袁崇焕改编了毛文龙的军队后，为毛文龙举行了祭礼，在他的灵柩前拜祭说：“昨日斩尔，乃朝廷大法，今日祭尔，乃我辈私情。”后来袁崇焕写了洋洋数千言的奏疏——《蓟辽督师袁崇焕题本》，在列举毛文龙的罪状及处斩的全过程之后，向皇上流露出惶恐的心情。
要知道，在当时，大敌当前，未经请示竟然擅杀一名大帅，此事非同小可，所以他要“战惧惶悚之至”，“席藁待罪”了。崇祯皇帝知道这事后大为震惊，考虑到毛文龙既然已死，目前正要倚重袁崇焕收复辽东，不得不改变先前对毛文龙的优容态度，支持袁崇焕。
但是，我们可以反过来想想，这一事件的处置对于崇祯皇帝而言，实在是不得已而为之。他已把辽事全盘托付给了袁崇焕，由他全权处理，将在外君命有所不受，他只要求袁崇焕能实现五年复辽的诺言，在此前提下，一切都可以听任他便宜行事。对于袁崇焕而言，杀毛文龙确是大错特错，于己于国都没有任何的好处。
令人遗憾的是，恢复辽东的军事行动还没有开始，明朝内部却首先“同室操戈”，削去自己的右臂，无异于把自己逼上了绝路。如果不能实观五年复辽的承诺，那么只有一死。临敌斩帅乃兵家大忌，内部窝里斗的结果只有使敌人变得更为主动。而当时的毛文龙的存在毫无疑问对后金是一大威慑力量，是他们南下进关骚扰的后顾之忧，有着不可忽视的战略意义。因而，他的死也为敌人提供了一个很大便利。
当时，毛文龙和他所管辖的地区在牵制后金军队方面具有战略作用。后金方面早就把毛文龙视为眼中钉，对他软硬兼施，但征讨与招降都没有收到什么效果。皇太极无法做到的事，袁崇焕帮他做到了，这是令敌人感到非常高兴的事情。
由此看来，毛文龙被杀的直接后果，就是几个月后发生的“己巳之变”，所以后金军队突破长城边关兵临北京城下。这一事件也证明了，毛文龙的牵制作用一旦解除，后金就可以肆无忌惮地长驱南下了。
这件事刚过了不久，毛文龙的部将孔有德、耿仲明等在登州发动政变，几乎所向披靡，酿成山东大乱，继而孔、耿率部投降皇太极，成为南下攻伐的一支相当有杀伤力的武装。当然，孔、耿的叛变责任自负，但袁崇焕杀毛文龙一定程度上起到了为渊驱鱼的消极作用。这足以令袁崇焕和崇祯皇帝后悔一阵子了。
左光斗为何被迫害致死
左光斗（1575～1625年）字遗直，号浮丘。明桐城人（今枞阳横埠乡忠毅村人）。万历三十五年（1607年），他考中进士，被朝廷授予中书舍人的官职，不久就提拔为御史，负责巡视监察首都百官，开始了他的漫漫仕途。
左光斗少年时的家境并不好，兄弟九人，全靠其父亲左出颖一人维持生计，常以粥度日，因此深知民间疾苦。他当官后，非常重视农业。天启元年（1621年），他负责直隶的屯田事务，亲自考察全境，目睹直隶田野中田地的荒凉景象，忧心如焚，写了《足饷无过屯田，屯田无过水利疏》的奏章，提出北方应当仿效南方，兴修水利，种植水稻，并制订浚川、疏渠、引流、设坝、建闸、设陂、筑塘等14条具体方案。实施时，他亲自到田野中督促官吏教导百姓如何种植，并且招募南方农民到北方教耕种。他又向朝廷启奏：今后朝廷考核官吏政绩，应当侧重农田水利基本建设方面。如果荒废农田，即使其他方面可观，也只能列为下等。由于他的倡导和躬亲力行，使荒无人烟的不毛之地变成米粮之仓。
明末政治十分腐败，买卖官爵十分普遍，因而就有人趁机造假的官符印信，以诈骗钱财。从而形成以吏部为主的造假集团，危害极大。左光斗上任后第一件事就是打掉这个造假窝点，当场搜出假的官印七十余枚，逮捕假官一百余人，造假集团的幕后主使金鼎臣也被抓获处死。此事一出，朝野震动，贪赃枉法之辈一见左光斗就吓得直哆嗦。
