1880年，郑观应又著成《易言》三十六篇。该书标志着郑观应资产阶级改良主义思想体系的初步形成。他在《易言》中淋漓尽致地揭露了侵略者在中国所犯下的滔天罪行，直指外国传教士是帝国主义的侦探，是披着宗教外衣的侵略者。他要求华、洋人权平等、货税平等，并把希望寄托在《万国公法》上，以为“公法者，万国之大和约也”。而要修公法，则须加速发展工商业，兵要强，武器要精。要发展工商就须采用机器化大生产，不断改进技术、提高生产率，政府要提供优惠政策，扶植民族工商业。为此又必须实施政治改良，改封建专制为君主立宪制，这样“则长治久安之道，固有可豫期矣”①①引自《易言》上卷《论议政》，见夏东元著的《郑观应传》第35页。
赔偿太古轮船公司杨桂轩保款和赔抵织布局亏项案发生后，郑观应自1886年起在澳门隐居五年之久。在此期间，他在《易言》的基础上进行扩大、修订、重写，并最终于1894年辑著成《盛世危言》。这也标志着他改良主义思想的成熟。
《盛世危言》的中心思想是“富强救国”。郑观应从抵御外侮出发，“愤彼族之要求，惜中朝之失策”，对列强的侵略行径无比愤怒，深感危机迫在眉睫。他大声疾呼：“所谓岌岌乎其殆哉，正今日中国之局势矣！”他尤为警惕沙俄的狼子野心，盛赞林则徐“终为中国大患者其俄罗斯”的判断。进而他提出富强之路在于商战。他认为“习兵战不如习商战”，强兵必须同社会政治、经济、教育等联系起来考虑。自强的基点应放在近代工商业的发展上。所谓商战，就是利用自己的经济力量与外国资本主义在市场上进行斗争。商战要稳操胜券，除税收与洋商平等之外，关键在于制造出成本低廉的工艺品。工业为商务之本，“商务之盛衰，不仅关物产之多寡，尤必视工艺之巧拙。有工以翼商，则拙者可巧，粗者可精”①①引自《商战》，见郑观应的《盛世危言》卷3。工要巧，要靠先进的机器技术，“制造之法，以机器为先”。为此，他强调必须发展机器制造业，只有自造机器，才能知道“机器无穷之妙”，才能摆脱对洋人的依赖。郑观应认为发展民族工商业必须按市场规律办事，只有这样才能提高劳动生产率，降低生产成本，增强商品的竞争力。他反对企业官办、官督商办，主张按商人的要求办企业，民主选举商董，进行民主管理，大力发展近代轮船、铁路、电报电话，以降低流通费用，建议创办银行，划一币制。国家对民族工商业在税收上应予以优待、扶持，要收回海关权，以免偏袒洋商，刁难华商。
郑观应非常重视培养科技人才，认为“国之盛衰系乎人”。他把西学分为天、地、人学三类，“所谓天学者，以天文为纲，而一切算法、历法、电学、光学诸艺，皆由天学以推至其极者也。所谓地学者，以地舆为纲，而一切测量、经纬、种植、车舟、兵阵诸艺，皆由地学以推至其极者也。所谓人学者，以方言文字为纲，而一切政教、刑法、食货、制造、商贾、工艺诸艺，皆由人学以推至其极者也”①①引自郑观应的《西学》，见《盛世危言》卷1。可见，与传统的“师夷长技以制夷”的思想不同，郑观应主张全面学习西方的各种学说，既要学习西方的先进科技知识，又要学习西方的社会政治、经济、法律、管理等人文科学知识。他主张废除八股科举取士的制度，设立新式学校。
最后，郑观应提出了自己的政治主张。他认为要发展科技、发展工商业，必须有一个保护民族工商业的政府以及与之相适应的政治制度。这个制度就是君主立宪制度。他说：“余平日历查西人立国之本，体用兼备。育才于书院，论政于议院，君民一体，上下同心，此其体；练兵、制器械、铁路、电线等事，此其用。中国遗其体效其用，所以事多焊瘢难臻富强①①引自郑观应的《南游日记》，见《郑观应传》第93、94页。”郑观应是中国最早提出实行议院制的先进人物之一。在《盛世危言》中，他还就内政改革的诸方面作了详尽的论述，提出了一系列设想和措施。
