说：“怎么，你到北京来是为你的侄儿、儿子谋功名富贵的吗？他们配当中将、少将吗？”倪想不到碰了这么大的钉子，只得喏喏连声地退出来。
倪又跑去谒段。段虽然对他同样厌恶，却态度和蔼可亲地向他详细说明对德宣战并不需要出兵的内幕。于是，这个反对参战最力的地方军阀顿然变成了主张参战最力的健将，从参战足以召亡的论调转为参战始能图存的论调，并且大声疾呼地说：“应当无条件加入！加入愈快愈好！”
继倪嗣冲之后，先后应召到北京的有山西督军阎锡山、河南督军赵倜、山东督军张怀芝、江西督军李纯、湖北督军王占元、福建督军李厚基、吉林督军孟恩远、直隶督军曹锟、察哈尔都统田中玉、绥远都统蒋雁行等。其余北方和西南各省督军都派代表列席。4月25日，军事会议开幕，出席和列席的督军、督军代表20余人，海军总长程璧光和陆军训练总监张绍曾也都被邀参加。段亲自主席，说明召集这次会议是为了讨论军制和外交问题。督军公推李纯代表发言，关于外交问题，会议前已经接洽好，大家都不反对对德宣战，各督军并拟一同到协约国各公使馆联络感情。段早已准备好一张签名单，上面写着“赞成总理外交政策”八个字，请各省督军和代表亲笔签名。以一个省区或一个军区（包括护军使）为一权，共计25权，全场一致签名。
督军们联袂拜会协约国各公使，各公使也居然设宴招待他们。
5月1日，国务会议正在举行，忽然闯进来二十几个督军和督军代表要求参加会议，这又是在国内政治上从来未有的事情。各督军公然在会议上纷纷发言，首先是倪嗣冲主张无条件加入协约国，快快加入。张怀芝接着说：“地方上老百姓都是要打德国的，如果不尊重民意，就会闹出风潮来，咱们地方官负不起这个责任。”孟恩远、李厚基也都随声附和。这时外交总长伍廷芳已提出辞职、教育总长范源濂正在请假中，都未出席阁议，财政总长李经羲未就职，内务总长未补人，交通总长许世英因贿案被免职逮捕，因此参加阁议的只有海军总长程璧光、农商总长谷钟秀、司法总长张耀曾三个人。这三个阁员都没有提出不同的意见，对德宣战问题就是这样算在国务会议上通过了。
5月3日，各督军到公府见黎，想利用督军团的联合声势威胁黎，嗣后不得再阻挠内阁关于外交问题的决定。这次又是倪嗣冲首先开口，重复着他逢人便说的“只有对德宣战中国才能立足于国际舞台”的老调。黎知道他们是受了段的指使，在威胁国会之后进一步地跑来威胁他，因此他的满腔怒火实在没有方法按捺下来，当面痛斥各督军不应擅离职守跑到北京来开会，不应以军人的身份闯入国务会议场所干预国政，不应擅自成群结队与外交团直接周旋。他气忿忿地说：“宣战媾和是本大总统的特权，不许你们侵犯，你们责在守土。”
当倪嗣冲提到“各国公使都希望我们参战”的时候，黎的气就更大了，他大声地怒吼：“你是省长，凭什么资格和外交团说话？”倪又强辩他这次到北京来是奉召参加军事会议的，不能算是擅离职守。黎怒斥说：“你是省长，凭什么资格参加军事会议？”
这是北洋军人首次受到的厉声呵斥。当袁世凯权威极盛的时期，总是惯于用好言好语和高官厚爵羁縻他们，他们做梦也想不到素称宽厚慈祥的黎会给他们这样大的钉子碰。究竟总统是一国的元首，他们受了气也还不敢当面挺撞，只得诺诺连声地退出来。
同一天晚上，另外一个小圈子的秘密会议在府学胡同段寓举行。段也觉得局势很严重，总统和国会两关都不容易打通。他认为黎予督军团以难堪，言下不胜愤慨。此时傅良佐站了起来，大声地说：“没有大不了的事，总统不盖印，就驱逐总统！”国会不通过，就解散国会！张国淦认为这不是办法，一切问题应当在轨道上进行。段考虑了一下，也就接口说：“对，我们应当按轨道办事！”
