黎元洪当上总统，很快发现做一个旁观的反对帝制者，比做一个共和的法治执行者容易得多。
他一上台，南方的护国军就强烈要求大总统严惩复辟帝制的“罪魁祸首”，也就是袁世凯帐下的“十三太保”。
这时候袁世凯虽然死去，但这些太保中有几个还是颇有人脉的。其中之一是袁世凯的长子袁克定，再一个是曾任湖广总督、驻京总司令官、拱卫军总司令、江西宣抚使等要职的段芝贵，还有就是李鸿章的侄子李经曦，对于这几个人，无论是从政治还是从人情的角度，都杀不得。
黎元洪没有办法，只好采取“首恶不办，协从严办”的手段，下令惩治杨度、孙毓筠、梁士诒等八人了事。这就是史学家费正清所说的：“在共和宪法规定的不熟悉的社会中，领袖们越来越多地依赖他们的派系来继续开展政治活动。”
当时的政治环境如此，黎元洪这个大总统只能面对的现实。北京政府虽然已是共和政体，立法、行政和司法也由法律予以区分，但实质上都还只能是各种关系网络构成的派系政治。这其中最有力的派系，就是总理段祺瑞的皖系势力。
从当上大总统的第一天起，黎元洪就感受到了这些各式政治势力的牵制，他这个国家“元首”，差不多只是个“橡皮图章”。
早在民国初年时，宋教仁曾致力于“责任内阁制”，他虽然为此丧命，而他所希望的内阁却始终未能实现。直到这时候，在段祺瑞的组阁中实现了。
国务院秘书长徐树铮写了一张通知，说现在是责任内阁制，所有总统的信件、包括私信，皆要送到国务院开拆。
这样一来，黎元洪连起码的隐私都没了，至于意见被否决，更是家常便饭的事情。他曾提名唐绍仪做外交总长，就在唐绍仪上任途中，遭到了北洋系联名通电反对，一下给唐绍仪安了12大罪。唐绍仪无奈，只好通电总统总理辞职。
黎元洪的总统府在与段祺瑞的国务院矛盾越来越大，冲突起来，每每以黎元洪让步了结。而接下来的对德参战之议，却使得黎元洪得以一举赶走段祺瑞。
段祺瑞与日本人早就达成默契，为了通过对德宣战的议案，段祺瑞组织军队和“各界人士”包围国会，并胁迫、殴打议员，企图强行通过。国会忍无可忍，一致上书呈请黎元洪免去段祺瑞的总理职务。
1917年5月23日，黎元洪签署了罢免令，段祺瑞只好离开北京，避居天津。
段祺瑞虽然没了总理职务，但督军团仍然掌控在他手里。所谓“督军团”，即各省督军的联合阵线，他们对黎元洪军民分治的主张十分不满，在段祺瑞退居天津后，便纷纷宣布“独立”，向黎元洪施加压力。黎元洪据理力争，说：“你们作为军人，职在国防，不要干涉中央政务。”
看到黎元洪态度强硬，督军团便有了将黎元洪赶下台的意思。督军团的盟主是坐镇江淮的大军阀张勋，他不仅要赶黎元洪下台，还想复辟帝制。段祺瑞知道张勋的意思，立刻感到这对他来说是个千载难逢的好机会。你张勋要复辟，就要先驱逐黎元洪，这对于自己掌权不是千载难逢吗？
张勋与段祺瑞，各有各的打算，一拍即合，于是开始分头行动。张勋进京前，派人开出六项条件。解散国会、另立宪法等，对黎元洪来说，无一不是晴天霹雳。为了自保，黎元洪只好宣布解散国会。
6月14日，张勋进京，立刻把持了军政大权，然后是胁迫王士珍等50余人进紫禁城面圣，拥戴宣统复辟。
黎元洪得到消息，当即表示：“愿以身殉民国”。