《盛世危言》刊印问世后，受到了清政府以及民间的欢迎和重视。光绪帝命总理衙门刷印二千部散发给大臣们阅看。张之洞赞扬该书“上而以此辅世，可为良药之方；下而以此储才，可作金针之度”。时任翰林的蔡元培也说《盛世危言》“以西制为质，而集古籍及近世利病发挥之。时之言变法者，条目略具矣。”郑观应自己虽然很谦逊，也认为“当道采择施行，认真举办，于大局不无裨益”。《盛世危言》问世后之所以能引起如此社会反响，主要就是由于它反映了广大人民挽救民族危亡和富强救国的迫切要求，扣住了时代的脉搏。
郑观应不仅是一个理论家，也是一个实践者。他脱离买办生涯而醉心于洋务经营，就是力图通过自己的努力，发展工商，实现富强救国之理想。郑观应与盛宣怀关系亲密，固然是因为他个人的利益与盛宣怀之地位升降休戚相关，实则是他把盛宣怀看作自己提出的理论主张的知音和实现者。作为一个封建功名的拥有者，清政府的一名候补官员，郑观应又极力维护清政府的统治，期冀着在此基础之上进行循序渐进的改良。所以在后来革命已成为历史潮流之际，郑观应固守其君主立宪主张而与民主革命相对立，也就不足为怪了！
抵御外侮是郑观应改良思想的出发点。对于抵抗列强的侵略，他一向是坚决支持的。
早在1884年，正当他经营轮船招商局初见成效之时，爆发了中法战争。郑观应当即向新任粤东防务大臣彭玉麟毛遂自荐，愿为抗法之战效犬马之劳。他来到军营后就遇到了一件棘手之事。清政府从德国克虏伯公司购买的二十五尊大炮，运抵香港时被港督留港禁运。两广总督遂委派他前往交涉。由于郑观应“明干有为，熟谙洋务”，交涉非常顺利，很快就将这批大炮提运回国。后他受委派“前往西贡、暹罗、金边各处，不动声色，细心体察情形”，刺探情报，以掌握法军动向，相机给侵略者以致命一击。从南洋回到广东后，他又被委任办理援助台湾事务，运兵运粮以接济台湾的抗法战争。
在1894年爆发的甲午中日战争中，郑观应也始终抱着积极抵抗的态度。开战之前，他把收集到的日本发动战争的种种迹象报告盛宣怀，提醒清政府“恐其不依公法，或乘机击我师船，阻我运兵上岸”①①引自《郑观应致盛宣怀函》，见夏东元的《郑观应传》第120页。开战后，他建议严防日本奸细，严密控制电报，不准为日本人服务，抵制日本商船和商品，主动提出用招商局船只为战争服务。他还利用与中外人士交游甚广、消息灵通的有利条件，收集日军情报为抗战服务。他通过调查得知，日军大小军舰不过三十八艘，并不比中国强多少，而其兵力则远逊于中国，最多可调兵二十五万余人，所谓日本有兵四五十万之多者，都是虚张声势。这对消除畏日情绪，鼓舞士气起到了一定的作用。
甲午战后，郑观应对《盛世危言》进行了修订，主要是根据形势的变化，迫切地提出了加快武装力量建设的问题。但是在随后而来的戊戌维新变法运动中，郑观应并未与康有为、梁启超等一道积极投身于这次改良实践，而更多是以一个旁观者的面目出现。
1898年6月，康有为曾问计于郑观应“政治能变否”？郑答复说：“事速则不达，恐于大局有损无益。”他认为仅仅依靠光绪帝，不可能取得变法的成功，必须要有一大批支持力量。在他的心目中，只有取得清政府中实权派的支持，才能成功地实现维新立宪。因此，当清政府于1900年宣布实行“新政”时，郑观应态度为之一变，积极拥护，并身体力行地行动起来。
1903年郑观应奉调广西听候差委，先后就任梧州三江缉捕、代理左江道篆。他到任后，站在维护清政府的立场上，查缉私贩军械和捕杀会党首领，“拿获著匪多名”。为了对付“内奸”、“外匪”，他还倡设巡警军以镇压人民的反抗斗争。他还积极督促将原来的书院改为新式学堂，将电报、厘务各局补贴给道署的经费，全部捐助开设中小学堂。设巡警、开学堂都是清政府“新政”的重要内容之一，郑观应在任期间是认真执行了的。