5月6日，段偕同各阁员到公府，请黎在拟就了的关于对德宣战案的咨交国会文上盖印。黎说：“这个问题关系不小，我们应当多加考虑。”范源濂又首先站起来当面指斥黎“优柔误国”。他抑制不住十分激动的情绪，在说完了这段话之后，竟然暴跳如雷地冲出去，因为用力太猛，关门时竟把门上的玻璃震碎了。接着，段默不发言，悻悻地不告而去。黎也不说一句话，示意把印盖好，将原件交与张国淦带回国务院。
5月7日，对德宣战案提交到国会表决。
5月8日，段在国务院邀请国会各党派主要人员108人举行谈话会，解释对德问题的四个疑点：第一，说明俄国发生革命，俄、德单独媾和的谣言没有根据；第二，保证参战后对日本没有秘密外交，中国政府并不偏重一国；第三，对德宣战后中国没有实际战争，全国无施行军法的必要；第四；德国现已转攻为守，没有取得最后胜利的可能。
当天晚上，国会中各党派纷纷开会讨论对外交问题所应采取的态度。宪法研究会（研究系）决定同意政府对德宣战的政策，益友社反对无条件地对德宣战，政学系反对和赞成的两派旗鼓相当，表决时反对派仅多获数票勉强超过半数。事实上国会对参战问题意见非常混乱，除研究系旗帜鲜明外，没有一个党派能够有坚定不移的主张，也没有一个党派能够有全体一致的主张。
正在这时，张勋忽然来电说，内阁及军事会议所决定的外交方针不能变更，如果国会反对，就要采取最激烈的方法对付国会。
10日下午，众议院举行全院委员会审查对德宣战案时，北京城忽然出现了“五族公民”、“陆海军人代表”这些光怪陆离的队伍。这些“公民团”从四面八方聚集有2000余人，看见议员走过，就投以各种各色的“请愿书”和“警告”传单，议员如果拒不接受，就被他们拉下车来施以殴打，当场受到殴打的有邹鲁、吕复、田桐、陈策、吴宗慈、郭同等10余人，田桐受伤最重。“公民团”推举代表张尧卿等到众议院楼上议长室会见了议长汤化龙，要求在秘密会议上允许他们列席旁听，汤以不合议场规则加以拒绝。他们公然威胁国会必须当天通过政府提交的对德宣战案，否则“公民团”对国会和议员将采取激烈手段，请大家慎重考虑。众议院门外布满了武装警察，议场的四面便门都有佩带手枪的警官把门警戒，对议员们加以“保护”。被保护的议员都被禁止出外，而“公民”代表们却可以出入自由。
“公民”包围国会的问题一直僵持到晚间9时，终于没有得到解决。竟有一些公民向议院内投掷砖瓦，意在恫吓议员接受他们当晚通过对德宣战案的要求，不料一块飞石击中了跑到国会来采访新闻的日本联合通讯社记者中野，段恐因此引起外交事件，才命令吴炳湘从电话中招来一队骑兵把“公民团”驱散。
这时已是晚10时半，议员们再也没有心情继续讨论，当天的会议就此结束。
“公民团”事件发生后，全国舆论大哗。国民党系阁员伍廷芳、程璧光、张耀曾、谷钟秀建议内阁总辞职以明责任，段不肯接受，于是这四个人都单独提出辞呈。因此，5月12日国务会议举行例会时，只剩下段一个人出席，院秘书长张国淦劝段暂时引退。段还以为我不自动辞职，总统其奈我何？根据段的见解，如果总统下令免他的职，他本人拒绝副署，这道命令就不能发生效力。
