章太炎主办《民报》以来，其与孙中山思想上的分歧日益明显，渐成裂痕。本来，其与孙中山的关系一直是不错的，章太炎对于孙中山是十分敬重的，尊称孙中山总统，是中国当之无愧的革命统帅。但好景不长，章太炎到了东京不到1年，就与孙中山闹翻了，起因就在于办《民报》的经费问题。随着事情的逐渐闹大，两人的裂痕日渐加深，以至于达到了在报上互相攻击的地步。
1909年，章太炎与原光复会的领导人、后加入同盟会的陶成章一起，重新打起了光复会的旗号，由章、陶分任正副会长，从同盟会中独立出来。
1911年武昌起义爆发，宣告了清王朝政权末日的来临。章太炎怀着难以抑制的兴奋之情回到了阔别5年的上海。上海的舆论界对他期望甚高，称之为“中国近代的大文豪，而亦革命家之巨子也！”而章太炎本人也颇以革命文豪而自矜。
但是，章太炎在抵达上海后的发表的言论中，有不少是对革命不利的，尤其以“革命军起，革命党消”的口号影响最坏。
章太炎之所提出这样的口号，也是有他的思考的。还在日本的时候，章太炎就耳闻到欧美国家资产阶级政党争权夺利的弊端，再加上目睹同盟会内部山头间的勾心斗角，所以认为革命成功之后，就不应有政党的存在。在他提出这个口号之后，旧官僚、立宪派都纷纷借此向孙中山施加压力，要求他销去党名，实际上就是要孙中山拱手让出革命果实，解除武装。这一点尤其反映了章太炎身上革命的不彻底性。
章太炎提出了这样的主张，也的确是这样去做的。他卷起了光复会的旗帜，脱离了同盟会，与一些封建官僚、立宪派混在一起，组织起“华民国联合会”。
更有甚者，由于对于形势认识的不清楚，是非不辨，使得他的笔锋，一个旧日令改良派、封建卫道士、帝国主义心惊胆战的笔，竟然对准了孙中山等革命党人的头上，而对于真正的国贼——袁世凯却是赞誉有加。虽然从主观上而言，章太炎反对孙中山并非是为了个人私事，赞誉袁世凯也是因为错误地将他当做华盛顿之类的人物，而没有看清他的真面目；但就客观方面说来，章太炎在辛亥革命前后几年内的言论和行动，是不利于革命队伍的团结，削弱了革命力量，助长了袁世凯的气焰。可以说，是犯了严重的错误，在他的革命生涯上抹了一个黑道。后来，章太炎深刻地反省了这段弯路，认识到了自己的错误，自认有罪。1916年，章太炎在《告癸丑以来死义诸君文》中反省到：反对封建专制的斗争之所以没有取得彻底的胜利，不只是“小人偷息之咎，某等亦与有罪焉！”
后来，章太炎逐渐认识到了袁世凯的真面目，1912年底，借出任东三省筹边使的机会，离开了北平。次年发生了宋教仁遇刺案，使得章太炎更加认清了袁世凯的真面目，他立刻南返上海，亲自参加了宋教仁的葬礼，并手撰哀辞。
这时，章太炎分析了国内的政治形势，认为只有黎元洪的名望和实力可以和袁世凯抗衡，遂于当年5月来到了武昌，劝说黎元洪竟选总统，与袁世凯对抗。胆小的黎元洪不敢答应，反而诳骗章太炎到北平去看看动静。若劝动袁世凯则万事皆好，不行他再进京竞选总统。章太炎听信了黎元洪，亲自冒险入京。
这次入京后，章太炎察知袁世凯称帝之心已坚，为避免遭他毒手，在京只短短地停留了7天便匆匆返沪。正式致电袁世凯，辞去了东三省筹边使之职，表示“死生之分，一听尊裁”。这封电文被上海报界披露，贯以《章太炎诛佞之言》的醒目标题。
“二次革命”爆发后，章太炎又以自己的一枝笔投入了反袁的斗争之中。“二次革命”失败后，袁世凯公开下令搜捕革命党人。他借口商量党务，电请章太炎入京。章太炎深知袁世凯心狠手辣，但自己又不愿再次流亡海外，又想在党务方面有所作为，以遏制袁世凯，遂决意进京，“挽此危局”。这次入京，就被袁世凯软禁了长达3年之久。
3年期间，章太炎曾被四易囚所，而他本人两番绝食，与袁世凯展开了坚决的斗争。大骂袁贼，有时吃花生米下酒时，就掐去花生米蒂，口中念念有词地说：“杀了袁皇帝头矣！”或者大书“袁贼”两字，再点火烧掉，称之为“袁贼烧死了！”在他几次设法离京未果后，发起“疯”来，大闹总统府。鲁迅先生对这件事曾评价说：“考其生平，以大勋章作扇坠，临总统府之门，大诟袁世凯的包藏祸心者，并世无第二人……这才是先哲的精神，后生的楷范。”（鲁迅《关于太炎先生二三事》）
1916年，袁世凯一命鸣乎，章太炎才得以获释。他谢绝了黎元洪的挽留，回到了上海。后来，他又积极参加了反对段祺瑞政府、维护《临时约法》的护法运动。但护法斗争的失败，使得章太炎对于时事彻底失去了信心，回到家乡，杜门谢客，不问国事。
“五·四”运动以后，章太炎与孙中山彻底分裂，一个接受了苏俄和中国共产党的帮助，继续前进，而章太炎却拉车向后。反对新文化运、中国共产党，尤其反对孙中山的联俄政策。鲁迅先生对此入木三分地总结“既离民众，渐入颓唐”。
1931年，“九·一八事变”爆发了。在蒋介石政府的不抵抗政策之下，富饶美丽的东三省被断送了，苦难的中国人民再一次面临着生死存亡的民族危机。
年逾花甲的章太炎愤怒了，怒斥蒋介石为秦桧一样的卖国贼，主张坚决抗日，尤其是对于学生的爱国宣传深表同情。他也投袂而起，艰难地投身到了救亡图存的抗日浪潮之中。
1936年6月14日，章太炎在苏州寓所因病去世，终年69岁。
总结章太炎的一生，虽然有些污点，但从其生涯的总体而言，尤其是在他的晚年，他从颓唐中走出，投身到抗日救国的洪流中，为自己的一生划上了一个完整的句号。
章太炎，一位资产阶级民主革命家和爱国主义者，一位博学多识的学术大师，他的历史贡献人们是一定会记得的！