与段祺瑞一直争吵不休的黎元洪下台后，替代黎元洪做大总统的冯国璋，与段祺瑞又开始争吵起来。争吵的主题还是原来的那些事，如何对待南方护法各省还是个焦点问题。
段祺瑞仍然主张使用武力，因为一旦采用武力，他可以得到日本金钱和军火的支持，在削平南方反抗势力的同时，又扩大自己的实力，增大自己的影响力。而冯国璋，则继承了黎元洪主和的思想，主张和平统一，这样他可以在“和平”中与滇桂的军阀结成联盟，以壮大自己的力量。
冯国璋与段祺瑞，为了各自的主张和利益相互争吵着，对立越来越严重。渴望让人喜欢的曹锟，在其间恰到好处地表演着他的骑墙术。
段祺瑞用督军和省长的职位来引诱他，他很卖力地替段祺瑞做好说服冯国璋出任临时大总统的这件大事。随后，冯国璋又以直系的友谊感召他，呼唤他为直系做事，他很快就欣然应承下来。
1917年11月8日，曹锟遵照冯国璋大总统的旨意，由他领衔，与直系长江三督李纯、陈光远、王占元联合通电全国，提出应和平统一南北争端，并声言自己愿意出面做调停人。
通电发出后，赶在段祺瑞看见通电之前，曹锟又来拜见了段祺瑞，慎重申明说：“总理不要误会，那份通电绝不是卑职的本意，是他人越疽代疱的行为。”
以往性情急躁的段祺瑞，他比较了解曹锟，当然明白这大概是怎么回事情，听完了曹锟的解释后非常平静地说：“既然是他人越疽代疱，这事就非常好办。你只要再通电全国，说如果要和平统一，南方军队就必须首先退出长沙。”
曹锟听了，稍作迟疑便答应下来。11月21日，曹锟再次向全国通电：“和平统一，必须以南方军退出长沙为议和的先决条件。”
因为南方军退出长沙意味着投降，根本就没有可能。所以，提出这样的条件就是要战争，以至长江三督见了，一个个都惊得目瞪口呆。
为了达到向南方开战的目的，在段祺瑞的指使下，他的秘书长徐树铮联络各省督军，决定在天津召开督军会议，一至呼吁对南方用兵。当徐树铮找到曹锟要让他出面做大会盟主时，曹锟因拿不准段祺瑞与冯国璋的争斗最后究竟谁是胜利者，因此十分犹豫。徐树铮见此，只好一面将此事汇报给段祺瑞，一面继续劝说。
段祺瑞对知道此时曹锟的份量，也知道曹锟需要什么，于是指示徐树铮，许愿给曹锟，事成之后，推举曹锟为副总统。
曹锟得此承诺，心花怒放，在天津九省三区的督军大会上，完全摒弃以前主和的意见，坚决主张对南方出兵。他不但一反以往怕事的习惯真正做起了盟主，还首先发言说：“值此关键时刻，我北洋各部，首先是要精诚团结，一至对外，坚决打击南方的义军。在这里，我带头请缨，率军南下，消灭所有造反的南方部队，不获全胜，绝不北归！”
曹锟的发言，赢得了阵阵掌声。在他的带头表示下，九省三区督军一致同意了主战的意见，纷纷表态，愿意出兵南征。
九省三区督军态度如此，冯国璋只能做出让步，委任曹锟为南征军第一路总司令，张怀芝、张敬尧为南征军第二路总司令。1918年2月，两路大军挥师南下，曹锟在汉口刘园设置第一路军总司令部，任命军师吴佩孚为第三师师长，从鄂北向南，直扑湖南，全权指挥前线的战事。
曹锟自己，则拼命帮助段祺瑞活动组阁一事。因为曹锟此刻心里明白：只有答应他做副总统的段祺瑞尽快组阁，他才有可能尽快当上副总统。
3月19日，就在吴佩孚率一路军连克羊楼司、云溪、岳阳，正在进攻长沙时，曹锟联络15省3个特区的军阀，联名通电，请段祺瑞出来组建内阁。4天后，段祺瑞组阁一事成功，如愿以偿地当上了国务总理。
可是，当上总理的段祺瑞并不忙着来兑现自己对曹锟的承诺，而是急不可待地与日本签订了中日军事协定。此事虽然办得极其秘密，但还是给一直密切注意段祺瑞行动的曹锟知道了。对于段祺瑞投靠日本的事，曹锟非常反感，但想到自己即将到手的副总统职位，还是一声不吭。
