1962年2月，苏联批准了扩大对古巴的军事援助。后来当克格勃报告说美国的入侵并非迫在眉睫时，国防部向古巴供应SA-2防空导弹的建议就被搁置起来了。然而仅仅过了两个月，赫鲁晓夫就提出了向古巴运送中程导弹的事情。与此同时，美国在大西洋与加勒比海地区进行着最大规模的军事集结行动。也差不多就在此时，卡斯特罗与亲苏联的古巴共产党领导人阿尼巴尔·埃斯卡伦特之间的分裂使菲德尔有倒向毛泽东一边的危险。这两种事态的发展都时时出现在赫鲁晓夫的脑海里。失去古巴“将是对马克思列宁主义教义的巨大打击，将会使我们远离拉丁美洲，将会使我们的威望受到损害”。谢尔盖·赫鲁晓夫后来写道，他父亲将卡斯特罗的失败“看作他自己的失败”。根据特罗亚诺夫斯基的说法，赫鲁晓夫“总是担心”他可能会被迫“做出让步”，“他会为出现这样的情况承担责任”。他总是想起斯大林的那句警告，帝国主义会“像掐死小猫一样”扼死他的继任者。特罗亚诺夫斯基认为，他肯定会时常想起斯大林的奚落，因为中国人当时不停地指责赫鲁晓夫“向帝国主义屈服”。
如果赫鲁晓夫想保护古巴，那他为什么不用常规武器？他为什么不在不依靠核武器的情况下派遣苏联军队作为保护古巴的象征性部队（就像美国在欧洲的驻军一样），从而确保美国对古巴的任何入侵都会引发美苏之间的冲突呢？大肆渲染的警告加上模糊的报复威胁是苏联人喜欢的又一种伎俩，他们在过去的危机中也曾尝试过，尽管并不是每次都能取得成功。此外，如果赫鲁晓夫只是想“进行核打击”，那他为什么不只是部署战术核武器？战术核武器不能打到美国的本土，但还是拥有足够的威胁，可以彻底粉碎入侵的美国军队的。赫鲁晓夫的决定让华盛顿百思不得其解，因为战略核导弹带来的风险好像与其可能带来的额外利益是极不相称的。肯尼迪政府不能理解的是赫鲁晓夫脑子里奇怪的核遏制逻辑。赫鲁晓夫后来回忆说：
我的想法是这样的。如果我们秘密进行导弹部署，美国是在这些导弹部署完毕、形成攻击态势后才发觉，那么美国人在试图通过军事手段摧毁我们的导弹部署前就会三思。我知道美国是能够将其中一些导弹摧毁的，但并不是全部。只要有四分之一，甚至是十分之一的导弹在美国人的攻击下幸存下来——或者留下的只是一到两枚威力巨大的核导弹——那么我们仍然可以打击纽约，使纽约剩下不了什么。我并不是说纽约所有的人都会被消灭——当然不是所有的人，但肯定有大量的人会被消灭。我不知道会是多少。……但是这并不是问题的关键。关键的是，我认为，我们在古巴部署的导弹可以制止美国对卡斯特罗政府采取危险的军事行动。
这就是赫鲁晓夫的如意算盘。部署导弹的目的是为了吓唬美国人，并非真的是为了实际运用。艾森豪威尔的想法与此大同小异，但是肯尼迪的想法并非如此：为了确保核威慑的可信度，他追求的是足够大的核优势，以使莫斯科确信他真的想冒核战争的风险。赫鲁晓夫的想法则要简单得多：只要他有（或者看起来有）最低数量的核导弹，并宣称随时准备运用这些核导弹，那美国人就会受到胁迫。只要在华盛顿发现之前使古巴部署的导弹具备实战能力，美国人就不会对这些导弹，或是卡斯特罗本人怎么样。
直到1962年，赫鲁晓夫外交政策的基石就是吹嘘苏联正在大规模制造能摧毁美国的洲际导弹。尽管U-2飞机的侦察飞行拍摄了大量的图片，但美国情报机构在1961年中期之前还是无法判断赫鲁晓夫核讹诈的真伪。1961年中期，“日冕”间谍卫星与苏联变节上校奥列加·彭科夫斯基（Penkovsky）提供的情报证实苏联只有屈指可数的几枚可以用于实战的洲际导弹，而当时肯尼迪政府自身的核导弹生产正使其形成压倒性的战略优势。
1961年10月30日，苏联试爆了一枚5000万吨级的核弹，其爆炸力相当于第二次世界大战中所有武器的总和，包括在广岛和长崎爆炸的原子弹。不过，甚至在此之前，肯尼迪已经决定向世界宣布赫鲁晓夫是在进行核讹诈。10月21日，副国防部长罗斯维尔·吉尔帕特里克宣布美国拥有“至少相当于苏联首轮核攻击的第二次攻击能力”。1962年2月，麦克纳马拉在参议院外交关系委员会上作证时说，美国拥有“进行大规模核战争的明显军事优势”。一个月后，美国总统发表公开声明称：“美国永远不会首先使用核武器。……赫鲁晓夫肯定不会相信美国在其根本利益受到威胁时会放弃首先使用核武器。”他告诉专栏作家斯图尔特·阿尔索普说：“在一定的情况下，我们可能得采取主动的行动。”[1]