段每天照常到院办公，他还打算俟参战案在国会通过后，即着手组织国防内阁，增设不管部阁员数人。他似乎满有把握地认为国会一定会通过参战案，而内阁也不会有严重危机，他一连用三道咨文催促众议院从速通过对德宣战案。
黎对段照常到院办公感到惊奇。他向幕僚们得意地说：“且看他的独脚戏唱到几时？”他对各阁员的辞呈都批了“交院”两个字，只是对伍廷芳的辞呈留中不发。有人问他，为什么伍总长的辞呈不交院并案办理。他闪烁其词地说：“为了外交的关系。”这是骗人的，事实上他是决心留伍继续任职，以便于适当时期派他代理内阁总理。
19日众议院开会时，议员褚辅成动议：“对德宣战一案原是以总统的名义咨交国会的，何以三次催请表决的咨文都用国务院的名义？国务院发出公文，应由国务会议决定，但是现在仅有总理一人而并未举行国务会议，因此本席认为此项来文不合手续。在内阁未改组前，本案应不予讨论。”这个动议以多数人的同意获得通过。从此国会与段也进入到短兵相接和势不两立的新阶段了。
同一日，督军团倪嗣冲宅又举行紧急会议，决定采取最后一个步骤，对国会再施以压力迫使通过对德宣战案，否则便以国会宪法二读会中所通过的宪法草案条文，严重地违反宪政精神为借口，呈请总统解散国会。当天督军团用开快车的方法，呈请黎咨交国会改正宪法草案，全文如下：
“窃维国家赖法律以生存，法律以宪法为根本，故宪法良否，实即国家存亡之枢。恩远等到京以来，转瞬月余，目睹政象之危，匪言可喻，然犹不难变计图善，惟日前宪法会议二读会通过之宪法数条内，有众议院有不信任国务员之决议时，大总统可免国务员之职或解散众议院，惟解散时须得参议院之同意。又大总统任免国务总理，不必经国务员之副署。又两院议决案与法律有同等效力等语，实属震悚异常。查责任内阁制，内阁对国会负责，若政策不得国会同意，或国会提案弹劾，则或令内阁去职，或解散国会，诉之国民，本为相对之权责，乃得持平之维系。今竟限于有不信任之决议时，始可解散。夫政策不同意，尚有政策可凭，是案弹劾，尚须罪状可指，所谓不信任云者，本属空渺无当，在宪政各国，难有其例，究无明文。内阁相对之权，应为无限制之解散，今更限以参议院之同意。我国参、众两院，性质本无区别，回护自在意中，欲以参议院之同意，解散众议院，宁有能行之一日？是既陷内阁于时时颠危之地，更侵国民裁制之权，宪政精神，澌灭已尽。且内阁对于国会负责，故所有国家法令，难以大总统名义颁行，而无一不由阁员副署，所以举责任之实际者在此，所以坚阁员之保障者亦在此。任免总理，为国家何等大政，乃云不必经国务员副署，是任命总理，虽先有两院之同意为限制，而罢免时则毫无牵碍，一惟大总统个人之意旨，便可去总理如逐厮役。试问为总理者，何以尽其忠国之谋？为民宣力乎，且以两院郑重之同意，不惜牺牲于命令之下，将处法律于何等乎？至议决案与法律有同等效力一层，议会专制口吻，尤属彰彰悖逆，肆无忌惮。夫议事之权，本法律所赋予，果令议决之案与法律有同等效力，则议员之法律，无不可起灭自由，与朕开口即为法律之口吻更何以异。国家所有行政司法之权，将同归消灭，而一切官吏之去留，又不容不仰议员之鼻息，如此而欲求国家治理，能乎不能？况宪法会议近日开会情形，尤属鬼蜮，每一条文出，既恒阻止讨论，群以即付表决相哗请，又每不循四分之三表决定例，而辄以反证表决为能事。以神圣之会议，与儿戏相终结，将来宣布后谓能有效，直欺天耳。此等宪法，破坏责任内阁精神，扫地无余，势非举内外行政各官吏，尽数变为议员仆隶，事事听彼操纵，以畅遂其暴民专制之私欲不止。