然而，段祺瑞让曹锟反感的事情并没有就此结束，而是接而连三、越来越让他感到难受和委屈。
在南下的两路大军中，张怀芝与张敬尧的第二军战斗力较差，推进缓慢，而曹锟的一路军在吴佩孚的指挥下一路势如破竹，不断地攻城占地。湖南的省会长沙城也是吴佩孚于26日攻陷的。可是到了3月27日，已经又做了4天总理的段祺瑞非但不与曹锟提及副总统一事，还突然就任命自己的亲信张敬尧来做湖南的督军和省长。
按照军阀们不成文的约定，从来就是谁拿下的城头谁做大王。现如今，这事让段祺瑞给颠倒过来。曹锟白忙活了一番，却只能是在替他人做嫁衣裳，正震惊、愤怒，在心里憋屈不堪时，又一个更糟糕的消息传来：段祺瑞要派徐树铮来做直隶督军，赶曹锟出京津，以便自己直接控制与北京接壤的直隶，保证京城的安全。
这对曹锟来说，无异于是赶尽杀绝，端了他这个一方诸侯的老巢，让他重回以往跟袁世凯时流浪者的生涯。段祺瑞如此出尔反尔、过河拆桥，将曹锟玩弄于股掌之间，是可忍而孰不可忍，曹锟这回气急败坏。一咬牙，接连使出最毒三招。他要让这个根本不把他放在眼里的段祺瑞，领教一下他这个看似极好欺负人的利害。
第一招，曹锟以自己生病为由，于4月4日辞去两湖宣抚使一职，赶回天津；第二招，曹锟以士兵久战疲惫为由，即刻回师直隶休整；第三招，曹锟联络南征军第二路总司令张怀芝及长江三督军，发出联合声明：南征属自相残杀，官兵皆已厌恶。
三招使出，轮到段祺瑞震惊了。因为曹锟那一脸憨相，更因为曹锟做事一直没有自己的原则，总是谁硬跟谁，怎么能明哲保身怎么做，段祺瑞因此一直没有把他放在眼里，只不过是当一条狗来使唤。这一回，这条狗竟使出这么三招。
这第一招，南征的领军人物曹锟回天津去了，这对南征军的士气影响就很大。第二招，南征的第一军撤回了，一是南征再进行下去非常困难，二是徐树铮也再无法去直隶任督军。第三招更绝，段祺瑞刚制定好对川、湘、粤三省的作战计划，准备乘胜追击，一鼓作气解决南方革命势力，他的两路大军总司令却发出官兵皆已厌战的声明。这对他精心安排，关乎他前途大业的南征来说，无疑是釜底抽薪。
在中国的历史上，纵然是最无能的政客，一般都能做一个能屈能伸的“大丈夫”，更何况是段祺瑞这样可称之为老谋深算的政客。见曹锟这只从来只会摇尾乞怜的狗也咬人了，权衡利弊之后，段祺瑞立即就“屈”了下来。
4月19日，段祺瑞派徐树铮赶往天津，先是真诚地向曹锟道歉，而后是连称误会，声言自己绝不会去跟曹锟争夺直隶督军之位。
“这不是鸠占鹊巢吗，直隶本来就是你的，我徐某怎么能够这样！退一万步说，就算是我真有这狼子野心，段总理也不会答应啊！”
曹锟静静地听着，并不为所动。只在心里说，我曹某今日回来了，别说你只是只鸠，就是一只老虎，我的几万士兵也会将你打成肉泥。还想占我的巢穴！
看着曹锟不答不理的，徐树铮急了，临来之前他可是拍了胸脯答应一定说服曹锟。
终于是急中生智，徐树铮突然眼珠一转，想到了以前承诺让曹锟做副总统时他那种陶醉的样子，一时有了主意。他静了静心，缓缓地说：
“还有一事刚才我急忘告诉你了。关于曹督军任副总统的事，段总理已经安排好了，只等秋天选出新总统后，即安排选举。副总统一事，到时一定不会让你失望。你我都知道，像段总理这样的人，讲出的话从来没有不作数的。”
曹锟听到副总统这三个字，果然眼睛一亮，立即追问说：“真是这样？”
“这种事我怎么会骗你，如果不信，现在就随我去京城，让段总理当面跟你说明。”
“没有必要，没有必要，我信，我信！”
“这事，你应该信。你想想看，早先段总理和冯大总统俩人在下台前，都明确表示自己决不会去做副总统。他俩人都不做，这普天之下，除了你曹大督军还有谁来做。”
徐树铮说的这个道理，曹锟心里也是这么想的。于是，他终于又信了段祺瑞，使劲地点了点头。
