新疆自古以来就是祖国不可分割的一部分。在2000多年的漫长历史中，新疆各族人民同祖国各民族的团结始终是历史发展的主流。
唐朝时，中央政府就在新疆地区先后设置了行政单位安西都护府和北庭都护府，管理东起阿尔泰山，西抵咸海；北至巴尔喀什湖及额尔齐斯河上游；南达昆仑山和阿尔金山的广大区域。1755至1759年，清乾隆皇帝派兵平定了准噶尔贵族和大小和卓木的叛乱，改两域为新疆，意为甘肃的“新疆城”，从此结束了长期分裂割据的局面。1760年，清政府正式在伊犁设官驻兵屯田，使荒凉空虚的伊犁河逐渐充实和兴盛起来。1762年，清政府正式设立总统伊犁等处的伊犁将军，管辖天山南北巴尔喀什湖以南广大地区，伊犁成为统辖新疆的首府，“天山南北总会之区”。清政府为了巩固在新疆的统治政权，实行移民实边的政策，先后从内地和南疆迁移大批兵民去伊犁地区屯田游牧。
沙皇俄国在19世纪60年代初吞并了我国东北边疆100万平方公里的土地之后，又把黑手伸进我国的西北边疆。1860年，俄国强使清政府接受的《北京条约》中有一条就是关于西部边界的。随后，清政府和沙俄各自派出官员在新疆塔城会晤，进行西部边界的谈判。在清政府既定的妥协退让政策下，清朝政府的谈判代表所能做的事，就只能是在沙俄提出的划界草案上签字。沙俄就这样又从中国割去了巴尔喀什湖以东、以南的44万多平方公里的土地。但是，侵略成性的沙俄并不甘心就此罢手。
1864年，新疆爆发了维吾尔、回等各民族人民的反清起事，斗争很快扩展到天山南北两路。这些反清武装的领导权很快被一些宗教和民族上层分子所控制，在新疆各地区实行封建割据，建立了许多小朝廷，以“排满、反汉、卫教”等口号蛊惑人心，制造民族分裂，相互争战不休，在天山南北建立了5个封建割据政权，给沙俄侵略者提供了可趁之机。
喀什噶尔（今喀什）的回族封建主金相印为攻下喀什噶尔的汉城（今疏勒），向中亚浩罕汗国（今乌兹别克共和国境内）求援。这就给了浩罕汗国的野心家阿古柏入侵的机会。浩罕派阿古柏率武装于1865年初侵入南疆，攻下汉城后，开始逐步兼并南疆其它地区。1867年，阿古柏建立哲得沙尔（意为“土城”）汗国，自立为汗。1870年，他又进占乌鲁木齐、吐鲁番，消灭了以乌鲁木齐为中心的封建政权，占领了南疆的北部和北疆部分地区。
阿古柏的哲德沙尔政权，是外国侵略者在我国新疆建立的殖民政权。阿古柏对南疆的统治完全是一幅血泪斑斑的图画。俄国间谍普瓦热瓦尔斯基曾经到过阿古柏占领区，认为在“现今的南疆是很难生活的。无论是人身安全，还是财产，都没有保障。”
阿古柏为了维持自己在新疆的统治地位，用出卖中国领土的主权为交易，争取沙俄和英国的支持。当时英、俄两国正在激烈争夺中亚地区。俄国想南下波斯湾，控制印度洋；英国想维护既得的殖民利益，不许别国插手。新疆成为它们争夺的重要战略目标。英、俄两国争取表示支持阿古柏，力图控制他，以达到侵占新疆的目的。
地理位置优越的沙俄以先下手为强的姿态，采取了蛮横的武力侵略政策。1870年，沙俄派兵强占了中国的穆札尔持山口，扼制了伊犁通往南疆的咽喉。1871年夏天，当阿古柏势力伸入北疆时，沙俄出兵强占伊犁，夺取了中国西部边疆战略要地。当地各族人民英勇抗击沙俄侵略者，与敌人拼死战斗达50多天。1872年，沙皇派代表团到喀什噶尔，以承认阿古柏政权为条件获得了许多权益，包括在南疆通商、访问、设立商务专员、对进口货物抽2. 5%的进口税等。1874年，英国也与阿古柏订立条约，通过承认他的统治地位，换取了在喀什噶尔设立领事、通商、英商在南疆交易只交纳2. 5%进口税的特权，英国人还可以随意进入阿古柏占领区的所有部分。
