在抗洪抢险中，也出现了不尊重专家意见、权力凌驾于一切之上的痼疾。九江堵口，就现场的沉船来看，专家说最好的方式是横着沉，而有关领导却命令竖着沉。专家无权，自然是领导说了算，于是，船就竖着沉下去了。结果形成一股巨大的暗流，给堵口带来了很多不必要的麻烦，也延缓了堵口的顺利施行。
98抗洪抢险，截止８月２４日，共出动解放军和武警官兵四百三十三点二二万人次，车辆三点五七万次，飞机和直升机一千二百八十九架次，解放军和武警部队在长江沿线投入的总兵力为十七点八万人。８月１６日傍晚，中央军委副主席张万年打电话给亲临抗洪前线的广州军区司令员陶伯均上将，转达军委主席江泽民指示，任命他为湖北抗洪部队总指挥，并表示要多少兵就给多少兵，要求确保长江大堤的安全。８月２５日，长江抗洪一线的解放军和武警部队十七点八万官兵遵照江泽民主席的最新指示，于当晚８点全部上堤，全力以赴迎战长江第七次洪峰。严密得当的组织措施连美中关系全国委员会前主席兰普顿先生也认为，即使美国也难以做到。在长江沿线出动如此众多的兵力，渡江战役为第一次，这是第二次；喊出“保卫大武汉”的口号，在历史上也是第二次，第一次是１９３８年的抗日战争的武汉大会战，那是抗日战争爆发后中日双方投入兵力最多、战争规模最大的一次战役，也是迫使日本从战略进攻进入战略相持的一个转折点。只有当我们民族的经济发展、社会秩序和政治稳定受到严重威胁，才会出动如此大规模的集团军队。以往，这种威胁主要来自战争，而１９９８年一场洪水，却使我们感受到了这种威胁的严重侵袭。国家的安全不仅来自外部，也可来自内部；不仅来自人类自身，也可来自严重的自然灾害。据此，也使我们以往对国家安全与国防建设的传统观念提升到了一个新的认识高度。
人类出现在地球上虽然已在一二百万年的历史，但与古老的地球、与人类赖以生存的空气、水分相比，是太年轻太幼稚了。人类对地球、对宇宙的认识，也只有在不断的发展与探索中日益全面深刻。
当人类从蒙昧的昨天走到20世纪末期的今天，对自然界经历了被动的服从到盲目的征服，正在为科学技术的飞速发展、生产力的高度发达而欢欣鼓舞时，一系列新的问题与挑战，又严竣地摆在了我们面前。
其中最突出的就是人口激增、环境污染、资源短缺。
它们之间互相关联、互相作用、互相制约，构成了一个较为完整的生态失衡系统。
在新旧千年相交之际，人类与自然的关系也发展、进入了一个无法回避的临界点：要么继续我行我素，没有节制地滥取滥用，加速人与自然的两极对立，致使自然向无机世界回归，那么，包括人类在内的一切生命都将由此走向死寂；要么在深刻反思内省的基础上转变观念，更新行为，不再凌驾于自然之上或超脱于自然之外，而是置于大自然的摇篮之中，将人类视为自然的一个有机组成部分，与之和谐相处协调发展。
以人类的睿智深邃，并非难以抉择。只要我们保持清醒的认识，不断地调整自己的行为，就能从无序到有序、从感性到理性、从直觉到科学、从初始的自在到历史的自为走向未来的自觉之路，逐步迈向人类理想的自由王国。
在98抗洪救灾中，我们已欣喜地看到，不少行为已经纳入自觉化、规范化的范畴与轨道。
在这次洪灾面前做得最好的，我以为就是卫生防疫。清朝八次大的洪水过后，就发生了八次大的瘟疫。这次，由于有关部门通力合作，打了一场救灾防病的持久战、攻坚战和总体战，死守“防疫大堤”不动摇，从而确保了98特大洪水过后没有疫病流行。
长江防汛历史表明，水位回落，往往也是溃口之时，“涨水不溃退水溃”。为此，有关部门一再督促、强调不能麻痹大意，不能功亏一篑。事实证明，长江退水时虽然也有险情发生，但因排查及时到位，没有出现一起溃口事故。
面对接踵而来的第三次强大洪峰，中央有关抗洪部署的决策调整十分及时英明，7月28日凌晨，江泽民号令抗洪前线，提出了三个确保：“确保长江大堤安全，确保武汉等沿江重要城市安全，确保人民生命财产安全。”有确保，有重点，就有放弃，克服了轻重不分、缓急不明、面面俱到的毛病。放弃是为了更好的防守，舍小家是为了更好地保卫大家、舍小局也是为了更好地保护大局与全局。于是，长江沿岸的一些民垸主动扒口行洪。在黄陂县防汛前线，为了保证京广铁路线的畅通，保住天河国际机场，保住庞大的华中电网，他们不得不一而再、再而三地忍痛放弃曾长期坚守、付出过心血与代价的堤坝，用他们自己的话说就是“抢险抢险再抢险，破堤破堤再破堤”。正因为他们识大体明大局，主动弃守破堤，避免了一次又一次大的灾难，为国家减轻了损失。