在一个风雪严寒的古寺中，左光斗与年轻的史可法结下了师生情谊。那天，天上飘起了大雪，左光斗在官署里喝了几盅酒，忽然起了游兴。他带着几个随从，骑着马到郊外去踏雪。他们走着走着，见到一座古寺。他们都累了，想休息一下，左光斗推开虚掩的寺门，进了古寺，只见左边走廊边的小房间里，有个书生伏在桌上睡着了，桌上还放着几卷文稿。左光斗走近前去，拿起桌上的文稿细细看了起来。那文稿不但字迹清秀，而且文辞精彩，左光斗看了不禁暗暗赞赏。他见在这么严寒的天气里，那书生穿得单薄，就毫不犹豫地把自己身上披的那件貂皮披风解下来，轻轻地盖在书生身上。左光斗退出门外，把门掩上，打发随从到寺里和尚那里去打听，才知道那书生名叫史可法，是新到京城来应考的。左光斗把这个名字暗暗记住。
到了考试那天，左光斗发现史可法也在考生之中，文章写得很不错，于是当场把史可法评为第一名。考试以后，左光斗在他的官府接见史可法，勉励了一番，又把他介绍给了家人。他当着左夫人的面夸奖说：“我家几个孩子都没有才能。将来继承我的事业，全靠这个小伙子了。”左光斗和史可法建立了亲密的师生关系，史可法家里贫穷，左光斗要他住进官府，亲自指点他读书。
明熹宗年间，政治异常昏暗，大宦官魏忠贤把持朝政，他残酷迫害不肯依附他的正直官员。首先站出来的是左光斗的好朋友、同为东林党领袖的杨涟。杨涟拟奏章历数魏忠贤二十四条罪状，左光斗积极响应上疏，列出了魏忠贤的三十二条死罪。两人正气凛然，义正辞严，在朝廷内引起了巨大震动。一批正义之士纷纷响应，一时间严惩魏忠贤的呼声响起。
杨涟和左光斗的上书的确把魏忠贤吓住了。因为他们上书中所列举的魏忠贤的罪状件件属实，假若皇上真的生气了，后果对魏忠贤来说是不堪设想。魏忠贤决定直接找皇帝，找到了皇帝后，他跪在地上向明熹宗哭诉说：外庭有人想要整治他，给他罗织了许多罪状，全是无中生有。他一心为国、一心为了皇上才得罪了这些人，这些人攻击他，实际上是想限制皇上。昏庸的朱由校还没读那份奏章，不知道奏章说的是什么。朱由校的乳母客氏又在旁边说魏忠贤如何清正廉洁，外庭的大臣故意跟他过不去，是因为魏忠贤公正廉明，他们做不了弊，才危言耸听，给魏忠贤安了这么多罪名。
愚昧昏庸的朱由校只知道魏忠贤万事顺从，竭尽全力陪他玩，对朝中事务根本不了解，因此也就说不出什么，也不愿意读那份奏章，就挥手让他下去。明熹宗对杨涟大加申斥，说他“捕风捉影，门户之见，大胆妄言”。魏忠贤顺利地渡过这一难关后，明白了别看东林党人声势浩大，其实不掌握实权，很容易对付。
在他的暗示下，他的党徒诬陷杨涟和左光斗。杨涟和左光斗先后被逮捕入狱。左光斗在桐城被捕时，家乡父老头顶明镜，手端清水，抱着他的马头嚎啕大哭，声震四野，即使是奉命去逮捕他的捕快也不禁落下了泪水。
左光斗被捕以后，史可法急得不知怎么办才好。他每天从早到晚在牢门外转来转去，希望有机会探望老师。阉党把左光斗看管得很严密，不让人探望。
左光斗入牢之后，还不知道自己究竟犯了什么罪。在过堂的时候，才知道是被诬陷受贿。他对杨涟说：“他们这是存心要杀我们。他们杀我们有两个办法，一是趁我们不服，乱棍将我们打死；另外是暗杀我们，说我们暴病狱中。如果在审问我们的时候，我们先承认受贿，在移交法司的时候再翻供，还有一丝机会。”