当前，网络监督在规范政府行为、揭露官员贪腐等方面的效果正逐步显现，这有力的推动了政府依法行政和反腐倡廉工作。与此同时，由于互联网自身特点和我们在制度、规范及管理上存在不足，互联网的“双刃剑”作用日益凸显，网络监督的消极作用也逐步暴露出来，影响了监督的效果。网络监督、反腐的消极作用主要体现以下以下几个方面：
一、网络监督制度规范欠缺
随着网民对政府行政事务关注的提高，网络监督加强对政府行政权力的约束。这即得益于此起彼伏的网络监督事件，也得益于政府对网络民意的重视程度的提高。不过网络对政府的监督作用并没有法定的制度所保障，可能时有时无、时大时小，不具有必然的有效性。
1.网络监督缺乏明确定位。网络监督属于非传统的监督方式，究竟应该在整个政府监督体系中占据何种地位？是主导、补充还是不可或缺，目前这个问题无论在理论上还是实践中都还没有明确的答案。目前，网络监督对政府行为的约束力更多的取决于各级政府对网络舆论的重视程度，存在较大的随意性和偶然性。政府重视网络舆论，则监督效果较好；政府无视网络舆论，则监督效果较差。
2.监督主体权责尚未明确。网民在互联网上发帖对政府的行为进行监督，享有何种权利、承担何种义务，如何合理、合法表达监督诉求和主张，均没有明确的规定。这就造成，一方面，部分网民由于缺乏道德和责任的约束，可能借网络监督之名，在网络上发表偏激言论，宣泄对党和政府的不满，甚至在一些网络热点事件中，煽风点火，使网络监督异化为对政府和官员个人的无端攻击。另一方面，由于网络监督主体的权利没有明确，部分网民在网络上发布对政府不利的信息后，存在遭到政府报复，合法权益受到侵犯的可能，这也会挫伤人民群众通过网络监督政府的积极性。比如，近年来频频出现的网民因在网络监督而被公安以诽谤、危害公共安全等罪名通缉甚至最后受到刑事处罚，上演了一幕幕“跨省追捕”、“因言获刑”等丑剧。
3.监督客体缺乏制度约束。政府是网络监督的客体，是网民监督的对象。从立法来看，法律上并没有对网络监督的内容、范围、形式明确规定。从政府自身来看，相关部门也没有制定网络监督的工作制度或流程，比如通过何种渠道收集监督意见、如何进行反馈等。这造成，一方面，政府应对网络监督无章可循，削弱了网络监督的作用；另一方面，部分政府可以以“涉及国家安全”、“不宜公开”等借口回避不想监督的事项，使网络监督无功而返。
二、网络监督具有模糊性
作为网络监督主体的网民，其个性化、多元化的言论对监督政府行为具有积极作用。但由于网民数量庞大，网络监督有时并不明确，甚至有一定的模糊性。所谓网络监督的模糊性是指，在网络监督中由于信息的真实性、意见的代表性以及网民的非理性情绪等因素使得监督意见的性质不明确，无法分辨主流的监督意见，给政府采纳监督意见或建议带来障碍。
1.监督内容的真实性问题。由于法律法规的不健全和监管力量的薄弱，互联网上存在大量的虚假信息，信息真实性更多的依赖于网民的自律，这也是互联网的弊病之一。当前，由于社会转型导致部分矛盾凸显，部分群众对政府存在一定的不满情绪。他们通过网络发布一些虚假的信息，指责政府的施政行为。由于这些信息常常涉及诸如征地拆迁、城管执法以及官民矛盾等敏感热点问题，容易引发网民对政府行为的批评。近年来，由虚假信息引发的监督事件屡见不鲜，如“网民造谣江苏淮安城管打死大学生事件”、“网民造谣广西扶绥‘派出所晒死人’”等。
2.监督内容的代表性问题。互联网的出现提升了人民群众监督政府的意愿与积极性。不受年龄、阶层、地域等因素的限制，任何人都可以通过网络监督政府的行为。在这种广泛的监督模式下，网民可以对自己感兴趣的监督内容表达意见，可以是个性也可以是共性的问题。在对个性问题进行表达时，如果对内容进行一些修饰，可以吸引大量网民的目光，形成巨大的舆论压力。比如网民在网络上刊登某机关上班打游戏的图片，但在网民的参与下，最后形成一种政府机关普遍存在上班打游戏的网络舆情，导致政府不得不将其作为共性问题来处置以回应网络舆论，这无疑不利于监督的有效性。
3.监督的非理性问题。以网络为手段的监督方式，网民针对政府的施政行为，可以无所顾忌的发表自己的观点，其中具有理性客观的意见，也有非理性的情绪发泄。在当前网络对政府负面偏好较为严重的情况下，网络监督呈现出明显的非理性化，许多网民对政府作出的任何决策都是采取攻击的态度，网络跟帖中充斥着反对之声。而当网络曝光政府的负面信息时，这种声音将得到极大的释放，很多网民盲目地反对、谩骂、讽刺和调侃声，中肯的意见、建议等理性的声音被完全淹没。这种监督方式和传统的以信函、电话等方式直接监督或通过广播、电视、报纸等传统媒体间接监督的方式有很大的不同，政府无法准确的收集、采纳有用的监督意见。因此，一旦网络监督突破了理性的界限，情绪化、攻击性网民观点将削弱监督针对性和有效性。