98抗洪救灾，其中不少认识都是在与洪水的搏斗中不断提高不断加深的。一旦有所认识，也就及时地采取了相应的对策与行动。
６月６日，江泽民在对湖北防汛指挥部的一份紧急报告的批示中写道：“今年大灾以后，建议很好总结一下中国水利建设。”
朱镕基总理更是果断拍板，从１９９８年开始，加大水利建设投资力度，当年即追加投资二百五十四亿，其中长江占九十一亿。
四川省省长宋宝瑞在１９９８年８月２３日宣布，为保护森林资源改善长江上游生态环境，从９月１日起，四川省阿坝、甘孜、凉山三州，攀枝花、乐山两市和雅安地区，立即无条件地全面停止天然林采伐，关闭木材交易市场，全面启动四川天然林资源保护工程。
８月２９日至９月８日，国务院灾后重建小组分别来到湖北、湖南、江西，带来了国务院领导关于灾后重建的“三十二字方针”：“封山植树，退耕还林；退田还湖，平垸行洪；以工代赈，移民建镇；加固干堤，疏浚河道。”
未等洪水退去，一些地方已按“三十二字方针”和生态保护要求开始了防治洪水、重建家园的行动：
在湖北，省防汛抗旱指挥部已作出各地按照１９５４年最高洪水位二米的标准加固长江干堤；同时，对今年溃口的一百四十九处民垸，除保留其中最富经济价值和极少数不太碍洪的大垸外，其余一律作“平垸行洪”处理。
在湖南洞庭，沅澧尾闾今年被洪水冲毁的五六十个民垸已作出退田还湖的规划，灾民不再返回湖乡，而被安置到新的移民点。
在江西、安徽等地，灾后重建工作也在按照国务院的“三十二字方针”有序地开展进行着……
对长江洪水的治理，是一个全方位的系统工程。不仅涉及到长江的水质污染、滥垦滥伐、水土流失、生态平衡等严重问题，更应抓住这些现象背后所反映的实质性问题。
其中最严重的就是人口激增。超生、多生的现象普遍存在，在98洪水的救灾物质发放中，仅查出的一直隐瞒没有上报的人口就有成千上万。不论采取何等有力的措施，生活在长江流域的四亿多张嘴巴要吃饭要生存，这是一个怎么也不能否认的事实。封山造林，禁止砍伐，需要木材怎么办？上游的老百姓要烧柴怎么办？退田还湖，平垸行洪，过去生活在民垸里靠开垦出来的田土为生的老百姓的安居生活怎么办？这都是一些很现实的问题。
20世纪80年代初，广东某些丘陵地带生长着茂密的森林，并得到了严格的保护，禁止滥砍滥伐。可是，这里的侵蚀却越来越剧。原因何在？当地老百姓要柴烧，拣走了林中的枯枝落叶。而正是这些残落在地面的枝叶，比林木本身重要得多。涵水的枝叶被刮走，地表裸露，无法留住雨水，侵蚀也就在所难免了。
由此可见，治标得治本，严防死守计划生育的大堤，不让出现任何“险情”至关重要。
我们还应该认识到长江防洪的长期性。谈到长江防洪，不少人往往寄期望于三峡工程。到２００９年整个三峡工程竣工后，其防洪库容为二百二十二亿平方米，可以有效地拦蓄洪水，防止像１８７０年长江特大洪水给两湖地区造成的毁灭性灾难。但是，三峡工程的建成，并不等于防洪任务的终结。三峡库容量毕竟有限，若遇１８７０年那样的特大洪水，还有每秒八万立方米的流量下泻，长江流域仍将处于十分紧张的情势之中。再则，三峡工程建成后，又会面临新的问题与挑战，泥沙大量淤积水库，下泄流水中含沙量减少，长江中下游河道必将发生严重冲刷现象，出现新的崩岸险情。
……
98洪水的呼啸怒吼已随秋风秋雨的如期而至飘然远去，98抗洪的“硝烟”也缕缕飘散与高远蔚蓝的天空融为一体；但是，未来的抗洪形势仍然十分沉重十分严竣，不容我们有半点乐观；98洪水带来的灾难将时时警促我们内省反思，它带来的损失将有一段时间才能弥补，它带来的问题必有艰巨且长期不断的自觉行为才能得以真正解决，它留下的深刻教训正锻铸着具有悠久历史的中华民族走向成熟、走向涅盘。