我国本以专制弊政。秕害百端，故人民将士，不惜掷头颅，捐血肉，惨淡经营，以构成此共和局面，而彼等乃舞文弄墨，显攫专制之权，归其掌握，更复成何国家？以上所举，犹不过其荦荦大者。其他钳束行政，播弄私权，纰缪尚多，不胜枚举。如认此宪法为有效，则国家直已沦胥于少数暴民之手。如宪法布而群不认为有效，则祸变相寻，何堪逆计。恩远等触目惊心，实不忍坐视艰辛缔造之局，任令少数之人，倚法为奸，重召钜祸，欲作未雨之绸缪，应权利害之轻重，以常事与国会较，固国会重，以国会与国家较，则国家重。今日之国会，既不为国家计，是已自绝于人民，代表资格，当然不能存在。犹忆天坛草案初成，举国惶骇时，我大总统在鄂都任内，挈衔通电，力辟其非，至理名言，今犹颂声盈耳。议宪各员，具有天良，当能记忆，何竟变本加利，一至于此。惟有仰恳大总统权宜轻重，毅然独断，如其不能改正，即将参、众两院，即日解散，另行组织。俾议宪之局，得以早日改图，庶几共和政体，永得保障，奕世人民，重拜厚赐。恩远等忝膺疆寄，与国家休戚相关。兴亡之责，宁忍自后于匹夫？垂涕之言，伏祈鉴察！无任激切屏营之至！”
倪嗣冲将此项呈文送到国务院，请其转呈总统，徐树铮就在呈文上盖了将军府的一颗大印，另外拟就了解散国会的一道命令，一并送往公府。
20日，黎邀请国会中各政团领袖——政学会领袖谷钟秀、研究会领袖汤化龙、益友社领袖吴景濂、政余俱乐部领袖王正廷等到公府举行谈话会。黎提出各督军所指责的关于宪法草案的三个“缺点”，希望国会自动地加以改正。各政团领袖回答说，他们对此并无成见，可以转答本团体的议员重加考虑。
当谈话会结束的时候，有人问黎，如果督军团一定要解散国会，总统用什么方法对付他们？黎说：“我抱定了九个字的主意：不违法，不盖印，不怕死！”
21日，黎召唤在督军团呈文上为首签名的孟恩远入府谈话。黎剀切地说明，解散国会在《约法》上是没有根据的，当前的问题在内阁而不在国会。芝泉（段）已经无法单独干下去，因此，解决时局的枢纽，惟有总理辞职，另外组织一个健全的内阁。但孟表示督军团是支持段内阁的，结果不欢而散。第二天，各督军纷纷出京，齐聚徐州，继续商讨对策。
23日黎元洪鼓足勇气，一连下了三道命令：第一道命令是免去国务总理段祺瑞的职，特派外交总长伍廷芳暂代国务总理；第二道命令是派陆军部次长张士钰暂代陆军总长；第三道命令是派王士珍为京津一带警备总司令，并派江朝宗、陈光远为副司令。
同一天，段乘车往天津，黎派公府顾问丁槐赠以程仪1万元，并派侍从武官长荫昌代表送行。段临行前发表漾电说：“……查共和各国内阁制，非经在任内阁总理副署，不能发生命令效力。以上各件（指以上三令），未经祺瑞副署，将来地方及国家因此生何影响，祺瑞一概不能负责。”这个电报显然是控诉总统以非法手段免去他的国务总理，不承认这个命令有效；电报末尾署名为“国务总理段祺瑞”，显然仍以在职的国务总理自居。
此命令一下，首先徐州的督军团大哗，致电大总统：“各省督军及各省代表二十余人昨晚偕同到徐，以宪法问题就商。旋奉公府秘书厅漾电开……等因。咸以民国适用责任内阁制，凡任免官吏，向由国务院发出，非由国务总理副署，不能发生效力。秘书厅职司机要，对于此事，本无责任可言，今忽逾越职权，擅发通电，宣布命令，殊属创举，当然不能认为有效。共和国家首重法治，如果任意出入，人民将何适从？中央现既首先破坏法律，则各省惟有自由行动等语。事关法律问题，理由极为充分，如无持平办法，必将激生他变。谨飞电直陈，敬候钧裁。”
