为了消除这种疑虑，选拔北方的人进入政府做官无疑是一种最好的办法。朱元璋知道南方经济发达，文化教育的水平也确实比北方高，但是，他不能让每一次入选的人都是南方人。这样一来，朝中大臣尽是南方人，对国家的统一和稳定又有什么好处？
权衡利弊，他只能采取这种分南北取士的方法，让南北两地的官员人数保持平衡，以维护国家的长治久安，也算是用心良苦了。在这次科举事件中，双方都有不同的立场，因此很难用对与错的标准来评判双方。
一方面，那些宁死也要坚持己见的大臣们，用他们的生命坚持了科举考试的公正原则，他们的勇气是非常令人敬佩的。另一方面，朱元璋的选择，则是从国家政治的角度出发的一种变通的方法。这一点已经超越了公正的范畴，而上升到了政治的角度。
《永乐大典》下落之谜
《永乐大典》是我国古代编纂的一部大型类书，是中华民族珍贵的文化遗产。《永乐大典》初名《文献大成》。《永乐大典》是明代官修的大型综合性类书，诞生于腥风血雨的皇权更替中。明成祖朱棣假祖训“清君侧”之名，发动“靖难”之役，夺取了他的侄子建文帝朱允炆的帝位，自己登基，改元永乐。朱棣为了稳定自己的专制统治，极力网罗听话的文人学士，大量编辑出版图书，炫耀自己的文治武功。明永乐元年（1403年）七月，明成祖朱棣命解缙、姚广孝、王景、邹辑等人纂修大型类书，永乐二年（1404年）十一月编成《文献大成》。
但是永乐皇帝并不满意典籍所包揽的范围，因此又下令大规模地进行了修改。主要由姚广孝和解缙承担，并有2169名学者从翰林院和国子监被抽调出来参与此书的编修。永乐五年（1407年）十一月，所有的编辑工作完成，朱棣为这部亘古未有的巨帙之书题写书名为《永乐大典》，并亲自序文，称赞这部书“上自古初，迄于当世，旁搜博采，汇聚群书，着为奥典”。
全书正文22877卷，自用例和目录60卷，装成11095册，总字数约37亿字。书中保存了我国上自先秦、宋元以后的佚文秘典，下迄明初的各种典籍资料达8000余种，是中国古代最大的百科全书。
《永乐大典》收录古代重要典籍至七八千种之多，上自先秦，下达明初，这在当时真可以说是“包括宇宙之广大，统会古今之异同”。宋元以前的佚文秘典，多得藉以保存流传。收录的内容包括：经、史、子、集、释庄、道经、戏剧、平话、工技、农艺、医卜、文学等，无所不包。所辑录书籍，一字不易，悉照原著整部、整篇或整段分别编入，这就更加提高了保存资料的文献价值。全书体例“用韵以统字，用字以系事”，检索非常方便。该书编成后，即珍藏在南京的文渊阁。永乐迁都后，又移至北京，深藏在故宫内的文楼（即文昭阁）里。
嘉靖三十六年（1557年）宫中火灾，火势危及文楼。火灾之后，嘉靖皇帝萌生了将《永乐大典》再抄一部副本另外保存的念头。重录副本直到隆庆元年（1567年）方告完成，与永乐正本的格式、装帧完全一致。永乐正本移放到文渊阁，明亡之后下落不明。
学术界一般认为，大批书毁于明清之际的战火，也有人提出可能作为嘉靖皇帝的殉葬品埋入了永陵，有些学者称之为未解之谜。
明代的内阁制是如何确立的
明代的内阁制，发展过程是颇为复杂的。严格说来，内阁制是直到仁宣之世才正式形成的，并且直到了仁宣之世“大学士”才获得实权。
朱元璋登基后，废除了丞相制，六部直接向皇帝负责，皇权空前加强，全国政务最后都集中到他的身上。
如此一来，朱元璋即使整天批答处理章奏，仍然忙不过来。每当遇到重大问题时，手下又无人可以共同商量。
此时，朱元璋已经发觉要人参谋帮助的重要性。于是，洪武十三年（1380年）九月，朱元璋置“四辅官”，让大儒王本、杜佑、龚牧、吴源等任之。四辅官的任务是“协赞政事”，复核司法审判结果，有疑问的可以封还再议。
然而，这些人不能胜任其职，不久之后相继致仕。继任的安然虽练达庶务，却在洪武十四年（1381年）八月病死，以后就废罢不设。四辅官的设置虽然只有一年左右，但是已经开了皇帝要人帮助的先例。