苏联对这种命运的逆转反应特别敏感，愤怒地否认美国占据着战略优势的说法，并攻击肯尼迪威胁首先使用核武器。由于赫鲁晓夫认为哪怕是表面上的战略优势都可能具有决定性的意义，因此美国实际的优势将会对苏联带来加倍的损害：他不仅会失去四年来一直倚仗的这种原子武器杠杆，而且美国人会使用这一杠杆来对付苏联人。
赫鲁晓夫的个人推断具有很强的目的性。他坚持依赖洲际导弹，而不是常规武器，即使当克里姆林宫实际上并不掌握这一手段时也是如此。就像可能失去古巴将会带来重大损失一样，核优势的丧失也可能会给苏联带来灾难。难怪他在1962年3月与阿纳托利·多布里宁（Anatoly Dobrynin）交谈时称，美国企图获得核优势是“特别令人无法容忍的”，在谈到华盛顿的核武器射程时，他说：“现在正是斩断他们核武器之手的时候了。”
1962年2月，赫鲁晓夫前往皮聪大进行了一段时间的休养，同时准备苏联国防委员会的一次重要会议。与会的有最高军事指挥官、主要的导弹设计师以及主席团成员。赫鲁晓夫穿着休闲服装（一件绿色的夹克，灰色的裤子）主持会议，这与其他人的正式服装形成了鲜明的反差。军事指挥官们坦陈苏联现有的洲际弹道导弹还不足以与美国相抗衡。R-16导弹（西方国家称为SS-6）的发射准备时间需要数个小时，而美国的“民兵”导弹可以在几分钟内发射。“在做好发射准备前，”莫斯卡连科（Moskalenko）元帅抱怨说：“我们所有人身上都没有一块干的地方了。”此外，即使美国人未能摧毁R-16，其自身不稳定的液体燃料也可能导致事故。为了避免发生爆炸，每隔30天就要把燃料排干一次，而使用固体燃料的“民兵”导弹可以无限期地保持战备状态。“父亲表情严峻地扫视了一下全体与会代表，”谢尔盖·赫鲁晓夫后来说：“他想达成的结果被再次证明是无法实现的。……他要求那些与会代表思考如何才能将导弹的发射准备时间降至最低，以赶上美国人的水平。”
与洲际导弹的情况不同，苏联人拥有的洲际导弹的数量不多，但拥有数量众多的中程导弹。将中程导弹部署到古巴至少可以使苏联能打到美国城市——如华盛顿、亚特兰大、达拉斯与新奥尔良等——的核弹头数量增加一倍。特罗亚诺夫斯基认为，部署这些导弹旨在“改变核力量对比，使之有利于苏联，美国当时在该领域拥有压倒性的优势”。特罗亚诺夫斯基听到了当时主管其他社会主义国家事务的尤里·安德罗波夫与赫鲁晓夫之间的谈话，安德罗波夫说：“只要部署成功，我们就能将它们瞄准美国柔软的下腹部。”“除了保护古巴，”赫鲁晓夫在他的回忆录中证实：“我们的导弹还将真正实现西方人喜欢说的‘力量均势’。美国人也将尝到敌人的导弹时刻对着你是什么滋味；我们其实没有做什么，只是以其人之道还治其人之身而已。……我们俄罗斯人在过去的半个世纪里已经经历了三场战争。……美国人从来不用在他们自己的土地上打仗……由此他们赚足了战争钱财。美国从世界其他地区的流血中赚取了数不清的美元。”
特罗亚诺夫斯基后来写道，古巴问题其实与柏林问题并没有什么关联。这位赫鲁晓夫的前助手认为，柏林墙其实在柏林危机中就已经倒塌了。当然，“双方的确继续进行着外交上的斗争，双方都发表了一些公开的声明，根据形势的不同发展，有些强硬，有些理智”。但是“这些是风暴消退前的最后浪潮。……至少在我们一方看来是这样。很显然，赫鲁晓夫不可能就这样解决西柏林问题，因为东德领导人在他后面盯着，敦促他采取一些强硬的措施。但是他所做的其实没有什么，只是一些空拳练习而已。”