黎从来没有想到要与北洋派为敌，他的目的仅仅在于排去一个目无总统的段。为了避免北洋派因免段而可能引起误解，所以不止一次地请北洋派元老徐世昌继段之后组织内阁，信使不绝于途，但是在天津的徐则坚决不肯应命。黎又请北洋派的另外一块金字招牌王士珍组阁，5月25日曾到王宅苦口劝驾，王也不肯“卖友（段）求荣”，说来说去，最后承认在新内阁中担任陆军总长，以便随时为总统帮忙。当天，黎向国会提出了以李经羲为国务总理的同意案。27日为星期日，众议院破例开会，在483票中以338票通过李经羲为国务总理的同意案。28日，参议院又以166票对26票获得通过。
但是督军团并不买账，而且反应更加激烈。29日，蚌埠方面倪嗣冲首先宣布独立。随后河南、浙江、山东、山西、福建、陕西、奉天等省纷纷响应宣布独立。各督军还纷纷部署军队，耀武扬威。督军团宣称独立是“兵谏”，如果黎肯接受他们所提的解散国会、改正宪法、组织健全内阁、摒斥“公府佥壬”四个条件，就可以取消独立，向黎俯首认罪。
在此时期，西南六省纷纷通电反对军人干政，反对解散国会。5月30日，湖南督军谭延闿通电主张调停，淮军老将姜桂题表示附和，并建议邀请冯国璋、张勋、谭延闿等到北京，与王士珍共同组织“调人会议”。孙中山则反对调停，电促西南六省兴师讨逆。国民党系的海军总长程璧光电劝独立各省取消独立，并表明海军始终保障共和的态度。李烈钧由上海到广州，拟率领在粤滇军张开儒、方声涛两师北伐。广东督军陈炳焜、广西督军谭浩明与李烈钧联名发出通电，发起滇、黔、川、湘、粤、桂六省联盟，并建议公推陆荣廷为盟主，请陆到广东“主持至计”、“遵守《约法》、拥护共和为始终不渝之宗旨”，又请冯国璋“坚持护法之心”。唐继尧通电西南各省，建议在广州组织临时政府，遥戴黎为总统。
在此种情形之下，黎元洪只有更番不休地催促李经羲到北京组织内阁。李不敢就职，但却劝黎电召张勋晋京调停时局。李认为张勋是督军团的大盟主，其力足以控制督军团；加以张勋未向北京政府宣布独立，因此具有居间调停的良好条件；张勋和他的私人关系很密切，如肯晋京调停，就能够加强他的内阁地位，并支援总统，澄清时局，正在这个时候，张勋有回电表示拥护总统，担任调停，因此黎于6月1日除派专车到徐州迎接外，并以总统命令召唤张勋晋京调停时局。命令说：“安徽督军张勋来电沥陈时局，情词恳挚。本大总统德薄能鲜，诚信未孚，致为国家御侮之官，竟有藩镇联兵之祸，事与心左，慨慊交深。张勋功高望重，公诚爱国，盼即迅速来京，共商国事，必能匡济时艰，挽回大局，跂予望之！”
6月2日，天津河北大马路中州会馆忽然挂出一块“独立各省总参谋处”的招牌，被通缉的洪宪帝制要犯雷震春通电就总参谋职。并在电文中说：“巩固共和政体，另定根本办法，设立临时政府、临时议会”。参加这个组织的有帝制派、复辟派、段党、研究系以及其他一些阴谋政客和投机分子，这个组织号称是独立各省联合军事机构，也就是独立各省所组织的变相的“临时政府”。它公开地发布宣言：“此次用兵，专为黎氏一人”。毫无疑问，它的目标是在驱逐总统，但在驱逐总统以后的下一步骤，究竟是拥戴段上台或者拥戴溥仪复辟，却暖昧不明。
事情闹到这种地步，其实黎、段都没有占到上风，反而是让张辫帅渔翁得利了。不管是有意无意，都使他获得了一个复辟帝制的千载难逢的好机会。