三、网络监督对政府施政的干扰性
网络监督缺乏相应的法律和制度，监督意见的真实性、代表性和理性程度也存在一定的缺陷，网上监督的不足之处也会直接反映到网下政府施政的整个过程之中。从政府针对经济、社会发展做出的重大战略决策部署，到市容管理、环境保护、拆迁征地等具体的行政行为，再到公检法等司法机关对案件的审理，都会受到网络监督负面影响的干扰。
1.影响重大战略决策部署。网络监督是政府科学决策的重要组成部分，有助于推动政府决策的科学化、民主化水平。网络舆论是政府决策需要考虑的重要因素，但不是决策的决定性因素。各级政府对本地区经济社会发展作出决策时，会从全局和长远利益出发，并有专业人员进行科学论证，决策可行性、科学性、专业性水平较高。而部分普通网民由于缺乏专业知识和过分关注局部和短期利益，会质疑或反对政府科学决策。这种观点受到网络关注并形成一定的舆论声势后，必然会对政府的决策产生影响。在网络舆论的强烈反对下，政府决策面临两难境地。如果政府坚持原来的决策部署，必然引发网民对政府无视民意的不满；如果政府对原有决策作出更改以满足个体利益，则可能会增加决策的成本，影响全局和长远利益，甚至因决策时间拖延而错过最佳的决策时机。
2.影响具体行政行为。当前，互联网的发展前所未有地强化了人民群众对政府行政行为的监督。但网络上频频曝光的政府强拆征地、暴力执法、环境污染事件，则不断刺激着网民敏感的神经。在部分网民心目中逐步形成了对政府的负面“刻板印象”，对政府的行为一般持固定的反对态度，这导致了政府合理的行政行为可能被误认为是违法行为，从而遭到网络舆论的无端指责。比如拆除违建过程中产生的纠纷，网民将相关信息传至网络后，由于对政府负面“刻板印象”和对弱者的同情，网络舆论容易一边倒的指责从而干扰政府正常的行政行为。坚持原则还是顺从“民意”是政府需要面对的难题。
3.影响司法机关审判。司法公正是要在司法活动的过程和结果中体现公平、平等、正当、正义的精神。 在对案件的审理中，必须以事实为依据,以法律为准绳,不受外界非理性的干扰,客观公正的依法作出裁决。网络舆论即体现了网民对追求司法公正的强烈意愿，在一定程度上能监督司法机关的行为，有助于督促司法机关更好的履行其职责，促进司法公正。但网络舆论毕竟不能代替司法机关的审判，过多的非理性的舆论只会干扰司法机关的正常工作。从本质上来看，网络舆论与司法公正之间存在一定的对立，网络舆论更多的是从道德的角度作出判断，司法审判主要是从法律的角度考量。当前，在热点案件中，这种干扰尤为严重。比如，在涉及官员渎职、贪污等违法行为的审判中，网民出于“仇官”的心态，往往一边倒的要求司法机关作出最严厉的判决；在涉及农民、工人等违法案件中，网民出于同情弱势群体的心态，往往要求司法机关予以轻判。而一旦判决没有达到网民的预期效果，便会遭到网络舆论的攻击和质疑，大有以网络审判、媒体审判代替司法审判之势。
四、网络反腐蕴藏多重风险
我们在为网络反腐风暴使众多问题官员落马叫好的同时，也要清醒的看到，网络作为反腐利器也存在被滥用、泄密等风险。如何规范网络反腐，趋利避害，需要高度重视。
1.滥用风险。由于腐败行为为人民群众所痛恨，所以网络上大凡有涉及官员腐败的帖文，不论真假一般都会受到网民的高度关注和热议，这是推动网络反腐取得实效的重要步骤。但需要指出的是，这种网络民意存在被滥用或操纵的风险，可能成为少数人借机诬告官员、发泄对政府不满情绪的手段。此外，部分网民针对可能涉贪官员频频使用“人肉搜索”等手段，曝光大量个人及家庭信息，超出了应有的界限，从而侵犯官员作为公民所享有的隐私权等合法权益。
2.泄密风险。官员的贪腐行为具有隐秘性，纪检监察机关在掌握相关线索后，调查的过程并不公开，直到证据确凿才公之于众。网络开放性的特点可能会影响办案的效果，一旦举报人在将相关信息泄露在网络上，有可能打草惊蛇，引起被调查人的警觉，而使相关证据被销毁，不利于纪检监察机关的调查。虽然网络上要求惩治被调查官员的呼声很高，但因为没有证据而使调查终止。在这种情况下，网络反腐起到的作用将适得其反，最后使贪污分子逃脱法律的制裁。
3.举报者的风险。在网络的匿名环境下，网民的安全感强于现实社会，举报官员贪腐的意愿变得更强。不过，随着互联网技术的发展，这种匿名性在技术层面上已逐渐消失，一般都可通过技术手段追踪到人，匿名环境仅仅存在于网民的心理层面，这无形中加大了举报者的举报风险。不管是实名举报还是匿名举报，都存在着被打击报复的可能，这与向纪检机关实名举报的风险类似。唯一不同的是，通过网络举报而遭受打击报复时，网络舆论可以起到一定的保护举报者的作用。