洪武十五年（1382年），朱元璋仿效宋朝的制度，任命礼部尚书刘仲质为华盖殿大学士，检讨吴伯宗为武英殿大学士，典籍吴沈为东阁大学士。又置文华殿大学士，征耆儒鲍恂、余铨等为之，辅导太子，都给五品官的待遇，这就是后来内阁制的最早雏形。不过，由于朱元璋勤于政事，重大政务皆自行决断，直到病重弥留之际，还亲自办理政事。因此，这些大学士不过是摆设而已。
朱元璋之后的建文帝，一直忙于征战，大学士一职也没有什么改变。
明代内阁制度的基本形成，是在明成祖朱棣时期。
朱棣即位后，便命侍读解缙、胡广，编修黄淮，修撰杨荣，编修杨士奇，检讨金幼孜、胡俨等人入内阁，参行政事，这是内阁干预中枢政治的开始。
从此以后，阁臣的设置成为常制，成为一个稳定的官僚机构，从职责和名称来看，明朝的内阁制度，这时已基本形成。但当时阁臣的阶秩不高，“各赐五品服”，是中级官员。但是入阁者不得管理下属各司，各司奏事也不经过内阁。
尽管阁臣与皇帝“朝夕左右”，“机密事务悉预闻”，朱棣也曾鼓励解缙等人说：“代言之司，机密所系，且旦夕侍朕，裨益不在尚书下也。”但实际上阁臣的权力远远不及尚书，尤其当时的吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉等人的权力远远大于“大学士”。阁臣虽得以参预机务，但他们的权力却受到种种限制。他们的建言行事，即使得到皇帝的赞许，在推行中也还会有所顾忌。
如永乐十七年（1419年）十一月，学士杨荣疏陈十事，皆指斥府、部、法司积弊。永乐看完后密谕荣曰：“卿言甚当。但侍臣腹心之臣，若进此言，恐群臣相猜疑，不若使御史言之。”于是，御史邓真上疏入奏，众皆请罪，诏诸司即日悛改，怙终者不赦。从这一事件不难看出，永乐年间的阁臣虽然可以接近皇帝，但是份量却不重，跟掌握实权的大臣还有一定的距离。
仁、宣时期，明朝的内阁制度进一步发展，阁权开始重于部权，主要原因就是各个大学士逐渐开始晋升为尚书、太保、太傅等职，无论何事，皇帝都召见大学士议论，阁臣之权也渐渐大了起来。
在朱棣之前，“殿阁大学士，官仅五品”，“终永乐之世，未尝改秩”。朱棣在位时，虽然信用阁臣，但因阶秩不高，处理朝政时，必然要受到一定的影响。
仁、宣时期就打破了这一限制，不断提升阁臣的官阶。仁宗刚即位，“进杨荣太常寺卿，金幼孜产部侍郎，仍兼大学士。杨士奇礼部左侍郎，兼华盖殿大学士，黄淮通政使兼武英殿大学士，俱掌内制”。这样，就把阁臣的官阶从正五品提高到正三品。
仁宗时，又设建文、永乐时罢置的公孤官（太师、太傅、太保为三公，正一品，少师、少傅、少保为三孤，从一品）。先后封杨士奇少保，又进杨荣太子少傅兼谨身殿大学士，金幼孜太子少保兼武英殿大学士。
可见，这时内阁大学士已跻入公侯伯尚书的行列。十二月，又进杨荣工部尚书。自仁宗即位以后，对杨士奇等阁臣不断擢升，但提升为尚书的，杨荣为第一人。虽在这之前阁臣已有提升为公孤官的，但还是虚衔，不及尚书握有实权。洪熙元年（1425年），进杨士奇兵部尚书，进黄淮少保兼户部尚书、金幼孜礼部尚书。比较后进的杨溥，也于宣德九年（1434年）“迁礼部尚书”。
当时，吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉，“皆以元老为中外所信”，“名位先于三杨”，“与三杨同辅政”。但实际上，“仁宣之间，政在三杨”，可见，这时已形成阁权重于部权的局面。
内阁制真正掌握大权，主要还在于获得了“票拟”的权力。永乐时阁臣虽参预机务，但奏章都送到皇帝面前，由皇帝批决。
宣德时，始有内阁的“票拟”。“票拟”即是阁臣草拟对臣僚各种章奏的处理意见，这是内阁的最大权力所在。阁臣获得票拟权，也就是直接掌握了处理国家政事的权力。人们把明代内阁之职比于古之丞相，就是因为其主票拟的缘故。
内阁大学士有多人，所以在主持票拟及处理其他政务时，往往根据阁臣资历的深浅，及皇帝信任程度的不同而有主次之分。如宣宗时，在内阁的除了“三杨”以外，还有张瑛为华盖殿大学士；陈山为谨身殿大学士。他们两人权力远逊于“三杨”，可见以后的首辅制度，这时已见端倪。
首辅制度正式形成于明中叶。资格最老、最受皇帝信任的大学士被称为首辅，负主要责任；其余的大学士称群辅，权力比首辅小得多，是其助手。