二、崛起湖北
1913年，北洋军阀的势力不断向长江流域拓展，袁世凯派段祺瑞为湖北都督，以代替武昌首义的元勋黎元洪。为配合段祺瑞，王占元第二师进驻湖北，4月24日，正式任命王占元为“帮办湖北军务”。
孙传芳随王占元来到湖北，一待就是十年，从一个名不见经传的营长成为长江上游总司令兼第二师师长，成了令各方瞩目的实力派人物。孙传芳十年的发展成就，首先得益于湖北得天独厚的战略地理位置，南北要冲，东西枢纽；其次就是这个****的时代，所谓时势造英雄，此之谓也。当然，其个人杰出的才干也是重要的组成部分。
入鄂不久，孙传芳便被提升为第六团团长，成为王占元倚重的股肱部下。孙传芳为报答王的知遇，也是竭尽全力，勇于任事。此时河南悍匪白狼正时常出没于鄂豫边界，攻城略地，抢官府，杀官兵，神出鬼没。王占元奉命派队进剿，头疼不已。孙传芳于是主动请缨，为王分忧。白狼军行踪飘忽，数次围攻都让他逃脱了，有几次反而遭到白狼军的反击，损失不小。但是孙传芳收获也不小，毕竟是亲自带兵，得到了实战的锻炼。之后王占元对孙传芳更为看中，派其率所部第六团驻扎京汉线上的重镇信阳。
1915年9月，王占元将孙传芳调回省城，升任第三旅旅长。1916年1月8日，王占元正式担任湖北将军，以何佩瑢为参谋长，但何长期在北京做王占元的驻京代表，遂以孙传芳代行参谋长之职。不久，孙又升任第二十一混成旅旅长。由于王占元的信任，给了他施展才华的机会，时常充当湖北代表对外接洽公务，有时还代表王占元检阅部队，逐渐的使其产生了个人的野心，也成为湖北军界的重要人物，在部队中的影响力甚至超过了过于贪鄙的王占元。王占元略有觉察，他虽然离不开孙传芳的辅助，但是自己的地位也是决不能受到威胁的。
王当上督军之后，按规定理应让出第二师师长一职。当时在第二师的旅长中孙传芳无疑是佼佼者，然而王占元却把师长一职让给了平庸懦弱的王金镜。王占元说：“王金镜为人老成持重，为我小站练兵时的旧袍泽，物望素孚，遇事绝不会反侧。”这件事令孙传芳极度心寒，但他不露声色，只是坐待时机。
王金镜当上第二师师长不久，便爆发了南北战争（即护法战争）。南军（湘桂联军）击溃北洋军第八师、第二十师，兵锋直指岳阳。王金镜被任命为岳阳防守总司令，统帅第二师之第三旅（旅长孙传芳）、第七师之第十四旅（旅长吴新田）、第十一师之第二十二旅（旅长萧安国）和直隶之第二混成旅（旅长阎相文）、第三混成旅（旅长萧耀南）防守岳阳。
北军虽然拥兵数万，但是王金镜的兵力配置极不合理，留下极大间隙、破绽，而且孙传芳及直军诸旅长根本就不听指挥。在数千湘军的进攻之下，岳阳失守。战后为了推卸责任，王金镜指责团长寇英杰作战不利，王占元欲杀之，经众人苦劝方才得免。经此之战，湖北诸将开始对王占元各怀二心，各有打算。
直军将领吴佩孚在此次战争中大放异彩，名动一时，孙传芳于是与之大相结纳，后来吴佩孚在衡阳驻军期间屡次发出政治性通电，孙传芳与湖北各将领都列名其后，表示支持。1920春，吴佩孚率部北归时，途径汉口，孙传芳特意由宜昌赶来欢迎，并代表王占元及湖北各将领，在一江春番菜馆招待吴佩孚和直系诸将阎相文、王承斌、萧耀南等人，宾主尽欢。
就在南方的护法军逐步向北推进时，湖北第一师师长石星川以靖国军第一军总司令的名义在荆州宣布自主，随后襄阳镇守使黎天才也率其第九师宣布独立。王占元十分恐慌，忙电中央请求由十一师李奎元部代替王金镜守岳州，调第二师回防武昌。中央没有同意，而是命李奎元为讨伐司令官，率第十一师、河南第一混成旅、第十三混成旅进攻荆襄的靖国军。王占元秉承当时大总统冯国璋主和的意旨，并没有下令进攻，而是采取和谈的方式，主张南北息兵。但段祺瑞坚决主张武力镇压，并派内弟吴光新为长江上游总司令，率数旅之众挺进鄂西，驱逐靖国军，并盘踞宜昌，控扼上游。
1920年6月，吴佩孚率直军从湖南北撤，直皖战争爆发。直系大获全胜，王占元本属直系，于是设计将皖系大将吴光新软禁于武昌，命孙传芳为鄂西警备司令，收编其部队，改编为湖北暂编第一师，孙任师长。至此孙传芳成为湖北第二号人物，在某些时候甚至凌驾于王占元之上。
是年10月，蛰伏已久的靖国军利用长江上游时局的混乱，在柏文蔚、蓝天蔚、黎天才的率领下卷土重来，进攻鄂西甚急。1921年1月13日，靖国军由巴东方向进攻第二师第八团，攻克距宜昌200里的野山关。王占元又一次惊恐万状，一方面致电北京政府派兵支援，一方面命孙传芳统帅湖北现有能抽调的部队，包括王金镜第二师，王汝贤第八师，王懋堂第十八师，暂编第一师，赵荣华的第十八混成旅等，积极抵御靖国军。
这是一次很难得的机会，孙传芳第一次统帅大军独当一面，关系到今后的个人成败得失，所以他打起十二万分精神，认真研究了靖国军的兵力部署及防区的地理优劣。靖国军的主要兵力位于建始、恩施、利川、鹤城等地，部署分散，利于各个击破。于是孙传芳集中兵力，首先于1月16日攻占建始，靖国军在大军压境的情况下开始溃退。孙传芳率大军向西南疾进，数日后即占领恩施、鹤城，不到一个月便平定鄂西，将靖国军驱逐到四川境内，且抓获靖****旅长王安澜，逼蓝天蔚自尽。
王占元得到胜利的消息一时间喜忧参半，喜的是湖北全境终于至于他的统治之下，忧的是孙传芳功高震主，从此将更加难以驾驭。为笼络孙传芳，他电北京政府为孙加官进爵。3月2日，徐世昌大总统令，授孙传芳勋三位，加陆军中将衔。3月14日，王占元又任命孙传芳为中央陆军第十八师师长。孙传芳终于如愿以偿的当上了真正的北洋军师长，但他并没有领王占元的情。首先，这个任命来得太迟；其次，这并不是王的本意。原来吴佩孚自结识孙传芳以来，一心想结交、提携他，直皖战后吴的声誉日隆，于是托人对王占元说：“湖北当南北之要冲，北洋之门户，地势非常重要；然而湖北督军以下高级将领都是旅长一级，一旦战事发生，督军不能分身时候，各旅长不相统属，势必指挥失灵，贻误戎机。遍察湖北旅长中，孙馨远资望最高，与督军关系亦最深，理应担任中央军的师长。”王占元不能不给面子，也想借机讨好孙传芳，于是才有上面的任命。