清政府命署理伊犁将军荣全赴伊犁与俄方交涉，荣全要求俄方归还伊犁，俄方不但置之不理，反而提出重划中俄边界和赔偿损失等无理要求，谈判毫无结果。而且，沙俄进一步扬言，说要准备夺取乌鲁木齐。
就在西北形势岌岌可危的时候，左宗棠以头白临边、垂暮之年挺身而出，面对重重困难，毅然提出承担收复新疆的重任，充分表现出他的爱国热忱。左宗棠对西北边疆的关注，可追溯到他的青年时代。1833年，年仅22岁的左宗棠第一次到北京参加会试，写成组诗《燕台杂感》，就谈及对新疆的“置省、开屯、时务”等规划。1871年，沙俄用武力侵占伊犁时，左宗棠正在陕甘总督任上，他敏锐地察觉到沙俄的扩张已进一步升级，表示“西顾正殷，断难遽萌退志，当与此虏周旋。”
1873年春，左宗棠在给清总理衙门的信中，明确提出了收复新疆的方略，要“从内布置，从新筹度。”“就兵事而言，欲杜俄人狡谋，必先定回部，欲收伊犁，必先克乌鲁木齐。”“就饷事而言”，则要撙节使用，统一各军专饷，“相其缓急，均其多寡”。
1874年，日本入侵台湾，海防告警。1875年，就在左宗棠平定陕甘，准备用兵新疆时，朝廷爆发了一场关于海防、塞防的大辩论。对此，清廷内部疑虑重重，意见纷纷，举棋不定。与此同时，英、俄两国也在伺机进行分裂我国领土的活动，以达到瓜分新疆的目的。英国以阿古柏的保护人身份进行所谓居间调停。英国驻华公使竭力劝说清政府不要出兵，应承认阿古柏政权使新疆南部成为自己的势力范围，并用以阻挡沙俄势力向南发展。沙俄如果遇不到什么阻力，就一定会从它已经占领的伊犁出发，进而占领新疆北部。
朝廷中议论海防、塞防之争的大臣大多认为，自清高宗乾隆帝平定新疆后，每年驻防要花军费数百万两，实在是一个无底洞，现在又要竭尽全力供给西征军，可以说是一种失策，应该按照英国人的议论，允许阿古柏独立成为中国的藩属，这样可以停止西征，集中全力筹办海防。李鸿章全力主张这一点。李鸿章借口“海防、西征，力难兼顾”，认为“新疆不复，于肢体之元气无伤”，而海疆不防，则心腹之患就会愈益严重，要求停止西征，“即匀作海防之饷。”在李鸿章的带头鼓噪下，“边疆无用”论、“得不偿失”论甚嚣尘上。刑部尚书崇实上奏，居然说新疆即使收复，也“万里穷荒，何益于事？”这一派人名义上力主“海防”，实则是以李鸿章为首的淮军官僚借此打击左宗棠，以扩大本集团的势力。
1875年4月，左宗棠上了一道约5000字的奏折，力排众议，详细论述了收复新疆的必要性。他首先肯定了“东则海防，西则塞防，二者并重”，然后分析了当时形势，进而反驳说：“陕甘新近平定，不乘此时机及时收回过去国家失去的土地，而把它割弃让其另外建立一个国家，这是自找麻烦。万一阿古柏政权不能守住新疆，不是西被英国人并吞，就是北被俄国人收入版图。这等于是坐在家里把国土送给别人，把边关要地丢失。边防兵员不可减少，军饷照常开支。否则不但无益于海防，而且会挫伤国威，造成祸乱。”
左宗棠的主张得到了军机大臣、总理各国事务大臣文祥的支持，他认为必须刻不容缓地进行新疆战役。文祥为左宗棠争辩说：“倘西寇数年不剿，养成强大，无论破关而入，陕甘内地皆震；即驶入北路，蒙古诸部落皆将叩关内涉，则京师之肩背坏。”文祥相信，左宗棠的军队在甘肃受过战争考验，能在新疆打胜仗。
清朝廷出于自身安全的考虑，才最终下定决心，把新疆军事托付给左宗棠。1875年2月，清朝政府任命左宗棠为“钦差大臣，督办关外剿匪事宜”，授予他筹兵、筹饷和指挥军队的全权。