1906年，清政府宣布预备立宪，并于1908年正式颁布了钦定《宪法大纲》。郑观应对此持积极的欢迎态度，认为自己的君主立宪主张得到了实现。他从反对革命，挽救清政府的统治出发，要求速开国会，缩短预备立宪期，说“安内之法，莫若早开国会，颁布宪法，预建议院，饬举议员”，如此则“党祸自息，内乱悉平”。无奈郑观应空自忧急如焚，清政府始终冥顽不化，走向了穷途末路。
郑观应的官运并不亨通。从他离开轮船招商局，到卸任广西左江道篆，仅仅半年时间。不过，在盛宣怀的关照下，郑观应随即就任粤汉铁路广东购地局总办。粤汉铁路的修筑权本为美国所攫取，经过广大绅民的坚决斗争才于1905年赎回了路权。粤汉路改为商办后，郑观应被公举为总办，在发行铁路股票的筹款工作中成效卓著。
1909年，郑观应重入轮船招商局并当选为董事。这时，招商局已成为商办之局。郑观应虽年届古稀，仍尽力整顿局务，为招商局的商办注册四处奔走。1911年，他还巡察了长江各埠招商分局，以整顿长江轮船业务，实现招商局的中兴。
当郑观应满足于清廷的预备立宪，致力于招商局中兴大业之际，在中华大地已经激荡起革命的潮流。1911年5月，在千呼万唤之后，清王朝终于炮制出了一个责任内阁，内阁成员中满族九人，这九人中又有七人为皇族。因此它实际上是一个“皇族内阁”。郑观应的好友盛宣怀在内阁中任邮传部大臣。“皇族内阁”的出台，使幻想参与清政权的立宪派大失所望。满洲贵族成了名符其实的孤家寡人。
皇族内阁为了取得帝国主义列强的支持，大肆拍卖中国主权，宣布实行“铁路国有”政策。同时又与英、美、法、德四国银行团签订了《粤汉、川汉铁路借款合同》，将路权再次拱手出让给洋人。邮传部大臣盛宣怀是执行这一政策的罪魁。铁路国有立即激起了全国人民的强烈反对，导致兴起了声势浩大的保路风潮。对此，郑观应却不以为然，称铁路国有政策为“正办”，表示赞成，并且为盛宣怀壮胆说“粤路风潮，外似雷鸣，实无大碍。办理得窍，则迎刃而解”①①引自《郑观应致盛宣怀函》，见夏东元著《郑观应传》第239页。他目睹了四川如火如荼的保路运动后，更诬蔑保路运动为“暴动”，警告人民“暴动必遭殃，毋为狂妄诱”。他始终固守着君主立宪的改良思想，一心想把民心统一在清政府的统治之下。他站在革命的对立面，以辛亥革命为“惨变”，说革命引起了“兵戈盗劫”。郑观应这个七旬老人已经落在了时代的后面。
辛亥革命推翻了清王朝，成立了中华民国。在既成事实面前，郑观应虽坚持认为“我中国民智未开，程度尚浅”，应实行“君民共主”（即君主立宪），但也并未明确反对民主共和制。对袁世凯借民主共和之名，行专制独裁之实，他深感厌恶。随后而来的军阀混战，更让他愤怒和担忧。他担心军阀混战必将导致失去抵御外侮的能力。他在一首诗中写道：
当关道阻虎兼狼，兄弟无端痛阋墙。
民迫饥寒沉苦海，官争权利为私囊。
只愁罗掘中原尽，难御交侵外侮狂。
鹬蚌相持渔得利，蜃楼变幻几沧桑①①引自《待鹤山房唱和集》，见夏东元的《郑观应传》第256页。
尽管郑观应反对革命，但是他的忧国忧民之心，期望国富民强的理想却始终未变，一以贯之。他始终是一个对祖国饱含深情的爱国主义者。
民国建立后，轮船招商局也进行了改组。1913年6月，郑观应再次被选为董事。1914年郑观应因自觉“老态日增，哮喘日重”而提出辞职养疴，为招商局董事会坚决挽留。1921年招商局股东常会又推选他为留任董事。此时，他已是八十高龄了。郑观应下定决心要退休养老，遂写了长篇辞职书，退出了董事会。第二年五月，八十一岁的郑观应病逝于上海。1923年迁葬于澳门前山。