6月31日凌晨4时，张勋派梁鼎芬、江朝宗、王士珍、李庆璋来总统府逼黎元洪退位。黎元洪厉声喝斥：“民国是国民公有之物，我受国民之托而任总统，责任重大，退位与否，须遵从国民的意志，而非个人的行动。”
张勋知道后，也不多言，只专心做他复僻帝制的事情。此刻黎元洪在他的心里，已不足挂齿。
困居总统府内的黎元洪，思前想后一番，决定重新启用段祺瑞，令他讨逆。段祺瑞接令后，便在马厂誓师，不到一周便攻入北京。张勋复辟，遂告失败。
如果说原来段祺瑞是看不起黎元洪，此时段祺瑞对黎元洪，已是深恶痛绝。他宁可支持冯国璋出任总统，也不愿让黎元洪再有出山的机会。
冯国璋在段祺瑞的支持下做了代总统，段祺瑞复任国务总理。南方军政府对冯国璋做代总统十分不满，一致认为黎元洪才是合法总统，并派人前来北京，要迎接黎元洪南下。
黎元洪婉拒了南方军政府，在经过了一番仕途上的起起落落后，他决心脱离政治，做一介自由的平民。
对此，野心勃勃的段祺瑞却始终不信，对黎元洪充满戒心，为防他与南方联络，甚至禁止他避居天津。就在此时，孙中山在广州发表演说，表示要迎黎元洪南下执行大总统职务，还下令程璧光携两艘军舰到秦皇岛准备迎接他。
情况这样，段祺瑞更不放黎元洪出京。直到后来，南方对黎元洪的热情减退很多，而黎元洪本人也一再表示自己无意过问政事。
1917年8月末，段祺瑞终于同意黎元洪离开北京。黎元洪来到津门，一住5年。其间，绝大多数时间都呆在天津英租界的私宅内，养花、练字、读报、骑马、溜冰、打网球，或者听听戏、看看电影，每天早睡早起、勤于锻炼的生活，使他虽年近花甲之年，却依旧健康如故。对有政治企图的访客，黎元洪很不欢迎，对北洋政府每月致送的1000元费用，黎元洪坚辞不受。
在天津的5年，黎元洪除了修身养性，就是投资各类企业。5年投资，他成了不折不扣的资本大鳄。
1918年10月，代总统冯国璋任满下台，谁来接任总统？又成了大问题。徐世昌虽说是被安福国会选出的，但安福国会在皖系以外的政治势力眼里都视为非法。因而，各派就此争执不下，接着是展开行动。
孙中山首先在广州发动二次护法运动，不久当选非常大总统。之后是吴佩孚在湖南前线发表反皖声明，挥兵北上，与奉系张作霖夹击北京。段祺瑞抵挡不住，只能下野，直奉进入北京。
吴佩孚进京，是为了全新的国民大会的政治制度，可他的这个理想于曹锟和张作霖却无异于对牛弹琴。结果，只顾眼前利益的曹锟、张作霖在北京结为亲家。仍由徐世昌做他的总统，法统依旧没有恢复。
吴佩孚便令长江上游总司令孙传芳通电全国，呼吁恢复法统，要求徐世昌和孙中山同时退位，迎黎元洪复位。曹锟出面表示支持，立即得到全国响应。
于是，徐世昌只好步了黎元洪和段祺瑞的后尘，避居天津。
黎元洪避居天津5年，除了经商赚了大量金钱以外，在政治上也思考颇多，有人来请他复出，开始便作拒绝，而后即打出“废督裁兵”的底牌，作为复出的条件。
在这份“废督裁兵”中，黎元洪向国民大倾苦衷之后，列举督军制的五大弊端，认为国家危亡已迫在眉睫，非即行废督无以自存。这份电报，站在民众的立场，得到全国人民的热烈响应和高度评价，使得黯淡5年的黎元洪，一下子灿烂辉煌起来。