柏林问题的发展在一定程度上符合特罗亚诺夫斯基的解释。赫鲁晓夫收回了他在1961年10月17日维也纳会晤刚刚结束时发出的关于柏林问题的最后通牒。几天后，在查理检查站发生的双方坦克对峙看起来令人惊慌，但事实上事态并没有进一步恶化。[2]当接下来关于柏林问题的谈判一无所获时，首先是葛罗米柯和汤普森大使在莫斯科的会谈，接着是腊斯克与多布里宁在华盛顿的谈判，苏联人显得泰然自若。1962年1月，汤普森“吃惊地发现［葛罗米柯］没有表露出任何着急的表情，好像对当前的态势将持续多长时间也并不是很感兴趣”。腊斯克在2月份说，莫斯科好像已经做好了“冻结柏林问题”的准备。尽管美国采取不妥协的态度，但葛罗米柯既没有威胁中止会谈，也没有对这一僵局大肆宣扬。在2月28日的国家安全委员会会议上，吃惊的腊斯克说，苏联人“好像很愿意一遍又一遍地继续这种长时间的口舌之争”。
特罗亚诺夫斯基引证危机爆发前所发生的一件事情来说明古巴导弹与柏林问题并没有关联。当外交部副部长瓦西里·库兹奈索夫建议对柏林进行封锁，以对抗华盛顿对古巴的隔离时，赫鲁晓夫对他发火说：“我们刚刚开始从一个风险中摆脱出来，而你现在又建议我们去冒另一次风险。”不过，赫鲁晓夫在危机进入白热化时拒绝对柏林进行封锁并不能证明德国问题与引发古巴导弹危机没有丝毫的联系，大量的材料似乎都证明这种联系是存在的。
赫鲁晓夫和肯尼迪之间有着秘密的通信（白宫的助手们戏称为“笔友通信”），从1961年9月开始，并一直持续到古巴危机发生之后。在此期间，肯尼迪在柏林问题上几乎没有做出让步，他的姿态好像使赫鲁晓夫烦躁不堪。11月9日，赫鲁晓夫听起来好像已经孤注一掷，特别是肯尼迪的助手们记得，在古巴危机爆发后赫鲁晓夫在给肯尼迪的一封信中写道：“你们得明白，我已经没有再往后退的余地了，我的后面就是万丈悬崖。”[3]当肯尼迪12月2日的答复没有考虑到赫鲁晓夫所处的困境时，这位苏联领导人指责美国人“妄自尊大”，并发誓说：“我们必须就德国和平条约做出结论，即使你们不同意，我们也得这么做。”[4]
白宫新闻秘书皮埃尔·萨林格尔于1962年5月中旬来到莫斯科，与苏联官员讨论关于信息交流的问题。让他感到震惊的是，他被带到了赫鲁晓夫的别墅里，与这位苏联领导人一起呆了两天。在这两天的时间里，安排了大量的赫鲁晓夫喜欢的休闲娱乐活动——吃饭、喝酒、划船、射击、开玩笑以及将他自己与斯大林作比较（斯大林“只懂得马克思列宁主义，但是他不知道如何将其应用于农业和工业。他对于实际事务并不擅长。我希望他能看到这个农庄［他别墅的旁边］现在的样子，那样的话，他就会知道我是正确的”），但是赫鲁晓夫还是不停地提到了柏林问题。如果他和肯尼迪不能达成一致意见，那他们就会处于“一场十分重大的考验的边缘”。赫鲁晓夫好像确信美国不会“因为西柏林而开战，在柏林问题上与苏联开战需要美国付出几乎是想象不到的代价”。
7月26日，赫鲁晓夫向正要回到华盛顿的汤普森大使道别。他再次警告说，他还能在德国和平条约问题上“无限期地等待”，他似乎“处于深深的焦虑之中”。同年9月，赫鲁晓夫将正在苏联访问的美国内务秘书斯图尔特·尤德尔召到了皮聪大。德国形势“让人无法再忍受下去了”。他警告说。由于肯尼迪缺乏必要的“勇气”，赫鲁晓夫将“帮助他解决这个问题。我们会给他一个选择，是战争还是签署和平条约。……你们想要柏林吗？其实你们根本不需要它。……很长时间以来，你们把我们就像小孩似的呼来唤去。现在该轮到我们打你们的屁股了”。
10月16日，赫鲁晓夫告诉汤普森的继任者弗伊·科勒尔说，他计划参加11月在纽约召开的联合国大会，届时他希望能与美国总统就西柏林问题达成一致意见。美国人刚刚得知苏联在古巴部署了导弹，这正是达成他在柏林问题上目标的绝佳时机。
直到此时，莫斯科可能都在利用柏林问题“转移”美国人对古巴的关注，这是米高扬后来对卡斯特罗所说的。不过，这并不能证明赫鲁晓夫所有的大吵大闹都没有什么意义。正如特罗亚诺夫斯基坚持认为的那样，柏林墙竖起来后，柏林危机其实已经过去了，那赫鲁晓夫为什么还要拼命揪住这个问题不放？1999年在被直接问及这个问题时，特罗亚诺夫斯基回答说：“你得反复强调某些事件，毕竟，冷战仍在持续。”