1869年1月12日，章太炎出生于浙江余杭县东乡仓前镇的一个世代书香门第之家。其父章睿，能文善诗，作过知县。章太炎兄弟3人，章太炎排行最末。大哥、二哥都考中了举人，由此走上了仕途。父亲十分希望自己最小的儿子也走上当时的仕宦的正途——科举，因此请章太炎的外祖父——朱有虔从章太炎9岁时就开始教他。朱有虔虽然自己在国学上没有什么大的成就，但也是一个根底十分扎实、治学严谨的老学者。他对自己的外孙期望甚高，教导时就格外地用心，前后共用了4年的时间使一个懵懂少年“稍知经训”。之后，外祖父回海盐老家，章睿就亲掌教鞭。章太炎的求知欲十分强烈，他充分利用自己支配的时间广泛地涉猎史传，浏览老庄，而且尤其好读音韵训诂之书，诸如许慎的《说文解字》、顾炎武《音学五书》、王引之的《经义述闻》、邵懿辰的《尔雅义疏》、阮元的《学海堂经解》等，都是章太炎晨诵夕读的必读书。这为他今后在国学上取得的巨大成就奠定了坚实的基础。父亲对他学习督促如此之严，当然是希望他也像自己的哥哥一样走上仕途。但章太炎的心性是喜好古文辞，看到八股文就头疼，但那时，只有精通八股才有可能出人头地。迫于父亲和社会的压力，章太炎经过六、七年苦读后，也参加过县的童子试，但在考前却犯了“眩厥”之症，没有考成。自此，章太炎绝意八股。深知儿子秉性的章睿也只好不勉强他了。
随着外祖父及父亲训读十几年，章太炎学的是国学方面的基础知识，没有迎合社会而随波逐流。而且，这十几年对章太炎更大的收获可能是民族主义思想的滋长。
章太炎的外祖父在与他闲谈时，常提起“夷夏之防”，以及排斥外来民族的“攘夷”等，喜欢思想求解的章太炎凭自己的推论，提出了：“按照这个道理说来，那么明代被清灭亡，反倒不如被李自成起义军灭亡！”外祖父阻止小太炎再说下去，他说：“李自成本人是不好的，但也难保他的子孙都不好，只是目前不能作这样的推论了！”他的这种李自成总比清朝好些的说法，自然使得章太炎感到十分的新鲜。而且章家有个传统，就是死时入殓时绝对不许穿清朝的服饰，而必须身着汉民族的传统服装。章太炎的父亲临死时就对太炎说：“我虽然作过清朝的官，但我死后也不能违背祖训家教，不能加穿清朝的官服！”在这样的环境下成长的章太炎，自然是不合时宜的。因此，他后来成为一个民族主义的斗士是不无必然的。
1890年，章太炎23岁时，他的父亲去世了。章太炎料理完丧事后，离开了余杭，来到了杭州，进入诂经精舍深造。由此走向了社会，开始了修身、养性、平天下的漫漫长途。
风光秀旖的西湖北畔座落着一个古老的书院——诂经精舍，这所书院的创建者是著名的朴学大师阮元，他在编纂完百卷《经籍纂古》之后，就将修书之所改成书院。历来主持书院学政的多是饱学硕儒。当章太炎来到这里的时候，正值朴学大师俞樾在此主政。俞樾学问精审，治学严谨，著述繁复，且极有创见和独到之处。
章太炎来到这里，真有一种如鱼得水的感受，前后首尾共计7年，专心治学。一改旧日贪多求快、钻研不深的毛病，潜心励志，踏踏实实地追随俞樾探求古文经学的奥妙。今文经学和古文经学是研究儒家经典的两大学派，前者注重的是探求经书中的所谓微言大义，后者则注重经籍的文字训诂和历史考证。当时，今文经学的代表人物是刘逢禄，章太炎虽然还未出草庐，但他却写下了 50万字的巨著来驳斥这位今文经学的大师。虽然现在看来文字比较粗劣，但不盲从、肯思索、敢向权威挑战的求实精神已经显露无遗。
经过了7年潜心励志的苦学，章太炎的学识已经变得淹博精深，而他的思想也由此更加睿智明晰，开始关注书斋外面的世界。
书斋是平静的，但外面的世界早已是风云变幻，事变迭起。中日甲午战争清政府一败涂地，签订了丧权辱国的《马关条约》，苦难的中国正一步步陷入半殖民地、半封建的深渊，面临着被瓜分的危险，中华民族面临着空前的危机。
消息传来，平静的西子湖也不再平静。章太炎的心更是翻江倒海一般，难以平静。他一向崇拜明末清初的爱国志士，顾炎武的“天下兴亡，匹夫有责”的名句更是刻骨铭心，时时浮现在他的眼前。现在国家面临着生死存亡的危机，他岂能坐视！正好，这时传来康有为联合各省应试举人“公车上书”，请求清政府拒签约，迁都西安，加紧练兵，发奋变法以及创办以富国强兵为宗旨的强学会的消息，深合章太炎的脾胃。他立刻从杭州给上海的强学会寄去了16元的会费，报名加入了强学会。
1896年8月，汪康年、夏曾佑、梁启超等在上海发起创办《时务报》，派人到杭州邀请章太炎来报社一道工作。这个邀请正合正要走出书斋，到外面的世界去闯一番的章太炎的心意。他立刻到老师俞樾处欲辞别而去。
俞樾一向不过问外界的变化，虽然西学日盛，但他仍一心要求自己的弟子们专心于儒家的经典，究其终始。章太炎是他最为得意的学生，而今却要抛下学业，他当然是不赞成的，因此他极力阻止章太炎去上海。
授业之恩、师生之谊当然也在章太炎的心中激起涟漪，但在民族危亡之际，哪里比得上救国图存这个大业的重要啊！
1897年春天，章太炎毅然决然地告别了年逾古稀的恩师以及朝夕相处的同窗好友，离开了求学7年之久诂经学舍，来到了朝思暮想的南部中国的变法的中心——上海。由此开始了以笔为枪的斗争生涯。