“废督裁兵”虽然得罪了全国的大小军阀，只是民众响应热烈，军阀们一个个只好委屈一下自己，通电表示支持。先是曹锟，随后诸如河南督军冯玉祥、江西督军陈光远、山东督军田中玉、陕西督军刘镇华、湖北督军萧耀南、江苏督军齐燮元等，纷纷表态，表示愿听命于黎大总统。
1922年6月11日，黎元洪再次赴京，当日下午在中南海怀仁堂举行了复职典礼。
黎元洪上台，即令清流颜惠庆组阁，撤销解散国会令，撤销对孙中山的通缉令，要求全国各地一律停战。
然而，旧国会议员经段祺瑞安福国会和孙中山非常国会的分流，已经支离破碎，要恢复，实在太难。而废督裁兵，首先吴佩孚就不肯去职，各省督军，顺势干脆挑明反对废督裁兵。结果只有江西、浙江、东北三省共五省“废督”成功，而实际上也只是换汤不换药，将“督军”换个名称罢了。
此时对黎元洪来说，更要命的还是财政危机。军饷发不出来，国务院衙门的月俸也没法支出。黎元洪请唐绍仪组阁来解决财政问题，却因吴佩俘的反对而无法进行。联想到早年唐绍仪上任外交总长被阻的事，黎元洪这才认识到自己还是军阀们的一个傀儡，只不过这回改成是直系的了。
麻烦事还不止于此，性急的曹锟终于连傀儡也不想让黎元洪做下去。他跳出来自己要马上做总统，理由是黎元洪只应补足160日总统任期，如今却又做了330余天总统，理当早早退位。
理由虽然站不住脚，手段却越来越卑鄙。曹锟最后干脆把总统府的电话、自来水统统切断……
黎元洪自知无法对付曹锟，只有三十六计，走为上策，便于1923年6月13日，再次离京赴津。
回到天津后，黎元洪还想与段祺瑞再度合作，还来个马厂誓师，杀个一生中最后的回马枪。可惜此时的段祺瑞，已再也不肯与黎元洪合作了。
1923年11月8日，黎元洪东渡日本，住了半年再回天津，从此安心实业，再不问政事。后来，段祺瑞执政府曾两次请他出山，均遭谢绝。黎元洪曾对人说：“我两次做总统，皆赔累不少，不如做生意较为安闲自在。”
1928年6月3日，黎元洪在天津病逝，留下十款遗嘱说：
一、国民对于济案应以沉毅态度，求外交正义之解决，不能有轨外行动。
二、从速召集国民大会，解决时局纠纷。
三、实行垦殖政策，化兵为农工，勿使流离失所。
四、调剂劳资，应适应民族心理及世界经济趋势，统筹兼顾，制定详细法规，行之以渐，不可破坏社会秩序与家庭关系，俾免各趋极端，庶共产萌芽无从发现。
五、振兴实业，以法律保障人民权利。
六、正德、利用、厚生，不可偏废。数千年立国之根本精神、道德礼教，常较物质文明尤为注重。
七、革命为迫不得已之事，但愿一劳永逸，俾国民得以早日休养生息，恢复元气。
八、参酌近今中外情况，似应采用国家社会主义，不可逮思废除国界，为列强所利用。
九、早定政治方针与教育宗旨。
十、民元以来，凡无抵触国体之创制，均应一律保持，请勿轻议纷更。
除此还有对家人遗嘱说：“丧事从简，戒诸子潜心从事生产实业，毋问政治。”
当时的国民政府，对黎元洪的历史功勋作了充分肯定，以国葬之礼安葬他。当时的吊唁者，名流荟萃，冯玉祥、蒋介石、江朝宗等名声赫然的人，甚至连段祺瑞，也来吊唁。老友章太炎送来一幅挽联上面写道：
继大明太祖而兴，玉步未更，绥寇岂能干正统；
与五色国旗同尽，鼎湖一去，谯周从此是元勋。