在接下来6月19日天津的督军会议上，曹锟突然来了个180度的转弯，将原本定下的大会议题“商讨停战撤兵”这六个字，改成了“商讨继续对南方用兵”这九个字。
曹锟又一次讨段祺瑞喜欢，段祺瑞即刻抛给曹锟一根骨头，委任曹锟为四川、广东、湖南、江西四省经略使。这么大的官职，属民国以来地方官中之最。
段祺瑞此举的目的，是希望曹锟这次也像上次一样，说了就马上做起来，领着部队又上前线去。同时还有个更阴险的目的，就是离间曹锟与他得力军师干将吴佩孚之间的关系。因为段祺瑞在委任曹锟为四省经略使的同时，还委任张怀芝为援粤总司令，吴佩孚为他的副总司令。
这一次曹锟没有上当，对于段祺瑞的任命书视而不见，不发一兵一卒南下，按兵不动只等选举副总统的日子到来。
段祺瑞见曹锟如此，心急如焚，就把南征主帅的目标转向东北的督军张作霖。为了诱使张作霖入关率军南伐，7月31日，段祺瑞在天津再次召开的督军大会上，公开申言说：
“将来我们国家这个副总统的职位，一定要留给这次南征有功的将军来担任。”
此话一出，曹锟大怒。看到段祺瑞又把副总统这个诱饵投向张作霖，他干脆一不做二不休，命令吴佩孚：采取非常手段，打击段祺瑞。
吴佩孚得到命令，立即与南方联络，很快与南方签订停战协定。
消息传到段祺瑞耳中，段祺瑞苦苦一笑，只好再次委屈自己。一面让徐树铮去给曹锟解释，一面切切实实地来进行操纵，真心想让曹锟当上副总统。
在9月4日选出徐世昌为新总统后，次日开始副总统选举。因为交通系、研究系的议员不堪再度为人驱使，更因为最大派系的安福系议员们都认为选举副总统无利可图，从而都抱着坐以待贿的心态。结果，430名议员中，竟有八成缺席，弄得连选举也无法进行。
曹锟大失所望，恼懊万分，让吴佩孚至前线发出电报，质疑总统选举的结果。段祺瑞担心再次引发前方乱局，为安抚直系，亲自出面，向国会“力荐”曹锟做副总统，同时还以支付军费为名，急拨曹锟150万元，以为选举副总统的“运动费”。
当时的中国，刚从帝制下挣脱出来，精英们学习西方搞民主选举。按选举法规定：有资格参加选举的议员，必需拥有相当的财富，也就是说一定得是富人。段祺瑞给曹锟的150万，分到这些人的面上，实在是太少，根本不足以让他们去为选举操心。
曹锟见此，只好提高价码。可是，他把每张选票提高到2000元的高价时，大部分议员仍不买账，或去万牲园去游玩，或聚会在一起拥着姑娘喝花酒，就是不愿为那2000元去赴会参加选举。
曹锟对此事感到很是费解，经过一番调查才知道，不知是哪位议员多事，讲出了曹锟曾花10万银元从武汉买了位如夫人的事。于是有钱的议员们便疑问和愤愤不平起来。
难道一个议员竟然只值一个女人的50分之一？这曹锟，目中无人到这种地步，真是是可忍孰不可忍！
有了这样的疑问和愤怒，富有的议员们不愿为那2000元去投曹锟一票，便成了自然的事情。倒霉的曹锟，做了一年多副总统的美梦，这一次终是不能兑现了。
曹锟心里塞满了气愤、恼怒和惭愧，终于是病了，终于在北京呆不下去了，伤心失望地回到保定。曹锟副总统当不成，终是把怒气洒在段祺瑞身上。回到保定之后，命令吴佩孚，前线倒戈，再不提武力解决南方问题一事。
1918年10月10日，经议员们选举当选的徐世昌就任大总统。在此之前，冯国璋下野，段祺瑞在前方吴佩孚倒戈的军事压力下，也被迫辞去总理职务。至此，冯国璋与段祺瑞这一对冤家，在疯狗般的你争我夺了一年之后，终于相邀离去；“府院之争”，从此落下帷幕。
对于冯国璋，曹锟倒是没有什么；而对于段祺瑞的下台，曹锟算是出了一口恶气。就在他眯细着眼仰天吐出这口恶气时，他的军事实力在当时中国已是屈指可数；而他本人，也理所当然地成了直系领袖。